genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36364294

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   

This is table  76  of  91  ( 10898 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27963984--27964075	26	3.5	26	80	2	94	30	19	30	19	1.97
27964006--27964164	27	6.0	27	70	7	101	32	20	27	20	1.97
27968403--27968503	52	1.9	52	90	4	159	20	22	17	38	1.93
27969216--27969552	27	12.5	27	70	11	70	30	21	27	20	1.98
27969378--27969623	54	4.6	54	76	7	196	30	21	28	19	1.98
27969378--27969626	27	9.3	27	75	6	175	30	21	28	19	1.98
27972223--27972259	19	1.9	19	100	0	74	18	32	21	27	1.97
27972962--27973019	25	2.3	25	84	3	71	68	24	1	5	1.19
27973597--27973637	19	2.1	19	86	9	55	51	0	0	48	1.00
27974553--27974631	32	2.5	32	74	10	81	49	2	1	46	1.23
27993174--27993205	12	2.6	13	85	14	50	71	21	6	0	1.07
28003774--28003865	46	2.0	46	97	0	175	45	11	10	31	1.76
28006778--28006831	22	2.5	21	73	8	54	61	7	11	20	1.53
28009988--28010060	5	14.6	5	72	16	53	73	0	0	26	0.83
28010024--28010056	7	4.7	7	100	0	66	72	0	0	27	0.85
28009986--28010077	13	7.5	12	79	13	55	75	0	1	23	0.88
28010339--28010377	21	1.9	20	89	5	60	58	0	41	0	0.98
28010409--28010448	17	2.3	17	82	4	53	67	0	32	0	0.91
28010351--28010497	51	2.8	52	77	16	144	59	4	36	0	1.17
28010465--28010527	4	17.5	4	72	21	59	71	0	28	0	0.86
28010463--28010527	17	3.7	17	88	12	96	70	0	29	0	0.87
28010465--28010527	28	2.2	29	88	2	92	71	0	28	0	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28010544--28010605	4	16.2	4	74	12	51	79	0	20	0	0.74
28010546--28010595	14	3.5	14	81	13	66	78	0	22	0	0.76
28010544--28010605	18	3.3	18	78	12	70	79	0	20	0	0.74
28010546--28010610	21	3.1	21	84	4	78	81	0	18	0	0.69
28010544--28010609	10	7.1	8	75	24	51	80	0	19	0	0.72
28010405--28010605	79	2.6	78	85	7	266	64	2	32	0	1.11
28010570--28010610	10	4.0	10	90	6	64	85	0	14	0	0.60
28011385--28011463	4	20.8	4	71	17	53	74	2	1	21	1.01
28014246--28014271	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
28016818--28016921	41	2.6	41	96	1	192	32	3	26	36	1.75
28020726--28020876	74	2.0	76	88	5	227	40	5	7	46	1.56
28020978--28021027	20	2.4	21	86	3	75	40	2	4	54	1.31
28031761--28031894	60	2.2	59	78	1	142	35	8	14	41	1.77
28032026--28032091	22	3.0	22	77	0	69	33	4	13	48	1.63
28032095--28032148	23	2.3	23	87	0	72	24	14	25	35	1.94
28032237--28032320	22	3.8	22	75	9	73	47	19	4	28	1.69
28037662--28037742	22	3.7	22	74	9	76	22	8	24	44	1.81
28037759--28037833	23	3.3	23	88	3	107	36	25	12	26	1.91
28037825--28038052	26	9.3	26	75	10	169	39	23	11	26	1.88
28037839--28038052	52	4.3	52	72	12	187	39	22	11	26	1.88
28038041--28038097	21	2.7	21	80	0	78	33	28	17	21	1.96
28057199--28057241	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28065427--28065507	2	41.0	2	82	7	103	44	1	1	51	1.17
28066697--28066745	19	2.5	19	80	6	62	46	0	0	53	1.00
28071694--28071749	4	14.0	4	96	0	67	41	0	8	50	1.34
28073201--28073255	26	2.1	26	100	0	110	12	10	45	30	1.77
28075331--28075400	33	2.1	33	94	0	122	22	15	25	35	1.94
28081804--28081841	3	12.7	3	89	10	60	68	0	31	0	0.90
28085192--28085234	7	6.4	7	89	10	72	25	0	0	74	0.82
28085404--28085465	30	2.1	29	85	14	83	17	3	0	79	0.87
28085402--28085504	38	2.8	37	78	10	104	20	5	0	73	1.03
28085543--28085576	4	9.0	4	87	12	54	20	0	0	79	0.73
28085543--28085577	7	4.7	7	96	3	52	20	0	0	80	0.72
28085836--28085902	6	10.5	6	78	16	64	0	20	0	79	0.74
28085836--28085899	26	2.5	25	89	5	92	0	20	0	79	0.73
28085843--28085904	16	3.9	16	79	14	65	0	19	0	80	0.71
28085838--28085896	30	1.9	30	86	10	84	0	18	0	81	0.69
28086009--28086079	35	2.1	34	86	7	99	1	26	1	70	1.04
28086641--28086720	8	10.8	8	76	15	57	21	0	2	76	0.91
28086631--28086719	28	3.3	25	78	12	79	19	0	2	78	0.85
28086631--28086717	6	13.7	6	73	16	61	19	0	2	78	0.86
28086926--28086969	21	2.0	22	82	4	54	29	11	27	31	1.91
28086950--28087123	80	2.2	80	89	0	267	36	16	17	29	1.92
28087187--28087283	30	3.2	29	72	16	74	27	21	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28087211--28088127	31	30.0	31	67	16	281	28	18	19	33	1.96
28087200--28087897	61	11.4	60	81	5	693	28	18	19	33	1.96
28087187--28087888	123	5.7	122	82	5	771	28	18	19	33	1.96
28087201--28087897	184	3.8	183	80	6	739	28	18	19	33	1.96
28087861--28088144	61	4.7	60	75	12	251	31	19	17	32	1.94
28087703--28088049	152	2.3	153	83	5	459	29	18	19	33	1.95
28087887--28088139	122	2.1	122	83	8	320	31	18	18	32	1.95
28089334--28089392	24	2.4	24	88	5	82	1	20	1	76	0.96
28094139--28094194	27	2.1	27	83	12	71	42	5	19	32	1.74
28096207--28096242	7	5.4	7	87	12	58	25	0	0	75	0.81
28096420--28096476	13	4.6	12	77	14	62	17	3	0	78	0.88
28096552--28096597	23	2.1	21	84	15	58	23	2	0	73	0.94
28096550--28096602	14	3.9	14	80	12	56	24	3	0	71	1.02
28096534--28096597	27	2.4	28	76	7	69	26	4	0	68	1.09
28096856--28096922	10	6.9	10	80	13	61	1	19	0	79	0.82
28096865--28096917	22	2.4	22	90	0	79	0	16	0	83	0.66
28096856--28096911	12	4.7	12	84	6	60	0	19	0	80	0.71
28096865--28096922	16	3.6	16	81	4	64	1	17	0	81	0.78
28097036--28097117	10	8.3	10	70	16	64	0	32	0	67	0.91
28097021--28097088	35	2.0	33	94	5	118	0	36	0	63	0.95
28097673--28097710	19	2.0	19	94	0	67	28	0	28	42	1.56
28100662--28100775	9	12.7	9	72	18	62	21	0	1	76	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28100663--28100776	27	4.3	26	75	21	105	22	0	1	75	0.90
28100663--28100776	29	3.9	28	72	17	88	22	0	1	75	0.90
28100672--28100775	22	4.9	22	73	14	76	22	0	1	75	0.89
28100694--28100764	33	2.1	34	84	7	92	21	0	2	76	0.92
28100660--28100764	34	3.1	31	77	14	93	21	0	1	76	0.89
28100692--28100773	7	11.9	7	73	17	64	19	0	2	78	0.87
28103884--28103929	13	3.5	13	82	11	58	58	10	2	28	1.43
28104343--28104419	26	3.0	26	86	0	100	29	18	12	38	1.88
28104475--28104588	59	1.9	59	91	3	185	38	11	14	35	1.83
28104555--28104702	61	2.4	61	98	0	287	31	14	12	41	1.83
28121123--28121210	43	2.0	43	86	4	124	18	19	4	57	1.56
28121743--28121802	20	3.0	20	73	4	57	25	31	31	11	1.91
28124804--28124834	15	2.1	15	93	0	53	38	32	9	19	1.84
28126581--28126660	31	2.6	31	84	4	108	38	21	6	33	1.78
28144999--28145034	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
28145775--28145819	2	23.0	2	95	4	83	51	0	0	48	1.00
28150902--28150945	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
28151062--28151105	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
28164385--28164667	139	2.0	139	96	0	521	35	17	16	29	1.93
28171458--28171501	22	2.0	23	82	13	56	56	20	2	20	1.52
28214682--28214746	29	2.2	29	76	10	69	50	4	10	33	1.58
28220792--28220846	25	2.3	24	84	9	76	85	1	5	7	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28222008--28222078	12	6.0	11	73	25	56	77	1	1	19	0.92
28222007--28222078	20	3.6	19	82	16	83	76	1	1	20	0.94
28222007--28222069	23	2.9	21	77	15	65	74	1	1	22	0.99
28224723--28224760	14	2.8	14	88	4	51	36	2	0	60	1.11
28230839--28230923	33	2.6	33	92	1	145	57	12	9	20	1.63
28238504--28238547	2	22.0	2	85	0	61	0	45	6	47	1.29
28238937--28238962	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
28239437--28239510	34	2.2	34	100	0	148	20	40	13	25	1.89
28241786--28241824	19	2.0	20	85	5	53	33	12	7	46	1.71
28245104--28245143	2	20.0	2	100	0	80	0	50	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91