genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36364294

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22322230--22322286	30	1.9	30	82	10	73	29	10	28	31	1.90
22325510--22325548	20	1.9	21	89	5	62	53	0	0	46	1.00
22329752--22329856	42	2.5	42	82	0	129	25	21	29	22	1.99
22339525--22339570	20	2.3	20	88	0	65	28	4	19	47	1.68
22342822--22342863	13	3.3	13	78	15	52	26	0	2	71	0.98
22342825--22342874	26	1.9	26	88	8	75	28	0	2	70	0.99
22344974--22345038	33	1.9	34	87	3	96	40	12	3	44	1.57
22352240--22352279	2	20.0	2	94	0	71	52	0	0	47	1.00
22369473--22369511	20	2.0	20	84	0	51	69	25	2	2	1.14
22370956--22371003	22	2.2	22	82	14	55	70	2	2	25	1.09
22374550--22374628	29	2.6	31	82	7	92	35	2	2	59	1.24
22378667--22378698	6	5.3	6	96	0	55	3	28	0	68	1.04
22387981--22388007	7	3.9	7	100	0	54	74	0	14	11	1.08
22390706--22390771	24	2.6	27	73	14	75	18	16	46	18	1.84
22391037--22391063	3	9.0	3	100	0	54	0	0	66	33	0.92
22391054--22391133	42	1.9	41	82	7	99	18	15	51	15	1.77
22391228--22391261	15	2.3	15	89	0	50	20	0	70	8	1.13
22391225--22391259	18	1.9	18	94	0	61	20	0	71	8	1.11
22391437--22391466	6	5.0	6	91	0	51	16	0	70	13	1.18
22398573--22398622	19	2.6	19	93	0	82	10	22	36	32	1.87
22399052--22399104	2	26.5	2	100	0	106	49	0	0	50	1.00
22399212--22399237	9	2.9	9	100	0	52	34	19	11	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22407800--22407853	23	2.4	21	77	22	56	61	3	5	29	1.36
22424058--22424150	16	5.5	16	71	16	62	39	5	5	49	1.48
22431537--22431579	21	2.0	22	86	13	63	74	6	18	0	1.04
22438242--22438363	59	2.1	58	84	7	158	40	9	11	39	1.73
22438212--22438364	28	5.2	30	76	15	117	39	9	12	39	1.75
22438174--22438364	29	6.6	28	79	10	181	38	8	13	39	1.75
22439923--22439952	15	1.9	16	93	6	53	16	33	20	30	1.94
22444285--22444309	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
22445856--22445911	28	2.0	28	92	0	94	50	3	14	32	1.60
22458513--22458620	35	3.1	35	84	0	135	42	15	18	23	1.88
22458523--22458631	35	3.1	35	84	2	121	44	18	15	22	1.87
22458568--22458667	35	2.9	34	79	13	98	48	19	14	19	1.82
22458884--22458969	30	2.9	30	84	1	93	15	26	9	48	1.74
22460628--22460679	26	2.0	27	84	3	70	28	15	17	38	1.90
22463789--22463864	31	2.7	26	79	16	89	63	1	0	35	1.03
22463800--22463873	31	2.4	30	95	4	130	63	0	0	36	0.95
22463814--22463876	22	2.9	21	73	17	56	66	0	0	33	0.92
22463804--22463856	14	3.2	18	70	25	62	60	0	0	39	0.97
22464040--22464086	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
22464251--22464306	26	2.1	27	80	9	62	7	23	7	62	1.46
22464776--22464966	96	2.0	95	89	3	258	51	7	11	29	1.66
22467950--22467987	19	2.0	19	89	0	58	42	21	0	36	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22468319--22468450	35	3.7	35	75	10	101	47	20	11	20	1.80
22468645--22468710	29	2.3	29	81	0	78	13	27	9	50	1.72
22469662--22469690	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
22474208--22474414	78	2.7	78	86	1	263	34	12	18	34	1.88
22477064--22477100	19	1.9	19	94	0	65	29	0	27	43	1.55
22486263--22486307	19	2.3	20	88	3	65	24	2	13	60	1.45
22487760--22487802	20	2.2	20	87	8	61	48	2	0	48	1.14
22489347--22489402	22	2.6	21	78	13	60	46	10	1	41	1.49
22490160--22490196	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
22491251--22491278	9	3.1	9	100	0	56	75	0	0	25	0.81
22491397--22491460	31	2.0	32	81	3	76	60	1	1	35	1.15
22493823--22493850	10	2.8	10	100	0	56	78	0	0	21	0.75
22504689--22504762	3	25.7	3	73	17	59	27	2	0	70	1.01
22504692--22504764	8	8.2	8	72	19	56	26	2	0	71	1.00
22504687--22504761	28	2.5	30	79	16	84	28	2	0	69	1.02
22505036--22505064	9	3.0	10	90	10	51	10	0	0	89	0.48
22505515--22505543	10	3.0	10	95	5	51	17	0	0	82	0.66
22505515--22505558	18	2.5	18	81	3	54	18	4	0	77	0.94
22506801--22506907	1	107.0	1	75	0	79	0	2	10	85	0.73
22506801--22506907	19	5.6	18	77	17	108	0	2	10	85	0.73
22506801--22506905	33	3.3	31	81	7	120	0	2	10	85	0.74
22506801--22506909	50	2.2	50	84	9	143	0	2	11	85	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22506997--22507709	283	2.5	283	87	3	1004	36	16	21	25	1.94
22506997--22507719	142	5.1	142	85	2	927	36	16	21	25	1.94
22507662--22507779	60	2.0	59	94	1	209	34	20	22	22	1.96
22507521--22507920	201	2.0	200	89	0	602	37	18	20	23	1.94
22509113--22509248	68	2.0	68	85	5	186	15	25	11	47	1.78
22509625--22509653	12	2.3	13	94	5	51	17	13	0	68	1.20
22509632--22509683	18	2.7	18	82	8	59	15	19	0	65	1.27
22512945--22513006	19	3.6	16	83	14	70	14	0	0	85	0.60
22512948--22513006	18	3.3	18	80	19	70	15	0	0	84	0.62
22512945--22513006	6	10.7	6	80	16	53	14	0	0	85	0.60
22512945--22513000	24	2.4	22	80	13	67	16	0	0	83	0.64
22512945--22513004	12	4.8	12	75	18	59	15	0	0	85	0.61
22514447--22514669	108	2.1	108	91	4	364	31	13	7	46	1.72
22516021--22516085	30	2.2	30	81	5	71	30	4	20	44	1.71
22519759--22519810	14	4.1	13	76	11	54	21	3	1	73	1.10
22526770--22526794	9	2.8	9	100	0	50	8	0	0	92	0.40
22529773--22530038	84	3.2	84	77	8	272	37	16	25	20	1.93
22535759--22535810	20	2.6	20	77	17	54	59	11	0	28	1.32
22535793--22535850	24	2.4	25	75	16	61	60	12	0	27	1.32
22561442--22561484	21	2.1	21	91	4	70	41	6	23	27	1.80
22561858--22561895	19	2.0	19	94	0	67	28	0	28	42	1.56
22563147--22563171	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22573381--22573476	48	2.0	48	97	0	183	22	17	10	48	1.77
22595687--22595721	4	8.8	4	93	0	52	51	17	0	31	1.45
22595703--22595741	2	19.5	2	89	0	60	51	5	0	43	1.24
22595680--22595733	20	2.7	20	91	2	81	50	12	1	35	1.52
22595695--22595741	16	2.9	16	93	0	76	51	8	0	40	1.33
22619334--22619378	14	3.2	14	81	9	56	51	0	0	48	1.00
22619325--22619405	32	2.6	32	80	5	94	54	0	1	44	1.08
22622732--22622770	9	3.8	10	81	18	53	51	0	0	48	1.00
22622932--22623008	33	2.3	32	84	10	100	50	2	0	46	1.15
22623502--22623529	4	7.0	4	100	0	56	50	0	0	50	1.00
22629190--22629263	29	2.6	29	95	0	130	33	9	20	36	1.85
22659943--22659984	15	2.9	15	85	3	59	71	0	0	28	0.86
22659947--22659990	20	2.1	21	83	4	54	72	0	0	27	0.85
22659975--22660006	17	1.9	17	93	6	57	71	0	3	25	1.00
22660033--22660098	22	3.0	22	76	10	71	72	0	0	27	0.85
22659950--22660088	73	1.9	72	82	11	174	66	0	2	30	1.06
22660029--22660108	40	2.0	40	83	9	101	70	0	1	28	0.96
22664836--22664879	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
22671142--22671169	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
22678885--22678927	17	2.7	16	85	7	52	58	0	9	32	1.30
22679716--22679783	34	2.0	35	85	8	95	48	1	1	48	1.19
22680173--22680238	32	2.0	33	85	2	89	24	6	16	53	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22681810--22681933	37	3.4	36	86	10	164	59	2	0	37	1.10
22681844--22681915	22	3.5	22	71	24	77	61	2	0	36	1.11
22681810--22681933	38	3.4	38	88	10	172	59	2	0	37	1.10
22681883--22681958	34	2.3	34	82	8	86	55	5	0	39	1.23
22681997--22682138	70	2.0	70	90	2	223	45	8	7	39	1.62
22694483--22694702	56	3.9	56	96	1	397	25	12	19	42	1.86
22701371--22701436	34	1.9	34	90	0	105	16	18	15	50	1.79
22705395--22705433	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
22706774--22706802	12	2.5	12	94	5	51	6	0	0	93	0.36
22724784--22724850	22	3.1	22	79	8	75	44	10	11	32	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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