genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36364294

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21555993--21556497	111	4.4	111	78	7	426	18	11	27	42	1.84
21556091--21556511	118	3.6	118	77	6	333	18	11	28	42	1.84
21560925--21560985	26	2.3	26	86	5	79	40	22	13	22	1.89
21560989--21561034	21	2.2	21	92	0	74	34	21	21	21	1.97
21564926--21564968	22	1.9	23	85	4	61	39	16	11	32	1.84
21565576--21565641	26	2.8	23	79	18	73	57	6	13	22	1.58
21565583--21565634	26	2.0	26	96	0	95	57	7	13	21	1.61
21573750--21573819	24	2.9	24	89	0	104	25	28	15	30	1.96
21573999--21574049	24	2.1	24	85	7	68	39	19	31	9	1.84
21581540--21581659	58	2.1	57	87	4	170	34	8	19	38	1.82
21600869--21600921	26	2.1	26	82	10	65	54	5	16	22	1.63
21610624--21610664	11	3.2	13	76	16	50	41	14	9	34	1.79
21611669--21611735	32	2.0	33	91	5	109	38	5	11	43	1.66
21611617--21611923	146	2.1	146	95	0	542	38	8	9	43	1.67
21611604--21611888	72	3.9	72	76	14	278	38	8	9	43	1.67
21614088--21614197	28	4.0	28	75	14	104	22	12	12	51	1.73
21618816--21618857	21	2.0	21	90	0	66	16	26	21	35	1.94
21619212--21619271	23	2.6	23	83	0	75	35	38	1	25	1.66
21621074--21621257	72	2.6	71	77	6	169	32	19	12	35	1.89
21630888--21630945	5	11.8	5	82	10	75	79	0	3	17	0.87
21630890--21630937	23	2.1	23	92	0	78	77	0	4	18	0.93
21633161--21633278	16	7.4	16	71	9	53	18	19	15	46	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21633171--21633231	24	2.5	24	76	5	61	16	14	21	47	1.82
21633193--21633257	32	2.0	32	84	0	85	18	18	16	46	1.85
21633196--21633264	32	2.2	32	81	0	75	17	20	13	49	1.79
21633584--21633661	31	2.5	31	81	8	88	25	20	5	48	1.70
21646941--21646999	24	2.5	24	84	15	70	37	5	30	27	1.78
21647990--21648125	72	1.9	71	100	0	263	30	8	12	47	1.72
21658068--21658130	31	2.0	31	100	0	126	38	22	6	33	1.79
21658919--21658957	20	2.0	20	89	0	60	46	0	5	48	1.24
21667066--21667222	28	5.4	29	75	9	115	41	12	7	39	1.69
21667087--21667228	28	5.0	28	76	8	133	38	13	7	40	1.73
21667065--21667187	59	2.1	57	83	7	158	40	10	7	41	1.67
21680113--21680175	27	2.4	28	94	5	105	39	14	11	34	1.81
21686121--21686160	21	1.9	21	90	10	64	27	0	7	65	1.20
21690709--21690945	118	2.0	119	93	6	403	42	16	8	31	1.78
21695132--21695156	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
21696796--21697004	73	2.9	72	82	4	242	41	19	18	20	1.90
21697474--21697542	35	2.0	35	88	0	102	28	10	24	36	1.88
21709030--21709066	2	18.5	2	88	0	56	2	0	43	54	1.14
21709087--21709114	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
21709035--21709343	155	2.0	154	100	0	609	30	8	28	32	1.87
21709242--21709269	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
21712703--21712771	2	34.5	2	88	5	104	52	1	0	44	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21713810--21713835	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
21738382--21738407	12	2.2	12	100	0	52	7	34	15	42	1.75
21740374--21740407	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
21740413--21740465	19	2.8	19	91	0	79	24	7	28	39	1.82
21741182--21741229	22	2.2	22	84	0	60	25	20	20	33	1.97
21743061--21743090	9	3.3	9	95	0	51	23	0	6	70	1.11
21743124--21743173	26	1.9	26	91	0	82	26	16	6	52	1.66
21743135--21743191	26	2.1	27	87	3	80	31	12	5	50	1.62
21743489--21743849	23	15.7	23	75	1	294	29	11	24	34	1.90
21748918--21749019	37	2.8	37	82	5	134	25	39	8	26	1.85
21749710--21749749	20	2.0	20	85	0	53	40	7	35	17	1.78
21751406--21751444	20	1.9	21	89	5	62	33	7	25	33	1.84
21754167--21754211	24	1.9	23	82	13	56	77	13	6	2	1.05
21755700--21755737	2	19.0	2	88	0	58	47	2	2	47	1.30
21761955--21762402	211	2.1	210	85	1	610	40	23	12	22	1.89
21762776--21762841	29	2.3	28	84	2	78	31	6	16	45	1.72
21762776--21762841	28	2.3	29	82	7	73	31	6	16	45	1.72
21764005--21764029	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
21764927--21764952	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21765317--21765359	22	2.0	22	85	0	59	51	18	11	18	1.76
21765360--21765424	22	3.0	22	93	0	103	38	26	4	30	1.76
21768042--21768101	30	2.1	29	81	6	68	31	8	21	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21772863--21772932	30	2.3	30	100	0	140	35	14	12	37	1.84
21774880--21774954	30	2.5	30	97	2	141	41	10	41	6	1.66
21777183--21777262	38	2.1	38	83	4	99	32	16	31	20	1.94
21777863--21777894	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
21783821--21783895	31	2.4	31	80	4	80	56	16	6	21	1.63
21784292--21784322	7	4.6	7	92	8	55	0	22	0	77	0.77
21784292--21784322	13	2.3	14	94	5	55	0	22	0	77	0.77
21789463--21789569	50	2.1	50	92	1	178	51	6	0	41	1.34
21789972--21790052	33	2.4	34	75	6	85	40	7	12	39	1.71
21790469--21790495	14	1.9	14	100	0	54	85	0	0	14	0.61
21794701--21794763	30	2.1	30	93	0	108	53	9	6	30	1.58
21795231--21795278	15	3.2	15	78	16	55	50	2	0	47	1.12
21797451--21797660	100	2.1	100	97	0	393	22	12	11	52	1.72
21798163--21798220	28	2.1	28	100	0	116	20	6	17	55	1.65
21799073--21799127	26	2.1	26	100	0	110	14	12	7	65	1.46
21803714--21803738	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
21803080--21804081	361	2.8	349	85	5	1309	41	6	6	45	1.56
21804186--21804214	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
21804665--21804784	40	3.0	40	93	0	204	20	0	17	61	1.34
21804684--21804784	18	5.1	19	67	21	73	21	0	16	61	1.34
21810641--21810672	15	2.1	15	94	0	55	37	6	12	43	1.68
21817989--21818016	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21819892--21819934	15	2.7	16	89	7	61	72	6	6	13	1.27
21840286--21840397	31	3.6	31	92	2	181	46	14	18	20	1.84
21840380--21840473	46	2.1	44	84	4	116	36	15	18	29	1.92
21842412--21842446	17	1.9	19	88	11	56	45	2	0	51	1.16
21850065--21850108	23	2.0	22	81	4	52	43	0	4	52	1.22
21850162--21850265	45	2.2	49	84	8	135	46	3	1	48	1.31
21851708--21851771	27	2.3	27	75	2	65	35	4	1	57	1.29
21866228--21866273	20	2.3	20	96	0	83	28	4	21	45	1.71
21877974--21878037	29	2.2	28	88	2	92	29	4	18	46	1.69
21877974--21878037	28	2.2	29	86	8	87	29	4	18	46	1.69
21896166--21896190	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
21897429--21897468	19	2.0	20	95	4	73	42	27	0	30	1.56
21902354--21902394	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
21903699--21903731	17	1.9	17	93	0	57	48	6	3	42	1.43
21920596--21920715	58	2.1	57	90	1	186	36	10	16	36	1.82
21925779--21925832	26	2.1	26	100	0	108	46	7	11	35	1.67
21934222--21935046	283	2.9	283	92	1	1366	35	14	19	30	1.91
21937798--21937851	23	2.3	23	96	0	99	42	9	24	24	1.83
21943024--21943235	78	2.7	78	85	1	291	34	19	12	33	1.89
21948414--21948458	19	2.4	19	84	0	54	42	0	0	57	0.98
21950577--21950638	26	2.4	26	94	0	106	32	40	3	24	1.71
21962449--21962739	147	2.0	147	91	1	467	34	10	14	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21964610--21964663	2	27.0	2	96	0	99	48	0	1	50	1.11
21969309--21969342	17	2.0	17	94	0	59	38	11	8	41	1.73
21969478--21969581	42	2.4	43	78	9	115	52	0	3	42	1.26
21969632--21969731	41	2.4	41	85	8	123	53	1	2	44	1.19
21969640--21969743	20	5.1	20	72	15	59	50	1	1	45	1.23
21971013--21971121	26	4.3	25	74	17	91	55	0	1	43	1.10
21970994--21971089	42	2.3	43	83	3	115	51	0	2	46	1.12
21971013--21971104	23	3.6	27	72	20	81	50	0	2	47	1.13
21970982--21971115	23	5.9	23	68	23	79	52	0	1	45	1.09
21971066--21971120	27	2.0	27	86	6	76	56	0	0	43	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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