genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36364294

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20736196--20736359	88	1.8	90	86	2	242	37	9	9	43	1.70
20741260--20741323	19	3.4	19	65	8	58	21	23	35	18	1.95
20741237--20741377	38	3.7	38	89	5	187	20	18	39	21	1.93
20741602--20741648	22	2.2	22	92	3	78	25	25	23	25	2.00
20754920--20755033	42	2.7	41	89	2	165	21	18	35	24	1.95
20763406--20763565	32	4.8	33	74	19	134	33	25	12	28	1.92
20763457--20763574	35	3.5	34	78	13	136	33	26	11	29	1.91
20763410--20763584	67	2.6	67	88	1	262	35	26	12	26	1.91
20764538--20764761	68	3.3	68	80	7	233	32	9	21	36	1.87
20764575--20764806	68	3.4	68	80	2	259	33	10	22	34	1.88
20771406--20771472	28	2.3	30	87	5	93	46	19	5	28	1.73
20776032--20776062	6	5.2	6	92	0	53	64	0	35	0	0.94
20776032--20776065	12	2.8	12	90	0	59	61	0	38	0	0.96
20782433--20782476	22	2.0	23	90	4	72	65	9	9	15	1.45
20791677--20791716	21	2.0	20	85	5	53	45	15	17	22	1.85
20800769--20800877	38	2.8	40	83	5	150	25	38	14	21	1.91
20800992--20801019	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
20805237--20805307	37	1.9	37	91	0	115	25	22	19	32	1.98
20822777--20822886	34	3.2	34	80	2	123	37	24	14	23	1.92
20826431--20826464	7	4.7	7	89	7	50	82	14	2	0	0.79
20833289--20833436	64	2.3	64	87	1	208	25	18	21	35	1.96
20833887--20833971	41	2.1	41	88	0	125	32	10	11	44	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20836539--20836659	31	3.9	31	82	9	149	20	19	1	57	1.49
20837191--20837235	17	2.4	19	85	10	58	8	15	2	73	1.18
20839906--20839946	18	2.2	18	86	4	55	78	2	0	19	0.87
20839906--20839954	19	2.7	18	83	3	62	77	2	0	20	0.87
20840775--20840811	19	1.9	19	88	0	56	21	32	16	29	1.95
20842550--20842589	15	2.7	15	88	3	55	27	0	0	72	0.85
20842735--20842764	16	1.9	16	93	6	53	30	0	6	63	1.20
20844405--20844648	121	2.0	122	95	0	436	32	22	9	35	1.86
20848775--20848804	15	1.9	16	93	6	53	63	6	0	30	1.20
20849819--20849844	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
20851380--20851409	13	2.3	13	94	0	51	3	10	0	86	0.67
20869223--20869324	40	2.5	40	93	0	168	30	8	18	42	1.81
20869949--20869973	6	4.2	6	100	0	50	16	16	68	0	1.22
20870788--20870908	63	1.9	63	84	3	163	19	32	18	30	1.95
20871268--20871559	31	9.4	31	88	0	397	25	17	20	36	1.94
20876331--20876400	31	2.3	31	82	5	88	28	18	28	24	1.98
20876221--20876464	117	2.1	115	88	1	353	23	19	30	26	1.98
20878668--20878752	31	2.7	31	92	0	134	34	22	17	25	1.96
20878785--20878963	55	3.3	55	82	3	209	43	29	13	13	1.83
20879400--20879460	23	2.7	23	89	0	104	27	26	19	26	1.99
20879400--20879508	23	4.7	23	79	3	85	23	30	20	25	1.98
20879475--20880001	104	5.1	104	78	3	553	22	34	15	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20879664--20879739	23	3.3	23	73	12	66	23	31	17	27	1.97
20879475--20880000	208	2.5	208	86	1	709	22	34	15	27	1.94
20880812--20880981	81	2.1	79	92	4	279	73	5	4	16	1.17
20889287--20889340	11	5.0	11	74	17	51	22	1	0	75	0.89
20889287--20889346	30	2.0	30	87	9	88	25	1	0	73	0.93
20889299--20889335	18	2.1	18	90	5	58	27	0	0	72	0.84
20891228--20892334	60	18.6	60	83	2	1165	35	16	13	33	1.89
20891222--20892334	119	9.3	119	85	2	1198	35	16	13	33	1.89
20891228--20892334	179	6.2	179	83	3	1233	35	16	13	33	1.89
20903502--20903546	21	2.3	19	88	7	63	26	2	0	71	0.98
20912276--20912309	18	2.0	18	88	11	54	8	14	11	64	1.49
20913468--20913526	25	2.3	26	85	5	75	28	27	13	30	1.94
20913930--20913976	2	23.5	2	95	0	85	46	0	2	51	1.13
20914015--20914059	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
20913929--20914087	85	1.9	84	96	2	284	45	6	1	45	1.41
20917092--20917137	21	2.2	20	84	7	56	15	21	6	56	1.61
20917097--20917137	21	1.9	22	90	5	66	17	24	7	51	1.70
20923016--20923063	21	2.3	20	75	10	51	14	20	6	58	1.58
20927935--20927965	15	2.1	15	93	0	53	64	12	9	12	1.50
20928086--20928478	157	2.5	158	91	1	612	55	18	7	19	1.65
20928086--20928526	157	2.8	157	88	2	609	54	17	8	19	1.68
20931757--20931800	22	1.9	24	86	9	65	36	20	2	40	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20932766--20932863	38	2.5	39	91	4	155	22	41	16	19	1.90
20932979--20933010	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
20933844--20933882	20	2.0	20	89	0	60	33	7	28	30	1.85
20936514--20936695	66	2.8	66	90	0	292	21	17	24	36	1.95
20966916--20967079	56	3.0	56	79	8	185	30	14	20	34	1.92
20969508--20969552	6	7.5	6	79	0	54	17	26	0	55	1.42
20969510--20969552	18	2.4	18	92	0	68	18	25	0	55	1.42
20969546--20969605	30	2.0	30	86	0	84	13	30	5	51	1.62
20984060--20984142	42	2.0	42	90	0	130	21	32	22	22	1.98
20994602--20994645	19	2.4	19	88	3	63	63	0	0	36	0.95
20994602--20994645	9	4.8	9	81	15	54	63	0	0	36	0.95
21007339--21007589	74	3.4	74	81	4	276	44	17	17	21	1.87
21012055--21012094	13	3.1	13	82	13	55	67	0	32	0	0.91
21013372--21013485	57	2.0	56	98	1	219	44	3	8	42	1.52
21013371--21013459	2	45.0	2	74	6	56	44	2	6	44	1.42
21020080--21020114	17	2.1	17	88	0	52	31	17	37	14	1.89
21020473--21020648	73	2.4	74	87	6	243	41	17	19	21	1.90
21021125--21021155	11	2.8	11	100	0	62	29	9	35	25	1.88
21029390--21029427	19	2.0	19	94	0	67	28	0	28	42	1.56
21037461--21037498	19	2.0	19	94	0	67	28	0	28	42	1.56
21041454--21041720	68	3.9	68	83	1	320	35	17	8	38	1.80
21045647--21045737	21	4.3	21	88	1	128	26	3	18	51	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21045661--21045769	21	5.1	21	82	7	98	29	2	16	51	1.58
21045682--21045769	43	2.0	43	82	8	108	29	2	15	52	1.55
21051901--21051951	15	3.4	15	89	5	77	49	17	1	31	1.58
21052301--21052360	20	3.0	20	80	7	70	53	0	6	40	1.27
21054576--21054613	19	2.0	19	100	0	76	42	31	0	26	1.56
21059571--21059636	32	2.1	32	100	0	132	30	6	19	43	1.75
21062256--21062291	18	1.9	18	88	5	54	30	2	8	58	1.42
21070181--21070320	42	3.3	42	88	2	192	22	22	30	25	1.99
21070159--21070320	84	1.9	84	83	5	211	24	22	28	24	2.00
21077559--21077601	2	21.0	2	88	4	59	44	0	4	51	1.22
21077559--21077598	21	1.9	21	89	0	62	42	0	5	52	1.23
21087011--21087074	28	2.3	28	91	0	101	18	20	26	34	1.96
21094771--21094812	21	2.1	19	86	8	57	59	9	2	28	1.41
21096237--21096377	42	3.4	42	79	7	169	27	22	28	21	1.99
21103199--21103242	21	2.0	22	86	4	63	38	18	9	34	1.82
21106182--21106356	62	2.9	61	79	5	185	24	31	18	26	1.97
21107159--21107367	63	3.4	59	77	15	212	2	35	4	55	1.36
21107156--21107388	123	1.9	123	83	14	302	2	36	4	56	1.33
21107155--21107427	121	2.2	122	80	8	306	4	34	4	56	1.38
21111572--21111727	60	2.5	62	82	2	199	21	34	19	24	1.96
21111572--21111754	62	3.0	62	82	1	217	20	33	19	26	1.97
21112407--21112435	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21112822--21112900	23	3.3	24	72	18	65	0	26	1	72	0.93
21112820--21112904	34	2.5	34	81	11	93	0	27	1	71	0.93
21112948--21112972	13	1.9	13	100	0	50	20	0	0	80	0.72
21117999--21118075	40	2.0	40	86	2	111	23	16	23	36	1.94
21119562--21119594	11	3.0	11	90	0	57	69	0	0	30	0.88
21128954--21129011	24	2.4	23	77	8	71	58	6	5	29	1.46
21129822--21129993	90	1.9	90	84	2	231	45	16	11	26	1.82
21130081--21130117	19	1.9	19	94	0	65	48	0	29	21	1.50
21130460--21130490	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
21130909--21130952	20	2.2	20	87	0	61	29	2	22	45	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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