genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.24.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36364294

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7979006--7979043	19	2.0	19	100	0	76	26	0	31	42	1.56
7979394--7979436	21	2.0	22	86	13	63	62	6	18	11	1.50
7986430--7986470	21	1.9	22	85	5	57	51	2	24	21	1.60
7993867--7994022	77	2.0	76	91	1	249	39	7	19	33	1.80
8008660--8008711	21	2.5	21	83	0	77	32	23	28	15	1.95
8008888--8008998	37	3.0	37	85	0	150	21	36	12	29	1.91
8015070--8015275	73	2.8	72	77	5	207	23	20	17	38	1.93
8019384--8019422	11	3.5	11	89	0	60	46	17	5	30	1.70
8022799--8022871	30	2.5	29	95	2	128	60	1	0	38	1.06
8024283--8024318	17	2.2	17	90	5	56	38	8	2	50	1.47
8027702--8027726	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
8029402--8030163	63	11.9	63	74	9	379	34	13	15	35	1.87
8029552--8030163	63	9.7	63	77	4	464	34	13	16	36	1.88
8029459--8030163	126	5.5	125	75	8	512	34	13	15	36	1.87
8029569--8030153	253	2.3	251	81	5	647	34	13	16	36	1.88
8030535--8030601	16	4.0	15	78	18	53	76	4	2	16	1.08
8034359--8034408	21	2.4	21	89	0	73	20	20	26	34	1.96
8036891--8037082	64	3.0	62	83	8	235	30	14	22	32	1.93
8037774--8037833	21	2.9	21	87	0	84	35	21	15	28	1.93
8039560--8039607	19	2.5	19	93	0	87	25	10	12	52	1.71
8041444--8041536	39	2.3	40	87	1	125	32	24	19	23	1.98
8043347--8043468	2	61.0	2	81	0	64	40	7	9	42	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8043403--8043467	28	2.3	28	89	0	103	41	7	9	41	1.65
8043361--8043453	42	2.2	42	94	0	159	41	9	8	39	1.69
8043509--8043590	42	2.0	42	87	0	119	24	30	21	23	1.99
8055083--8055125	22	2.0	22	90	9	70	58	18	0	23	1.40
8059374--8059424	22	2.3	22	83	6	59	62	3	33	0	1.13
8059382--8059426	11	4.0	11	83	13	56	60	2	37	0	1.09
8066550--8066592	22	2.0	23	86	9	63	16	25	6	51	1.69
8066602--8066637	11	3.4	11	88	7	56	2	22	8	66	1.31
8071508--8071534	14	1.9	14	100	0	54	29	0	11	59	1.32
8073600--8073626	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
8075144--8075240	28	3.4	28	77	5	104	34	13	17	35	1.89
8078057--8078144	21	4.2	21	86	2	115	39	15	17	27	1.90
8078363--8078398	12	3.0	12	83	0	54	61	0	19	19	1.35
8086093--8086123	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
8086048--8086205	77	2.1	76	96	2	291	45	8	5	39	1.59
8086170--8086210	2	20.5	2	94	0	73	48	0	2	48	1.14
8089895--8089927	6	5.7	6	96	3	59	0	0	15	84	0.61
8091244--8091281	2	19.0	2	88	0	58	47	47	2	2	1.30
8092762--8092812	20	2.5	20	84	6	59	47	1	0	50	1.12
8094116--8094154	20	2.0	19	85	5	51	43	0	2	53	1.14
8097288--8097312	8	3.1	8	100	0	50	52	12	0	36	1.39
8097325--8097384	23	2.6	23	89	0	84	33	38	1	26	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8097381--8097512	43	3.1	43	81	4	142	19	34	19	26	1.96
8099705--8099760	28	2.0	28	83	10	71	37	25	14	23	1.92
8102381--8102411	15	2.0	16	93	6	55	22	0	19	58	1.40
8102449--8102482	5	6.8	5	89	0	50	35	0	26	38	1.57
8105127--8105191	4	15.2	4	81	12	60	67	0	32	0	0.91
8110754--8110786	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
8111395--8111427	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
8120518--8120560	20	2.2	20	83	8	52	23	4	6	65	1.37
8123707--8123750	22	2.0	22	95	4	81	40	22	15	20	1.90
8130359--8130483	42	3.0	42	83	6	164	21	21	32	24	1.98
8132835--8132873	20	2.0	20	94	0	69	30	12	23	33	1.92
8141197--8141245	22	2.2	23	81	3	55	63	12	4	20	1.45
8145687--8145730	23	1.9	23	90	0	70	4	27	20	47	1.69
8148805--8148829	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
8153082--8153122	21	1.9	22	90	5	66	17	24	7	51	1.70
8157038--8157081	20	2.2	21	88	8	65	20	27	15	36	1.93
8157953--8158049	38	2.5	38	85	6	115	19	16	42	21	1.89
8158437--8158478	21	2.0	21	90	0	66	35	16	26	21	1.94
8158438--8158551	60	1.9	60	89	7	178	28	20	20	31	1.97
8160729--8160772	22	2.0	22	86	0	61	38	20	9	31	1.84
8163046--8163092	21	2.2	22	88	3	69	12	21	8	57	1.62
8166422--8166550	42	3.0	42	85	5	172	25	33	16	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8170834--8170869	16	2.2	16	95	0	63	58	13	13	13	1.64
8170931--8171049	60	2.0	59	98	1	229	47	5	16	30	1.68
8171226--8171300	28	2.8	28	78	8	66	64	12	0	24	1.27
8171244--8171300	14	4.2	14	82	15	75	63	12	0	24	1.29
8171225--8171285	14	4.5	13	78	10	59	62	13	0	24	1.31
8173336--8173388	21	2.6	21	87	3	63	22	16	22	37	1.94
8173342--8173388	21	2.2	21	92	0	76	23	17	23	36	1.95
8177387--8177419	7	4.9	7	96	3	59	27	0	0	72	0.85
8180372--8180402	16	1.9	16	93	0	53	12	3	16	67	1.35
8182444--8182503	27	2.1	31	81	12	74	1	28	5	65	1.23
8192855--8192966	60	1.9	60	86	1	163	33	11	3	51	1.55
8193718--8193769	25	2.0	26	85	3	70	40	0	3	55	1.18
8193810--8193884	14	5.3	13	72	20	53	38	2	0	58	1.12
8195834--8195874	21	1.9	22	90	5	66	51	7	24	17	1.70
8195834--8195880	21	2.2	21	84	3	58	55	8	21	14	1.66
8196709--8196849	39	3.4	39	69	21	124	39	3	14	41	1.63
8196702--8196871	86	2.0	82	94	5	304	37	3	14	44	1.62
8207197--8207229	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
8211316--8211409	44	2.1	44	100	0	188	41	10	31	15	1.82
8214750--8214944	73	2.7	73	81	5	216	22	20	20	36	1.95
8215661--8215708	22	2.2	22	92	0	78	52	22	6	18	1.68
8215675--8215708	11	3.1	11	82	0	50	50	23	5	20	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8219046--8219089	18	2.4	18	92	0	70	29	18	15	36	1.92
8226075--8226118	20	2.2	21	92	8	74	22	25	15	36	1.94
8227495--8227536	21	2.0	21	90	0	66	38	19	23	19	1.93
8229470--8229654	72	2.6	73	83	7	234	20	20	21	38	1.94
8238531--8238586	18	3.1	18	77	10	51	48	21	8	21	1.77
8238760--8238816	29	2.0	29	82	6	71	19	28	7	45	1.76
8239306--8239348	17	2.7	15	82	10	50	25	0	11	62	1.29
8241856--8241981	43	2.9	43	79	2	137	21	37	15	25	1.93
8242003--8242029	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
8245429--8245484	18	3.1	18	73	0	58	48	23	10	17	1.79
8245807--8245853	17	2.7	18	80	9	62	74	4	10	10	1.20
8252473--8252511	20	2.0	20	100	0	78	66	5	2	25	1.25
8253372--8253601	61	3.8	61	86	0	298	25	29	18	26	1.98
8254783--8254828	23	2.0	24	82	4	58	58	6	28	6	1.48
8256878--8256953	8	9.5	8	86	0	89	42	5	2	50	1.39
8256878--8256953	6	12.7	6	81	0	89	42	5	2	50	1.39
8256878--8256953	14	5.4	14	85	0	89	42	5	2	50	1.39
8256878--8256954	22	3.6	22	87	5	104	41	6	2	49	1.42
8256883--8256953	20	3.5	20	88	0	97	42	5	2	49	1.41
8257058--8257184	42	3.0	42	84	6	168	22	31	21	24	1.98
8267019--8267109	33	2.7	33	77	14	96	37	31	7	23	1.83
8267110--8267188	35	2.3	35	80	4	88	45	25	7	21	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8272512--8272670	84	1.9	84	84	0	210	22	30	18	28	1.97
8272514--8272700	42	4.4	43	77	5	159	23	30	18	27	1.97
8272527--8272701	84	2.1	84	81	2	199	24	29	18	28	1.98
8275629--8275730	43	2.4	43	93	3	170	27	17	34	20	1.95
8280420--8280488	35	2.0	35	82	0	84	46	23	15	14	1.83
8280444--8280511	35	1.9	35	87	0	100	42	20	19	17	1.89
8280771--8280877	29	3.7	29	75	6	83	16	27	7	48	1.73
8281561--8281611	20	2.5	20	87	9	77	29	3	0	66	1.09
8281561--8281615	21	2.8	20	83	8	76	30	3	0	65	1.10
8286145--8286206	29	2.1	29	90	0	97	20	14	12	51	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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