genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36364294

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19197681--19197712	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
19199835--19199962	35	3.7	35	79	8	145	25	10	34	28	1.90
19199803--19199962	69	2.3	70	84	7	209	26	10	34	28	1.90
19213193--19213259	22	3.0	22	86	4	89	29	10	22	37	1.88
19214914--19214958	14	3.1	15	84	12	58	22	0	0	77	0.76
19216533--19216562	13	2.3	13	94	0	51	0	16	0	83	0.65
19216534--19216567	13	2.8	12	86	8	50	2	14	0	82	0.79
19220189--19220253	34	1.9	34	93	0	112	40	16	24	18	1.91
19224059--19224153	38	2.4	38	81	10	104	22	38	17	21	1.93
19225768--19225821	25	2.2	25	83	6	65	40	9	31	18	1.82
19227042--19227146	54	1.9	54	94	0	183	18	13	44	23	1.85
19238375--19238429	18	3.2	16	76	16	56	34	7	9	49	1.62
19239711--19239751	21	1.9	22	95	5	75	53	7	21	17	1.67
19239710--19239757	21	2.2	21	85	3	69	60	6	18	14	1.55
19243856--19243929	35	2.1	36	87	2	105	31	17	22	28	1.97
19251103--19251166	32	2.1	32	82	5	78	50	4	18	26	1.67
19251955--19251995	15	2.5	17	75	25	52	46	0	9	43	1.36
19251951--19252055	55	1.9	54	94	1	183	40	3	10	45	1.57
19255151--19255203	28	1.9	27	88	3	79	28	22	18	30	1.98
19255248--19255293	20	2.3	20	88	7	67	45	17	4	32	1.68
19256227--19256315	34	2.6	34	92	0	142	30	12	21	35	1.90
19256227--19256335	34	3.2	34	88	0	137	30	10	22	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19256462--19256507	6	7.8	6	78	11	51	76	0	21	2	0.90
19256463--19256499	16	2.5	15	87	12	58	78	0	21	0	0.75
19256499--19256561	25	2.5	25	84	0	81	50	11	20	17	1.76
19269236--19269389	71	2.2	71	88	4	222	32	29	16	22	1.95
19270238--19270455	61	3.6	60	83	2	265	27	28	17	26	1.98
19288008--19288046	20	2.0	20	90	10	62	46	17	7	28	1.76
19290058--19290100	22	1.9	23	90	4	70	20	34	4	39	1.74
19290908--19291040	42	3.1	41	88	5	185	24	16	34	24	1.95
19291066--19291120	2	27.5	2	96	0	101	50	0	0	49	1.00
19291332--19291402	30	2.4	30	90	0	115	21	23	29	25	1.99
19293775--19293852	38	2.1	38	87	0	111	35	6	33	24	1.81
19304159--19304322	38	4.0	44	81	15	192	36	6	31	25	1.82
19304197--19304352	38	4.1	38	92	0	249	33	8	32	25	1.87
19305942--19305977	10	3.6	10	92	0	54	44	0	5	50	1.25
19308025--19308061	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
19308207--19308241	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
19319700--19319798	38	2.5	39	80	8	112	20	38	18	23	1.93
19323167--19323227	20	3.0	20	90	4	86	31	44	1	22	1.63
19327522--19327565	13	3.2	13	81	9	52	4	22	0	72	1.02
19327514--19327575	27	2.3	27	83	8	74	4	27	0	67	1.10
19327515--19327569	19	2.8	19	81	8	58	3	23	0	72	1.00
19331974--19332024	28	1.9	26	84	11	68	29	13	21	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19333621--19333647	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
19334799--19334951	35	4.4	34	80	3	137	36	31	8	23	1.85
19334828--19334963	35	3.9	34	80	6	148	33	33	10	22	1.88
19334818--19334964	69	2.1	69	88	6	235	36	32	9	21	1.86
19334888--19335107	91	2.4	92	82	8	277	38	31	9	20	1.84
19335297--19335337	18	2.2	19	91	4	66	0	26	7	65	1.18
19349779--19351228	172	8.5	172	82	4	1563	34	13	12	38	1.83
19349779--19351228	515	2.8	510	83	5	1706	34	13	12	38	1.83
19349779--19351228	687	2.1	687	83	3	1816	34	13	12	38	1.83
19360299--19360518	42	5.2	44	81	7	186	38	25	14	21	1.92
19363245--19363445	42	4.8	42	85	3	271	21	22	33	22	1.97
19365254--19365427	59	3.0	58	81	5	208	36	12	9	42	1.74
19365254--19365424	29	5.9	28	81	7	180	36	12	8	42	1.74
19370755--19370838	42	2.0	42	92	0	141	21	30	22	25	1.98
19378099--19378202	38	2.7	40	82	10	135	22	36	16	25	1.94
19378134--19378202	19	3.6	19	71	7	59	21	37	15	24	1.93
19380306--19380345	21	2.0	20	90	5	62	27	10	20	42	1.83
19384087--19384192	54	2.0	54	92	0	176	27	40	13	18	1.88
19387438--19387466	15	2.0	15	93	6	51	37	6	6	48	1.57
19392332--19392370	2	19.5	2	94	0	69	46	0	2	51	1.14
19392413--19392539	42	3.0	42	90	1	191	24	19	34	21	1.96
19394520--19394735	79	2.7	80	81	7	251	31	23	11	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19396816--19396934	43	2.8	43	89	2	177	21	21	37	19	1.94
19396826--19396947	43	2.8	43	88	2	174	22	18	39	18	1.92
19396933--19396995	20	3.2	20	90	2	101	25	3	41	30	1.71
19404688--19404849	43	3.8	43	91	1	245	22	20	37	19	1.95
19404848--19404910	20	3.2	19	88	2	90	25	4	41	28	1.75
19407507--19407554	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
19417556--19417647	34	2.7	33	80	5	112	22	15	30	31	1.95
19417963--19418014	18	2.9	18	80	2	70	80	0	13	5	0.88
19417971--19418013	9	4.8	9	88	0	59	81	0	11	6	0.87
19418046--19418094	25	2.0	25	88	8	73	46	14	22	16	1.82
19418055--19418105	25	2.0	25	84	3	66	50	13	19	15	1.77
19424214--19424239	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
19424639--19424729	34	2.7	35	84	3	123	23	13	28	35	1.92
19424823--19424895	34	2.1	35	82	5	87	42	15	21	20	1.89
19425054--19425114	10	5.9	10	88	3	77	75	1	16	6	1.09
19425041--19425101	5	12.4	5	84	5	72	77	0	19	3	0.91
19425133--19425181	25	2.0	25	88	8	73	46	14	22	16	1.82
19437560--19437638	40	2.0	40	92	0	131	18	22	24	34	1.97
19443123--19443160	19	2.0	20	94	5	69	23	34	15	26	1.95
19443494--19443680	74	2.5	73	86	7	254	42	17	17	22	1.89
19446842--19446876	17	2.1	17	89	10	54	22	0	0	77	0.78
19447047--19447168	34	3.5	34	80	8	111	31	36	7	25	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19447932--19447971	19	2.1	18	86	9	53	47	5	0	47	1.24
19452139--19452218	38	2.1	38	88	4	117	27	32	11	28	1.91
19452170--19452258	44	2.0	44	86	0	124	29	32	6	31	1.83
19455100--19455232	42	3.1	42	91	5	223	23	34	18	24	1.96
19459602--19459860	71	3.7	71	79	3	260	37	7	12	42	1.72
19459602--19459850	35	7.1	35	80	3	252	35	7	13	43	1.72
19461744--19461807	29	2.2	29	86	2	85	31	7	17	43	1.77
19475609--19475633	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
19480361--19480385	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
19487030--19487204	67	2.6	68	81	8	189	37	12	18	30	1.88
19491234--19491271	19	2.0	19	94	0	67	26	7	26	39	1.83
19492028--19492066	20	2.0	20	84	0	51	28	30	5	35	1.79
19503647--19503752	55	1.9	55	94	0	185	27	38	15	18	1.91
19505715--19505748	11	3.2	11	87	4	52	0	14	2	82	0.79
19509242--19509284	22	2.0	22	95	0	77	39	16	9	34	1.80
19510502--19510528	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
19511199--19511322	42	3.0	42	89	0	176	25	22	29	22	1.99
19511608--19511779	60	2.9	61	76	7	181	28	22	16	33	1.95
19517270--19517313	2	22.5	2	95	4	81	47	0	0	52	1.00
19520955--19521037	42	2.0	42	90	0	130	21	34	22	20	1.96
19530438--19530516	40	2.0	40	92	5	133	18	17	5	58	1.57
19531105--19531204	51	2.0	50	94	2	166	23	33	0	43	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19532184--19532223	20	2.0	21	90	5	64	70	7	2	20	1.24
19532220--19532262	16	2.7	16	82	10	52	62	11	0	25	1.29
19543466--19543514	26	1.9	26	87	4	73	40	22	6	30	1.78
19552113--19552161	20	2.5	19	80	12	55	24	0	4	71	1.03
19554031--19554144	56	2.0	56	87	0	165	28	16	21	33	1.95
19554038--19554144	28	3.8	28	79	4	117	28	16	23	30	1.96
19554165--19554228	33	1.9	34	87	6	96	29	12	25	32	1.92
19580333--19580428	40	2.5	40	79	6	108	20	13	42	22	1.87
19580781--19580899	60	2.0	60	81	6	143	30	18	21	29	1.97
19581449--19581568	63	1.9	62	98	0	222	20	25	20	32	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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