genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.25.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36364294

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   

This is table  25  of  91  ( 10898 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8286278--8289771	251	14.0	251	98	0	6615	33	8	14	43	1.76
8286278--8289771	500	7.0	501	98	0	6632	33	8	14	43	1.76
8290807--8290949	72	2.0	72	91	0	232	41	20	17	19	1.90
8291368--8291432	29	2.2	29	86	0	85	24	12	29	33	1.92
8291484--8291611	51	2.5	51	86	3	161	31	14	20	34	1.92
8294422--8294481	30	2.1	29	81	6	68	30	8	23	38	1.84
8298035--8298137	38	2.6	40	84	3	138	22	39	17	20	1.92
8300190--8300326	50	2.7	50	98	0	265	51	13	9	25	1.72
8302274--8302300	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
8308766--8308806	22	1.9	21	85	5	55	51	4	17	26	1.65
8308908--8308966	26	2.3	26	79	5	66	66	3	28	1	1.18
8334158--8334216	26	2.3	26	79	5	66	66	3	28	1	1.18
8350955--8351089	37	3.6	37	92	2	218	23	36	9	30	1.87
8353590--8353639	25	2.0	26	84	7	68	14	30	16	40	1.87
8353763--8353931	89	2.0	88	89	4	256	22	28	7	40	1.82
8353959--8354039	34	2.3	35	83	6	103	35	28	8	27	1.86
8357327--8357366	20	2.0	20	95	0	71	37	10	37	15	1.80
8360180--8360219	22	1.9	20	85	10	53	27	27	7	37	1.84
8363642--8363792	75	2.0	75	100	0	302	47	7	9	35	1.65
8367191--8367224	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
8369620--8369987	180	2.1	179	81	6	424	35	17	13	33	1.89
8371246--8371365	58	2.1	57	90	1	186	35	9	17	37	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8393445--8393491	22	2.1	22	96	0	85	8	42	12	36	1.74
8393844--8393909	33	2.0	32	82	2	78	28	27	10	33	1.90
8398363--8398431	35	2.0	35	85	0	93	34	20	10	34	1.86
8405589--8405730	42	3.4	42	85	5	189	23	22	30	23	1.99
8415154--8415267	43	2.7	43	83	2	140	22	19	38	19	1.93
8415273--8415328	23	2.4	23	90	0	94	25	5	41	28	1.77
8419213--8419283	35	2.0	35	83	5	90	29	26	14	29	1.95
8421483--8421547	21	3.4	21	70	24	70	29	20	23	27	1.98
8421478--8421552	36	2.1	36	97	0	141	30	21	21	26	1.98
8425575--8425604	15	2.0	15	93	0	51	23	0	13	63	1.29
8425600--8425651	21	2.5	21	81	12	63	25	3	9	61	1.44
8430637--8430678	15	2.9	14	79	6	57	7	19	0	73	1.05
8441788--8441948	55	2.9	55	83	0	214	24	14	33	27	1.94
8446268--8446300	2	16.5	2	100	0	66	51	48	0	0	1.00
8446300--8446328	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
8446378--8446570	37	5.2	37	89	3	291	25	35	10	29	1.89
8447380--8447420	21	2.0	21	85	4	57	41	9	34	14	1.79
8456248--8456413	43	3.9	43	87	1	217	24	17	36	21	1.94
8456399--8456461	20	3.2	20	90	2	101	25	3	41	30	1.71
8466502--8466540	19	2.1	18	95	4	69	51	0	5	43	1.24
8467004--8467035	5	6.4	5	92	0	55	3	18	0	78	0.89
8467434--8467647	107	2.0	107	99	0	412	31	5	14	47	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8471258--8471295	19	2.0	19	100	0	76	26	0	31	42	1.56
8472529--8472553	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
8473492--8473530	18	2.2	18	86	4	53	33	5	2	58	1.33
8481249--8481301	27	2.0	27	100	0	106	30	33	7	28	1.85
8493339--8493378	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
8493378--8493417	2	20.0	2	100	0	80	0	0	50	50	1.00
8497369--8497407	20	1.9	21	84	5	53	64	7	15	12	1.49
8503603--8503648	19	2.4	20	82	10	60	54	0	2	43	1.12
8505462--8505486	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
8510218--8510258	2	20.5	2	94	0	73	48	2	0	48	1.14
8511672--8511762	45	2.0	45	86	2	128	37	24	1	37	1.63
8527173--8527461	144	2.0	145	80	7	320	34	14	15	35	1.89
8530724--8530762	20	1.9	21	84	5	53	23	2	0	74	0.94
8540066--8540120	2	27.5	2	88	0	83	56	0	43	0	0.99
8545796--8545863	27	2.5	28	87	2	93	42	14	11	30	1.82
8545546--8545852	154	2.0	154	83	4	379	42	11	14	30	1.82
8545679--8545907	126	1.8	125	85	0	323	42	11	13	31	1.80
8545671--8545950	126	2.2	124	80	3	301	42	12	13	31	1.82
8546076--8546105	15	2.0	15	93	0	51	20	23	20	36	1.95
8546012--8546176	86	1.9	86	87	2	242	33	15	18	32	1.92
8547803--8547848	15	3.1	15	74	0	56	54	6	13	26	1.62
8557539--8557616	31	2.5	31	87	0	111	34	21	17	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8557796--8557863	24	2.7	25	86	4	93	25	27	22	25	1.99
8558529--8558587	23	2.6	23	86	0	73	27	28	13	30	1.94
8558529--8558609	23	3.5	23	81	0	63	25	27	13	33	1.94
8558646--8558833	23	8.4	23	68	12	113	21	30	14	32	1.94
8558860--8558903	23	1.9	23	90	0	70	25	38	9	27	1.86
8558829--8558987	81	2.0	81	85	0	219	26	32	11	30	1.91
8558943--8559073	23	5.7	23	71	3	102	24	32	12	31	1.92
8558965--8559073	46	2.4	46	92	0	182	24	31	12	31	1.93
8559848--8559910	20	3.2	20	81	2	83	31	41	1	25	1.65
8559896--8560069	43	4.1	43	85	5	219	22	37	18	21	1.94
8580478--8580619	49	2.9	49	88	5	200	23	33	14	28	1.94
8601662--8601776	37	3.1	37	87	5	160	26	35	9	27	1.88
8604144--8604183	19	2.1	19	85	0	53	70	25	5	0	1.08
8615398--8615545	43	3.4	43	84	5	183	27	20	29	22	1.98
8615398--8615565	43	3.9	42	80	10	180	26	19	30	22	1.98
8618565--8618610	19	2.4	19	81	3	56	2	30	0	67	1.03
8620552--8620586	19	1.9	19	88	11	56	25	17	5	51	1.67
8626016--8626060	21	2.2	20	88	4	63	0	42	0	57	0.98
8626024--8626089	26	2.5	26	83	9	73	3	33	0	63	1.10
8630500--8630651	55	2.8	55	82	0	169	28	33	13	24	1.93
8636453--8636562	37	3.0	37	89	0	166	21	38	11	28	1.89
8642018--8642055	20	1.9	19	89	5	58	42	0	15	42	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8651293--8651370	35	2.2	35	90	0	120	23	7	28	41	1.82
8651585--8651635	15	3.0	19	81	16	51	68	0	31	0	0.90
8651611--8651639	15	1.9	15	100	0	58	82	0	17	0	0.66
8651601--8651641	20	2.0	20	90	9	66	80	0	19	0	0.71
8655509--8655546	20	1.9	19	89	5	58	42	0	15	42	1.47
8661326--8661387	2	31.0	2	100	0	124	50	0	0	50	1.00
8661471--8661523	2	26.5	2	100	0	106	49	0	0	50	1.00
8668697--8668776	35	2.3	35	86	4	117	36	28	10	25	1.88
8676531--8676572	21	2.0	21	90	0	66	33	23	16	26	1.96
8692514--8692602	42	2.1	42	89	0	133	21	26	32	19	1.97
8697161--8697228	34	2.0	35	85	8	95	25	11	27	35	1.91
8697947--8697976	15	2.0	15	93	0	51	50	6	30	13	1.67
8701793--8701847	24	2.3	24	84	6	67	70	5	7	16	1.28
8707201--8707265	32	2.0	32	96	0	121	50	15	13	20	1.77
8716477--8716560	33	2.5	33	90	0	132	35	20	9	34	1.85
8717069--8717096	13	2.2	13	100	0	56	14	7	0	78	0.95
8720729--8720759	2	15.5	2	93	0	53	48	0	3	48	1.17
8721813--8721842	2	15.5	2	93	6	53	53	0	0	46	1.00
8722342--8722377	13	2.8	13	95	0	63	69	5	0	25	1.10
8726081--8726113	17	1.9	17	100	0	66	39	12	24	24	1.89
8732677--8732810	43	3.1	43	89	0	205	26	17	35	20	1.95
8737153--8737195	21	2.0	21	100	0	86	27	9	34	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8742059--8742089	3	10.7	3	93	6	55	0	29	0	70	0.87
8742854--8742978	42	3.0	42	81	0	142	27	19	32	21	1.97
8743998--8744031	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
8755708--8755746	14	2.9	14	88	3	53	66	5	5	23	1.32
8759976--8760056	21	3.9	22	78	12	64	46	16	6	30	1.71
8760004--8760063	20	3.0	21	83	11	72	45	18	6	30	1.75
8760168--8760215	21	2.3	21	78	7	53	47	16	10	25	1.78
8760910--8760948	19	2.1	19	95	0	69	20	17	15	46	1.84
8763691--8763731	22	1.9	22	85	5	57	26	17	4	51	1.65
8766566--8766625	28	2.1	30	84	6	79	40	21	6	31	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91