genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.67.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36364294

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24124126--24124180	24	2.3	24	93	3	94	32	27	12	27	1.93
24124793--24124831	16	2.4	16	87	8	53	20	2	0	76	0.90
24127055--24127098	12	3.7	12	81	0	52	20	27	4	47	1.69
24127806--24127867	27	2.3	27	86	2	90	25	0	12	61	1.32
24133953--24134197	37	6.5	37	85	5	330	40	22	16	20	1.91
24133953--24134197	76	3.3	73	87	5	330	40	22	16	20	1.91
24133953--24134194	113	2.1	113	88	3	353	40	22	16	20	1.91
24146612--24146648	16	2.3	17	86	9	51	40	5	13	40	1.67
24146677--24146727	17	3.1	17	77	8	52	27	0	1	70	0.98
24147498--24147542	7	6.1	7	80	10	54	20	0	2	77	0.87
24147487--24147535	25	1.9	25	87	4	71	20	2	2	75	1.00
24147480--24147542	8	7.9	8	73	16	51	20	3	1	74	1.04
24147480--24147566	22	3.7	22	77	11	75	27	2	1	68	1.08
24147480--24147542	15	3.9	15	72	13	54	20	3	1	74	1.04
24147526--24147573	21	2.4	21	83	16	66	35	0	0	64	0.94
24147477--24147555	33	2.4	32	75	10	79	26	2	1	69	1.09
24147502--24147568	22	3.0	22	84	4	82	31	0	1	67	1.00
24148674--24148721	16	2.9	16	76	14	53	20	4	4	70	1.21
24150035--24150105	23	3.0	23	78	15	74	43	8	12	35	1.73
24151921--24152033	36	3.1	36	89	0	172	30	14	30	24	1.94
24153671--24153743	34	2.1	34	84	0	92	36	24	12	26	1.91
24154275--24154320	23	2.0	23	91	0	74	43	4	15	36	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24162667--24162759	32	2.9	32	72	19	86	35	2	0	61	1.08
24162731--24162788	26	2.1	26	81	9	62	39	0	0	60	0.97
24162966--24163000	17	2.1	17	88	0	52	37	0	0	62	0.95
24164681--24164722	15	2.6	16	88	7	59	30	4	0	64	1.14
24166170--24166240	36	2.0	34	91	5	115	9	1	5	83	0.87
24166170--24166240	8	8.5	8	76	10	63	9	1	5	83	0.87
24166718--24167563	61	13.8	59	73	12	417	29	17	16	36	1.92
24166906--24167568	240	2.8	235	79	9	610	29	18	15	36	1.92
24166909--24167563	363	1.8	363	86	2	956	29	18	16	36	1.92
24166885--24167570	123	5.7	122	77	9	636	29	18	15	36	1.92
24173086--24173488	181	2.2	182	92	1	666	10	33	31	24	1.89
24181044--24181145	52	2.0	51	90	1	159	29	24	11	34	1.91
24183319--24183394	40	1.9	40	88	0	116	27	9	18	44	1.80
24197722--24198245	215	2.4	218	84	5	640	40	8	5	45	1.58
24200681--24200705	13	1.9	13	100	0	50	40	40	0	20	1.52
24203920--24203973	25	2.2	25	86	6	74	37	3	11	48	1.57
24208835--24208895	31	2.0	31	86	0	86	24	31	6	37	1.81
24209388--24209417	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
24221258--24221393	16	8.1	17	67	21	74	66	0	2	30	1.08
24221250--24221388	27	5.0	27	72	15	99	67	0	2	29	1.07
24221252--24221388	55	2.5	54	80	5	159	67	0	2	29	1.08
24221257--24221318	17	3.8	16	76	20	65	67	0	1	30	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24221251--24221388	13	10.1	13	67	25	63	67	0	2	29	1.08
24222182--24222222	21	1.9	22	85	5	57	26	9	36	26	1.88
24222777--24222815	20	1.9	20	89	5	60	20	10	33	35	1.86
24224832--24224919	45	2.0	45	81	4	106	34	18	22	25	1.96
24226437--24226497	26	2.4	26	81	10	72	22	14	6	55	1.62
24228326--24228397	22	3.3	22	67	7	56	40	20	11	27	1.87
24236959--24237004	18	2.6	18	100	0	92	32	15	17	34	1.91
24241723--24241767	19	2.5	18	82	7	56	55	4	0	40	1.20
24255835--24255866	11	2.9	11	90	0	55	40	0	0	59	0.97
24255863--24255936	34	2.2	34	95	2	132	27	17	4	51	1.63
24259765--24259800	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
24260217--24260275	31	2.0	31	83	6	77	45	10	0	44	1.37
24266758--24267048	16	17.9	16	82	6	291	3	31	24	39	1.72
24266756--24267051	32	9.1	32	84	6	391	3	32	24	39	1.72
24266756--24267051	48	6.1	48	80	7	328	3	32	24	39	1.72
24267290--24267330	19	2.2	18	86	4	55	14	0	0	85	0.60
24267287--24267328	22	2.0	21	85	4	57	14	0	0	85	0.59
24267283--24267331	6	7.4	7	80	15	52	12	0	0	87	0.54
24271306--24271392	2	45.0	2	81	6	99	45	3	2	47	1.32
24271294--24271402	55	2.0	54	96	3	193	44	5	3	45	1.44
24283142--24283205	28	2.2	29	83	2	76	28	7	20	43	1.79
24283142--24283205	29	2.2	28	83	2	74	28	7	20	43	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24283700--24283724	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
24286669--24286733	33	2.0	33	93	0	112	41	10	18	29	1.84
24287313--24287375	20	2.8	22	75	24	69	68	6	1	23	1.22
24287323--24287422	20	5.0	21	75	14	77	72	3	1	24	1.05
24287537--24287888	175	2.0	176	91	1	564	34	8	41	15	1.77
24288404--24288457	28	2.0	27	88	3	81	29	16	24	29	1.97
24290636--24290686	2	25.5	2	95	0	93	50	1	0	47	1.12
24294616--24294660	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
24297708--24297770	20	3.2	20	90	2	101	30	41	3	25	1.71
24297769--24297887	43	2.8	43	89	2	168	19	37	21	21	1.94
24311193--24311243	23	2.2	23	85	0	66	25	7	39	27	1.83
24311216--24311592	47	8.1	47	79	1	380	27	17	30	24	1.97
24311402--24311527	23	5.4	23	60	7	65	24	19	32	23	1.97
24312290--24312644	31	11.5	31	88	1	489	28	15	19	37	1.92
24312537--24312583	15	3.0	16	70	17	53	29	17	17	36	1.92
24312525--24312577	16	3.4	16	72	15	56	28	15	20	35	1.93
24314040--24314370	145	2.3	145	83	1	403	29	20	19	30	1.97
24316464--24316500	19	1.9	19	100	0	74	27	0	29	43	1.55
24319166--24319447	117	2.4	117	88	1	431	26	30	19	23	1.98
24323318--24323395	31	2.5	31	82	0	111	38	19	14	28	1.90
24323814--24323855	9	4.7	9	81	0	57	35	2	38	23	1.68
24323742--24323846	54	1.9	54	82	0	129	34	12	28	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24324206--24324289	2	43.5	2	83	7	84	53	1	3	40	1.26
24325084--24325151	33	2.1	33	100	0	136	29	8	11	50	1.69
24337115--24337160	20	2.4	18	85	7	56	41	10	17	30	1.84
24342740--24342985	122	2.0	122	95	0	447	26	10	19	43	1.83
24349220--24349275	29	1.9	29	82	13	71	23	5	10	60	1.50
24349228--24349286	29	2.0	29	80	6	66	22	5	10	62	1.46
24352221--24352278	2	28.5	2	85	3	80	46	3	1	48	1.29
24361594--24361619	6	4.3	6	100	0	52	34	15	50	0	1.45
24368460--24368505	3	15.7	3	90	4	76	65	0	2	32	1.05
24370523--24370553	16	1.9	16	93	0	53	9	22	0	67	1.19
24380529--24380555	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
24390546--24390600	14	4.0	14	73	20	53	54	0	0	45	0.99
24390551--24390608	22	2.9	19	85	12	64	55	0	0	44	0.99
24390654--24390728	27	2.7	29	81	8	100	56	2	0	41	1.13
24391349--24391378	8	3.8	8	95	0	51	50	6	0	43	1.28
24402834--24402935	26	4.0	26	72	21	90	47	0	0	51	1.07
24402877--24402941	25	2.6	25	85	4	78	43	0	3	53	1.16
24403732--24403772	15	2.7	15	82	17	50	80	0	14	4	0.87
24404589--24404649	31	2.0	29	87	6	86	37	13	3	45	1.59
24407574--24407714	71	2.0	71	95	0	255	31	17	21	30	1.96
24407831--24407870	19	2.1	19	85	0	53	42	5	12	40	1.64
24416009--24416092	40	2.1	40	84	0	105	44	17	8	29	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24421437--24421478	20	2.1	20	100	0	84	33	9	4	52	1.55
24429039--24429100	28	2.3	26	86	5	79	51	12	27	8	1.68
24429284--24429339	14	4.2	13	76	17	53	3	12	3	80	0.97
24438144--24438185	22	2.0	20	86	9	57	0	21	4	73	1.01
24457777--24457825	21	2.3	20	83	10	62	69	4	14	12	1.33
24461194--24461315	65	1.9	65	91	3	203	36	13	13	36	1.85
24462592--24462627	17	2.0	19	89	10	58	27	0	5	66	1.13
24468759--24468800	20	2.2	20	86	4	59	69	7	0	23	1.13
24484846--24484883	20	1.9	20	88	0	58	31	26	15	26	1.96
24490681--24490755	32	2.3	32	90	0	114	34	14	12	38	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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