genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36364294

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2070344--2070390	21	2.3	21	89	10	71	42	21	4	31	1.72
2081868--2081926	24	2.5	24	85	0	82	38	25	11	23	1.89
2081935--2081992	24	2.4	24	85	0	71	43	18	12	25	1.85
2081876--2082035	69	2.3	69	82	0	185	38	18	15	27	1.91
2081959--2082131	45	3.8	45	78	6	197	34	18	17	29	1.94
2082056--2082258	69	2.9	68	90	2	298	37	20	14	27	1.91
2081899--2082198	159	1.9	159	88	0	456	36	19	16	28	1.93
2082094--2082221	24	5.5	24	79	9	138	39	21	14	25	1.91
2081890--2082308	114	3.7	113	73	6	364	35	18	16	28	1.93
2081876--2082328	228	2.0	228	88	2	669	36	18	16	28	1.93
2082187--2082328	45	3.2	45	81	2	133	35	18	16	29	1.93
2082231--2082334	45	2.3	45	84	0	136	33	18	16	31	1.93
2082341--2082419	29	2.7	29	88	0	122	43	11	12	32	1.79
2082371--2082426	29	1.9	29	85	0	76	48	14	7	30	1.70
2090136--2090235	49	2.0	49	96	0	182	25	24	13	38	1.91
2090772--2090821	12	3.8	12	80	19	55	64	0	2	34	1.05
2090767--2090845	42	1.9	43	82	7	101	59	1	2	36	1.19
2090767--2090821	14	4.1	13	77	15	58	65	0	1	32	1.03
2091718--2092033	155	2.0	156	93	0	535	43	9	13	33	1.76
2092160--2092223	22	2.8	22	81	13	67	39	0	0	60	0.97
2092175--2092236	24	2.6	22	80	14	63	37	0	0	62	0.95
2096127--2096176	3	17.3	3	76	15	52	38	0	0	62	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2096128--2096181	27	2.1	27	86	10	78	37	0	0	62	0.95
2098889--2098931	11	4.0	10	82	11	50	30	0	2	67	1.03
2098978--2099015	17	2.2	18	85	4	51	47	0	0	52	1.00
2099064--2099118	18	3.1	18	65	19	51	23	16	1	58	1.48
2102645--2102712	23	2.9	24	79	14	79	57	1	0	41	1.08
2102746--2102826	26	3.1	25	78	15	74	53	1	0	45	1.08
2102761--2102822	16	4.3	15	70	17	51	54	1	0	43	1.09
2102745--2102849	42	2.5	42	86	4	133	53	1	0	44	1.11
2102791--2102849	22	2.9	19	72	18	57	52	1	0	45	1.10
2103033--2103216	27	6.7	27	72	14	110	59	2	0	38	1.14
2102962--2103091	68	1.9	69	80	4	156	53	1	3	41	1.25
2103014--2103212	110	1.8	111	85	5	287	58	2	1	38	1.19
2103060--2103147	19	4.6	20	69	20	55	62	2	0	35	1.08
2106476--2106518	11	4.0	10	80	14	50	27	0	2	69	1.00
2107641--2107689	21	2.3	21	82	6	55	59	0	0	40	0.98
2108162--2108226	24	2.8	22	73	11	67	41	0	0	58	0.98
2108475--2108505	9	3.3	9	91	8	53	22	0	9	67	1.19
2108475--2108504	10	3.1	10	95	4	53	20	0	10	70	1.16
2127770--2127794	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2129469--2129497	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2134457--2134485	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
2137984--2138026	20	2.2	20	87	4	61	44	6	6	41	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2138752--2138796	24	2.0	23	83	16	58	13	6	8	71	1.31
2141932--2142020	2	44.5	2	87	8	128	49	0	1	48	1.08
2146081--2146109	6	5.0	6	91	8	51	51	0	0	48	1.00
2148521--2148565	23	1.9	24	82	13	58	46	2	4	46	1.35
2148745--2148790	2	23.0	2	91	8	76	50	0	2	47	1.13
2150170--2150194	8	3.1	8	100	0	50	60	0	0	40	0.97
2151174--2151225	8	6.5	8	80	6	52	80	0	17	1	0.80
2151171--2151220	10	4.7	11	76	13	52	78	0	20	2	0.86
2158270--2158315	23	2.0	24	86	4	67	47	13	4	34	1.62
2160440--2160468	14	2.1	14	100	0	58	41	0	0	58	0.98
2160675--2160718	15	2.9	15	79	0	52	6	47	29	15	1.72
2166276--2166314	2	19.5	2	89	0	60	48	2	0	48	1.15
2168224--2168256	3	11.0	3	100	0	66	0	66	0	33	0.92
2168605--2168658	3	18.0	3	88	0	63	1	38	1	57	1.20
2171928--2171958	16	2.0	15	93	6	53	48	0	0	51	1.00
2172983--2173060	31	2.6	31	80	13	76	53	2	7	35	1.43
2173005--2173060	29	1.9	29	85	7	78	57	1	8	32	1.40
2173969--2174015	17	3.0	16	81	12	62	61	0	0	38	0.96
2174071--2174123	26	2.1	25	89	10	81	54	0	3	39	1.18
2181630--2181686	22	2.6	23	75	8	64	22	1	0	75	0.90
2182393--2182465	28	2.6	28	91	0	119	6	46	8	38	1.60
2183859--2183894	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2184161--2184196	13	2.8	12	88	12	54	63	0	0	36	0.94
2184580--2184618	15	2.6	15	91	0	60	53	7	35	2	1.43
2185992--2186224	90	2.6	90	85	1	306	28	17	26	28	1.97
2186146--2186301	78	2.0	78	83	5	199	30	16	25	26	1.97
2187381--2187458	31	2.5	33	81	8	92	50	0	0	50	1.00
2187381--2187446	33	2.1	31	85	5	87	51	0	0	48	1.00
2187891--2187927	17	2.3	17	86	9	51	40	0	5	54	1.24
2199958--2199990	12	2.6	13	90	9	59	45	0	0	54	0.99
2209567--2209678	53	2.1	54	88	1	172	34	11	22	31	1.90
2210180--2210245	35	1.9	35	81	9	82	48	3	1	46	1.26
2210205--2211331	349	3.3	346	84	7	1449	42	6	6	44	1.56
2211565--2211589	6	4.2	6	100	0	50	16	0	48	36	1.46
2233539--2233609	34	2.1	34	94	0	124	42	9	9	38	1.71
2236079--2236139	16	3.8	15	78	18	61	47	0	1	50	1.10
2236090--2236167	26	3.0	26	78	9	79	46	0	0	53	1.00
2237405--2237444	21	2.0	21	85	5	55	20	7	7	65	1.43
2239441--2240191	252	3.0	252	90	1	1175	36	12	11	39	1.79
2239991--2240028	16	2.3	17	86	13	53	36	21	0	42	1.53
2240693--2240755	31	2.0	31	84	6	83	41	25	12	20	1.88
2240739--2240768	9	3.3	9	95	0	51	43	20	10	26	1.83
2245445--2245469	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
2253733--2253795	28	2.2	28	82	0	72	33	6	14	46	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2260527--2260571	22	2.0	23	86	4	65	71	0	8	20	1.12
2260539--2260674	30	4.7	29	76	12	95	69	0	5	23	1.15
2260540--2260643	27	3.8	27	77	11	88	70	0	6	22	1.17
2260544--2260631	13	6.5	13	73	18	63	69	1	7	21	1.21
2260617--2260663	17	2.9	16	81	9	60	74	0	0	25	0.82
2260611--2260673	14	4.8	13	81	11	67	73	0	1	25	0.93
2261883--2261923	20	2.0	20	85	0	55	26	0	0	73	0.84
2261882--2261948	31	2.2	30	86	7	91	28	2	0	68	1.04
2269574--2269643	35	2.0	36	86	8	99	61	7	0	31	1.23
2270650--2270925	89	3.1	89	85	5	362	23	15	37	23	1.93
2272544--2272579	17	2.1	17	94	0	63	52	0	0	47	1.00
2272838--2272891	26	2.1	26	86	6	74	35	14	14	35	1.88
2273008--2273040	11	3.0	11	86	13	50	27	18	18	36	1.94
2273036--2273068	13	2.5	13	95	5	57	45	18	6	30	1.73
2276334--2276379	23	2.0	23	91	0	74	54	28	10	6	1.60
2276335--2276385	23	2.2	23	85	3	66	56	23	9	9	1.61
2279623--2279657	4	8.5	4	96	3	61	74	0	25	0	0.82
2284484--2284516	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
2286543--2286578	17	2.1	18	89	5	56	58	8	2	30	1.42
2286658--2286694	19	1.9	19	89	10	58	10	16	0	72	1.10
2303400--2303858	229	2.0	228	87	1	659	39	9	18	32	1.83
2314894--2314942	23	2.1	24	81	11	57	67	6	0	26	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2314894--2314942	24	2.1	23	85	11	64	67	6	0	26	1.14
2325210--2325269	2	31.0	2	86	6	88	50	1	1	46	1.21
2325315--2325349	18	2.0	18	88	5	54	51	11	5	31	1.61
2327436--2327460	4	6.2	4	100	0	50	52	0	24	24	1.48
2328839--2328871	3	11.0	3	100	0	66	66	33	0	0	0.92
2332621--2332746	34	3.7	34	84	3	164	29	10	18	42	1.83
2332621--2332747	68	1.9	68	88	3	193	29	10	18	41	1.84
2335543--2335611	27	2.6	27	79	4	86	28	33	2	34	1.72
2349320--2349365	23	2.0	23	83	8	58	54	0	0	45	0.99
2351159--2351319	54	3.0	54	92	0	259	22	17	27	32	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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