genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36364294

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27479210--27479250	20	2.0	20	100	0	82	19	29	17	34	1.94
27482149--27482206	28	2.0	29	83	10	73	8	12	6	72	1.28
27493970--27494002	15	2.2	15	89	10	50	54	0	0	45	0.99
27493954--27493998	19	2.4	19	85	10	58	55	0	0	44	0.99
27497427--27497485	18	3.2	19	77	15	61	50	0	1	47	1.11
27497406--27497477	23	3.3	22	78	17	80	50	0	1	48	1.09
27497407--27497481	16	5.1	15	68	15	50	52	0	1	46	1.09
27514779--27514816	18	2.1	18	90	0	58	31	5	44	18	1.72
27528750--27528848	46	2.2	46	96	0	180	31	13	13	42	1.82
27531164--27531333	83	2.1	81	89	2	259	46	7	20	26	1.76
27561769--27561944	87	2.0	87	95	0	316	31	13	28	25	1.94
27574209--27574306	22	4.5	22	77	7	74	31	9	17	41	1.81
27574237--27574289	21	2.4	23	84	9	74	30	11	22	35	1.89
27574226--27574319	22	4.3	22	77	5	91	27	11	22	38	1.89
27574330--27574381	22	2.4	22	86	0	77	48	19	7	25	1.75
27574347--27574393	22	2.1	22	84	7	60	48	23	10	17	1.77
27578966--27578991	12	2.2	12	100	0	52	69	7	0	23	1.14
27579175--27579212	2	19.5	2	94	5	69	0	52	0	47	1.00
27595918--27595967	2	25.5	2	91	4	84	50	0	2	48	1.12
27614809--27614841	16	2.1	15	94	5	57	12	15	0	72	1.12
27615764--27615833	33	2.0	35	86	10	99	38	8	7	45	1.62
27615731--27615835	32	3.2	32	81	6	104	40	9	5	43	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27623632--27623663	16	2.0	16	100	0	64	18	0	56	25	1.42
27624337--27624463	67	1.9	67	80	6	150	22	25	22	28	1.99
27656056--27656095	15	2.7	15	92	0	62	40	2	17	40	1.63
27656325--27656379	26	2.1	27	86	3	76	29	0	3	67	1.08
27656297--27656461	33	5.0	32	70	22	110	31	0	2	65	1.10
27656297--27656465	66	2.6	65	79	9	175	30	0	2	66	1.09
27656348--27656471	18	6.8	19	71	17	86	30	0	0	67	1.02
27656381--27656474	24	3.9	24	72	18	79	29	1	1	68	1.04
27656417--27656472	6	9.0	6	75	14	51	25	0	1	73	0.93
27656430--27656480	19	2.7	18	85	8	66	27	0	0	72	0.85
27657209--27657248	20	2.0	20	100	0	80	30	15	0	55	1.41
27661336--27661361	6	4.3	6	100	0	52	19	15	50	15	1.79
27662690--27662722	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
27676650--27676707	29	2.0	29	100	0	116	51	20	10	17	1.74
27687337--27687386	25	1.9	26	84	8	66	60	14	10	16	1.59
27687860--27687924	33	2.0	33	96	0	121	29	21	33	15	1.94
27688760--27688807	10	5.2	10	78	19	59	45	6	0	47	1.27
27688760--27688807	18	2.7	18	96	0	87	45	6	0	47	1.27
27688975--27689019	16	2.8	17	77	16	60	62	0	0	37	0.96
27689703--27689736	16	2.1	16	88	0	50	38	2	5	52	1.41
27696263--27696315	2	26.5	2	85	14	74	50	1	1	45	1.23
27696263--27696317	21	2.6	21	81	18	78	50	1	1	45	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27701759--27701806	19	2.5	19	100	0	96	43	4	0	52	1.20
27730046--27730078	17	1.9	17	88	11	50	30	6	12	51	1.63
27731485--27731560	29	2.7	28	86	8	93	35	7	13	43	1.73
27731656--27731741	45	1.9	45	92	0	145	27	19	18	33	1.96
27731743--27731884	45	3.2	44	85	7	182	30	19	14	35	1.92
27731876--27731923	24	2.0	24	87	0	69	16	16	22	43	1.87
27731784--27732015	112	2.1	113	86	4	326	27	19	17	35	1.94
27731829--27731967	67	2.0	69	86	2	192	28	18	16	36	1.93
27731896--27732058	45	3.6	45	85	4	204	26	19	19	34	1.96
27731941--27732174	114	2.1	114	90	1	362	25	20	18	35	1.95
27731986--27732127	69	2.1	69	86	0	194	23	19	19	37	1.94
27731654--27732374	159	4.6	159	88	2	943	28	18	16	35	1.93
27732059--27732217	45	3.5	45	90	0	219	27	19	17	35	1.94
27732116--27732329	113	1.9	113	85	0	293	30	16	15	37	1.90
27732229--27732385	45	3.5	44	79	10	167	33	14	14	37	1.87
27733528--27733587	24	2.6	23	83	2	66	30	1	1	66	1.11
27733579--27733641	29	2.1	30	85	8	85	34	11	3	50	1.54
27757865--27757916	15	3.4	15	81	2	68	51	0	5	42	1.25
27758856--27758911	27	2.1	26	90	3	85	28	0	7	64	1.20
27758942--27758971	15	1.9	16	93	6	53	46	3	10	40	1.54
27758942--27758979	16	2.4	16	86	8	51	50	2	13	34	1.55
27759621--27759669	25	2.0	25	87	0	71	44	14	24	16	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27770340--27770370	16	2.0	16	93	6	55	45	0	0	54	0.99
27786655--27786714	27	2.1	29	87	6	88	38	0	3	58	1.15
27787085--27787143	26	2.3	26	79	5	75	38	1	0	59	1.08
27793737--27793800	33	1.9	33	84	6	85	37	15	6	40	1.73
27794217--27794290	28	2.5	28	84	6	94	67	5	0	27	1.12
27798925--27799110	55	3.4	54	77	5	194	12	9	33	44	1.76
27799180--27799261	31	2.6	31	76	3	85	25	17	21	35	1.95
27802728--27803035	31	10.0	31	79	1	314	40	21	17	21	1.92
27803611--27803652	23	2.0	21	86	13	59	47	4	14	33	1.65
27803694--27803759	14	4.5	14	83	7	69	45	4	12	37	1.62
27803709--27803756	16	3.1	16	84	6	71	47	4	12	35	1.60
27803709--27803760	15	3.5	15	82	15	63	50	3	11	34	1.57
27805234--27805561	62	5.3	62	83	3	331	40	18	19	20	1.91
27805231--27805561	31	10.6	31	71	8	226	40	18	19	20	1.91
27805908--27806403	156	3.2	155	85	2	645	28	19	18	33	1.96
27808052--27808235	31	5.9	31	85	1	253	36	21	18	23	1.95
27809326--27809482	47	3.3	47	76	5	165	20	32	19	28	1.97
27809373--27809450	23	3.3	23	70	19	63	19	32	19	29	1.96
27809303--27809480	94	1.9	93	87	3	259	21	31	18	28	1.97
27809298--27809504	94	2.2	93	83	2	254	22	32	17	27	1.96
27813916--27813950	2	18.0	2	88	5	54	0	48	0	51	1.00
27825432--27825465	17	2.0	17	88	0	50	26	14	5	52	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27826402--27826455	22	2.5	21	79	8	63	50	3	0	46	1.19
27834451--27834542	35	2.6	35	78	0	94	47	15	16	20	1.82
27834788--27834858	29	2.4	28	86	9	97	18	23	9	47	1.78
27836153--27836340	50	3.8	49	71	12	141	22	17	13	47	1.82
27836153--27836422	102	2.7	101	80	3	274	22	18	13	45	1.85
27840710--27840840	66	2.0	66	91	2	212	51	6	7	34	1.55
27840797--27840929	41	3.2	41	78	8	144	52	9	6	31	1.59
27841224--27841367	35	4.1	35	87	0	198	43	18	20	18	1.89
27841603--27841688	29	3.0	29	84	6	111	18	24	9	47	1.78
27845422--27845886	202	2.3	203	82	2	539	34	10	18	36	1.85
27847757--27848118	199	1.8	199	85	1	519	33	9	17	39	1.83
27848322--27848640	163	2.0	161	85	5	428	33	9	18	38	1.83
27848484--27849245	199	3.8	198	83	2	925	34	9	18	37	1.84
27848492--27849235	399	1.9	398	84	2	1019	34	9	18	37	1.84
27855619--27855698	30	2.7	30	88	0	115	32	7	8	51	1.61
27857248--27857272	4	6.2	4	100	0	50	76	0	24	0	0.80
27874218--27874314	30	3.3	29	72	16	85	37	5	1	56	1.28
27893948--27893981	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
27898969--27898994	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
27905278--27905328	26	2.0	25	96	0	84	11	45	3	37	1.60
27905311--27905366	2	28.0	2	100	0	112	0	50	0	50	1.00
27907564--27907589	6	4.3	6	100	0	52	0	0	50	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27909657--27909711	22	2.4	23	79	11	60	50	5	5	38	1.48
27910388--27910461	21	3.5	21	68	14	53	47	24	4	24	1.69
27910217--27910498	42	6.8	42	67	8	121	46	19	5	28	1.73
27922923--27923092	90	1.9	91	91	1	279	23	18	22	35	1.96
27925248--27925282	6	6.0	6	90	3	54	48	0	48	2	1.16
27928087--27928112	6	4.3	6	100	0	52	80	0	0	19	0.71
27929355--27929424	21	3.3	21	97	0	131	12	14	48	24	1.78
27937577--27937611	2	18.0	2	88	5	54	51	2	45	0	1.16
27944906--27944965	30	2.0	30	100	0	120	26	6	23	43	1.78
27947062--27947096	18	1.9	18	100	0	70	51	0	2	45	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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