genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36364294

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28778819--28778878	30	2.0	30	86	0	84	25	36	20	18	1.94
28784532--28784557	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
28803342--28803388	19	2.6	18	80	16	53	70	0	4	25	1.05
28804465--28804533	3	21.0	3	76	19	59	28	4	0	66	1.10
28804469--28804534	7	9.1	7	76	23	66	27	4	0	68	1.09
28804522--28804566	7	6.3	7	82	5	54	20	0	0	80	0.72
28804525--28804572	25	1.9	25	87	8	71	22	0	0	77	0.78
28804465--28804562	44	2.3	43	83	11	116	26	3	0	70	1.02
28804899--28805016	47	2.5	47	95	1	211	22	34	18	24	1.96
28806159--28806212	21	2.5	22	85	8	76	64	0	35	0	0.94
28806159--28806212	17	2.8	19	83	13	67	64	0	35	0	0.94
28806521--28806575	16	3.0	20	75	25	66	76	0	23	0	0.79
28806832--28806990	6	26.2	6	66	14	51	72	1	4	21	1.09
28806834--28806993	7	22.0	7	66	18	51	73	1	4	21	1.08
28806909--28806990	30	2.7	29	73	19	76	75	0	6	18	1.00
28806910--28806991	33	2.5	33	82	11	89	76	0	6	17	0.97
28807143--28807198	24	2.3	24	78	6	60	73	0	3	23	0.99
28819640--28819736	23	4.1	23	78	16	92	37	28	9	24	1.86
28819645--28819734	45	1.9	47	84	6	121	37	30	10	22	1.87
28819645--28820176	26	22.4	25	70	15	228	37	25	11	26	1.90
28819672--28819900	95	2.4	95	83	1	280	35	25	12	26	1.92
28819767--28820087	140	2.2	142	78	8	364	35	24	13	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28819644--28820133	235	2.1	235	91	0	793	36	25	11	26	1.90
28819907--28820198	95	3.1	94	84	4	347	36	24	11	27	1.90
28820191--28820253	21	3.0	22	83	6	76	44	19	9	26	1.81
28823449--28823508	18	3.3	18	95	2	102	63	0	1	35	1.05
28823741--28823765	11	2.3	11	100	0	50	84	0	16	0	0.63
28830631--28830663	14	2.3	15	89	5	50	45	33	9	12	1.73
28833018--28833088	22	3.2	22	73	21	60	61	1	0	36	1.05
28833015--28833120	27	4.1	26	74	15	78	60	1	0	37	1.08
28833049--28833168	41	2.9	40	80	9	109	55	0	0	43	1.11
28833068--28833135	15	4.8	15	74	17	56	57	1	0	41	1.08
28833075--28833159	26	3.4	24	78	15	75	52	1	1	44	1.16
28833103--28833167	15	4.6	15	71	21	59	50	0	1	47	1.10
28833530--28833593	23	2.8	22	79	11	67	39	0	1	59	1.07
28833530--28833580	23	2.2	24	86	6	70	35	0	1	62	1.06
28833576--28833624	15	3.3	14	78	21	55	38	0	2	59	1.09
28834549--28834598	2	25.5	2	95	4	93	52	0	0	48	1.00
28836771--28836833	2	33.0	2	84	9	87	53	0	0	46	1.00
28837957--28837990	7	4.9	7	86	13	52	82	0	0	17	0.67
28837957--28838017	21	2.9	21	85	9	72	77	0	0	22	0.78
28847306--28847380	2	38.0	2	92	7	127	49	0	0	49	1.01
28848215--28848251	2	18.5	2	89	10	58	51	2	0	45	1.15
28878630--28878687	30	2.0	30	83	6	75	58	1	6	32	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28896505--28896533	2	14.5	2	100	0	58	51	48	0	0	1.00
28902344--28902486	75	1.9	75	86	2	207	25	20	20	33	1.97
28909585--28909681	49	2.0	50	87	2	142	39	8	30	21	1.83
28930633--28930688	29	1.9	29	85	0	76	32	14	1	51	1.52
28930679--28930738	30	2.0	31	90	3	95	31	13	11	43	1.80
28948223--28948258	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
28950035--28950079	22	2.1	21	91	4	72	60	11	0	28	1.31
28980778--28980820	22	1.9	23	86	13	63	58	4	0	37	1.19
28986231--28986301	22	3.5	20	73	23	60	60	0	1	38	1.06
28986275--28986310	18	2.1	17	89	5	54	55	0	0	44	0.99
28986762--28986820	28	2.1	29	81	9	68	59	5	3	32	1.36
28987832--28987883	21	2.5	20	74	17	52	67	0	0	32	0.91
28987847--28987893	15	3.0	15	81	9	58	70	0	0	29	0.88
28987832--28987883	20	2.5	20	81	3	59	67	0	0	32	0.91
28987856--28987896	17	2.4	18	80	12	50	73	0	0	26	0.84
28988866--28989475	68	9.0	68	92	0	972	38	12	14	35	1.84
28990505--28990612	54	2.0	54	98	0	207	43	18	19	18	1.88
28998566--28998632	32	2.2	31	81	10	75	59	1	8	29	1.37
28999572--28999619	20	2.4	20	100	0	96	31	33	4	31	1.77
29004727--29004859	48	2.8	48	77	8	128	27	37	17	18	1.92
29020562--29020735	28	5.9	28	79	9	177	40	9	11	37	1.74
29020564--29020735	59	2.9	59	83	9	183	40	9	11	38	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29022624--29022669	24	1.9	24	86	8	67	23	28	4	43	1.73
29024009--29024066	22	2.7	22	76	12	66	20	6	22	50	1.72
29024077--29024161	23	3.7	23	87	0	89	32	25	15	25	1.95
29024147--29024227	22	3.6	22	75	3	72	37	27	12	23	1.90
29024147--29024202	23	2.5	22	85	2	67	35	28	12	23	1.91
29025379--29025427	2	25.0	2	95	4	91	48	0	0	51	1.00
29025902--29025953	21	2.3	23	81	15	65	5	5	21	67	1.33
29031111--29031148	19	2.0	20	89	5	60	31	0	0	68	0.90
29031110--29031152	22	2.0	21	86	4	59	32	0	0	67	0.91
29031505--29031568	22	2.9	21	81	9	74	32	6	9	51	1.59
29031648--29031727	22	3.6	22	78	6	81	36	31	11	21	1.88
29031648--29031749	45	2.3	45	82	3	116	37	26	10	25	1.89
29031734--29031794	22	2.8	22	85	5	70	47	16	6	29	1.72
29031753--29031804	22	2.4	22	86	0	68	53	19	5	21	1.65
29031931--29032004	35	2.2	35	85	4	98	37	16	8	37	1.78
29032975--29033023	25	2.0	25	100	0	98	24	30	16	28	1.96
29037766--29037900	48	2.8	48	78	6	139	26	37	17	19	1.93
29039285--29039311	4	6.8	4	100	0	54	51	22	0	25	1.48
29042254--29042296	22	2.0	22	81	9	52	51	2	4	41	1.35
29055744--29055773	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
29062723--29062755	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
29068523--29068584	20	3.0	20	73	13	54	50	1	1	46	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29068534--29068564	16	1.9	16	93	0	53	48	3	0	48	1.17
29068694--29068796	51	2.0	51	81	10	122	49	4	1	43	1.35
29068731--29068764	17	2.0	17	88	0	50	50	2	0	47	1.16
29068906--29068979	23	3.3	23	83	5	80	56	4	1	37	1.27
29068904--29068980	22	3.5	21	79	11	91	58	3	1	36	1.25
29068883--29069146	127	2.1	130	86	5	369	55	4	1	38	1.31
29069096--29069127	16	2.1	16	94	5	57	65	0	0	34	0.93
29071338--29071391	19	2.5	22	77	17	60	48	5	1	44	1.37
29071340--29071387	22	2.3	21	86	10	64	50	6	2	41	1.39
29072279--29072313	18	1.9	18	94	0	61	25	5	60	8	1.49
29081474--29081522	20	2.4	20	82	3	62	53	2	4	40	1.32
29081460--29081573	49	2.3	49	82	11	135	52	2	2	42	1.29
29081460--29081570	50	2.2	49	81	13	129	52	2	2	42	1.30
29090631--29090655	1	25.0	1	100	0	50	0	100	0	0	0.00
29092864--29092900	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
29094053--29094100	21	2.3	22	80	20	59	47	4	8	39	1.53
29094836--29094882	18	2.6	18	79	0	58	68	0	2	29	1.02
29115444--29115618	87	2.0	87	94	2	307	26	22	21	30	1.99
29124651--29124692	19	2.1	21	86	8	61	45	0	2	52	1.13
29140174--29140220	17	2.6	18	80	6	51	44	0	2	53	1.12
29147463--29147554	46	2.0	46	100	0	184	32	23	15	28	1.95
29153091--29153157	33	2.0	33	88	0	98	41	25	14	17	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29169666--29169702	15	2.4	16	86	13	60	56	0	35	8	1.29
29174616--29174642	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
29175445--29175494	20	2.6	19	81	6	55	68	0	0	32	0.90
29175502--29175536	16	2.1	17	89	5	54	20	2	0	77	0.90
29177502--29177562	28	2.2	28	81	0	68	47	6	6	39	1.55
29177664--29177696	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
29177873--29177921	17	2.7	18	78	6	55	40	14	6	38	1.71
29177913--29177993	40	2.0	41	87	2	119	43	16	3	37	1.65
29216953--29216987	15	2.3	15	90	0	52	57	14	28	0	1.38
29218602--29218692	32	2.8	32	84	5	110	38	9	8	42	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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