genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36364294

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25255886--25256579	346	2.0	345	92	0	1156	38	19	13	28	1.89
25277448--25277522	37	2.0	37	100	0	150	53	5	18	22	1.65
25279597--25279633	19	1.9	19	89	10	58	0	13	0	86	0.57
25289252--25289378	68	1.9	68	94	0	227	40	21	18	18	1.91
25293639--25293675	19	1.9	19	94	0	65	29	0	29	40	1.57
25296785--25296885	43	2.3	46	84	8	145	22	31	17	27	1.97
25296791--25296967	42	4.2	43	86	6	218	23	33	17	25	1.96
25296791--25296967	85	2.1	85	83	6	216	23	33	17	25	1.96
25304277--25304314	18	2.1	19	90	9	62	42	5	0	52	1.24
25304549--25304845	96	3.1	96	85	6	397	47	4	25	21	1.70
25307112--25307136	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
25308382--25308419	20	1.9	20	100	0	76	44	21	5	28	1.73
25313228--25313266	20	1.9	21	85	15	55	66	5	7	20	1.36
25315582--25315653	36	2.0	36	97	0	135	52	9	8	29	1.63
25316423--25319953	252	14.2	252	84	4	4291	48	6	11	33	1.65
25317975--25318017	24	1.9	23	86	13	63	65	0	0	34	0.93
25360228--25360257	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
25369706--25369751	21	2.2	21	88	7	67	2	28	0	69	1.00
25369706--25369754	11	4.7	10	78	9	53	2	26	0	71	0.97
25371722--25371938	93	2.3	93	80	1	220	28	16	26	28	1.97
25371771--25372040	93	2.9	92	80	3	256	30	17	26	26	1.97
25371917--25372089	93	1.9	93	81	0	211	34	15	26	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25373692--25373723	4	8.0	4	100	0	64	25	0	75	0	0.81
25379115--25379179	26	2.4	27	89	2	96	27	20	15	36	1.92
25379355--25379485	2	65.5	2	89	0	199	45	0	4	48	1.22
25392666--25392690	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
25397416--25397442	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
25397646--25397680	18	1.9	18	94	0	61	37	20	11	31	1.88
25397646--25397684	18	2.3	17	86	8	53	35	20	10	33	1.86
25403285--25403379	47	2.0	47	100	0	190	47	16	18	16	1.83
25413452--25413497	20	2.3	20	92	0	74	45	19	4	30	1.70
25417446--25417483	18	2.1	19	85	5	51	21	0	2	76	0.91
25417995--25418083	27	3.9	23	78	20	73	50	1	0	48	1.08
25418103--25418176	22	3.5	21	77	15	89	37	2	0	59	1.12
25418039--25418173	15	9.2	15	67	20	63	40	1	0	57	1.13
25418218--25418276	27	2.1	28	87	3	84	40	0	6	52	1.28
25418140--25418416	113	2.4	112	79	10	283	37	0	4	57	1.21
25418353--25418417	12	5.3	12	68	17	53	40	0	1	58	1.07
25418385--25418447	19	3.2	19	78	17	74	42	0	1	55	1.09
25418176--25418421	117	2.1	117	79	10	281	37	0	4	57	1.20
25418353--25418426	25	3.0	25	82	7	89	40	0	1	58	1.07
25422811--25422898	39	2.3	39	97	0	167	44	21	6	27	1.77
25422811--25422927	39	3.0	39	88	3	139	44	23	5	25	1.76
25423605--25423653	21	2.6	19	72	21	50	61	8	24	6	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25425565--25425608	2	22.5	2	95	4	81	50	0	0	50	1.00
25426221--25426585	121	3.0	120	86	3	500	30	13	33	21	1.92
25428673--25428718	21	2.0	24	84	12	62	41	6	2	50	1.40
25429388--25429422	16	2.2	16	94	0	61	0	22	2	74	0.95
25429453--25429506	16	3.2	16	80	17	65	0	29	0	70	0.88
25429459--25429500	13	3.2	14	77	16	54	0	26	0	73	0.83
25429941--25429978	11	3.3	11	89	10	58	26	0	0	73	0.83
25429941--25430005	12	5.2	12	85	8	69	26	0	0	73	0.83
25429956--25430006	20	2.6	19	84	12	59	29	0	0	70	0.87
25432978--25433010	10	3.0	11	91	8	50	39	0	0	60	0.97
25436563--25436614	24	2.2	24	96	0	95	44	19	13	23	1.86
25436705--25436778	24	3.0	24	74	14	69	45	17	8	28	1.77
25436703--25436762	26	2.4	24	78	15	68	45	18	8	28	1.78
25436754--25436837	29	2.7	31	78	9	109	42	13	8	35	1.74
25436778--25436850	29	2.6	28	82	4	85	41	13	8	36	1.75
25437829--25437942	2	56.5	2	91	5	131	43	0	7	47	1.36
25442575--25442633	18	3.0	19	80	11	57	59	0	0	40	0.97
25442587--25442639	21	2.6	21	79	8	56	58	0	0	41	0.98
25442588--25442659	32	2.3	31	75	13	76	56	0	0	43	0.99
25447098--25447176	2	41.5	2	90	9	130	51	0	0	48	1.00
25447483--25447540	28	2.1	28	83	6	73	41	0	0	58	0.98
25447804--25447863	27	2.3	26	77	13	68	30	3	3	63	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25447462--25448058	300	2.0	296	97	2	1117	39	6	7	46	1.57
25448726--25448819	21	4.4	22	72	10	70	25	8	21	44	1.80
25448808--25449095	26	12.0	25	80	11	207	26	12	25	35	1.91
25448781--25448963	95	1.9	95	86	4	262	27	12	23	36	1.91
25448765--25448989	121	1.9	116	86	6	317	26	12	24	37	1.90
25448815--25449095	52	5.8	51	75	15	244	26	12	24	35	1.91
25448800--25449037	74	3.2	74	77	11	211	27	12	23	36	1.91
25449105--25449158	21	2.6	21	90	0	81	44	20	11	24	1.83
25449105--25449165	21	2.9	20	85	4	77	47	18	9	24	1.78
25449546--25449603	22	2.6	22	100	0	116	36	25	24	13	1.92
25452099--25452181	33	2.5	35	86	11	113	31	15	3	48	1.62
25452443--25452478	7	5.1	7	96	0	54	27	19	44	8	1.79
25459993--25460036	6	7.3	6	80	10	54	45	2	36	15	1.59
25472485--25472517	14	2.3	15	89	5	50	81	3	15	0	0.80
25486898--25486980	39	2.2	37	84	6	103	40	0	1	57	1.06
25486898--25486982	35	2.3	37	82	6	102	42	0	1	56	1.07
25487472--25487506	17	2.1	17	94	0	61	82	2	14	0	0.77
25490807--25490884	41	1.9	41	94	0	138	34	17	23	24	1.96
25490848--25491033	81	2.3	81	91	0	291	23	18	26	32	1.97
25491562--25491606	15	2.9	15	83	3	63	24	2	0	73	0.95
25491579--25491623	18	2.4	18	81	3	54	31	0	0	68	0.89
25500445--25500469	7	3.6	7	100	0	50	72	28	0	0	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25503695--25503733	15	2.4	17	87	8	55	56	30	5	7	1.49
25504765--25504815	27	2.0	25	81	14	59	58	1	5	33	1.33
25504804--25504842	20	2.0	20	85	5	53	53	5	0	41	1.23
25517551--25517706	34	4.6	34	82	0	186	21	15	28	35	1.93
25517551--25517740	68	2.8	68	80	1	202	21	14	27	36	1.92
25517555--25517740	102	1.8	102	88	0	282	20	14	28	36	1.92
25525453--25525523	34	2.1	34	81	5	81	22	15	23	38	1.93
25525603--25525676	34	2.2	34	85	0	94	17	16	27	39	1.91
25528605--25528645	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
25537351--25537424	35	2.1	35	87	0	103	18	12	17	51	1.76
25541551--25541594	21	2.0	22	82	4	54	36	2	6	54	1.40
25541676--25541725	25	2.0	26	96	4	93	42	0	0	58	0.98
25543595--25543645	22	2.3	23	83	10	61	21	5	1	70	1.18
25545306--25545343	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
25546890--25546924	17	2.0	18	88	5	54	42	0	5	51	1.25
25548230--25548307	39	2.0	39	97	0	147	38	16	12	32	1.87
25549762--25549794	17	2.0	17	94	5	59	57	0	6	36	1.23
25555189--25555420	27	8.4	27	72	8	117	40	11	10	37	1.77
25555206--25555320	28	3.9	31	74	12	109	40	11	10	37	1.75
25555189--25555329	58	2.5	57	83	3	160	41	12	10	35	1.78
25555328--25555381	28	1.9	28	84	0	72	42	9	9	38	1.69
25565770--25566502	181	4.0	183	88	1	1067	26	25	12	35	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25566450--25566514	34	1.9	34	87	0	94	27	29	12	30	1.93
25566784--25566996	117	1.8	118	87	3	322	35	27	9	27	1.88
25567001--25567037	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
25567055--25567098	21	2.1	21	95	0	79	20	11	11	56	1.64
25569390--25569421	11	2.8	11	95	4	55	37	18	0	43	1.51
25577493--25577556	30	2.2	30	83	8	78	21	0	10	67	1.21
25577547--25577595	26	2.0	24	84	8	62	36	0	4	59	1.17
25578656--25578685	14	2.1	15	93	6	53	56	6	0	36	1.26
25583415--25583485	27	2.5	28	84	4	81	46	1	1	50	1.18
25583429--25584103	143	4.6	147	82	10	766	42	2	2	52	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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