genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36364294

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
542215--542279	2	32.0	2	96	3	121	0	49	0	49	1.01
542280--542324	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
557190--557295	45	2.4	45	82	6	117	35	14	14	35	1.86
557296--557341	21	2.2	21	96	0	83	32	26	17	23	1.97
557332--557410	24	3.4	24	67	10	74	27	13	16	41	1.86
557311--557465	45	3.4	45	86	0	175	32	16	14	36	1.89
557196--557415	120	1.8	120	81	5	275	33	16	15	35	1.90
557345--557499	45	3.4	45	83	5	145	34	15	12	38	1.85
557575--557633	30	1.9	31	86	3	84	37	8	8	45	1.65
558431--558469	17	2.4	17	95	4	71	48	5	20	25	1.70
563797--563855	21	2.9	21	71	2	66	33	0	8	57	1.29
573032--573068	5	7.4	5	93	0	65	59	0	40	0	0.97
575025--575077	11	5.0	11	72	23	51	45	1	0	52	1.11
575025--575072	10	4.7	10	77	12	53	45	2	0	52	1.12
584515--584579	22	3.0	22	93	2	105	30	7	12	49	1.68
584876--584900	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
585354--585581	124	1.9	117	83	9	289	39	14	14	31	1.87
589656--589685	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
589737--589767	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
591753--591787	12	2.8	12	95	4	61	40	0	0	60	0.97
591717--591857	71	2.0	71	95	2	257	41	7	12	39	1.70
594348--594659	161	1.9	158	84	8	416	33	15	20	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
599013--599092	27	3.0	26	83	3	88	36	8	5	50	1.55
599944--600000	13	4.3	12	73	18	51	21	7	0	71	1.08
599918--599998	14	5.9	14	72	21	55	25	4	0	69	1.09
600096--600143	15	3.1	15	85	5	69	27	2	0	70	0.98
600094--600163	14	5.3	13	75	13	63	27	1	0	71	0.94
600093--600163	8	8.8	8	71	13	56	28	1	0	70	0.96
600117--600163	23	2.0	25	91	8	80	27	0	0	72	0.85
605388--605427	15	2.7	15	85	11	55	17	2	0	80	0.83
605457--605557	26	3.8	26	81	5	114	36	13	4	44	1.66
605621--605654	18	1.9	18	94	5	61	76	0	2	20	0.92
610830--610879	20	2.4	21	83	6	57	30	4	8	58	1.45
614508--614863	190	1.9	190	82	9	456	33	11	13	41	1.81
624604--624903	154	1.9	158	87	4	439	37	12	15	34	1.85
632309--632405	45	2.2	45	88	3	142	30	10	25	32	1.89
632442--632471	7	4.4	7	95	4	53	10	13	0	76	1.01
632442--632476	14	2.7	13	87	12	54	8	11	0	80	0.92
632665--632745	42	1.9	42	92	0	135	33	19	8	38	1.83
633348--633394	19	2.3	21	82	7	53	29	0	4	65	1.11
634914--635177	145	1.8	145	99	0	519	27	16	17	39	1.90
651918--651948	16	1.9	16	93	0	53	77	0	22	0	0.77
656172--656199	14	2.0	14	100	0	56	28	42	0	28	1.56
659846--659878	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
672893--672969	37	2.1	37	100	0	154	37	18	7	36	1.80
678489--678537	24	2.1	22	85	7	62	40	2	0	57	1.10
684618--684722	55	1.9	56	92	2	176	53	7	9	29	1.61
684975--685017	23	1.9	22	86	13	61	79	2	16	2	0.95
693438--693499	22	2.7	23	87	5	90	40	14	16	29	1.88
693418--693499	23	3.6	22	83	6	94	41	13	17	28	1.87
701388--701439	24	2.2	23	86	6	77	50	13	7	28	1.69
701390--701452	24	2.8	22	83	11	67	44	15	9	30	1.79
703867--703943	35	2.2	35	97	0	145	42	3	19	33	1.69
704061--704112	24	2.2	23	90	6	86	28	9	13	48	1.74
708544--708638	45	2.1	46	86	2	129	16	9	8	65	1.46
726078--726122	18	2.5	17	82	10	54	53	0	2	44	1.13
726492--726520	15	2.0	15	93	6	51	86	0	13	0	0.58
756001--756031	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
756153--756180	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
766556--766591	18	2.0	20	84	15	51	52	16	8	22	1.70
786049--786090	23	2.0	22	86	13	61	61	16	14	7	1.53
787324--787353	15	2.0	15	93	0	51	26	0	23	50	1.50
789619--789826	2	104.0	2	100	0	416	0	50	0	50	1.00
800617--800648	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
806706--807379	251	2.7	251	79	5	659	49	5	9	35	1.58
807348--807390	15	2.8	15	85	3	50	67	2	2	27	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
807365--807433	31	2.3	31	79	2	77	55	0	1	43	1.08
807685--808373	251	2.8	245	80	6	656	33	9	7	48	1.65
811210--811396	94	2.0	89	82	8	223	59	4	9	26	1.49
818024--818053	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
818914--818989	23	3.3	23	80	12	93	40	26	10	22	1.86
818925--819001	23	3.4	22	76	15	77	42	24	9	23	1.83
819003--819162	66	2.4	66	80	4	171	36	30	8	25	1.86
819115--819213	44	2.2	44	81	10	114	36	27	12	24	1.91
819150--819279	22	5.9	22	73	7	86	37	26	10	25	1.88
819159--819296	66	2.1	66	82	5	163	37	27	10	24	1.88
819208--819296	22	4.0	22	73	5	81	38	29	8	23	1.85
824419--824453	17	2.1	17	88	0	52	8	14	0	77	0.99
828614--828656	19	2.3	19	84	8	61	41	0	4	53	1.21
836934--836962	2	14.5	2	100	0	58	48	0	51	0	1.00
850071--850122	21	2.6	21	90	6	81	50	1	0	48	1.12
850071--850125	20	2.8	19	89	8	83	52	1	0	45	1.11
850149--850219	31	2.3	30	81	9	81	29	5	14	50	1.65
853917--854010	29	3.3	29	88	2	120	36	11	14	37	1.83
854024--854074	24	2.1	24	92	0	84	17	13	23	45	1.84
854052--854168	45	2.6	45	83	2	137	29	15	16	38	1.89
870556--870603	19	2.6	19	90	3	71	60	0	2	37	1.09
870554--870621	33	2.0	32	83	8	82	55	0	2	41	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
871544--871645	4	24.8	4	77	13	84	68	0	29	0	1.02
871516--871656	54	2.5	54	83	10	151	67	1	30	0	1.04
871516--871663	25	5.9	25	79	17	141	66	1	31	0	1.04
871516--871637	29	4.2	29	85	10	153	67	1	30	0	1.06
873067--873112	18	2.6	18	92	0	74	47	19	10	21	1.80
874760--874859	32	3.1	32	100	0	200	12	31	6	51	1.63
874849--874905	8	6.5	8	79	16	51	1	22	0	75	0.90
874849--874891	4	10.2	4	80	9	50	2	20	0	76	0.89
880140--880189	24	2.1	24	100	0	100	24	30	12	34	1.91
893209--893233	12	2.1	12	100	0	50	40	0	28	32	1.57
904876--904915	19	2.0	20	90	4	64	47	0	7	45	1.31
904904--904939	11	3.2	11	88	7	54	61	0	0	38	0.96
904905--904931	12	2.2	12	100	0	54	70	0	0	29	0.88
905071--905110	19	2.0	20	90	4	64	45	0	5	50	1.23
905639--905690	14	3.5	15	69	10	52	19	11	9	59	1.59
915170--915205	17	2.1	17	89	0	54	77	0	22	0	0.76
915179--915220	22	1.9	22	90	0	66	76	0	23	0	0.79
916197--916229	15	2.1	17	88	11	52	54	6	0	39	1.25
916249--916283	17	2.1	17	88	0	52	42	5	0	51	1.25
916421--916537	58	2.0	58	90	3	182	40	1	6	51	1.39
924462--924557	30	3.2	30	88	5	158	35	4	4	56	1.38
925585--925640	16	3.4	18	75	20	52	44	1	53	0	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
925800--925846	3	15.7	3	81	0	58	57	0	38	4	1.18
929481--929550	33	2.1	33	86	5	97	8	10	7	74	1.23
934300--934344	22	2.0	23	83	12	58	37	4	4	53	1.41
934563--934600	19	2.0	19	85	10	51	60	0	2	36	1.11
934567--934747	90	2.0	90	98	0	353	49	6	9	33	1.62
934752--934801	2	27.0	2	76	15	54	50	2	0	48	1.12
934751--934800	13	4.1	13	80	10	61	52	2	0	46	1.12
934747--934782	16	2.3	16	90	4	56	55	0	0	44	0.99
934746--934801	20	2.8	21	83	8	71	51	1	0	46	1.11
940221--940259	1	39.0	1	89	0	60	0	0	94	5	0.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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