genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36364294

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   

This is table  59  of  91  ( 10898 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21134703--21134727	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
21146038--21146086	2	24.0	2	95	4	89	48	2	0	48	1.12
21148362--21148569	44	4.9	42	70	17	149	41	8	7	41	1.64
21148376--21148510	42	3.2	41	74	19	141	43	9	6	40	1.64
21148313--21148594	86	3.3	86	86	0	366	42	8	8	40	1.65
21148393--21148631	44	5.6	42	67	14	123	44	7	6	42	1.57
21148594--21148627	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
21155449--21155510	30	2.1	30	93	0	106	41	14	12	30	1.83
21156637--21156712	39	1.9	39	91	0	125	38	2	14	44	1.59
21156914--21156955	20	2.0	21	90	4	68	19	23	0	57	1.41
21176021--21176114	2	48.5	2	89	6	131	1	44	1	52	1.15
21178503--21178572	28	2.5	28	97	0	131	17	14	10	58	1.62
21180943--21181036	44	2.1	44	94	0	161	50	10	6	32	1.63
21186403--21186463	32	1.9	32	93	0	104	40	16	3	39	1.65
21205057--21205231	87	2.0	89	88	2	264	44	15	20	20	1.87
21206006--21206269	139	1.9	140	93	2	460	30	15	15	38	1.88
21218464--21218508	16	2.6	17	82	6	56	42	0	2	55	1.12
21230486--21230518	5	6.6	5	100	0	66	0	36	0	63	0.95
21232584--21232620	18	2.1	18	89	0	56	10	0	62	27	1.28
21233914--21233986	2	37.5	2	91	5	114	45	0	0	53	1.00
21235789--21235815	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
21236743--21236768	4	6.5	4	100	0	52	50	23	0	26	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21237577--21237685	2	57.0	2	77	15	88	46	6	0	45	1.28
21237574--21237700	63	2.0	62	96	3	245	43	9	0	46	1.36
21239471--21239544	28	2.7	28	89	2	114	52	18	6	21	1.68
21244155--21244179	3	8.3	3	100	0	50	36	0	32	32	1.58
21246788--21246837	22	2.2	22	80	19	59	34	0	6	60	1.21
21246790--21246838	23	2.1	23	85	14	66	36	0	6	57	1.24
21252536--21252571	18	2.0	18	100	0	72	50	5	22	22	1.70
21254566--21254615	23	2.1	24	82	10	59	18	6	8	68	1.36
21258195--21258252	29	1.9	29	83	13	73	72	13	10	3	1.24
21260024--21260091	32	2.2	31	83	2	82	36	26	8	27	1.86
21260721--21260770	21	2.4	21	86	6	66	50	12	8	30	1.68
21260725--21260963	117	2.0	118	82	5	288	45	14	7	33	1.72
21260998--21261048	21	2.4	21	80	9	59	49	19	3	27	1.66
21261023--21261077	21	2.6	21	77	5	58	43	18	10	27	1.83
21263531--21263556	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
21270797--21270842	16	2.9	16	75	12	51	0	34	6	58	1.24
21277873--21277906	2	17.0	2	87	0	50	44	0	5	50	1.26
21279941--21279978	20	2.0	20	84	5	51	57	7	13	21	1.60
21296223--21296283	23	2.7	23	84	0	68	31	11	32	24	1.91
21296361--21296515	80	1.9	80	90	2	249	26	14	34	24	1.93
21296427--21297019	207	2.9	205	80	4	647	30	15	31	22	1.95
21296427--21297014	311	1.9	312	88	2	896	30	15	31	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21296981--21297061	23	3.6	23	72	3	83	29	18	32	18	1.95
21296427--21297024	104	5.8	104	78	5	591	30	15	32	22	1.95
21296986--21297082	23	4.3	23	73	2	70	26	17	35	19	1.94
21296774--21297258	242	2.0	243	84	5	636	28	15	34	21	1.94
21297247--21297312	23	2.9	23	79	0	69	24	19	31	24	1.98
21297748--21297959	55	3.9	55	85	0	253	11	13	32	42	1.80
21297948--21298031	23	3.7	23	90	0	132	23	25	28	22	1.99
21298012--21298096	31	2.7	31	85	0	98	25	16	22	35	1.95
21302018--21302226	115	1.8	115	89	4	332	25	29	20	24	1.99
21303134--21303323	31	6.4	30	70	16	110	24	30	20	25	1.98
21303073--21303544	117	4.1	117	89	2	700	25	30	19	23	1.98
21303457--21303539	31	2.7	30	85	3	96	26	32	20	20	1.97
21303457--21303550	31	3.1	30	83	3	91	25	31	21	21	1.98
21304456--21304503	15	3.4	14	77	11	53	58	4	2	35	1.29
21308225--21308459	31	7.4	31	79	5	247	38	21	17	22	1.93
21308528--21308604	31	2.6	28	76	11	91	35	23	15	25	1.94
21308968--21309001	17	2.0	17	88	11	52	14	2	0	82	0.79
21316032--21316098	35	1.9	34	96	3	125	49	7	2	40	1.46
21332796--21332849	21	2.7	20	82	5	63	64	3	5	25	1.32
21332795--21332837	10	4.1	11	82	8	54	65	2	6	25	1.30
21341991--21342044	2	27.5	2	96	3	101	48	0	0	51	1.00
21345031--21345204	90	2.0	90	87	5	257	48	4	5	42	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21350085--21350137	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
21350605--21350683	33	2.4	33	78	2	88	39	12	6	41	1.69
21354038--21354079	21	2.0	22	90	4	68	33	4	28	33	1.78
21359818--21359849	2	16.0	2	100	0	64	50	50	0	0	1.00
21376092--21376116	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
21383573--21383631	27	2.2	27	82	11	68	23	3	8	64	1.37
21384062--21384106	22	2.0	23	86	4	65	33	13	22	31	1.92
21388360--21388408	24	2.0	24	92	7	82	38	18	16	24	1.90
21404070--21404321	65	3.8	68	73	12	236	23	7	17	52	1.69
21404184--21404327	64	2.2	67	86	3	195	22	9	13	54	1.68
21408628--21408684	28	2.0	28	83	6	71	38	21	10	29	1.87
21410705--21410761	25	2.3	24	85	11	71	17	24	8	49	1.75
21410770--21410822	5	10.6	5	95	0	97	0	20	0	79	0.74
21410946--21411036	33	2.6	35	77	11	98	27	18	15	38	1.91
21411127--21411220	35	2.7	35	86	1	118	38	29	9	22	1.86
21416441--21416529	21	4.2	21	85	2	99	49	14	3	32	1.60
21416615--21416680	21	3.1	21	84	4	80	45	16	7	30	1.75
21417140--21417167	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
21422631--21422674	19	2.3	19	100	0	88	59	4	22	13	1.53
21422797--21422881	42	2.0	42	93	0	143	35	18	8	37	1.81
21465248--21465282	8	4.4	8	89	10	54	80	0	0	20	0.72
21467066--21467109	21	2.1	21	82	0	52	50	4	27	18	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21469181--21469233	21	2.5	22	78	6	63	32	18	22	26	1.97
21471103--21471166	30	2.1	31	83	13	80	43	0	31	25	1.55
21473789--21473880	25	3.6	24	71	15	76	23	20	28	27	1.99
21481580--21481638	25	2.4	25	82	0	73	25	18	28	27	1.98
21485690--21485724	10	3.5	10	88	0	52	85	0	2	11	0.69
21485673--21485724	20	2.5	20	84	6	68	78	1	1	17	0.93
21493259--21493312	24	2.2	25	78	15	60	18	9	1	70	1.23
21497433--21497472	8	5.1	8	93	3	64	0	12	0	87	0.54
21497433--21497478	16	2.9	16	84	12	51	0	13	4	82	0.81
21499770--21499807	20	1.9	20	100	0	76	28	5	21	44	1.73
21501030--21501054	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
21507333--21507382	23	2.2	23	100	0	100	38	20	16	26	1.92
21512954--21513011	27	2.1	27	80	0	62	18	5	34	41	1.73
21512964--21513016	27	2.0	27	84	0	70	16	5	35	41	1.73
21514021--21514080	30	2.1	29	81	6	68	30	8	23	38	1.84
21518654--21518683	1	30.0	1	93	0	51	96	0	3	0	0.21
21519008--21519047	2	20.0	2	90	10	64	47	0	2	50	1.14
21524482--21524511	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
21525501--21525573	20	3.7	20	92	5	121	34	20	12	32	1.90
21527491--21527536	23	2.0	23	95	0	83	60	2	4	32	1.28
21534183--21534227	9	4.9	9	86	8	56	22	2	0	75	0.91
21536115--21536167	23	2.3	23	74	3	54	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21537144--21537191	17	2.8	17	75	12	53	25	16	0	58	1.38
21541396--21541438	17	2.6	16	85	3	59	51	37	6	4	1.50
21549943--21549998	29	1.9	29	88	0	85	46	1	19	32	1.61
21550364--21550429	20	3.1	21	76	8	71	56	3	0	40	1.15
21550364--21550415	22	2.3	22	83	6	68	55	0	0	44	0.99
21550364--21550415	2	27.0	2	84	7	54	55	0	0	44	0.99
21550532--21550593	31	2.0	31	100	0	124	35	16	3	45	1.63
21552303--21552373	28	2.4	30	75	11	76	54	1	8	35	1.39
21554524--21554777	102	2.5	103	83	1	296	26	12	22	38	1.90
21555306--21555366	30	2.0	30	93	0	104	24	14	29	31	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91