genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.22.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36364294

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7298894--7298940	13	3.6	14	78	21	50	36	19	0	44	1.51
7302676--7302721	2	25.0	2	79	16	55	0	54	0	45	0.99
7304241--7304327	42	2.1	42	93	6	151	42	19	8	29	1.80
7305972--7306000	8	3.6	8	100	0	58	89	0	0	10	0.48
7313457--7314553	487	2.2	491	80	7	1193	49	7	9	34	1.63
7313799--7314554	250	3.0	248	83	4	946	48	7	9	34	1.64
7317622--7317739	42	2.8	41	79	8	130	21	36	19	22	1.95
7322047--7322160	40	2.9	40	88	3	169	37	22	5	34	1.77
7323404--7323453	20	2.4	21	83	3	66	28	14	20	38	1.91
7323543--7323583	22	1.9	22	85	5	57	46	24	0	29	1.53
7323901--7323947	22	2.2	22	88	3	69	40	12	21	25	1.89
7327910--7328517	250	2.4	249	83	4	731	50	7	10	31	1.65
7330492--7330537	17	2.6	17	86	6	65	34	8	0	56	1.30
7339505--7339548	22	2.0	22	82	8	54	63	4	18	13	1.46
7342097--7342254	67	2.4	66	88	3	219	41	5	6	46	1.53
7345463--7345538	37	2.1	37	87	0	107	51	14	9	25	1.71
7354648--7354691	18	2.3	18	84	7	52	20	4	2	72	1.13
7356604--7356647	20	2.2	20	83	4	52	22	18	15	43	1.88
7358879--7358991	55	2.1	55	100	0	226	42	12	7	38	1.70
7360703--7360751	25	2.0	25	87	0	71	34	24	6	34	1.80
7362005--7362087	2	42.0	2	89	2	114	48	2	1	46	1.23
7370884--7370923	5	8.0	5	97	0	62	35	0	25	40	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7383437--7383496	30	2.1	29	81	6	68	31	8	21	38	1.83
7388957--7389008	21	2.5	20	71	3	50	36	9	13	40	1.77
7389637--7389977	80	4.1	81	83	12	395	35	22	9	32	1.86
7389766--7389805	14	2.9	14	92	0	62	32	27	10	30	1.89
7389686--7389960	94	3.1	93	85	12	389	34	23	9	32	1.86
7389637--7389960	174	1.9	174	90	2	526	34	23	9	32	1.86
7392249--7392289	21	2.0	21	85	9	57	21	7	4	65	1.37
7395049--7395073	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
7396448--7396485	19	2.0	19	94	0	67	42	28	0	28	1.56
7397891--7397921	16	1.9	16	93	0	53	45	0	3	51	1.17
7399161--7399441	36	7.5	35	70	18	183	38	20	15	25	1.91
7399150--7399480	76	4.4	76	85	2	414	38	18	15	26	1.91
7399150--7399480	151	2.2	152	84	3	427	38	18	15	26	1.91
7400285--7400358	28	2.4	29	82	13	87	32	16	6	44	1.73
7400306--7400359	28	1.9	28	92	0	90	29	16	9	44	1.79
7400693--7400945	80	3.2	80	83	7	293	39	9	8	41	1.68
7401205--7401238	18	1.9	18	88	5	52	32	5	32	29	1.81
7401271--7401334	29	2.2	29	82	0	74	37	15	25	21	1.93
7401329--7401487	51	3.1	52	87	1	223	35	17	22	25	1.95
7405004--7405028	7	3.6	7	100	0	50	72	0	0	28	0.86
7406005--7406036	16	1.9	17	93	6	57	37	6	3	53	1.42
7413315--7413384	33	2.1	34	82	12	83	38	1	0	60	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7413371--7413435	25	2.7	23	79	9	67	40	1	0	58	1.07
7414166--7414223	17	3.2	18	80	14	57	36	0	0	63	0.94
7414198--7414228	14	2.2	14	94	0	53	48	0	0	51	1.00
7414195--7414227	10	3.3	10	88	12	50	45	0	0	54	0.99
7419663--7419736	37	2.0	37	89	0	112	52	13	5	28	1.62
7424261--7424402	64	2.2	65	82	6	164	23	10	28	37	1.88
7427206--7427233	12	2.3	12	100	0	56	17	14	0	67	1.22
7431322--7431346	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
7438572--7438631	23	2.6	23	89	0	84	33	38	3	25	1.72
7438628--7438750	43	2.9	43	82	2	149	21	37	16	24	1.93
7444056--7444174	49	2.4	49	88	4	170	24	32	15	26	1.96
7466662--7466689	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
7467763--7467805	16	2.6	17	88	3	61	72	2	2	23	1.08
7468747--7468851	54	1.9	54	92	0	174	22	29	14	33	1.94
7469083--7469257	23	7.7	22	76	10	129	32	14	17	35	1.90
7469113--7469240	44	2.9	44	86	2	175	30	14	17	36	1.91
7472600--7472624	13	1.9	13	100	0	50	24	8	0	68	1.16
7474837--7474918	42	2.0	42	90	0	128	30	24	21	23	1.99
7474945--7474994	21	2.4	21	86	0	64	28	26	28	18	1.98
7475775--7475966	73	2.6	73	84	1	242	23	21	15	38	1.92
7476623--7476746	64	2.0	64	95	1	223	43	25	7	24	1.79
7492464--7492750	145	2.0	145	85	1	387	28	19	21	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7496701--7497118	31	13.5	31	88	0	532	39	18	16	25	1.91
7497121--7497241	64	1.9	63	81	5	145	32	26	15	25	1.96
7497785--7498060	47	5.9	47	80	2	295	22	27	21	27	1.99
7497802--7498060	93	2.8	94	83	2	306	22	27	21	27	1.99
7497802--7498057	140	1.8	140	86	1	370	22	27	21	28	1.99
7498021--7498224	58	3.5	58	84	4	243	28	34	14	22	1.93
7505824--7505870	23	2.0	23	95	0	85	42	14	25	17	1.87
7506185--7506209	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
7508732--7508804	21	3.3	21	70	17	58	31	17	16	34	1.93
7508598--7508871	121	2.3	122	84	3	356	37	15	15	31	1.88
7508707--7508810	45	2.3	45	84	0	145	35	20	12	31	1.90
7508791--7508851	32	1.9	30	83	9	77	42	11	13	32	1.79
7508830--7508895	24	2.7	24	76	9	62	37	18	15	28	1.91
7515588--7515612	12	2.1	12	100	0	50	36	0	0	64	0.94
7519252--7519276	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
7520504--7520549	20	2.3	20	88	0	65	43	19	6	30	1.76
7524702--7524741	5	8.0	5	85	0	53	37	20	0	42	1.52
7524780--7524828	15	3.3	15	75	11	55	57	14	6	22	1.59
7537167--7537212	20	2.3	20	88	0	65	43	19	6	30	1.76
7539140--7539224	43	2.0	43	90	0	134	36	12	16	34	1.87
7542955--7542997	6	7.2	6	84	10	61	16	27	2	53	1.55
7542947--7542997	18	2.8	18	79	5	59	17	27	3	50	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7546191--7546225	6	6.0	6	93	6	63	14	0	0	85	0.59
7548877--7549044	39	4.4	39	86	2	216	23	13	37	26	1.91
7550983--7551296	163	1.9	162	95	0	565	33	13	26	26	1.94
7551146--7553974	857	3.3	855	96	0	5248	35	17	16	30	1.93
7555417--7555476	25	2.4	25	77	0	66	26	25	15	33	1.95
7560190--7560297	54	2.0	54	94	0	189	29	26	8	35	1.86
7565626--7565667	21	2.1	20	86	8	59	59	9	0	30	1.29
7581713--7581908	72	2.7	71	88	3	259	35	16	20	27	1.94
7582052--7582145	36	2.7	35	83	1	98	31	15	28	23	1.96
7582099--7582232	71	1.9	71	84	9	184	33	17	23	25	1.96
7584355--7584457	38	2.7	38	86	8	129	23	17	35	23	1.95
7588912--7588944	6	5.5	6	96	0	57	15	3	15	66	1.37
7590351--7590454	38	2.7	38	82	8	120	23	33	17	25	1.96
7595738--7595784	23	2.0	23	100	0	94	25	25	25	23	2.00
7595741--7595792	23	2.3	23	93	0	86	30	28	21	19	1.97
7597119--7597221	38	2.6	40	83	8	124	22	38	16	22	1.92
7599199--7599269	37	1.9	37	94	0	124	29	12	36	21	1.90
7599502--7599543	22	1.9	22	85	0	57	26	21	23	28	1.99
7603950--7604057	57	1.9	57	88	0	162	24	18	37	20	1.94
7610200--7610307	40	2.7	40	91	0	171	21	37	18	23	1.95
7610207--7610345	40	3.6	38	86	1	125	21	38	17	22	1.94
7611035--7611073	2	19.5	2	100	0	78	0	48	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7613662--7613918	127	2.0	127	92	0	424	44	13	12	29	1.80
7618831--7618900	2	34.5	2	88	2	104	45	4	0	50	1.21
7619829--7620112	80	3.5	80	87	0	381	33	10	21	34	1.87
7622724--7622826	38	2.7	38	84	6	127	23	16	37	22	1.93
7632506--7632635	42	3.1	42	87	0	170	21	30	21	26	1.98
7639882--7639916	3	11.7	3	87	0	52	65	0	2	31	1.07
7651642--7651771	67	1.9	69	80	4	156	40	10	13	35	1.79
7662070--7662096	11	2.5	11	100	0	54	29	14	11	44	1.80
7678046--7678154	35	3.2	33	71	18	91	29	11	25	33	1.90
7678064--7678174	32	3.4	32	71	11	98	23	12	27	36	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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