genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36364294

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2369626--2369731	2	53.5	2	88	5	162	0	0	52	46	1.00
2372355--2372400	23	2.0	23	82	0	56	15	28	8	47	1.74
2372821--2372870	26	1.9	26	84	8	66	28	20	14	38	1.91
2372921--2373007	45	1.9	45	83	4	113	33	19	13	33	1.91
2373471--2373524	18	3.1	17	76	15	56	38	0	0	61	0.96
2373561--2373595	17	2.0	18	88	5	54	51	0	5	42	1.25
2377357--2377393	7	5.6	7	90	6	51	13	8	0	78	0.96
2377358--2377393	13	2.7	14	87	12	58	13	5	0	80	0.88
2382390--2382437	22	2.2	22	85	3	62	14	6	0	79	0.92
2382407--2382441	16	2.2	16	90	10	54	17	0	0	82	0.66
2384827--2384855	10	2.7	11	89	10	51	79	0	0	20	0.74
2384829--2384857	12	2.5	12	94	5	51	79	0	0	20	0.74
2386356--2386401	21	2.2	21	84	0	56	41	32	0	26	1.56
2395953--2395988	18	1.9	19	94	5	65	47	0	0	52	1.00
2402789--2402839	8	6.1	8	84	6	66	41	23	9	25	1.85
2402789--2402867	4	19.2	4	69	10	52	43	22	8	25	1.82
2402789--2402846	25	2.3	25	85	5	73	41	22	8	27	1.83
2403559--2403605	21	2.2	21	84	3	58	55	6	14	23	1.63
2420546--2420587	21	2.0	21	85	4	57	52	4	2	40	1.35
2432552--2432613	22	2.8	22	81	11	74	35	0	0	64	0.94
2432553--2432590	19	2.0	20	89	5	60	34	0	0	65	0.93
2432535--2432597	28	2.3	26	82	12	83	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2432854--2432899	20	2.4	19	85	3	56	69	2	0	28	1.00
2432833--2432896	25	2.5	24	74	18	67	67	1	0	31	1.00
2432886--2432953	20	3.7	18	77	22	70	51	1	0	47	1.09
2432886--2432954	17	3.7	18	76	19	70	50	1	0	47	1.09
2440831--2440887	16	3.8	15	81	18	66	22	1	0	75	0.90
2440830--2440903	24	3.2	24	76	12	75	20	4	0	75	0.96
2440882--2440924	18	2.4	17	88	7	59	23	9	0	67	1.19
2441004--2441039	11	3.4	11	92	3	56	16	0	11	72	1.12
2441026--2441064	17	2.3	17	95	0	69	23	0	0	76	0.78
2441026--2441072	8	5.6	8	85	7	58	21	0	2	76	0.89
2443789--2443849	31	2.0	31	96	0	113	36	8	3	52	1.48
2447570--2447799	112	2.0	114	91	7	389	23	18	8	48	1.76
2447785--2447848	28	2.2	29	83	2	76	46	20	4	28	1.70
2461605--2461683	35	2.3	35	86	0	104	50	11	10	27	1.70
2461903--2461981	29	2.7	29	80	3	79	20	20	7	51	1.71
2463085--2463110	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
2467111--2467144	3	11.3	3	93	0	59	29	35	0	35	1.58
2469892--2469963	38	1.9	37	86	13	103	51	2	2	43	1.30
2470147--2470186	20	2.0	20	90	0	62	55	10	7	27	1.60
2470565--2470621	22	2.5	22	80	8	62	56	5	33	5	1.44
2484517--2484601	30	2.8	30	98	0	161	38	8	9	43	1.67
2486024--2486064	21	2.0	20	86	13	57	43	0	2	53	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2486023--2486074	20	2.3	23	75	24	58	48	0	1	50	1.12
2486928--2486981	27	2.0	27	88	0	81	48	7	0	44	1.31
2486904--2486967	20	3.1	20	73	8	56	50	6	0	43	1.27
2487112--2487157	18	2.6	17	83	10	56	58	0	0	41	0.98
2486961--2487185	111	2.1	107	84	8	296	59	1	1	37	1.16
2486987--2487213	38	6.2	36	68	19	125	59	2	1	37	1.18
2487068--2487213	71	2.0	73	88	7	217	61	1	1	35	1.13
2487229--2487282	26	2.0	27	82	10	67	62	0	1	35	1.06
2487264--2487300	17	2.1	17	90	10	56	75	0	0	24	0.80
2493210--2493257	25	2.0	24	84	12	62	16	12	2	68	1.29
2494401--2494435	13	2.7	13	91	8	54	20	0	0	80	0.72
2495260--2495325	29	2.3	29	81	0	78	4	43	9	42	1.56
2496701--2496911	104	2.0	104	96	0	386	37	17	16	29	1.91
2496742--2496947	51	4.0	51	71	14	206	37	16	15	30	1.90
2507716--2507769	28	1.9	28	92	7	92	62	7	1	27	1.32
2513132--2513179	24	2.0	24	84	8	62	64	2	29	4	1.23
2514611--2514685	22	3.4	22	69	9	62	49	1	6	42	1.37
2522434--2522495	30	2.1	30	84	0	79	50	8	9	32	1.65
2524445--2524504	30	2.0	30	86	0	84	30	40	8	21	1.83
2527567--2527643	38	2.0	38	89	0	118	35	23	11	29	1.90
2529290--2529324	12	2.8	12	91	4	52	77	0	0	22	0.78
2529260--2529328	17	3.9	16	72	23	59	73	0	1	24	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2542480--2542950	62	7.7	62	83	5	566	33	11	19	35	1.87
2542480--2543062	120	4.9	121	83	6	681	33	11	18	36	1.87
2542885--2543138	112	2.3	112	88	1	366	32	12	16	38	1.86
2543283--2543329	22	2.2	21	84	3	58	70	0	2	27	0.99
2545344--2545470	66	1.9	67	96	1	238	38	10	22	29	1.87
2548775--2548826	26	2.0	26	85	7	70	59	0	5	34	1.21
2549506--2549560	26	2.1	26	96	0	101	21	23	25	29	1.99
2562054--2562155	23	4.4	23	81	0	114	29	11	32	26	1.92
2562123--2562188	34	1.9	34	87	6	98	28	10	33	27	1.90
2562167--2562237	23	3.1	23	83	4	90	36	14	29	19	1.91
2562250--2562325	23	3.3	23	92	0	116	27	13	32	26	1.93
2562156--2562478	93	3.4	93	75	9	304	29	11	32	26	1.92
2562226--2562430	104	2.0	104	85	0	275	28	11	33	26	1.91
2562354--2562427	23	3.2	23	76	0	76	28	6	37	27	1.82
2562525--2562641	23	5.3	21	69	15	74	28	11	34	25	1.91
2562680--2562724	23	2.0	23	86	0	63	28	13	31	26	1.94
2563636--2563742	31	3.5	31	84	0	142	29	18	16	34	1.94
2565123--2565827	151	4.7	151	78	0	658	33	18	17	31	1.94
2565098--2565827	302	2.4	302	81	2	847	32	18	17	31	1.94
2566433--2566699	81	3.3	80	82	3	275	29	16	31	23	1.96
2567442--2567670	79	2.9	79	78	2	235	34	19	20	26	1.96
2567939--2568110	70	2.5	71	84	4	242	30	25	21	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2567712--2568071	193	1.9	191	84	1	479	30	20	21	26	1.98
2569389--2569439	26	1.9	27	84	11	70	70	1	1	25	1.08
2571127--2571169	17	2.5	17	88	0	59	30	2	0	67	1.03
2573317--2573365	2	24.0	2	79	4	53	40	2	48	8	1.44
2574769--2574814	18	2.6	18	96	0	83	10	50	13	26	1.74
2583825--2583889	28	2.3	28	89	0	103	10	18	15	55	1.68
2583942--2584000	25	2.3	25	91	2	91	16	22	13	47	1.82
2584236--2584341	34	3.1	34	84	2	124	36	21	9	32	1.86
2584707--2584747	21	2.0	20	85	4	55	7	26	0	65	1.18
2585742--2585783	18	2.2	20	83	8	52	61	0	2	35	1.09
2586460--2586535	36	2.1	36	90	0	116	39	15	15	28	1.89
2589446--2589482	19	1.9	19	100	0	74	43	24	0	32	1.55
2598882--2598906	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
2600035--2600088	28	2.0	27	88	3	81	20	25	25	27	1.99
2603976--2604776	230	3.5	228	80	3	829	33	24	13	27	1.93
2605308--2605374	26	2.5	26	82	4	89	50	8	16	23	1.73
2621796--2621908	42	2.7	42	81	0	145	23	32	22	22	1.98
2624578--2624741	63	2.6	62	77	5	161	26	21	19	32	1.97
2624759--2626006	31	40.7	31	64	17	355	29	18	18	34	1.94
2624747--2625764	61	16.7	61	82	6	1073	29	18	18	34	1.94
2624765--2625728	123	7.9	123	84	5	1120	29	17	18	34	1.95
2624570--2625728	367	3.2	363	83	6	1356	29	18	18	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2625765--2626003	61	3.9	61	80	2	282	29	17	17	34	1.94
2625658--2625948	153	1.9	153	80	5	338	28	18	16	36	1.93
2625774--2626001	122	1.9	122	85	1	323	29	17	17	34	1.94
2624759--2626005	92	13.6	92	65	14	286	29	18	18	34	1.94
2628028--2628076	12	4.2	12	87	10	66	0	18	0	81	0.69
2628021--2628075	20	2.8	20	81	13	60	0	18	0	81	0.68
2628023--2628076	23	2.2	24	87	12	76	0	18	0	81	0.69
2639085--2639138	28	1.9	28	92	0	90	20	1	16	61	1.44
2643165--2643292	59	2.2	58	92	2	229	30	10	6	52	1.61
2643463--2643500	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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