genome.fa.s3.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: chr3
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36364294

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2643517--2643556	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2644233--2644275	16	2.7	16	85	7	61	48	4	0	46	1.22
2656714--2656757	21	2.1	21	100	0	88	29	22	9	38	1.85
2657676--2657715	17	2.4	17	95	4	73	25	0	0	75	0.81
2667524--2667576	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
2673327--2673363	12	2.9	13	92	8	67	70	0	0	29	0.88
2673639--2673667	15	1.9	15	100	0	58	82	10	0	6	0.83
2674529--2674561	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2674625--2674696	9	7.4	9	76	13	54	76	0	4	19	0.95
2674642--2674692	6	8.8	6	82	4	52	76	0	1	21	0.88
2674635--2674691	22	2.6	22	88	5	80	77	0	1	21	0.86
2686954--2687505	62	8.9	62	88	1	784	32	10	19	37	1.86
2688789--2688831	8	5.5	8	83	5	61	83	0	0	16	0.64
2704800--2704838	2	20.0	2	94	5	71	51	0	0	48	1.00
2706167--2706215	23	2.1	23	96	0	89	34	12	6	46	1.66
2706220--2706268	19	2.6	19	71	25	50	40	4	6	48	1.47
2708087--2708125	19	2.0	20	90	9	64	61	5	5	28	1.39
2709223--2709268	24	1.9	24	82	8	58	19	13	10	56	1.66
2711680--2711727	16	2.9	16	84	6	69	45	2	2	50	1.25
2711680--2711725	17	2.8	16	87	6	65	47	2	2	47	1.26
2711598--2711822	112	2.0	112	87	3	328	50	3	2	44	1.32
2711680--2711753	27	2.5	29	83	16	82	47	1	1	50	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2711731--2711932	48	4.3	47	70	20	136	52	1	3	42	1.27
2711737--2711949	52	4.4	49	69	20	153	52	1	3	42	1.28
2711830--2711932	27	4.3	22	71	18	71	53	1	2	41	1.27
2711920--2712019	42	2.4	41	85	6	130	52	2	4	42	1.31
2711989--2712245	27	9.0	27	66	18	78	55	2	1	40	1.22
2711879--2712048	22	7.2	22	64	22	69	55	1	2	40	1.23
2711707--2712283	144	4.0	142	85	4	707	53	2	2	41	1.25
2712226--2712325	16	7.2	14	73	23	88	56	0	2	42	1.11
2712242--2712312	27	2.7	26	89	10	110	59	0	1	39	1.06
2712228--2712323	15	6.9	14	70	25	62	55	0	2	42	1.11
2713017--2713291	27	10.0	27	76	11	218	28	22	35	13	1.92
2713000--2713201	53	3.8	53	84	2	235	28	23	34	13	1.93
2713006--2713208	80	2.5	80	86	4	259	28	23	34	13	1.93
2721363--2721451	39	2.3	39	82	0	106	46	19	21	13	1.84
2721636--2721714	33	2.4	33	72	8	79	32	34	11	21	1.89
2725088--2725127	21	1.9	21	89	0	62	32	17	15	35	1.91
2725318--2725367	24	2.1	24	100	0	100	36	12	12	40	1.79
2725564--2725590	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2725739--2725998	27	9.4	27	79	9	229	26	23	36	14	1.93
2725736--2725998	54	4.7	54	78	10	269	25	23	36	14	1.93
2725854--2725970	62	1.9	62	87	0	171	23	23	37	14	1.92
2725830--2725997	89	1.9	89	83	2	221	24	23	37	14	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2725920--2726012	27	3.4	27	86	2	116	30	24	34	10	1.90
2728801--2728866	33	2.0	33	81	0	78	34	13	10	40	1.79
2732702--2732744	21	2.0	21	86	0	59	27	0	4	67	1.10
2732720--2732750	15	2.1	15	93	0	53	29	3	0	67	1.06
2741332--2741395	29	2.2	29	83	2	76	45	12	6	35	1.67
2760001--2760029	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2760029--2760063	2	17.0	2	94	5	61	48	0	48	0	1.01
2760029--2760069	15	2.8	15	88	3	57	46	0	51	0	1.01
2761032--2761088	30	1.9	30	85	3	80	50	10	5	33	1.59
2762769--2762808	21	2.0	19	85	9	53	47	2	2	47	1.29
2763321--2763529	55	3.8	55	77	11	176	36	9	12	41	1.75
2763311--2763462	82	1.9	82	84	0	205	36	11	11	40	1.78
2763323--2763529	110	1.9	110	82	6	258	37	8	13	41	1.75
2763311--2763553	28	8.8	28	78	7	194	36	9	13	39	1.78
2767037--2767149	58	1.9	58	87	3	165	50	21	7	20	1.73
2767860--2768019	32	5.2	32	74	12	133	21	20	2	55	1.55
2770596--2770880	99	2.9	98	85	1	372	31	25	7	34	1.84
2770609--2770883	98	2.8	98	84	1	262	32	25	7	35	1.83
2772649--2772763	58	2.0	58	85	0	158	47	18	11	22	1.80
2786730--2786793	29	2.2	29	80	2	76	40	18	9	31	1.83
2791092--2791140	16	2.7	20	70	29	54	48	4	2	44	1.33
2809179--2809220	22	2.0	21	86	13	59	21	4	4	69	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2814147--2814373	42	5.4	42	85	0	238	22	34	19	22	1.96
2814147--2814373	84	2.7	83	84	1	274	22	34	19	22	1.96
2814147--2814377	126	1.8	126	85	0	327	22	34	19	22	1.96
2814408--2814442	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2816516--2816593	36	2.2	36	83	0	93	30	16	21	30	1.96
2817363--2819232	930	2.0	939	90	2	2983	36	12	21	30	1.90
2821105--2821142	18	2.1	18	100	0	76	34	15	26	23	1.95
2821190--2821336	23	6.3	23	87	3	179	35	19	25	19	1.95
2821190--2821336	46	3.2	46	88	1	213	35	19	25	19	1.95
2821190--2821336	69	2.1	71	91	2	235	35	19	25	19	1.95
2821343--2821620	51	5.4	51	87	3	371	31	20	24	23	1.98
2821343--2821620	105	2.7	102	88	4	407	31	20	24	23	1.98
2831707--2831750	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2832100--2832502	36	10.8	39	69	20	238	37	18	17	26	1.93
2832100--2832502	76	5.4	76	84	4	516	37	18	17	26	1.93
2832352--2832487	68	2.0	68	85	0	182	37	20	20	21	1.94
2833421--2833581	28	5.6	28	84	8	198	32	14	7	45	1.72
2834281--2834336	18	3.2	18	84	2	69	30	12	32	25	1.92
2834289--2834346	17	3.4	17	83	7	55	29	12	32	25	1.92
2834381--2834500	23	5.1	23	89	4	179	37	19	24	19	1.94
2834385--2834500	46	2.5	47	95	2	207	37	18	24	19	1.94
2834478--2834649	49	3.3	51	82	6	195	31	20	25	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2834563--2834718	85	1.9	82	91	4	258	30	23	23	21	1.99
2834617--2834680	31	2.1	31	90	0	101	28	25	25	21	1.99
2834648--2834795	51	2.9	51	91	0	242	31	22	24	21	1.98
2835774--2835844	31	2.3	31	85	0	97	30	7	11	50	1.65
2835774--2835871	31	3.2	31	80	8	85	28	9	12	50	1.70
2836183--2836258	2	39.0	2	90	5	120	47	1	0	50	1.09
2837321--2837376	28	2.0	28	100	0	112	32	3	17	46	1.66
2837330--2837389	28	2.1	28	81	6	68	38	1	15	45	1.56
2838185--2838214	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
2847080--2847104	13	1.9	13	100	0	50	20	24	0	56	1.43
2848961--2849031	29	2.5	29	88	4	101	36	12	11	39	1.79
2849117--2849213	45	2.2	45	88	0	149	27	19	21	30	1.98
2849125--2849555	114	3.7	114	78	4	468	29	19	16	35	1.93
2849208--2849337	45	2.9	45	80	4	163	27	20	16	35	1.94
2849145--2849279	69	2.0	69	81	0	162	26	17	18	37	1.93
2849060--2849570	234	2.2	234	90	0	797	29	18	16	35	1.92
2849442--2849600	45	3.5	44	81	3	174	28	19	15	36	1.92
2849378--2849513	69	2.0	69	82	2	166	30	17	14	36	1.90
2849490--2849716	114	2.0	114	85	0	310	28	20	14	35	1.93
2849368--2849924	159	3.5	159	86	0	729	29	18	15	36	1.92
2849605--2849762	45	3.5	45	88	1	219	29	20	14	35	1.92
2849646--2849876	114	2.0	114	90	1	365	29	18	14	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2849742--2849787	24	1.9	24	91	8	76	21	13	17	47	1.81
2849697--2849828	69	1.9	69	86	9	189	28	17	15	39	1.90
2849760--2850106	45	7.7	45	79	3	351	28	17	18	35	1.94
2849761--2850106	90	3.8	90	82	4	403	28	17	18	35	1.93
2849760--2850112	135	2.6	135	81	5	390	28	17	17	35	1.93
2850043--2850175	69	1.9	69	87	0	194	29	18	16	36	1.92
2850112--2850202	45	2.0	45	86	0	128	31	18	14	35	1.91
2867955--2867990	2	19.0	2	88	11	58	50	0	0	50	1.00
2874161--2874416	54	4.7	54	87	1	379	24	40	13	21	1.89
2875146--2875190	22	2.0	23	83	8	58	31	20	0	48	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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