genome.fa.s201.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168026.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_28, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  15507587

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2108345--2108425	31	2.6	31	92	2	126	40	3	11	44	1.58
2111331--2111458	6	18.6	7	72	21	67	33	1	2	62	1.17
2111321--2111457	56	2.5	56	76	14	131	32	1	2	62	1.19
2111332--2111461	66	2.0	65	80	15	144	33	1	2	63	1.17
2111862--2111916	26	2.2	25	87	9	76	38	3	16	41	1.66
2112409--2112451	6	7.3	6	80	15	54	13	2	2	81	0.89
2112409--2112480	29	2.5	28	81	6	72	15	5	1	77	1.01
2112425--2112495	22	3.3	21	77	13	72	15	7	1	76	1.07
2112500--2113026	118	4.5	119	86	6	659	46	7	11	35	1.68
2112511--2113026	59	8.8	58	81	9	591	45	6	12	35	1.68
2120139--2120199	21	2.9	21	80	9	70	0	11	4	83	0.79
2120986--2121029	20	2.1	21	87	4	63	61	0	0	38	0.96
2121056--2121132	13	6.4	12	75	15	54	48	0	1	50	1.09
2121233--2121296	24	2.6	24	76	16	69	42	3	1	53	1.26
2123101--2123152	22	2.5	22	93	6	90	50	0	0	50	1.00
2124000--2124043	8	5.1	8	79	15	52	11	9	0	79	0.93
2125012--2125051	20	2.1	19	86	13	55	2	0	10	87	0.63
2127555--2127621	26	2.6	25	85	4	89	25	7	13	53	1.65
2134535--2134566	15	2.1	15	94	0	55	50	3	0	46	1.17
2134560--2134603	10	4.3	10	82	5	52	40	0	0	59	0.98
2134571--2134613	11	3.8	11	87	9	52	37	0	0	62	0.95
2144183--2144231	18	2.9	17	82	17	50	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2144203--2144250	18	2.7	18	80	0	60	56	0	0	43	0.99
2144251--2144336	37	2.3	35	77	14	84	44	4	2	48	1.36
2147915--2147948	17	2.0	17	88	0	50	58	2	0	38	1.13
2148811--2148881	33	2.1	33	84	7	90	38	9	7	45	1.65
2149166--2149238	33	2.2	33	82	4	85	35	9	9	45	1.70
2149575--2149624	22	2.3	21	80	10	55	58	0	2	40	1.10
2159349--2159392	23	1.9	23	86	9	63	36	27	0	36	1.57
2160527--2160724	78	2.5	79	82	7	253	34	5	6	53	1.49
2160910--2160947	17	2.2	17	90	0	58	31	0	2	65	1.06
2160838--2161002	78	2.1	76	81	6	181	36	4	4	53	1.42
2161794--2161996	101	2.0	101	93	1	345	21	11	23	43	1.85
2164757--2164794	20	1.9	20	84	10	51	39	0	10	50	1.37
2164750--2164798	21	2.4	19	80	12	53	36	0	12	51	1.40
2167312--2167411	33	3.1	31	80	12	105	47	1	4	48	1.27
2168173--2168201	14	2.1	14	100	0	58	13	0	0	86	0.58
2169675--2169704	14	2.1	14	93	0	51	16	6	0	76	0.99
2169662--2169701	20	2.0	20	95	0	71	17	5	0	77	0.94
2171885--2171927	2	21.5	2	95	0	77	48	2	0	48	1.14
2173287--2173326	21	2.0	20	85	5	53	72	0	22	5	1.04
2173413--2173654	122	2.0	122	94	2	425	48	3	7	39	1.50
2174538--2174598	27	2.2	27	85	11	79	62	6	3	27	1.36
2174555--2174628	29	2.4	31	84	6	89	58	6	2	32	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2182128--2182157	7	4.3	7	100	0	60	46	40	0	13	1.43
2182328--2182366	15	2.6	16	88	12	64	38	0	0	61	0.96
2184488--2184527	13	3.1	13	89	7	55	40	0	2	57	1.12
2205857--2205923	34	1.9	35	93	3	118	37	26	11	23	1.90
2221743--2221782	20	2.0	20	95	0	71	27	25	15	32	1.95
2228752--2228779	13	2.2	13	100	0	56	57	0	0	42	0.99
2229140--2229173	18	1.9	18	88	5	52	26	0	0	73	0.83
2229619--2229661	22	2.0	21	82	13	52	41	4	2	51	1.35
2235206--2235243	18	2.1	19	90	5	60	10	42	0	47	1.38
2238101--2238177	32	2.4	32	82	0	91	33	0	0	66	0.92
2238105--2238187	38	2.2	37	85	6	105	32	1	1	65	1.08
2238836--2238883	20	2.5	19	86	6	62	39	0	4	56	1.19
2238828--2238898	16	4.1	17	76	13	56	42	0	2	54	1.14
2239672--2239707	11	3.2	11	84	7	54	72	0	2	25	0.98
2239717--2239750	17	1.9	17	88	5	50	76	2	0	20	0.92
2241519--2241569	14	3.6	14	82	10	59	45	3	0	50	1.20
2247147--2247193	24	2.0	24	87	8	69	74	2	0	23	0.93
2247156--2247193	6	6.3	6	87	0	58	76	0	0	23	0.79
2247164--2247238	18	4.2	17	73	21	64	69	4	0	26	1.06
2247335--2247385	26	2.0	26	88	7	77	29	1	1	66	1.13
2247418--2247494	19	4.2	18	76	11	57	45	1	3	49	1.28
2247418--2247473	19	2.9	19	84	5	60	42	1	5	50	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2247513--2247601	10	9.1	10	74	12	60	40	0	4	55	1.20
2247513--2247601	30	3.0	29	75	6	90	40	0	4	55	1.20
2247513--2247601	19	4.6	19	75	19	85	40	0	4	55	1.20
2247614--2247747	20	6.3	21	67	14	78	46	1	7	44	1.40
2247676--2247724	20	2.4	21	93	3	82	55	0	8	36	1.30
2252112--2252187	31	2.5	29	77	8	80	36	2	22	38	1.68
2252584--2252632	21	2.3	21	82	10	55	46	0	4	48	1.20
2252595--2252637	9	4.4	10	83	11	54	48	0	0	51	1.00
2252598--2252633	10	3.3	11	88	11	56	44	0	0	55	0.99
2252598--2252639	21	2.0	21	86	9	59	47	0	0	52	1.00
2254408--2254536	39	3.3	38	83	5	152	13	10	26	48	1.76
2254732--2254785	23	2.3	23	100	0	108	25	33	22	18	1.97
2259161--2259185	13	1.9	13	100	0	50	48	0	4	48	1.20
2259877--2259916	18	2.1	20	86	9	57	42	0	12	45	1.42
2260616--2260651	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2265189--2265214	7	3.7	7	100	0	52	73	15	0	11	1.11
2265936--2266013	22	3.5	21	77	8	75	41	0	3	55	1.18
2265936--2265995	21	2.8	22	77	5	61	38	0	5	56	1.21
2269005--2269083	37	2.1	38	81	9	90	43	0	1	55	1.07
2269525--2269554	16	1.9	16	93	6	53	60	3	3	33	1.30
2276055--2276115	22	2.6	22	76	7	68	39	1	3	55	1.26
2276042--2276119	22	3.3	23	74	13	63	38	1	2	57	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2276548--2276588	21	2.0	21	95	0	73	51	0	2	46	1.14
2279063--2279115	25	2.1	25	92	0	88	33	15	5	45	1.69
2282534--2282575	21	2.0	21	95	0	75	19	4	2	73	1.12
2283313--2283360	18	2.8	17	81	6	53	31	0	2	66	1.03
2284622--2284955	166	2.0	169	87	5	493	44	8	14	33	1.75
2291841--2291934	30	3.0	30	84	7	109	65	3	1	29	1.14
2294215--2294253	16	2.4	16	95	0	69	30	2	0	66	1.05
2294249--2294297	22	2.2	22	92	7	82	46	0	0	53	1.00
2296646--2296796	82	1.8	82	84	2	205	38	12	20	28	1.89
2306863--2306909	24	2.0	23	87	8	67	27	4	4	63	1.31
2311777--2311852	30	2.6	28	85	6	89	38	2	1	57	1.21
2312667--2312755	29	3.0	30	80	8	85	51	0	4	43	1.21
2315096--2315136	14	2.9	14	86	10	57	56	0	0	43	0.99
2315279--2315303	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2316121--2316157	2	18.5	2	88	0	56	45	0	5	48	1.25
2316218--2316243	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2327918--2328133	114	1.9	111	84	4	290	25	21	20	32	1.98
2327918--2328229	110	2.8	113	77	7	325	24	21	22	31	1.98
2331459--2331502	20	2.2	20	88	11	65	47	0	2	50	1.13
2336332--2336393	25	2.5	24	76	7	61	59	0	0	40	0.97
2338912--2338938	12	2.2	12	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2338916--2338951	17	2.1	17	90	10	56	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2339774--2339806	17	2.0	17	88	5	50	36	0	3	60	1.12
2339879--2339958	41	1.9	42	84	5	108	28	6	7	57	1.51
2348335--2348363	14	2.0	15	93	6	51	27	3	0	68	1.05
2348459--2348499	19	2.1	20	86	13	59	46	0	2	51	1.14
2348985--2349019	15	2.2	17	90	10	56	34	0	0	65	0.93
2349147--2349206	19	3.3	19	79	13	63	55	3	3	38	1.33
2353789--2353821	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2356069--2356115	24	2.0	24	83	8	60	74	0	4	21	0.99
2365810--2365840	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
2369723--2369763	20	2.0	20	85	0	55	43	0	14	41	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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