genome.fa.s201.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168026.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_28, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  15507587

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8590758--8591377	207	3.0	204	83	4	746	33	13	15	37	1.87
8592767--8592800	11	2.9	12	86	8	52	79	2	14	2	0.97
8593654--8593773	63	1.9	63	92	0	204	26	17	22	33	1.96
8593999--8594027	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
8594925--8594973	24	2.0	26	84	8	66	34	2	12	51	1.51
8597782--8597824	15	2.9	15	82	0	50	72	0	4	23	1.04
8601791--8601832	17	2.5	17	88	0	57	52	0	2	45	1.13
8606161--8606203	20	2.2	20	86	0	59	9	9	4	76	1.14
8607430--8607593	59	2.7	60	75	16	144	42	18	3	35	1.66
8607491--8607646	86	1.8	84	82	8	199	43	17	3	35	1.67
8608099--8608150	25	2.1	25	89	3	79	38	26	5	28	1.79
8608948--8608978	16	1.9	16	93	0	53	16	16	12	54	1.71
8609628--8609666	19	2.0	20	90	10	62	38	5	17	38	1.72
8615780--8615819	19	2.1	19	95	0	71	52	17	2	27	1.57
8616618--8616682	21	3.0	21	75	18	62	3	10	6	80	1.01
8616624--8616696	30	2.4	32	81	6	89	6	10	4	78	1.08
8616624--8616700	31	2.5	32	83	6	88	6	10	3	79	1.04
8619175--8619208	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
8622180--8622264	20	4.3	20	79	10	86	47	31	0	21	1.51
8622217--8622300	13	6.5	13	75	15	68	44	30	1	23	1.61
8622180--8622300	20	6.2	19	75	15	77	46	31	0	21	1.57
8622241--8622323	27	3.2	25	71	21	64	42	32	2	22	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8623328--8623427	17	5.8	17	73	17	64	73	1	16	10	1.15
8623355--8623461	33	3.4	33	79	15	95	73	0	14	10	1.13
8623389--8623462	7	10.0	7	86	13	80	72	0	13	13	1.11
8623389--8623462	13	5.0	14	83	16	80	72	0	13	13	1.11
8623409--8623461	21	2.5	21	100	0	106	73	0	13	13	1.10
8623366--8623454	8	11.4	8	84	15	91	75	1	14	8	1.10
8623489--8623565	25	3.1	25	84	0	100	29	10	7	51	1.64
8624089--8624138	23	2.2	23	85	7	66	84	2	8	6	0.86
8624100--8624139	20	2.0	20	85	5	53	85	2	5	7	0.83
8624434--8624664	115	2.0	115	98	0	444	35	6	25	33	1.80
8635034--8635068	15	2.3	15	90	0	52	71	20	2	5	1.19
8635055--8635142	39	2.3	39	93	0	149	55	17	11	15	1.68
8635227--8636397	47	24.7	48	73	10	795	29	12	14	43	1.82
8635273--8636384	142	7.8	142	76	8	796	29	12	14	43	1.82
8635227--8636397	95	12.3	94	75	7	766	29	12	14	43	1.82
8637702--8637769	23	2.8	25	77	20	65	69	2	22	5	1.24
8639110--8639167	13	4.5	13	76	6	55	41	31	1	25	1.66
8639110--8639191	26	3.2	25	81	5	83	40	35	2	21	1.67
8639596--8639711	55	2.1	54	89	6	180	45	0	12	40	1.49
8639610--8639726	55	2.1	54	83	10	141	44	0	11	42	1.47
8643404--8643436	16	2.0	17	88	5	50	27	0	0	72	0.85
8645393--8645441	24	2.0	25	84	4	64	67	6	2	24	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8646686--8646843	59	2.7	59	85	6	198	34	13	9	43	1.76
8646884--8646952	21	3.1	21	84	13	86	76	0	8	14	1.00
8646860--8646950	6	14.7	6	71	18	53	75	1	7	15	1.07
8646890--8646954	15	4.4	14	73	22	62	78	0	6	15	0.94
8646855--8646954	45	2.2	44	85	13	134	75	1	8	16	1.09
8646971--8646997	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
8647864--8647951	22	4.1	22	77	11	92	63	4	4	27	1.33
8648013--8648123	6	17.2	6	76	19	68	74	1	2	20	1.03
8648044--8648117	19	3.9	18	80	15	71	77	1	1	20	0.92
8648030--8648123	33	2.8	32	79	10	109	75	2	3	19	1.04
8647992--8648122	64	2.0	64	82	11	160	70	1	3	24	1.09
8648299--8648772	85	5.5	87	82	6	511	40	19	14	25	1.89
8648299--8648772	43	10.9	43	81	8	507	40	19	14	25	1.89
8648299--8648771	129	3.6	129	87	3	594	40	19	14	25	1.89
8649784--8649808	10	2.5	10	100	0	50	8	8	0	84	0.79
8660428--8660487	21	2.7	21	80	14	66	75	0	8	16	1.04
8660393--8660487	46	2.1	44	83	13	113	72	1	9	16	1.16
8660422--8660493	24	3.0	24	79	16	80	72	0	11	16	1.12
8660748--8660793	23	2.0	24	87	12	69	0	52	0	47	1.00
8661360--8661447	22	4.1	22	77	11	85	62	5	4	27	1.37
8661460--8661532	21	3.7	21	69	18	59	61	0	5	32	1.19
8661520--8661579	24	2.5	24	78	10	61	70	1	3	25	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8661522--8661623	35	3.1	35	77	14	94	74	1	2	20	1.05
8661516--8661598	11	6.9	11	70	19	51	72	1	2	24	1.04
8661516--8661619	31	3.3	30	75	11	93	74	1	1	22	1.02
8661547--8661625	13	6.0	13	70	15	56	75	1	2	20	0.98
8662744--8663273	195	2.7	196	80	4	570	37	11	9	40	1.75
8664809--8664939	22	6.0	21	67	13	66	47	8	11	32	1.70
8665054--8665101	22	2.2	22	88	0	69	56	2	4	37	1.30
8665054--8665101	11	4.4	11	86	0	60	56	2	4	37	1.30
8665191--8665294	43	2.4	44	83	4	122	50	9	6	32	1.61
8665130--8665405	22	12.6	22	69	8	116	47	7	9	35	1.64
8665146--8665294	65	2.3	66	75	5	149	49	8	6	34	1.60
8665225--8665412	44	4.3	44	76	4	141	48	7	10	34	1.65
8665448--8665509	19	3.1	19	75	11	54	46	4	12	35	1.64
8665581--8665708	22	5.8	22	75	7	98	47	9	3	39	1.54
8666032--8666134	44	2.3	44	83	3	118	53	8	6	31	1.58
8666027--8666273	111	2.2	113	80	6	272	50	6	8	34	1.60
8666046--8666471	22	19.3	22	66	9	145	48	6	9	35	1.62
8666028--8666310	111	2.6	110	77	7	261	50	7	8	34	1.60
8666424--8666527	55	1.9	55	82	4	129	53	5	6	33	1.51
8666592--8666790	22	9.1	21	74	8	85	48	5	8	38	1.54
8666595--8666736	11	13.0	11	67	4	63	50	4	5	39	1.48
8666596--8666722	65	1.9	66	83	1	166	50	4	5	39	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8666607--8666788	44	4.2	44	74	12	133	49	4	8	36	1.56
8669298--8669484	53	3.6	51	68	14	125	42	10	2	44	1.51
8669271--8669493	103	2.2	102	80	8	247	41	10	2	45	1.53
8669488--8669545	24	2.4	23	77	5	62	32	6	3	56	1.42
8685088--8685123	18	2.0	18	88	0	54	38	16	27	16	1.90
8694725--8694786	30	2.0	31	90	3	99	33	27	11	27	1.91
8694725--8694800	30	2.5	30	86	2	98	30	27	11	30	1.92
8697432--8697496	14	4.9	13	81	9	62	81	6	6	6	0.98
8697463--8697520	14	4.0	15	80	8	75	75	1	17	5	1.06
8698016--8698057	17	2.5	17	80	3	50	78	2	14	4	1.01
8698015--8698062	21	2.5	18	81	18	53	77	2	16	4	1.03
8699254--8699324	36	2.0	36	94	0	124	38	21	12	28	1.90
8699902--8700016	33	3.5	33	85	10	164	30	18	21	29	1.97
8700084--8700168	33	2.6	33	96	0	152	28	20	21	30	1.98
8699811--8700168	186	1.9	187	89	1	549	32	15	18	33	1.93
8699935--8700315	154	2.5	154	90	2	579	32	14	18	33	1.92
8700275--8700451	67	2.6	67	89	4	259	33	13	16	36	1.88
8700238--8700382	33	4.3	33	67	12	89	32	14	17	35	1.90
8700275--8700382	34	3.2	34	63	12	87	31	13	18	36	1.90
8701081--8701391	145	2.1	146	81	4	369	34	16	12	37	1.86
8701174--8701472	146	2.1	145	80	2	341	34	15	12	38	1.84
8702342--8702380	19	2.1	19	95	0	69	10	23	0	66	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8707337--8707376	10	3.8	10	83	9	53	85	0	10	5	0.75
8707337--8707377	19	2.3	18	87	8	57	85	0	9	4	0.73
8708826--8708875	26	1.9	26	83	0	64	42	18	12	28	1.85
8708846--8708895	20	2.5	20	93	0	82	44	20	10	26	1.82
8709381--8709426	23	2.0	23	83	8	58	28	19	15	36	1.92
8709597--8709676	22	3.6	22	80	6	99	37	16	11	35	1.84
8709502--8709776	148	1.9	148	88	0	415	36	14	12	36	1.84
8709760--8709801	22	1.9	22	85	9	59	38	33	4	23	1.76
8712227--8712254	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
8717489--8717595	29	3.6	29	81	7	126	31	6	14	47	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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