genome.fa.s201.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168026.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_28, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  15507587

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106276--107519	540	2.3	539	80	4	1358	40	8	9	40	1.68
106276--107520	181	6.9	179	74	8	871	40	8	9	40	1.69
107536--108109	180	3.2	176	79	7	607	39	8	9	41	1.69
108522--108567	21	2.2	21	92	0	74	43	15	15	26	1.85
108117--110997	181	16.1	180	73	8	1678	39	8	10	41	1.69
108114--110997	361	8.1	354	72	11	1324	39	8	10	41	1.69
109678--110479	173	4.5	175	74	8	536	40	7	10	42	1.66
110902--111184	140	2.0	140	92	2	471	35	6	12	45	1.66
111652--112162	180	2.8	179	80	2	522	40	9	9	40	1.70
111923--112424	265	1.9	267	80	4	582	44	9	8	37	1.69
112189--113851	177	9.4	177	72	10	837	40	8	9	41	1.68
112295--113289	359	2.8	357	79	6	993	41	8	8	41	1.66
113404--113822	182	2.3	179	77	8	411	38	8	10	42	1.70
114368--115328	528	1.8	528	81	6	1190	40	7	9	42	1.64
113873--124960	181	61.9	180	75	8	7202	40	8	9	41	1.68
115591--116041	177	2.5	179	75	7	421	40	9	8	41	1.68
113873--124846	540	20.4	537	73	10	2884	40	7	9	41	1.67
120487--121771	545	2.4	535	79	5	1291	40	7	9	41	1.67
114321--124821	363	29.3	350	72	11	3662	40	8	9	41	1.68
124333--124386	18	3.1	18	78	13	67	40	5	12	40	1.67
113902--126206	715	17.2	715	72	11	3344	40	7	9	41	1.67
125079--125136	24	2.5	23	77	5	62	43	1	1	53	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125077--126323	359	3.5	351	77	8	1113	40	7	8	42	1.64
125065--126324	177	7.0	175	73	12	841	40	7	8	42	1.65
126323--128151	180	10.2	178	73	11	1080	41	10	8	39	1.68
126947--128151	526	2.3	522	80	7	1243	41	10	7	40	1.68
126840--128233	706	2.0	695	79	7	1496	41	10	8	40	1.69
127473--128133	357	1.8	362	82	5	847	40	11	8	39	1.72
126334--128150	887	2.0	891	78	8	1917	41	10	8	39	1.69
128481--128516	18	2.0	18	100	0	72	55	0	5	38	1.23
128485--128525	18	2.3	18	91	0	64	53	2	7	36	1.42
128512--129460	181	5.3	180	75	9	779	40	10	8	39	1.71
128557--129372	361	2.3	361	79	8	834	42	10	9	38	1.71
129421--129557	67	2.0	67	88	0	202	37	11	9	41	1.74
129676--129989	170	1.8	170	82	1	396	40	10	7	41	1.69
131161--131193	17	2.0	17	88	5	50	39	12	0	48	1.40
130964--131621	336	2.0	336	83	4	837	42	10	6	41	1.64
131300--131782	182	2.7	179	80	5	560	42	10	6	41	1.64
130943--132129	516	2.3	511	79	6	1241	42	9	7	40	1.66
132353--132692	177	1.9	181	82	6	433	42	11	6	39	1.68
132539--132861	162	2.0	164	80	7	363	43	10	7	39	1.67
132702--134409	181	9.5	180	74	9	1113	41	9	7	40	1.66
134446--136781	181	12.9	180	76	5	1529	41	10	8	39	1.69
136858--140062	181	17.9	181	76	6	2430	40	8	9	41	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137963--138454	180	2.8	171	78	5	398	41	9	7	40	1.67
136842--141564	361	13.1	360	73	9	2721	40	8	9	41	1.68
139942--140168	106	2.1	107	91	2	368	48	7	8	35	1.61
140491--141536	180	5.8	175	73	11	759	40	7	10	41	1.67
140764--140811	18	2.7	18	81	12	55	47	2	10	39	1.49
142340--142410	21	3.4	21	84	3	90	32	28	25	14	1.94
149489--163612	181	78.6	179	74	8	8101	40	8	9	41	1.68
150728--150774	16	2.7	18	74	16	53	44	10	6	38	1.65
149282--163639	362	40.0	360	74	8	9305	40	8	9	41	1.68
158350--158402	24	2.2	25	80	12	67	33	3	5	56	1.41
161631--161671	20	2.0	20	86	9	57	51	4	7	36	1.51
161433--163634	180	12.2	181	75	6	1624	40	8	9	41	1.67
163690--165239	181	8.7	179	75	8	1085	40	8	9	41	1.68
164222--165238	180	5.7	181	75	7	598	41	8	9	41	1.66
163694--164696	526	1.9	525	81	4	1214	41	7	9	41	1.67
165143--165330	98	1.9	98	84	4	254	43	9	8	38	1.68
165236--169414	181	23.2	179	73	8	2471	40	8	9	41	1.68
166117--169286	538	5.9	533	76	8	1812	40	8	9	41	1.68
168977--169020	16	2.8	16	86	10	56	29	4	0	65	1.12
168998--169053	25	2.2	26	84	12	71	35	1	1	60	1.17
169577--170615	178	5.8	179	75	7	779	40	7	9	41	1.67
169792--170654	359	2.4	359	78	6	841	41	7	9	41	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170583--170742	78	2.1	78	90	2	250	45	5	13	35	1.68
170880--170926	18	2.7	17	83	9	51	38	4	14	42	1.66
170999--171672	182	3.8	171	77	10	529	40	8	10	40	1.70
170784--171672	177	5.0	174	74	10	603	39	8	10	41	1.70
171548--171821	152	1.8	151	80	5	329	39	11	9	38	1.75
171839--171876	20	1.9	20	84	10	51	36	2	5	55	1.37
171979--172276	165	1.8	165	85	2	429	37	6	10	45	1.65
172118--174302	181	12.2	180	78	5	1884	40	8	8	41	1.67
172149--174297	537	4.0	530	79	6	1736	40	8	8	41	1.67
172118--174302	898	2.4	892	82	5	2553	40	8	8	41	1.67
174546--174578	18	1.9	17	88	11	50	48	12	6	33	1.65
173826--174765	481	2.0	478	79	3	1048	42	10	10	37	1.73
174313--177831	181	19.5	180	71	10	1648	41	8	10	40	1.69
174910--175660	363	2.1	362	82	5	899	40	7	10	41	1.67
175958--176000	19	2.1	21	83	8	54	41	9	9	39	1.69
176083--177298	180	6.8	175	71	7	392	40	8	10	41	1.69
175827--177363	536	2.9	533	79	4	1529	39	8	10	41	1.68
177866--179190	180	7.4	179	76	7	994	41	8	9	41	1.68
178272--178317	16	2.6	18	73	16	51	43	13	6	36	1.69
178645--178677	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
177871--179116	534	2.3	541	78	5	1209	40	8	9	41	1.67
179212--183872	181	26.1	180	74	9	2945	42	10	8	39	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179212--197249	540	33.5	541	70	13	4948	41	9	8	40	1.68
183960--193618	362	27.0	359	70	12	2820	41	9	8	40	1.68
183927--187648	181	20.8	180	75	7	2333	41	9	8	40	1.68
183995--185693	904	1.9	902	80	5	1968	42	9	8	39	1.69
186005--186305	162	1.9	158	80	6	356	42	9	6	40	1.65
186163--197249	361	31.0	357	69	13	2575	41	9	8	40	1.69
187696--188127	182	2.4	180	76	8	436	40	10	9	39	1.72
188481--188890	182	2.3	173	81	8	447	43	8	8	39	1.65
188580--188955	182	2.1	181	82	3	461	42	9	8	39	1.69
189088--193619	181	25.3	181	71	10	1666	41	9	8	40	1.68
193487--193791	153	2.0	153	86	3	427	43	8	8	40	1.64
193317--193953	334	1.9	334	83	2	814	41	9	9	40	1.69
193640--197249	181	20.1	180	75	8	2460	41	10	8	40	1.69
193898--197249	352	9.4	352	73	10	1080	41	10	8	40	1.69
197462--199891	539	4.5	538	73	10	1279	42	10	8	39	1.69
197462--200253	181	15.5	180	73	7	1579	42	10	8	38	1.69
200177--200342	90	1.9	89	85	1	233	46	9	7	36	1.64
199996--200517	269	1.9	271	84	3	696	44	9	7	38	1.65
200267--200822	180	3.1	180	81	4	610	42	10	7	40	1.67
200729--201015	154	1.9	153	81	3	353	39	12	8	40	1.72
200882--201874	182	5.5	179	73	11	754	42	10	8	38	1.70
203245--209135	181	32.9	180	74	7	3683	41	9	8	40	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203803--208038	723	5.9	704	73	10	1577	41	9	8	40	1.66
209225--209257	15	2.3	15	89	5	50	75	0	0	24	0.80
209275--209325	17	2.8	19	68	17	54	39	11	9	39	1.75
208819--209432	327	1.9	326	83	6	814	43	9	6	39	1.64
209137--211637	181	14.0	178	74	9	1523	41	10	7	39	1.69
209243--211016	538	3.3	535	78	8	1364	41	11	8	39	1.70
209780--210493	361	2.0	358	79	6	764	42	11	7	38	1.69
209151--210672	717	2.1	717	78	6	1521	42	10	8	39	1.69
209132--211579	536	4.6	533	75	9	1503	42	10	7	39	1.69
209777--211641	892	2.1	894	79	6	1999	42	11	7	39	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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