genome.fa.s201.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168026.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_28, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  15507587

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8447929--8448210	84	3.3	83	76	8	255	36	17	12	33	1.88
8447929--8448251	42	7.6	42	79	8	230	35	17	13	34	1.88
8448098--8448288	41	4.6	41	81	5	118	34	16	13	35	1.88
8448847--8448886	20	2.0	20	100	0	80	30	25	0	45	1.54
8451035--8451071	18	2.1	18	90	10	58	40	0	0	59	0.97
8454568--8454678	40	3.0	40	70	25	125	68	3	7	20	1.29
8454650--8454709	17	3.4	18	76	13	63	71	3	3	21	1.15
8454650--8454700	18	2.6	19	76	20	52	70	3	3	21	1.20
8454739--8454809	24	2.9	24	79	10	72	57	11	4	26	1.51
8454913--8454966	17	3.2	16	73	17	56	77	3	5	12	1.07
8456505--8456533	12	2.4	12	100	0	58	20	6	0	72	1.07
8458274--8458335	32	1.9	32	83	0	79	30	14	16	38	1.88
8461553--8461581	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
8463228--8463301	3	24.7	3	76	15	73	66	6	0	27	1.17
8463625--8463660	3	11.7	3	94	5	63	69	0	0	30	0.89
8463674--8463719	15	2.8	17	74	16	51	67	0	0	32	0.91
8464113--8464271	65	2.5	64	80	7	178	37	19	12	30	1.89
8464086--8464466	32	11.7	33	70	12	153	39	15	12	32	1.86
8467244--8467294	21	2.4	21	80	6	59	64	0	3	31	1.11
8471135--8471198	33	1.9	33	100	0	128	35	7	9	46	1.65
8472979--8473022	3	14.7	3	95	0	79	63	0	2	34	1.07
8473140--8473252	45	2.7	40	77	16	120	56	0	0	41	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8473140--8473275	18	7.9	17	69	18	86	56	0	0	41	1.09
8473140--8473278	15	9.7	15	71	20	77	56	0	0	41	1.09
8473154--8473326	23	7.7	23	70	17	91	55	1	1	42	1.15
8473154--8473295	56	2.6	54	80	7	160	55	1	1	41	1.17
8473377--8473444	36	1.9	34	88	5	100	50	0	0	50	1.00
8473357--8473426	19	3.7	21	68	26	57	45	1	0	52	1.09
8473413--8473478	15	4.7	15	66	21	52	48	1	0	50	1.10
8473423--8473484	24	2.5	25	87	10	92	51	1	0	46	1.10
8473416--8473484	24	2.8	25	85	8	90	50	1	0	47	1.09
8479656--8480056	145	2.8	145	80	7	451	41	11	13	32	1.81
8481802--8481887	28	3.3	27	72	18	74	45	0	0	54	0.99
8481848--8481905	27	2.1	28	87	3	82	51	3	0	44	1.18
8484072--8484096	12	2.1	12	100	0	50	56	0	0	44	0.99
8485451--8485534	10	8.6	10	74	8	57	59	3	3	33	1.32
8485452--8485510	29	2.0	29	83	9	75	57	1	3	37	1.25
8485434--8485590	19	8.4	17	71	13	80	60	3	2	33	1.28
8485479--8485673	20	9.9	20	70	12	84	56	5	2	35	1.35
8485545--8485616	32	2.3	32	83	4	94	59	5	0	34	1.21
8485566--8485667	32	3.3	30	79	14	100	54	3	1	39	1.30
8486067--8486092	12	2.2	12	100	0	52	15	7	0	76	0.99
8486066--8486105	20	2.0	20	90	5	62	22	7	0	70	1.12
8486232--8486427	9	20.8	9	66	14	65	37	4	3	55	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8486225--8486299	27	2.8	25	77	18	78	33	4	1	61	1.23
8486288--8486352	29	2.2	30	83	5	78	35	1	3	60	1.22
8486319--8486392	37	2.0	37	84	10	98	33	4	8	54	1.49
8486532--8486574	13	3.3	13	84	9	52	23	0	9	67	1.19
8486618--8486686	20	3.4	19	86	11	84	39	1	8	50	1.42
8486587--8486749	20	8.2	19	70	17	82	34	1	10	53	1.43
8488998--8489041	20	2.2	20	95	0	79	59	15	0	25	1.37
8493401--8493464	33	1.9	33	90	0	101	50	0	20	29	1.49
8498051--8498094	21	2.1	21	91	0	70	63	2	0	34	1.07
8498077--8498130	27	2.0	27	82	10	67	61	7	1	29	1.34
8498118--8498155	19	2.0	19	85	10	51	60	10	2	26	1.43
8498162--8498248	10	8.5	10	72	16	63	54	9	1	35	1.40
8498196--8498277	20	4.2	19	79	15	87	51	9	1	37	1.43
8498340--8498382	11	3.9	11	81	0	50	41	4	6	46	1.51
8498977--8499020	9	4.8	9	94	2	70	22	2	0	75	0.92
8499062--8499106	17	2.6	17	85	0	54	28	2	4	64	1.25
8499079--8499137	26	2.2	28	79	11	70	27	3	1	67	1.16
8499148--8499249	32	3.3	30	81	6	107	37	1	4	55	1.32
8499150--8499357	10	21.0	10	67	16	94	36	2	4	56	1.34
8499148--8499353	21	10.4	20	71	12	97	35	2	4	57	1.33
8499160--8499261	32	3.2	32	82	8	109	40	1	4	52	1.34
8499157--8499278	31	3.9	30	77	12	104	38	1	4	54	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8499265--8499325	17	3.5	16	76	14	50	31	3	3	62	1.27
8499329--8499369	20	2.0	21	85	4	57	34	4	2	58	1.32
8499340--8499415	39	1.9	39	82	12	93	34	2	1	61	1.18
8499907--8499931	12	2.1	12	100	0	50	44	0	0	56	0.99
8502101--8502158	26	2.2	26	85	8	82	43	0	3	53	1.17
8502479--8502566	44	2.0	44	100	0	176	45	13	4	36	1.64
8510545--8510613	24	2.8	23	81	12	84	47	0	1	50	1.09
8510545--8510613	26	2.8	25	85	8	90	47	0	1	50	1.09
8510553--8510616	15	4.5	15	72	20	57	48	0	1	50	1.10
8510545--8510613	9	8.2	9	71	19	51	47	0	1	50	1.09
8510553--8510653	37	2.6	37	81	12	98	49	0	0	49	1.07
8510704--8510882	15	12.6	15	66	18	89	42	1	1	55	1.14
8510705--8510855	23	6.9	23	71	17	97	43	0	1	54	1.13
8510755--8510890	18	7.9	18	69	19	85	41	0	0	56	1.09
8510748--8510876	56	2.3	55	81	6	154	42	0	0	55	1.10
8510735--8510883	56	2.7	55	76	15	144	42	1	1	55	1.17
8511010--8511070	3	20.7	3	89	3	88	37	1	0	60	1.07
8532856--8532901	19	2.4	19	88	0	74	50	10	10	28	1.71
8532851--8532901	10	5.3	9	76	19	50	47	11	9	31	1.73
8536540--8536572	16	2.1	16	94	0	57	15	3	0	81	0.80
8536542--8536583	16	2.6	16	85	7	50	16	2	2	78	0.96
8538742--8538785	20	2.1	21	91	4	72	43	11	15	29	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8549153--8549220	34	2.0	34	85	0	91	32	13	13	41	1.83
8549153--8549258	36	3.0	36	81	2	108	33	14	12	39	1.83
8549553--8549706	40	3.8	39	76	13	125	28	16	11	42	1.84
8549920--8549963	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
8550920--8550957	20	1.9	19	85	15	51	21	7	2	68	1.28
8551276--8551332	28	2.0	28	80	12	64	52	5	5	36	1.47
8560602--8560635	8	4.0	8	88	11	50	11	5	11	70	1.32
8565502--8565581	17	4.6	18	71	17	62	53	10	7	28	1.61
8565531--8565585	17	3.2	17	87	5	83	50	10	5	32	1.60
8565520--8565865	35	9.5	35	69	13	150	47	12	10	29	1.74
8565537--8565689	53	2.9	53	78	5	166	49	13	9	28	1.72
8565537--8565863	18	17.9	18	72	11	150	48	12	10	28	1.75
8565708--8565745	20	1.9	20	94	0	67	55	15	5	23	1.61
8565557--8565863	37	8.4	38	71	13	182	47	13	10	28	1.76
8565952--8566029	25	2.9	26	81	11	77	48	11	10	29	1.72
8565987--8566039	18	2.8	19	80	8	63	43	9	15	32	1.78
8565832--8566040	53	4.0	53	70	14	139	44	9	15	31	1.78
8567073--8567162	15	6.3	15	73	10	71	36	6	18	37	1.78
8567064--8567147	28	3.0	28	80	0	96	35	7	20	36	1.80
8571041--8571099	29	2.0	29	96	0	109	42	8	16	32	1.79
8575997--8576045	19	2.6	19	78	12	55	44	2	2	51	1.24
8578336--8578388	20	2.8	19	86	8	72	28	0	3	67	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8578546--8578586	21	2.1	19	86	13	57	48	2	2	46	1.28
8581678--8581811	63	2.1	63	94	0	232	23	21	19	35	1.96
8582019--8582068	3	16.7	3	91	0	82	62	0	2	36	1.07
8587677--8587720	15	3.1	15	83	6	56	86	2	11	0	0.66
8589657--8589770	42	2.8	40	78	10	133	40	15	12	31	1.85
8589748--8589794	15	3.1	15	84	0	67	21	17	14	46	1.83
8589762--8590326	41	13.7	41	72	15	344	35	19	12	32	1.89
8589834--8589985	75	2.0	76	85	2	207	41	20	9	28	1.83
8590742--8590786	22	2.0	22	91	0	72	37	26	6	28	1.82
8590754--8591436	103	6.6	103	83	4	723	32	14	15	37	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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