genome.fa.s201.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168026.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_28, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  15507587

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   

This is table  15  of  91  ( 10856 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2682919--2682996	17	4.7	16	74	14	52	15	6	2	75	1.11
2683001--2683411	58	6.9	58	81	11	469	47	8	11	33	1.69
2683017--2683411	181	2.2	174	87	7	546	46	7	11	33	1.70
2686880--2686927	4	12.0	4	81	0	60	25	25	0	50	1.50
2686884--2686930	20	2.3	20	100	0	94	25	23	0	51	1.49
2688612--2688679	14	4.9	14	72	3	57	76	2	19	1	0.99
2688612--2688679	21	3.2	20	72	12	57	76	2	19	1	0.99
2689212--2689262	25	2.1	25	81	3	59	21	17	5	54	1.63
2689886--2689941	15	3.5	16	78	7	51	73	0	17	8	1.08
2691806--2692119	141	2.2	140	78	5	328	19	23	13	43	1.86
2691700--2692046	176	2.0	176	81	3	403	18	21	13	45	1.84
2691808--2692059	35	7.2	35	75	8	199	18	24	13	44	1.85
2692496--2692542	22	2.1	23	92	4	78	55	2	0	42	1.12
2692488--2692540	23	2.5	21	77	16	65	54	1	0	43	1.11
2693448--2693503	21	2.6	21	78	10	51	26	0	1	71	0.96
2693553--2693601	3	16.0	3	80	4	53	69	0	4	26	1.06
2693563--2693602	19	2.1	19	90	0	62	72	0	5	22	1.04
2693757--2693799	18	2.4	17	85	14	52	74	2	2	20	1.04
2694102--2694174	31	2.4	32	84	6	89	49	27	0	23	1.50
2694136--2694244	55	1.9	56	81	7	132	48	25	0	24	1.57
2694403--2694487	8	11.1	8	73	12	54	47	28	3	21	1.67
2694405--2694487	30	2.8	29	74	7	85	48	27	3	20	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2694458--2694502	8	5.5	8	84	5	54	53	28	0	17	1.44
2694457--2694502	17	2.8	16	83	3	65	52	30	0	17	1.45
2710929--2710988	29	2.1	29	83	0	75	43	5	1	50	1.34
2717253--2717311	28	2.1	29	80	3	66	42	3	11	42	1.58
2718374--2718402	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2723883--2723938	22	2.5	22	81	16	55	57	7	0	35	1.26
2725684--2725723	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
2726278--2726325	24	2.0	24	84	8	62	4	14	2	79	0.98
2734450--2734727	139	2.0	139	97	0	529	24	16	29	29	1.97
2753203--2753271	35	2.0	35	100	0	138	46	11	11	30	1.76
2755216--2755315	51	2.0	51	87	0	146	30	10	9	51	1.66
2755908--2755948	5	8.2	5	94	0	73	17	0	2	80	0.82
2765818--2766008	88	2.1	88	81	4	213	42	16	12	28	1.84
2766007--2766077	26	2.7	26	82	0	79	33	21	15	29	1.94
2766359--2766464	32	3.3	33	81	7	130	39	25	16	18	1.91
2766436--2766506	15	4.6	15	73	18	65	42	25	9	22	1.84
2766487--2766592	32	3.3	32	79	0	95	43	25	10	20	1.84
2766615--2766812	99	2.0	98	84	5	258	37	20	13	28	1.91
2766654--2766845	99	1.9	99	86	2	269	36	19	14	30	1.91
2767817--2767877	28	2.2	28	81	0	68	26	40	9	22	1.85
2773101--2773141	15	2.6	16	84	7	57	21	4	0	73	1.02
2775050--2775084	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2775782--2775832	12	3.9	13	78	16	61	45	0	0	54	0.99
2775785--2775839	27	2.0	27	96	0	101	43	0	0	56	0.99
2775785--2775872	27	3.0	31	79	19	84	45	0	0	54	0.99
2775818--2775865	18	2.8	18	74	20	50	45	0	0	54	0.99
2775825--2775885	28	2.1	28	85	8	79	42	1	0	55	1.09
2780076--2780120	12	4.1	12	75	21	53	48	0	2	48	1.13
2780051--2780118	24	3.0	24	81	12	72	42	0	1	55	1.08
2780050--2780118	20	3.2	20	78	17	66	43	0	1	55	1.08
2780174--2780219	5	9.2	5	77	17	51	34	0	2	63	1.07
2780190--2780227	20	1.9	20	88	0	58	36	0	0	63	0.95
2788034--2788067	18	1.9	17	88	5	50	29	5	20	44	1.75
2789313--2789370	22	2.6	22	83	8	73	36	0	0	63	0.94
2789314--2789372	11	5.0	13	73	22	51	35	0	0	64	0.94
2789794--2789853	32	1.9	31	82	3	75	33	1	1	63	1.14
2793339--2793387	15	3.0	16	77	22	57	55	0	0	44	0.99
2793294--2793387	29	3.1	29	80	7	98	54	1	1	43	1.14
2793457--2793490	16	2.2	16	89	5	52	55	8	0	35	1.31
2793500--2793561	28	2.2	28	85	5	81	53	1	1	43	1.20
2793982--2794022	8	5.2	8	88	5	66	60	0	0	39	0.96
2793961--2794022	16	4.1	16	75	8	67	54	0	0	45	0.99
2793985--2794028	8	4.9	10	86	13	53	61	0	0	38	0.96
2794671--2794750	40	2.0	40	100	0	160	32	10	25	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2799070--2799234	83	2.0	83	84	4	217	27	16	15	40	1.89
2801220--2801260	19	2.3	17	91	8	64	34	0	0	65	0.93
2802267--2802322	25	2.2	25	90	3	85	44	10	0	44	1.38
2803525--2803702	61	2.9	60	78	5	169	37	13	12	36	1.83
2807196--2807368	42	4.1	41	73	10	118	52	8	6	33	1.57
2807196--2807283	43	2.1	43	82	6	108	53	7	5	32	1.54
2807212--2807368	21	7.5	21	67	11	79	52	8	6	33	1.57
2813045--2813091	13	3.8	12	78	13	51	78	2	4	14	0.99
2820090--2820164	16	4.4	17	85	6	91	78	0	1	20	0.82
2820099--2820162	7	8.9	7	75	14	51	79	0	0	20	0.73
2820075--2820155	14	5.5	15	76	17	53	77	0	3	18	0.91
2820110--2820170	32	1.9	32	96	0	113	75	0	1	22	0.89
2820090--2820171	9	9.6	9	89	7	102	78	0	2	19	0.87
2821081--2821148	33	2.1	33	88	0	100	29	8	17	44	1.79
2821454--2821728	44	6.3	44	77	3	220	28	12	14	44	1.81
2821426--2821703	88	3.2	86	84	7	307	29	12	12	44	1.79
2821471--2821707	132	1.8	129	83	4	314	29	11	11	46	1.75
2822773--2822814	20	2.2	18	87	8	57	80	4	0	14	0.86
2822844--2822892	25	2.0	25	84	8	64	44	4	10	40	1.57
2823203--2823286	40	2.1	40	86	2	114	58	8	10	22	1.58
2828527--2828936	43	9.3	42	72	14	213	46	17	10	26	1.79
2828663--2828766	53	2.0	53	84	3	138	46	19	9	25	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2828716--2828944	43	5.3	43	79	6	214	47	17	9	25	1.77
2828621--2828809	96	2.0	95	84	5	247	45	17	11	25	1.82
2828576--2828841	139	1.9	140	78	8	292	45	18	11	24	1.83
2830465--2830535	25	2.8	24	79	12	79	8	8	0	83	0.82
2830471--2830531	16	3.9	15	81	12	68	9	8	0	81	0.86
2830468--2830541	26	3.0	23	79	16	76	8	6	1	83	0.85
2830619--2830756	71	1.9	73	86	4	199	26	10	13	49	1.74
2830914--2831019	18	5.9	18	90	0	167	18	11	2	66	1.34
2831010--2831045	12	3.0	12	95	0	63	27	8	5	58	1.50
2837622--2837664	22	2.0	21	86	4	59	44	11	4	39	1.62
2838444--2838490	13	3.5	13	82	11	60	80	0	4	14	0.85
2838449--2838489	6	6.7	6	83	5	55	82	0	2	14	0.76
2838444--2838490	14	3.5	14	80	16	55	80	0	4	14	0.85
2838504--2838535	3	11.0	3	93	6	57	68	0	0	31	0.90
2839332--2839396	23	2.8	23	79	11	62	73	4	3	18	1.13
2839610--2839774	44	3.7	44	84	7	208	47	18	14	19	1.83
2839610--2839774	89	1.9	88	87	6	244	47	18	14	19	1.83
2839664--2839972	125	2.4	124	78	7	309	43	21	14	21	1.87
2839643--2839984	84	4.0	84	77	8	259	42	21	14	22	1.88
2839644--2839977	41	8.0	41	81	5	271	43	20	14	21	1.87
2840270--2840373	43	2.4	43	79	10	122	33	18	11	36	1.87
2840559--2840617	22	2.7	21	86	5	73	33	20	8	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2841722--2841759	20	1.9	19	94	5	67	5	23	2	68	1.23
2841722--2841784	20	3.0	21	81	9	65	6	22	1	69	1.19
2845767--2846046	61	4.7	59	84	8	363	35	13	6	43	1.71
2845767--2846047	120	2.4	121	85	10	391	35	13	6	44	1.70
2846063--2846138	5	14.8	5	76	17	68	77	0	1	21	0.84
2846063--2846139	6	12.7	6	76	16	70	77	0	1	20	0.83
2846063--2846142	31	2.6	30	83	14	110	77	0	1	21	0.84
2846073--2846147	37	2.0	37	87	5	107	76	0	1	22	0.87
2846163--2846205	3	14.0	3	90	4	68	65	0	2	32	1.06
2846731--2846771	13	3.2	13	80	13	50	60	12	2	24	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91