genome.fa.s201.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168026.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_28, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  15507587

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7568122--7568170	14	3.4	14	88	2	62	75	0	4	20	0.96
7568132--7568181	5	10.0	5	81	14	59	78	0	4	18	0.91
7569017--7569057	20	2.0	20	85	0	55	78	0	0	21	0.76
7569018--7569057	6	6.3	6	86	11	53	77	0	0	22	0.77
7570764--7570871	26	4.1	27	83	7	123	62	0	6	30	1.27
7570764--7570871	52	2.0	54	84	7	141	62	0	6	30	1.27
7570885--7570916	15	2.1	15	94	0	55	78	3	0	18	0.89
7571113--7571308	43	4.5	43	81	3	221	45	17	12	23	1.83
7571113--7571345	44	5.3	44	81	6	235	45	17	12	24	1.82
7571113--7571352	132	1.8	128	85	8	331	45	17	13	24	1.84
7571113--7571373	44	6.0	45	77	13	171	46	16	13	23	1.82
7571117--7571373	88	2.9	86	79	11	224	46	16	12	24	1.82
7572375--7572435	8	7.5	8	82	8	70	8	13	0	78	0.95
7587047--7587107	29	2.2	28	82	8	79	9	11	0	78	0.96
7587055--7587118	29	2.2	28	78	8	65	14	10	0	75	1.06
7587222--7587261	14	2.7	15	88	11	57	82	0	0	17	0.67
7587222--7587260	5	8.0	5	88	11	55	82	0	0	17	0.68
7588110--7588144	11	3.2	11	87	0	52	77	0	0	22	0.78
7589855--7589989	54	2.4	54	81	10	148	63	0	5	30	1.21
7589875--7589965	27	3.4	28	86	6	125	59	1	6	32	1.30
7589941--7590009	21	3.5	21	73	16	58	66	1	1	30	1.09
7589979--7590010	15	2.1	15	94	0	55	78	3	0	18	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7590208--7590402	44	4.5	44	84	1	241	45	17	12	24	1.83
7590208--7590466	43	6.0	44	80	8	225	46	16	13	23	1.82
7590208--7590466	87	3.0	90	77	13	276	46	16	13	23	1.82
7591474--7591531	18	3.3	18	83	9	66	8	12	0	79	0.94
7591481--7591533	10	5.6	10	74	26	53	9	9	0	81	0.89
7591481--7591532	9	5.7	9	80	13	61	9	9	0	80	0.90
7600942--7601840	179	5.0	178	76	8	704	40	9	8	41	1.69
7615833--7615872	17	2.2	18	86	8	55	10	12	0	77	0.99
7615833--7615915	34	2.4	35	82	9	98	12	12	0	75	1.04
7615996--7616033	15	2.5	15	87	8	51	78	0	0	21	0.74
7615996--7616038	20	2.1	21	86	4	61	79	0	2	18	0.85
7616436--7616489	10	5.2	10	78	8	54	62	20	3	12	1.45
7616438--7616486	22	2.2	22	85	0	62	69	14	4	12	1.33
7616887--7616921	11	3.2	11	87	0	52	77	0	0	22	0.78
7618646--7618742	27	3.6	27	82	10	126	60	1	5	32	1.25
7618626--7618737	54	2.1	55	85	8	149	64	0	5	29	1.22
7618716--7618757	17	2.4	17	88	8	57	59	0	2	38	1.10
7618750--7618779	15	2.1	14	93	6	51	76	3	0	20	0.92
7618976--7619168	44	4.5	44	84	3	241	45	17	12	23	1.83
7618976--7619209	44	5.5	44	82	6	234	45	17	13	23	1.84
7618980--7619230	87	2.9	85	80	10	248	46	16	13	23	1.82
7618976--7619209	128	1.8	126	85	9	330	45	17	13	23	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7620240--7620288	18	2.7	18	84	9	64	8	12	0	79	0.93
7622780--7627814	181	27.9	180	75	8	3456	40	8	9	41	1.68
7624208--7624240	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
7627109--7627141	18	1.9	17	88	11	50	51	0	6	42	1.26
7628189--7633581	181	29.8	181	71	9	2086	39	8	9	42	1.68
7630089--7630121	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
7630069--7630121	16	3.0	18	75	13	56	43	7	7	41	1.61
7627829--7630899	539	5.7	533	75	7	1874	39	8	10	42	1.68
7631439--7633583	542	4.0	531	73	9	1317	39	8	9	42	1.67
7631421--7633587	361	6.0	360	74	9	1477	39	8	9	42	1.67
7634121--7634150	15	1.9	16	93	6	53	40	6	3	50	1.45
7633622--7634444	180	4.6	180	79	2	765	42	9	7	40	1.67
7634299--7634596	153	2.0	152	84	3	393	41	11	8	38	1.71
7634452--7635350	180	5.2	177	74	11	721	41	9	8	40	1.69
7635085--7635123	18	2.2	18	86	9	53	58	0	5	35	1.20
7641204--7641319	61	1.9	61	83	5	153	30	11	17	41	1.84
7641388--7641420	1	33.0	1	100	0	66	100	0	0	0	0.00
7641729--7641897	62	2.7	61	76	10	173	42	14	10	33	1.80
7645929--7646015	34	2.6	34	74	3	86	37	14	13	33	1.86
7646028--7646093	34	1.9	34	84	0	87	40	16	12	30	1.85
7646075--7646161	34	2.6	34	81	0	111	31	13	17	37	1.89
7647013--7647049	18	2.1	18	90	10	58	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7647148--7647210	21	3.1	20	84	9	65	33	0	7	58	1.27
7647168--7647373	10	20.4	10	70	8	114	31	1	9	57	1.41
7647326--7647373	21	2.3	20	86	13	71	31	2	10	56	1.45
7647711--7647755	18	2.5	18	96	0	81	44	2	4	48	1.35
7648367--7648416	24	2.1	24	85	3	66	34	0	4	62	1.14
7648404--7648462	20	2.9	20	79	2	64	38	3	3	54	1.34
7648404--7648461	19	2.9	20	84	5	64	37	3	3	55	1.34
7648775--7648817	22	2.0	22	95	0	77	58	0	9	32	1.30
7648825--7648921	18	5.6	17	69	12	54	69	3	3	24	1.18
7648837--7648922	18	4.9	17	73	12	68	65	3	3	27	1.25
7648825--7648922	35	2.8	33	80	11	108	68	3	3	25	1.19
7649115--7649157	21	2.0	21	86	4	59	60	0	2	37	1.10
7650193--7650223	3	10.3	3	92	0	53	67	0	3	29	1.06
7651018--7651283	126	2.1	126	83	2	329	34	15	12	37	1.84
7656051--7656122	23	3.1	23	89	0	117	41	9	11	37	1.74
7656616--7656660	21	2.1	22	92	8	76	57	8	0	33	1.30
7660337--7661007	187	3.7	185	81	7	701	40	11	12	35	1.79
7660337--7661007	363	1.8	366	81	6	827	40	11	12	35	1.79
7660697--7661019	181	1.8	176	85	9	458	41	12	13	32	1.82
7668859--7669166	134	2.3	134	81	6	347	41	17	11	29	1.85
7669834--7669874	15	2.6	15	88	7	55	63	0	0	36	0.95
7671724--7671775	25	2.0	26	89	10	81	38	15	3	42	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7673256--7673282	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
7674686--7674727	21	2.0	22	85	4	59	66	2	0	30	1.04
7682143--7682168	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
7686976--7687131	76	2.0	77	91	2	251	35	10	8	44	1.71
7688733--7692088	839	4.0	837	92	3	5496	25	19	16	38	1.92
7694719--7694753	6	5.8	6	100	0	70	17	0	48	34	1.47
7696648--7696688	2	20.5	2	94	0	73	48	0	2	48	1.14
7701369--7701398	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
7701926--7702216	155	1.9	155	89	3	462	40	5	4	49	1.44
7701970--7702287	155	2.1	153	81	8	367	42	4	3	50	1.38
7702428--7702453	12	2.2	12	100	0	52	65	0	0	34	0.93
7702437--7702511	22	3.4	22	73	12	64	50	1	4	44	1.29
7702478--7702547	21	3.3	20	78	6	68	50	2	1	45	1.25
7702515--7702598	43	2.0	43	83	6	109	51	3	2	42	1.32
7702713--7702746	7	4.7	7	88	3	50	41	2	2	52	1.31
7702676--7702725	26	2.0	25	88	8	66	48	0	0	52	1.00
7703283--7703345	21	3.0	20	71	13	54	36	3	9	50	1.51
7708100--7708170	9	8.2	9	72	18	53	49	0	1	49	1.09
7708100--7708170	26	2.8	26	87	4	101	49	0	1	49	1.09
7708134--7708173	15	2.6	16	84	4	55	50	0	2	47	1.14
7710692--7710729	19	2.0	19	100	0	76	36	15	10	36	1.82
7720301--7720378	31	2.6	29	74	9	84	39	8	0	51	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7720948--7720990	17	2.7	16	85	7	61	65	0	0	34	0.93
7720945--7720995	17	3.1	17	73	18	54	66	0	0	33	0.92
7720947--7721010	18	3.6	17	76	15	67	60	0	0	39	0.97
7727227--7727257	2	15.5	2	100	0	62	0	51	0	48	1.00
7727257--7727282	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
7732477--7732519	18	2.3	18	80	4	50	18	9	13	58	1.62
7741484--7741589	54	2.0	54	80	0	122	58	7	8	25	1.54
7742587--7742638	27	1.9	27	88	0	77	26	1	0	71	0.97
7743764--7743802	2	19.5	2	89	0	60	48	0	5	46	1.24
7744295--7744356	20	3.2	19	88	6	88	33	0	8	58	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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