genome.fa.s201.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168026.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_28, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  15507587

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2371139--2371172	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2371764--2371789	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2372165--2372223	22	2.7	22	82	10	59	30	3	1	64	1.20
2373740--2373780	19	2.0	21	86	9	59	75	4	7	12	1.16
2375244--2375271	13	2.2	13	100	0	56	57	0	0	42	0.99
2375206--2375304	30	3.3	29	78	14	94	62	1	1	35	1.09
2376062--2376111	21	2.5	20	80	6	55	34	6	6	54	1.50
2376238--2376294	30	1.9	30	85	0	78	45	3	8	42	1.52
2377189--2377229	22	1.9	22	85	5	57	26	7	0	65	1.18
2378811--2378838	13	2.2	13	100	0	56	57	0	0	42	0.99
2378774--2378854	31	2.6	30	84	5	99	60	1	0	38	1.05
2378799--2378877	31	2.6	30	82	11	92	60	0	1	37	1.05
2379269--2379309	22	1.9	22	85	5	57	26	7	0	65	1.18
2380838--2380873	11	3.3	11	84	0	54	16	0	30	52	1.44
2380838--2380885	22	2.2	22	88	0	69	18	2	29	50	1.59
2380902--2381005	52	2.0	52	86	3	147	39	5	22	32	1.78
2381627--2381698	27	2.7	28	75	14	80	54	0	0	45	0.99
2381630--2381698	26	2.6	27	78	13	81	53	0	0	46	1.00
2381625--2381679	18	3.1	17	75	12	56	56	0	0	43	0.99
2381627--2381690	18	3.5	18	72	18	51	54	0	0	45	0.99
2382077--2382110	16	2.1	17	94	5	61	50	0	0	50	1.00
2385102--2385133	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2388835--2388911	19	4.3	18	68	22	54	50	2	2	44	1.29
2388846--2388911	34	1.9	35	82	14	84	51	3	3	42	1.32
2389070--2389099	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2389319--2389378	32	1.9	31	96	3	111	65	1	1	31	1.13
2390764--2390799	17	2.2	16	90	5	54	30	0	2	66	1.06
2390753--2390822	36	2.0	35	86	5	97	25	1	5	67	1.21
2391911--2391961	21	2.3	23	78	18	54	25	3	0	70	1.04
2391929--2391989	3	19.3	3	77	12	52	27	1	3	67	1.16
2392030--2392124	45	2.1	45	84	7	122	36	5	5	52	1.47
2392090--2392143	20	2.8	20	88	2	74	37	1	7	53	1.40
2392090--2392152	20	3.1	21	78	17	71	39	3	7	49	1.48
2392205--2392242	16	2.4	16	90	0	58	36	0	2	60	1.11
2395256--2395306	26	2.0	24	81	7	57	52	3	0	43	1.19
2395682--2395733	26	2.0	26	85	7	70	57	0	0	42	0.98
2396063--2396114	17	3.1	17	86	8	63	1	55	11	30	1.46
2399843--2399913	33	2.3	29	83	11	81	45	4	4	46	1.42
2402618--2402707	41	2.2	41	93	0	153	14	32	22	31	1.94
2409377--2409417	21	1.9	23	85	14	61	36	0	0	63	0.95
2409554--2409605	24	2.2	24	82	6	61	48	0	1	50	1.12
2409716--2409769	24	2.4	23	84	9	67	44	0	3	51	1.19
2409761--2409818	25	2.4	24	77	5	62	51	1	1	44	1.21
2410631--2410711	36	2.2	36	82	0	90	28	55	3	12	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2410654--2410729	12	5.8	12	74	17	62	27	57	3	10	1.50
2410696--2410765	24	2.9	24	82	0	77	22	58	4	14	1.53
2410748--2410940	30	6.2	30	76	8	136	24	49	3	22	1.66
2410807--2411085	135	2.1	135	97	0	531	21	49	5	23	1.70
2410949--2411094	30	4.9	30	77	9	145	21	47	5	24	1.72
2410952--2411067	60	1.9	61	87	1	171	22	48	3	25	1.66
2411065--2411193	60	2.2	60	84	2	161	20	48	7	23	1.75
2411156--2411333	30	5.9	30	81	2	162	24	50	4	21	1.67
2411156--2411333	60	3.0	60	82	3	198	24	50	4	21	1.67
2411129--2411313	90	2.1	88	83	10	223	22	49	4	22	1.68
2411156--2411322	90	1.9	90	91	2	273	23	49	4	22	1.69
2411156--2411348	90	2.2	90	86	2	264	23	50	4	21	1.66
2411361--2411413	15	3.3	15	75	14	52	26	62	5	5	1.40
2411462--2411497	12	3.0	12	91	0	54	16	58	8	16	1.61
2411463--2411497	18	1.9	18	100	0	70	17	57	8	17	1.64
2416202--2416244	10	3.8	11	81	12	52	2	20	0	76	0.89
2416199--2416232	16	2.3	15	90	10	52	0	17	0	82	0.67
2416205--2416246	23	1.9	21	90	9	66	2	23	0	73	0.94
2424212--2424242	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2430263--2430298	13	2.9	12	84	8	54	50	33	0	16	1.46
2430310--2430380	28	2.5	28	88	4	97	49	26	4	19	1.67
2430988--2431509	186	2.8	187	86	2	712	42	10	11	36	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2431365--2431635	124	2.2	125	82	5	316	41	11	10	36	1.75
2431669--2431935	125	2.1	125	88	0	381	41	11	11	35	1.78
2431179--2432217	312	3.3	310	85	1	1314	41	11	11	35	1.77
2431742--2432132	187	2.1	185	80	5	455	41	10	11	37	1.75
2431980--2432217	125	1.9	125	79	1	271	41	10	13	34	1.79
2441343--2441374	2	16.0	2	93	0	55	46	3	0	50	1.17
2443828--2443852	10	2.5	10	100	0	50	24	8	20	48	1.76
2445316--2445340	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2447198--2447235	2	19.5	2	84	15	53	47	2	0	50	1.15
2449207--2449246	19	2.1	19	100	0	80	45	5	30	20	1.72
2450747--2450785	21	1.9	21	84	5	53	51	10	2	35	1.50
2451299--2451324	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
2451526--2451572	16	2.9	16	83	3	58	36	2	2	59	1.21
2451582--2451619	19	2.1	18	90	9	60	50	0	0	50	1.00
2459592--2459618	3	9.0	3	100	0	54	33	0	33	33	1.58
2463220--2463256	12	3.2	12	85	11	51	56	0	0	43	0.99
2463386--2463419	13	2.5	14	90	4	52	32	8	0	58	1.29
2463645--2463712	29	2.4	27	82	4	82	44	0	4	51	1.21
2464471--2464582	8	14.4	7	74	15	64	16	2	3	76	1.04
2464468--2464553	6	13.7	6	71	19	52	13	2	3	80	0.95
2464468--2464582	20	5.7	20	69	17	69	16	2	3	77	1.02
2464467--2464582	26	4.6	25	71	19	73	17	2	3	76	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2464467--2464585	15	8.2	14	70	23	61	17	2	3	76	1.04
2464545--2464585	4	10.5	4	80	15	50	21	2	2	73	1.07
2465569--2465594	9	2.9	9	100	0	52	0	7	0	92	0.39
2465672--2465752	15	5.6	14	79	15	85	19	7	0	72	1.07
2465615--2465710	4	23.5	4	75	17	51	22	2	3	71	1.10
2465600--2465747	74	2.0	71	79	8	156	20	4	2	71	1.17
2465775--2466056	59	4.7	59	80	12	288	45	4	12	37	1.62
2465775--2466056	122	2.3	120	85	8	367	45	4	12	37	1.62
2471492--2471533	16	2.6	17	85	10	54	54	4	33	7	1.49
2476403--2476446	18	2.3	19	84	7	54	86	0	9	4	0.70
2477435--2477758	41	7.9	39	84	10	382	23	17	20	37	1.93
2477435--2477738	82	3.7	82	88	5	445	24	17	20	38	1.93
2477435--2477738	123	2.5	121	86	7	425	24	17	20	38	1.93
2477810--2477907	46	2.2	44	88	3	142	24	13	21	40	1.89
2478066--2478192	6	20.5	6	70	19	57	19	3	3	73	1.13
2478161--2478213	15	3.7	14	81	16	56	26	3	1	67	1.17
2478297--2478345	20	2.5	20	74	12	55	24	4	6	65	1.33
2479229--2479334	14	6.9	14	71	22	56	16	1	3	77	1.01
2479245--2479349	4	25.8	4	75	16	67	18	2	3	75	1.08
2479451--2479901	58	7.6	58	74	16	352	45	7	11	36	1.68
2479451--2479902	180	2.5	177	79	11	501	44	7	11	36	1.68
2479377--2479902	122	4.4	117	83	10	620	45	7	11	36	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2480792--2480833	18	2.3	18	87	0	66	33	2	0	64	1.07
2482544--2482614	29	2.4	29	85	2	88	61	5	7	25	1.43
2483008--2483047	2	20.0	2	84	0	53	50	2	5	42	1.37
2485278--2485326	24	2.0	24	85	14	66	69	0	0	30	0.89
2486882--2486935	22	2.5	22	90	0	81	48	16	16	18	1.82
2490323--2490438	34	3.4	34	74	2	108	43	4	6	45	1.48
2497815--2497894	40	2.0	41	92	2	135	20	17	18	43	1.88
2504976--2505025	17	3.1	16	76	23	59	46	0	0	54	1.00
2504959--2505026	34	2.0	34	82	5	84	48	0	0	51	1.00
2513135--2513320	91	2.0	92	87	6	270	49	12	18	18	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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