genome.fa.s201.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168026.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_28, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  15507587

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
801520--801544	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
806423--806479	27	2.1	27	86	0	78	29	29	21	19	1.97
806573--806636	32	2.0	32	87	0	92	23	26	29	20	1.99
807699--807855	80	2.0	80	87	0	224	29	17	22	29	1.97
808608--808645	14	2.6	14	91	4	58	60	0	0	39	0.97
808610--808645	7	4.9	8	80	19	51	61	0	0	38	0.96
808613--808725	21	5.1	21	71	22	72	62	4	2	30	1.28
808648--808707	18	3.5	17	80	13	61	63	5	5	26	1.36
808666--808749	8	10.2	8	74	15	57	71	2	3	22	1.13
808685--808751	10	6.6	10	75	13	57	74	1	2	20	1.03
808687--808752	7	8.4	7	73	20	51	74	1	3	21	1.04
808679--808752	24	3.1	24	75	9	73	72	1	4	21	1.08
809501--809588	40	2.2	40	93	2	151	28	14	28	28	1.95
809549--809705	80	2.0	80	87	2	226	28	19	25	27	1.98
818817--818870	20	2.7	20	86	11	67	44	3	1	50	1.30
819460--819498	19	2.1	18	86	13	53	64	0	0	35	0.94
824568--824638	21	3.4	21	74	0	61	8	42	16	32	1.79
824734--824776	15	2.9	15	85	0	59	9	37	13	39	1.78
836882--836976	47	2.0	47	89	4	147	43	30	11	14	1.81
837602--837660	24	2.5	23	78	15	59	49	1	0	49	1.11
838019--838080	21	2.9	21	78	9	72	48	3	1	46	1.28
839747--839776	15	1.9	16	93	6	53	33	0	13	53	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
839862--839921	31	1.9	32	86	10	88	36	3	6	53	1.44
840469--840542	37	2.1	37	85	10	100	31	16	8	44	1.76
841148--841380	77	3.0	77	91	1	376	42	6	8	42	1.62
841150--841382	78	3.0	78	91	0	378	42	6	8	41	1.62
844241--844267	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
845694--845722	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
848009--848061	27	2.0	27	88	0	79	30	13	9	47	1.74
861357--861392	18	1.9	19	88	5	56	55	2	0	41	1.14
866070--866102	11	2.7	13	90	9	52	48	3	0	48	1.17
872422--872466	18	2.4	18	85	10	56	40	2	2	55	1.24
872422--872473	18	2.9	18	83	11	54	42	3	1	51	1.31
874477--874897	138	3.0	138	89	2	619	30	22	25	21	1.99
878350--878739	58	6.7	58	82	5	419	40	10	4	44	1.59
878349--878762	117	3.5	115	81	6	447	41	9	4	44	1.58
878349--878739	175	2.2	176	83	4	477	40	10	4	44	1.59
878758--878795	10	3.4	11	89	10	51	78	5	0	15	0.91
878825--878850	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
878843--878884	15	2.7	16	85	3	50	78	4	2	14	1.01
879704--879745	22	1.9	22	95	0	75	57	0	9	33	1.31
879717--879785	31	2.2	32	82	10	90	62	1	5	30	1.27
879688--879802	53	2.1	54	82	9	137	61	0	6	30	1.28
879810--879934	15	8.0	15	64	24	53	71	3	1	24	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
879892--879933	6	6.7	6	84	15	50	80	4	0	14	0.86
879891--879933	14	3.3	13	84	9	61	81	4	0	13	0.84
879858--879928	7	10.0	7	76	8	54	74	5	1	18	1.08
880594--880671	39	2.0	39	97	0	147	46	2	8	42	1.49
881038--881065	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
883019--883043	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
885424--885474	25	2.1	24	85	3	66	45	0	1	52	1.12
886667--886711	20	2.3	19	85	14	56	35	0	0	64	0.94
886668--886711	22	2.1	20	87	8	61	36	0	0	63	0.95
889259--889284	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
893144--893187	22	2.0	22	95	0	79	31	11	13	43	1.80
896678--896762	28	3.0	28	100	0	170	40	10	21	28	1.86
896927--896970	22	2.0	22	95	0	79	31	11	13	43	1.80
898532--898814	119	2.4	119	91	1	460	33	20	12	33	1.90
903865--903913	10	4.7	11	76	18	52	20	14	12	53	1.73
911755--911792	2	19.0	2	88	0	58	0	44	2	52	1.14
911838--911877	21	2.0	20	85	5	53	0	17	5	77	0.94
928005--928034	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
930743--930803	31	2.0	31	90	6	97	49	0	1	49	1.10
932086--932172	44	2.0	44	82	8	108	54	2	1	42	1.20
932764--932827	33	2.0	32	87	3	92	51	4	0	43	1.22
933082--933125	20	2.3	19	88	11	63	50	0	2	47	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
933122--933170	12	3.8	13	84	12	66	65	0	0	34	0.93
933122--933172	26	1.9	27	84	11	70	64	0	0	35	0.94
934223--934281	25	2.4	25	75	11	68	47	3	1	47	1.29
956863--956898	19	1.9	18	88	5	54	44	0	0	55	0.99
959117--959154	20	1.9	20	89	10	60	34	26	23	15	1.95
970904--970930	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
971778--971854	28	2.7	28	79	2	91	46	0	5	48	1.24
979741--979805	26	2.4	26	77	10	69	38	6	6	49	1.53
980333--980385	17	3.1	17	80	17	56	54	0	7	37	1.29
980985--981037	26	2.1	26	85	3	72	39	5	3	50	1.44
981794--981858	17	3.8	17	74	8	60	38	7	15	38	1.76
983454--983558	52	2.0	52	90	0	165	55	7	5	31	1.52
985715--985747	15	2.2	15	94	0	57	51	33	0	15	1.43
986238--986294	12	4.6	12	73	16	53	56	1	1	40	1.20
986238--986309	24	2.9	24	76	15	74	51	1	1	45	1.18
986242--986313	13	5.8	12	69	22	51	51	1	1	45	1.18
989711--989757	23	2.0	23	100	0	94	46	29	4	19	1.68
1004029--1004120	29	3.2	29	76	1	87	58	6	5	29	1.46
1004035--1004120	19	4.6	18	68	17	59	58	6	4	30	1.45
1005016--1005054	12	3.2	12	82	7	51	43	0	0	56	0.99
1007196--1007250	19	2.8	20	81	8	69	60	0	1	38	1.08
1007302--1007354	5	10.2	5	78	13	54	54	1	0	43	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1007298--1007345	16	3.3	14	81	16	53	56	0	0	43	0.99
1014644--1014721	11	6.8	11	70	12	50	46	2	0	51	1.14
1014653--1014728	24	3.2	24	82	0	80	47	2	0	50	1.15
1014895--1014945	26	1.9	27	88	4	77	52	0	3	43	1.19
1023497--1023525	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
1024583--1024644	31	2.0	32	87	3	90	64	11	16	8	1.48
1026203--1026257	11	5.3	11	72	12	53	47	0	1	50	1.11
1026237--1026288	26	1.9	27	84	7	70	65	0	0	34	0.93
1026236--1026294	26	2.2	27	78	6	66	62	1	0	35	1.05
1026357--1026404	21	2.3	21	85	0	69	58	0	2	39	1.10
1027577--1027619	19	2.3	19	88	8	61	39	0	2	58	1.11
1028556--1028617	24	2.7	23	78	14	65	37	0	3	59	1.13
1029766--1029811	11	4.1	12	78	13	53	36	0	4	58	1.18
1029792--1029898	47	2.2	51	79	14	127	43	0	1	54	1.11
1030001--1030051	15	3.1	17	77	13	61	70	0	0	29	0.87
1030001--1030050	16	3.1	16	80	11	57	70	0	0	30	0.88
1030001--1030053	18	3.1	18	71	20	51	69	0	0	30	0.88
1030815--1030869	14	3.7	15	76	9	51	52	1	0	45	1.11
1033490--1033516	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
1034525--1034593	23	2.9	23	82	10	68	47	0	2	49	1.16
1035752--1035821	34	2.1	34	83	0	86	42	8	5	42	1.59
1040317--1040357	13	2.9	14	89	10	57	70	0	2	26	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1041367--1041405	13	3.0	13	76	0	51	46	12	0	41	1.42
1049414--1049534	43	2.9	41	89	9	199	54	9	12	23	1.66
1049414--1049548	41	3.3	42	88	9	183	51	10	14	23	1.72
1050784--1050809	12	2.2	12	100	0	52	42	15	15	26	1.87
1054616--1054654	16	2.4	16	82	0	51	35	0	0	64	0.94
1054609--1054657	12	3.8	13	79	20	50	36	0	0	63	0.95
1054623--1054658	18	2.1	17	89	5	54	36	0	0	63	0.94
1057296--1057329	17	1.9	18	88	5	52	35	5	0	58	1.22
1057472--1057540	33	2.1	32	82	12	79	47	1	1	49	1.19
1057658--1057701	20	2.2	20	87	0	61	34	18	4	43	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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