genome.fa.s201.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168026.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_28, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  15507587

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8015534--8015620	33	2.6	33	85	10	115	19	2	31	47	1.62
8015557--8015620	34	1.9	34	93	3	112	18	3	31	46	1.65
8017030--8017084	3	19.0	3	77	7	60	38	0	0	61	0.96
8017432--8017499	34	2.0	34	91	0	109	50	10	20	19	1.76
8017445--8017520	34	2.2	34	86	4	100	50	10	19	19	1.77
8017456--8017872	174	2.4	173	87	4	579	47	12	17	22	1.81
8017836--8017900	34	1.9	34	84	6	87	53	16	16	12	1.72
8017710--8018008	136	2.2	137	90	1	465	46	13	19	20	1.83
8018132--8018421	110	2.6	108	81	5	357	41	18	18	21	1.91
8018313--8018495	88	2.1	88	81	7	212	40	18	19	22	1.91
8018406--8018760	132	2.7	130	87	2	476	38	18	19	23	1.93
8018633--8018691	22	2.6	22	84	7	75	35	20	18	25	1.95
8018669--8018867	88	2.3	88	84	0	254	41	19	18	20	1.90
8025452--8025541	16	5.6	16	75	9	67	18	1	34	45	1.57
8025479--8025514	17	2.3	15	90	9	54	8	0	41	50	1.33
8025485--8025554	16	4.3	16	74	16	54	20	1	30	48	1.58
8027275--8027354	30	2.7	29	75	11	72	40	3	1	55	1.26
8027607--8027857	124	2.0	124	79	10	269	45	8	4	40	1.56
8027906--8027963	24	2.4	24	85	5	73	51	1	5	41	1.34
8032574--8032608	17	2.1	17	88	0	52	28	31	14	25	1.95
8034462--8034509	25	1.9	25	86	0	69	75	0	16	8	1.04
8034860--8034907	20	2.5	20	90	9	75	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8034860--8034913	20	2.9	18	82	12	65	64	0	1	33	1.04
8035921--8035979	27	2.1	28	85	14	79	52	3	0	44	1.17
8036435--8036958	263	2.0	265	89	5	805	31	6	6	55	1.53
8038978--8039045	26	2.6	25	82	15	93	51	0	1	47	1.09
8039263--8039361	50	2.0	49	94	5	175	47	4	4	44	1.40
8039282--8039396	50	2.2	50	83	9	131	49	2	3	44	1.33
8039570--8039623	24	2.2	25	78	15	60	55	1	1	40	1.21
8048940--8048973	13	2.5	14	90	4	52	50	0	2	47	1.16
8049077--8049118	20	2.1	20	95	0	75	38	4	16	40	1.70
8049507--8049556	22	2.3	22	96	0	91	24	10	14	52	1.71
8049615--8049658	18	2.3	20	80	7	56	50	0	0	50	1.00
8049717--8049745	13	2.1	14	93	6	51	41	0	0	58	0.98
8060459--8060493	18	1.9	18	94	0	61	42	8	5	42	1.59
8060734--8060782	17	2.9	17	81	0	62	38	16	8	36	1.78
8060972--8061075	23	4.7	23	69	10	81	46	16	5	31	1.70
8061111--8061160	21	2.3	22	82	6	66	46	12	6	36	1.66
8065868--8065997	63	2.0	65	80	4	147	33	13	13	40	1.83
8066617--8066660	16	2.7	15	86	10	52	65	4	4	25	1.30
8066631--8066660	16	1.9	16	93	6	53	73	0	3	23	0.98
8071133--8071309	95	1.9	95	84	2	239	35	19	9	36	1.84
8071229--8071429	105	1.9	104	84	1	267	35	17	6	40	1.75
8072530--8072651	32	3.8	32	80	4	104	10	16	26	46	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8077648--8077677	13	2.3	13	94	0	51	26	10	6	56	1.57
8078825--8080693	160	11.7	160	78	6	1493	33	9	13	43	1.76
8085052--8085096	15	2.8	16	83	10	65	55	22	0	22	1.44
8088273--8088316	19	2.4	19	80	3	54	47	0	2	50	1.13
8088355--8088447	42	2.3	40	75	15	93	56	1	1	40	1.13
8096696--8096785	34	2.7	33	85	3	108	42	12	5	40	1.66
8096769--8096875	34	3.1	34	82	7	137	45	7	8	38	1.63
8097401--8097542	68	2.1	68	80	7	164	45	7	9	38	1.63
8099883--8099912	15	2.0	15	100	0	60	33	26	6	33	1.83
8100415--8100446	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
8100767--8100798	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
8102934--8103263	161	2.0	161	82	7	402	43	14	8	33	1.75
8107339--8107391	2	26.5	2	100	0	106	50	0	49	0	1.00
8119542--8119785	124	2.0	123	83	4	312	33	15	14	36	1.88
8120461--8120628	61	2.7	59	73	7	147	32	17	13	36	1.89
8122542--8122688	61	2.4	61	79	6	138	38	18	6	36	1.76
8123877--8124005	62	2.1	63	91	7	210	34	11	10	43	1.76
8126517--8126562	18	2.6	17	76	10	56	36	32	2	28	1.69
8126748--8127084	158	2.1	158	79	5	358	40	17	6	35	1.76
8127651--8127733	39	2.1	39	82	8	98	36	14	16	32	1.89
8128471--8128698	116	2.0	116	95	0	411	37	21	5	35	1.76
8130648--8130684	17	2.2	17	95	0	65	72	0	0	27	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8130703--8130757	9	5.9	9	78	16	58	72	1	1	23	1.04
8131826--8131875	3	16.7	3	91	0	82	34	28	2	36	1.69
8131874--8131902	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
8133231--8133588	63	5.6	62	75	11	264	40	13	14	31	1.84
8133316--8133588	127	2.1	128	81	4	311	40	13	14	31	1.84
8133548--8133666	46	2.7	44	79	7	116	37	15	15	31	1.89
8133548--8133678	44	2.9	44	78	8	140	38	16	15	30	1.89
8133918--8133944	14	1.9	14	100	0	54	48	7	0	44	1.31
8137883--8138027	76	1.9	76	94	0	254	31	10	17	40	1.84
8144469--8144509	20	2.0	20	100	0	82	34	0	14	51	1.43
8144639--8144765	68	1.9	68	86	0	182	35	7	14	42	1.74
8145064--8145099	15	2.4	15	95	0	63	13	8	13	63	1.50
8146806--8146873	35	1.9	35	82	11	86	10	13	0	76	1.02
8146823--8146872	21	2.5	21	84	15	63	14	12	0	74	1.09
8146830--8146864	7	5.3	7	90	10	56	14	11	0	74	1.08
8154141--8154302	81	2.0	81	90	0	252	38	12	6	42	1.69
8154371--8154402	16	2.0	16	100	0	64	31	25	6	37	1.81
8158347--8158393	20	2.2	22	81	7	62	57	10	8	23	1.60
8162736--8162776	17	2.4	17	95	0	73	31	9	46	12	1.74
8162843--8162877	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
8171150--8171193	17	2.4	18	88	7	63	25	0	2	72	0.96
8171427--8171473	17	2.9	16	87	12	69	25	2	0	72	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8171432--8171487	15	3.7	14	81	15	51	21	0	3	75	0.96
8180904--8180956	22	2.3	23	81	15	58	69	5	7	16	1.31
8181661--8181828	89	1.9	91	82	3	214	42	9	14	33	1.78
8185278--8185310	3	11.3	3	93	6	59	63	0	36	0	0.95
8186757--8186794	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
8192708--8192846	58	2.4	58	80	4	156	27	17	15	39	1.90
8193131--8193177	24	2.0	24	87	8	69	25	4	12	57	1.54
8194750--8194791	17	2.6	17	81	7	52	26	0	7	66	1.17
8198535--8198576	17	2.6	17	81	7	52	26	0	7	66	1.17
8201584--8201701	58	2.1	58	91	1	193	34	11	7	45	1.69
8201717--8201742	13	2.0	13	100	0	52	69	0	0	30	0.89
8201789--8201871	3	27.7	3	85	4	105	68	3	2	25	1.18
8202187--8202223	19	1.9	19	94	0	65	27	18	21	32	1.97
8202283--8202342	11	5.3	11	76	11	50	56	15	0	28	1.39
8202292--8202322	13	2.4	13	94	0	53	61	16	0	22	1.34
8202611--8202666	19	2.9	19	79	10	60	67	1	3	26	1.16
8202624--8202729	27	3.8	28	79	10	112	59	1	4	33	1.29
8202952--8203265	80	3.7	87	82	8	364	44	18	13	23	1.85
8202938--8203265	43	7.7	43	79	9	334	44	18	13	23	1.85
8203145--8203215	35	2.0	35	86	0	97	40	23	11	23	1.87
8204259--8204288	7	4.4	7	95	4	53	10	13	0	76	1.01
8204259--8204315	14	4.3	13	80	8	62	7	14	0	78	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8204286--8204323	17	2.2	18	95	4	69	2	15	0	81	0.80
8204256--8204325	27	2.6	27	78	17	74	5	14	0	80	0.89
8204258--8204312	7	7.9	7	78	13	51	5	14	0	80	0.89
8204286--8204323	18	2.2	17	90	4	58	2	15	0	81	0.80
8214756--8214791	19	1.9	19	88	5	56	36	8	13	41	1.75
8214717--8214849	54	2.5	55	80	6	146	32	12	12	42	1.80
8214847--8214894	15	3.1	15	87	3	60	45	2	2	50	1.25
8214849--8214894	16	2.9	16	87	3	58	47	2	2	47	1.26
8214959--8214988	15	1.9	16	93	6	53	83	0	3	13	0.77
8215794--8215869	20	4.0	20	68	23	56	69	1	2	26	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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