genome.fa.s201.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168026.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_28, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  15507587

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8717634--8717689	29	1.9	29	88	0	85	46	14	8	30	1.75
8718984--8719036	27	2.1	27	83	13	69	20	1	7	69	1.22
8719268--8719295	12	2.3	12	100	0	56	85	0	0	14	0.59
8719243--8719303	18	3.3	19	73	13	65	77	3	4	14	1.07
8719239--8719295	25	2.3	25	75	6	62	77	3	3	15	1.05
8720105--8720207	3	35.3	3	83	9	133	63	0	3	32	1.19
8720174--8720208	8	4.2	8	89	7	52	62	2	0	34	1.10
8720105--8720241	18	7.2	20	79	13	123	59	3	3	32	1.32
8720182--8720279	53	1.9	50	81	10	117	57	6	4	32	1.42
8720619--8720746	56	2.3	54	79	10	134	42	20	21	16	1.89
8720670--8721195	120	4.4	120	79	5	436	43	15	21	19	1.87
8721950--8722024	13	5.8	12	70	16	51	6	10	5	77	1.12
8725885--8725912	10	2.8	10	100	0	56	10	0	7	82	0.85
8726321--8726364	19	2.2	20	88	4	63	79	2	6	11	1.01
8727162--8727346	3	63.3	3	70	12	100	61	4	3	30	1.33
8727171--8727208	20	1.9	20	88	0	58	76	5	0	18	0.97
8727245--8727331	8	10.1	8	77	14	68	57	4	2	35	1.32
8727234--8727332	11	9.4	10	74	18	78	57	4	3	35	1.33
8728048--8728111	32	2.0	32	81	6	76	26	9	18	45	1.80
8742250--8742522	136	2.0	136	91	0	438	27	24	13	33	1.94
8742909--8742942	17	2.0	17	94	0	59	52	5	2	38	1.41
8742947--8742979	11	3.1	11	86	4	50	21	6	0	72	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8753072--8753118	23	2.1	21	84	7	58	23	4	8	63	1.40
8760975--8761032	28	2.1	28	96	0	107	34	10	8	46	1.69
8765137--8765185	21	2.3	21	85	0	71	26	10	22	40	1.86
8768482--8769918	161	8.9	160	82	3	1406	33	9	15	42	1.79
8768482--8769918	323	4.5	319	81	3	1345	33	9	15	42	1.79
8773128--8773171	5	8.8	5	85	14	56	20	0	0	79	0.73
8773128--8773171	17	2.5	18	85	14	65	20	0	0	79	0.73
8773129--8773170	13	3.2	13	90	10	68	21	0	0	78	0.75
8775265--8775304	20	2.0	20	85	0	53	27	0	52	20	1.46
8775611--8775861	120	2.1	119	80	5	274	33	16	13	36	1.88
8775758--8775885	62	2.0	65	80	7	147	39	12	16	32	1.86
8775998--8776664	210	3.2	209	80	4	670	34	17	12	34	1.88
8776609--8776778	64	2.7	60	74	12	155	29	17	12	40	1.86
8778011--8778344	35	9.4	36	72	7	141	19	20	10	49	1.77
8778255--8778377	35	3.4	35	80	7	113	16	17	13	52	1.74
8778011--8778385	143	2.7	139	76	6	351	20	19	10	50	1.76
8778439--8778513	38	2.0	38	86	0	105	26	22	4	46	1.69
8778635--8778737	35	2.9	35	80	8	111	16	15	11	56	1.67
8779057--8779138	35	2.3	35	91	0	128	21	26	12	39	1.89
8779343--8779386	24	1.9	22	86	9	61	84	13	2	0	0.73
8779732--8779797	34	1.9	34	90	0	105	36	9	3	51	1.49
8780729--8780753	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8781863--8781895	13	2.6	13	95	4	59	15	0	6	78	0.93
8782374--8782443	9	7.6	9	72	12	61	24	2	0	72	0.98
8782432--8782519	38	2.4	37	76	3	97	35	6	1	56	1.33
8782497--8782543	17	2.8	17	93	3	78	25	6	0	68	1.13
8783365--8783509	6	23.7	6	71	18	61	22	2	1	73	1.03
8783379--8783410	3	10.7	3	93	0	55	28	0	0	71	0.86
8783440--8783518	5	14.8	5	73	23	56	16	3	0	79	0.87
8783446--8783501	19	2.9	19	80	15	71	14	5	0	80	0.88
8783441--8783523	11	7.4	11	75	17	64	16	4	0	78	0.92
8783536--8783873	59	5.7	58	82	9	366	42	6	12	39	1.69
8783536--8783873	60	5.7	60	82	6	381	42	6	12	39	1.69
8794219--8794285	13	5.6	12	73	16	59	79	1	13	5	0.99
8794218--8794293	23	3.3	22	75	19	66	77	1	15	5	1.01
8795309--8795597	41	7.0	40	75	10	226	26	15	19	37	1.92
8795377--8795646	125	2.1	125	83	6	332	26	16	20	37	1.93
8795336--8795647	82	3.7	81	78	9	256	26	16	19	37	1.93
8795849--8795913	24	2.6	25	81	16	80	38	6	0	55	1.25
8795895--8795982	3	28.3	3	86	11	124	31	2	0	65	1.05
8796778--8796807	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
8796828--8796873	21	2.2	21	96	0	83	15	0	0	84	0.62
8796818--8796876	31	1.9	31	89	0	91	16	1	1	79	0.89
8796829--8796876	5	9.4	5	90	4	78	16	0	0	83	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8796901--8797123	60	3.7	60	86	5	319	43	4	12	39	1.64
8796901--8797123	119	1.9	120	88	4	344	43	4	12	39	1.64
8797884--8797934	13	3.9	13	77	10	59	56	23	5	13	1.59
8797938--8797985	19	2.5	19	79	0	60	47	16	12	22	1.80
8798075--8798114	18	2.2	19	86	4	55	52	25	5	17	1.64
8803033--8803073	21	1.9	21	85	5	55	48	4	0	46	1.23
8815369--8815425	25	2.3	24	85	8	71	40	7	8	43	1.63
8820386--8820487	19	5.3	19	81	6	109	17	16	26	39	1.91
8820387--8820487	38	2.6	37	81	10	123	17	16	25	39	1.91
8820480--8820567	13	6.8	13	80	0	95	18	6	23	51	1.70
8821175--8821199	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
8823274--8823340	25	2.8	24	78	17	75	5	5	8	79	1.06
8823274--8823379	23	4.6	23	74	17	78	5	5	9	79	1.06
8823306--8823370	30	2.2	30	86	10	89	6	4	7	81	0.98
8823275--8823420	53	2.7	53	83	14	174	4	6	8	80	1.02
8823329--8823417	23	3.9	23	76	15	69	4	5	7	82	0.96
8823306--8823419	26	4.2	26	75	15	90	4	6	8	80	1.00
8823384--8823418	18	1.9	18	88	11	54	2	5	5	85	0.81
8823329--8823420	30	3.1	30	74	14	91	4	5	7	82	0.94
8823624--8823685	28	2.2	29	83	11	76	32	11	16	40	1.83
8823736--8823938	64	3.2	65	80	8	213	31	16	15	36	1.91
8823737--8824068	32	10.3	32	75	8	187	31	16	15	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8823882--8824022	67	2.1	65	83	5	167	32	14	14	39	1.86
8823992--8824052	29	2.1	30	87	3	88	31	19	16	32	1.94
8824510--8824559	22	2.3	22	85	0	73	34	22	16	28	1.95
8824290--8824592	158	1.9	158	85	4	414	35	16	14	33	1.90
8825567--8825620	21	2.4	23	87	6	76	3	11	1	83	0.85
8825567--8825634	12	5.6	12	77	11	52	4	13	1	80	0.92
8825567--8825634	21	3.1	21	78	4	73	4	13	1	80	0.92
8825588--8825636	14	3.8	13	82	12	50	6	12	2	79	0.99
8828383--8828421	20	2.0	20	94	0	69	56	2	15	25	1.52
8828390--8828421	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
8831712--8831797	19	4.5	19	86	2	102	20	6	27	44	1.77
8831712--8831809	19	5.2	19	87	0	88	21	9	26	42	1.82
8831776--8831818	19	2.3	19	87	0	59	23	18	18	39	1.92
8831850--8831915	25	2.6	25	86	9	89	16	4	25	53	1.62
8831850--8831911	13	4.9	12	74	5	52	16	4	24	54	1.61
8831876--8831924	25	2.0	25	84	8	64	14	8	22	55	1.65
8832075--8832135	3	20.0	3	83	9	79	29	3	0	67	1.07
8832286--8832321	5	6.5	6	93	6	51	55	0	0	44	0.99
8834373--8834410	20	1.9	20	88	0	58	39	5	0	55	1.23
8834402--8834540	66	2.1	66	82	5	174	39	7	10	42	1.67
8834401--8834540	22	6.4	22	75	7	106	39	7	10	42	1.67
8834436--8834561	66	1.9	66	80	6	148	39	8	10	41	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8834553--8834601	22	2.2	22	81	0	62	32	10	14	42	1.79
8834650--8834732	22	3.8	21	75	7	67	37	12	6	44	1.66
8834961--8835006	22	2.1	22	88	4	67	32	19	4	43	1.71
8835015--8835157	11	13.1	11	66	10	69	40	4	6	47	1.52
8835002--8835157	22	7.1	21	83	2	141	40	5	7	46	1.55
8834940--8835137	65	3.0	65	79	7	172	39	10	6	43	1.64
8835161--8835225	22	3.0	22	82	6	78	49	10	1	38	1.47
8835230--8835302	22	3.3	22	85	11	96	35	9	8	46	1.66
8835173--8835302	44	3.0	44	75	8	104	41	9	6	43	1.61
8835243--8835326	22	3.8	22	80	9	64	33	10	8	47	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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