genome.fa.s201.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168026.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_28, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  15507587

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211852--212253	182	2.2	182	78	7	399	37	6	10	46	1.64
211681--213877	180	12.4	180	73	7	1276	40	8	9	42	1.67
214002--214847	361	2.3	362	77	8	773	38	8	8	43	1.67
213874--218457	179	25.6	176	73	9	2318	40	8	9	41	1.69
217983--218378	170	2.3	172	78	9	419	40	8	10	39	1.70
217983--218457	170	2.7	170	77	11	390	41	8	10	39	1.70
219013--219192	75	2.4	75	86	2	254	33	22	20	23	1.97
221141--221631	175	2.8	176	76	7	415	44	8	7	39	1.63
221493--221796	162	1.9	163	84	6	411	42	7	8	41	1.63
221666--224104	179	13.7	178	72	12	825	40	8	9	41	1.68
221330--221956	341	1.9	335	82	5	785	43	8	8	39	1.66
222337--224105	889	2.0	889	79	6	1957	40	8	9	41	1.68
222324--224105	180	10.0	179	76	6	1415	40	8	9	41	1.68
222295--224123	356	5.1	355	76	8	1378	40	8	9	41	1.67
224005--224242	120	2.0	120	87	3	345	44	7	12	34	1.72
223854--224396	300	1.8	300	82	4	709	41	8	10	38	1.71
224424--225503	362	3.0	362	79	5	829	40	7	10	41	1.67
224624--226173	362	4.2	360	77	9	1056	40	7	10	42	1.67
224126--226470	180	12.9	180	73	8	1169	39	8	10	41	1.70
226377--226565	97	2.0	97	85	5	258	36	8	7	47	1.63
226622--226653	15	2.1	15	100	0	64	68	12	6	12	1.37
226474--226826	196	1.8	196	84	3	487	41	7	7	43	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226637--233122	181	36.2	181	75	8	4459	40	8	9	41	1.68
226997--227669	351	1.9	351	78	5	725	40	9	10	39	1.70
227349--233058	537	10.6	537	75	9	3510	39	8	9	41	1.69
227343--233123	363	16.1	361	75	8	4195	39	8	10	41	1.69
230677--230977	165	1.8	162	81	9	367	42	8	9	39	1.68
229230--233111	720	5.4	717	75	9	1783	39	8	9	41	1.68
230847--233076	361	6.2	354	74	7	1358	39	8	10	42	1.68
233137--239193	177	33.8	178	72	10	2235	41	9	8	40	1.68
233741--234607	357	2.5	343	77	7	785	41	9	8	40	1.68
234743--234775	18	1.9	17	88	11	50	39	6	6	48	1.53
233150--239385	542	11.6	543	74	9	3798	41	9	8	40	1.68
234804--239385	181	25.6	181	74	8	2746	41	9	8	40	1.68
235956--235999	23	1.9	23	85	0	61	59	2	2	36	1.23
237276--238946	718	2.3	713	80	3	1779	41	10	7	40	1.68
246647--248289	181	9.2	178	77	8	1341	41	7	7	43	1.61
246647--248275	359	4.6	358	78	8	1410	41	7	7	43	1.62
247974--248025	16	2.9	18	75	13	54	40	5	9	44	1.61
249308--250292	180	5.4	179	79	5	856	40	8	7	42	1.65
249504--250292	364	2.2	361	79	3	843	41	9	7	42	1.65
250343--252497	181	12.1	178	75	10	1358	41	7	8	42	1.63
250428--252433	712	2.8	701	75	9	1575	41	7	8	42	1.63
251880--252212	166	2.0	165	90	2	517	41	8	7	42	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
252040--252497	182	2.5	181	78	4	492	43	6	9	40	1.63
252542--258457	181	32.9	181	78	6	4717	42	8	7	41	1.63
252843--258457	360	15.6	362	77	6	4568	42	8	7	41	1.63
254880--254929	24	2.1	24	85	3	66	56	2	2	40	1.22
257119--257164	16	2.8	17	80	6	58	36	8	4	50	1.53
258388--258420	17	2.0	17	88	5	50	45	12	0	42	1.41
258525--259602	180	6.0	180	76	5	782	42	8	7	40	1.65
259631--261502	180	10.5	179	71	11	679	43	8	7	41	1.62
259654--265453	542	10.9	529	71	12	2039	42	8	7	41	1.63
260133--261145	359	2.8	359	76	7	890	44	7	7	41	1.60
260137--261502	180	7.6	178	73	8	826	43	8	7	41	1.62
261503--265453	180	22.0	181	75	7	2602	41	9	7	42	1.64
261503--264358	181	15.8	181	75	7	923	41	9	7	41	1.65
261511--265453	361	11.0	357	74	8	2163	41	9	7	41	1.64
262561--262604	17	2.5	17	89	10	63	43	6	4	45	1.51
262918--262966	17	2.8	18	75	15	57	44	8	4	42	1.53
266133--268203	181	11.6	177	76	10	1333	41	8	7	42	1.64
266132--268202	361	5.8	361	77	9	1690	41	8	7	42	1.64
267362--267416	18	3.1	19	72	17	64	41	9	5	43	1.59
269110--269176	20	3.3	20	72	10	55	76	5	5	11	1.15
270179--270216	18	2.1	18	90	9	60	71	10	0	18	1.14
270178--270222	17	2.6	18	82	6	58	68	8	0	22	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
270185--270223	18	2.2	18	85	0	51	71	7	0	20	1.10
270646--271705	181	5.9	181	81	3	1042	44	6	6	43	1.55
270511--271704	362	3.3	357	81	4	1216	44	6	5	42	1.54
271302--271352	17	2.9	18	80	14	61	52	5	3	37	1.44
270485--271705	543	2.3	531	80	4	1308	44	6	5	43	1.55
271664--271701	18	2.2	17	90	9	60	42	0	2	55	1.14
274434--274490	26	2.2	25	84	9	71	36	0	1	61	1.07
274862--274890	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
280655--281168	59	8.7	58	82	6	570	36	11	6	45	1.67
280734--280771	17	2.3	16	90	4	58	31	2	2	63	1.22
280655--281166	60	8.7	58	83	7	563	36	11	6	45	1.67
280835--280926	27	3.2	27	67	16	67	40	9	5	44	1.60
281191--281231	15	2.6	16	92	7	75	78	4	9	7	1.10
281211--281254	11	3.9	11	85	14	54	81	2	4	11	0.92
281179--281255	17	4.6	17	80	11	70	79	2	6	11	1.02
282293--282394	15	6.9	14	69	21	50	72	1	1	23	1.05
282560--282584	10	2.5	10	100	0	50	16	0	0	84	0.63
282676--282800	42	3.0	42	95	1	225	36	23	17	22	1.94
282785--282815	15	2.1	15	100	0	62	19	32	29	19	1.96
282743--282855	56	2.0	57	96	1	210	31	25	20	22	1.98
282800--282930	41	3.2	41	89	2	201	36	23	16	22	1.94
282623--282955	180	1.8	184	85	5	480	36	22	16	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
283957--284013	16	3.5	17	77	20	59	10	10	0	78	0.95
283978--284018	9	4.7	9	88	11	59	12	7	0	80	0.90
283950--283996	21	2.2	21	82	14	53	10	12	0	76	1.02
283968--284014	16	2.9	16	78	12	60	10	6	0	82	0.82
284011--284049	17	2.2	17	86	9	51	28	15	10	46	1.78
290701--290740	16	2.4	17	83	8	55	45	0	5	50	1.23
290675--291013	60	5.7	59	81	7	400	35	11	5	46	1.64
290822--290870	17	2.9	17	81	0	62	40	0	6	53	1.26
291038--291097	5	11.4	5	73	16	50	78	3	5	13	1.04
291028--291097	11	6.4	11	75	12	56	77	2	5	14	1.07
291121--291160	4	9.8	4	83	5	53	77	2	0	20	0.88
292001--292044	13	3.2	13	84	9	52	75	6	9	9	1.20
292156--292260	17	6.3	17	70	20	62	73	1	1	22	1.03
292153--292201	24	2.0	25	84	11	66	69	0	4	26	1.06
292217--292260	9	4.9	9	88	8	63	84	2	0	13	0.73
292224--292266	8	5.1	8	88	8	59	83	0	2	13	0.74
292224--292266	17	2.5	17	92	0	68	83	0	2	13	0.74
294459--294497	11	3.5	11	85	0	51	48	25	2	23	1.63
303214--303255	21	2.0	21	81	9	50	61	2	4	30	1.29
305229--305280	21	2.5	22	90	6	81	53	0	0	46	1.00
305254--305303	14	3.4	14	76	10	55	54	0	0	46	1.00
305253--305309	30	1.9	30	92	0	96	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
308967--309000	18	1.9	17	94	5	59	47	0	0	52	1.00
309218--309250	10	3.4	10	91	4	50	60	0	15	24	1.35
313652--313758	36	3.0	36	94	0	196	44	22	9	23	1.81
318309--318395	34	2.6	34	76	10	88	41	8	12	37	1.73
337238--337286	23	2.1	24	88	3	73	24	10	12	53	1.69
337249--337298	23	2.2	23	85	0	64	22	8	14	56	1.64
341794--342002	91	2.3	91	94	0	355	35	11	17	35	1.86
359593--359713	52	2.3	53	85	1	163	24	19	9	46	1.79
359748--359800	11	4.8	11	95	0	97	50	28	0	20	1.48
360050--360127	24	3.2	24	87	7	86	21	33	6	38	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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