genome.fa.s201.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019168026.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_28, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  15507587

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86--761	180	3.8	179	78	6	512	42	8	7	40	1.64
860--1430	181	3.1	181	79	4	598	42	10	7	39	1.68
1388--1525	65	2.1	69	93	5	239	37	15	5	41	1.71
2675--2884	106	2.0	106	84	3	280	47	8	8	35	1.64
2784--5027	181	12.4	181	72	9	1253	42	9	8	39	1.68
4345--5019	182	3.8	179	76	8	646	43	10	8	37	1.68
4875--5179	150	2.0	153	80	4	350	43	10	5	40	1.62
4702--5329	332	1.9	331	80	4	732	42	10	7	39	1.67
5025--5618	178	3.3	181	78	5	560	40	9	8	41	1.68
4583--6424	690	2.7	674	78	6	1675	42	9	8	39	1.68
5726--6834	180	6.2	180	77	5	912	41	9	8	40	1.68
5785--6806	532	1.9	537	79	5	1172	42	9	7	39	1.68
7709--9385	181	9.4	181	72	9	537	42	8	8	40	1.65
7565--9777	180	12.3	181	73	9	1286	41	9	8	40	1.67
9457--9496	20	2.0	20	90	4	64	25	15	7	52	1.68
9902--10299	181	2.2	180	79	6	446	40	8	9	40	1.69
12070--13344	181	7.1	179	75	9	973	41	10	8	39	1.70
12292--13401	537	2.1	536	81	6	1300	40	10	8	39	1.71
13404--16666	181	18.3	180	72	9	1737	41	9	8	40	1.67
16538--16801	135	1.9	138	80	7	306	46	9	7	37	1.63
17669--17701	18	1.9	17	88	11	50	42	6	3	48	1.43
16670--20164	180	19.6	175	71	12	1182	42	9	8	39	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17682--17998	164	2.0	161	82	10	387	44	8	6	40	1.61
18204--18236	17	2.0	17	88	5	50	39	12	0	48	1.40
17845--20139	180	12.8	179	75	8	1534	41	10	8	39	1.69
17226--20139	707	4.1	710	75	8	1643	42	9	8	39	1.67
20240--21201	181	5.3	177	78	6	791	40	8	10	40	1.71
20350--21201	360	2.4	362	80	5	904	40	9	9	40	1.70
21182--21249	34	2.0	35	91	2	111	41	1	13	44	1.52
21640--22347	182	3.9	178	77	8	540	41	8	8	40	1.67
22187--23376	180	7.0	159	71	15	446	40	8	8	42	1.67
22348--24430	180	11.8	178	73	10	1401	40	8	9	41	1.67
23060--23376	157	2.0	159	81	6	369	40	8	7	43	1.64
21751--24091	871	2.7	872	89	3	3369	40	8	9	41	1.67
23235--24445	181	6.8	181	74	9	771	40	8	8	41	1.67
24360--24523	81	2.0	80	95	1	292	46	8	8	36	1.65
24887--25923	529	2.0	527	81	4	1230	39	8	10	42	1.68
25414--26214	181	4.4	180	77	6	732	38	8	9	43	1.68
24450--26214	360	5.0	352	75	10	1157	38	8	10	42	1.69
26305--26832	181	3.0	179	80	8	497	40	8	7	42	1.64
27047--27373	181	1.8	180	83	7	439	43	8	7	40	1.64
26846--28242	363	3.9	356	76	9	998	41	10	8	40	1.68
27395--28600	181	6.7	181	75	8	832	41	9	8	40	1.68
26835--28586	358	4.9	355	75	11	927	41	9	8	40	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28620--42118	181	75.6	178	72	10	6189	41	9	8	39	1.69
31797--42118	361	28.8	359	73	9	5754	41	10	8	39	1.69
33747--33779	18	1.9	17	88	11	50	36	6	9	48	1.60
40127--44837	181	25.9	180	69	12	1541	41	10	8	39	1.69
40127--41450	535	2.5	530	78	6	1274	41	10	8	39	1.70
40151--42103	358	5.5	358	75	9	1298	41	10	8	39	1.70
42405--42676	146	1.9	146	80	5	327	41	13	6	38	1.71
42556--44837	362	6.3	361	76	7	1718	41	10	7	40	1.69
43287--43339	18	3.0	18	75	13	56	39	13	5	41	1.68
42555--44556	720	2.8	715	77	8	1724	41	10	7	40	1.68
42558--44775	540	4.1	534	77	7	1878	41	10	7	40	1.68
44834--45439	318	1.9	318	91	0	987	43	8	7	40	1.64
45676--45747	23	3.1	23	93	0	126	26	16	9	47	1.78
45943--46322	181	2.1	178	85	6	500	41	8	8	42	1.64
46730--47963	539	2.3	542	79	5	1230	42	9	7	40	1.67
46700--47964	181	7.0	181	76	5	995	42	9	7	40	1.67
51160--51221	16	3.8	16	75	10	63	41	11	11	35	1.77
54482--54523	19	2.1	20	91	8	68	33	14	0	52	1.42
56757--58509	181	9.8	179	76	9	1050	41	9	8	40	1.68
57698--58509	182	4.5	177	78	7	747	39	9	8	41	1.68
58349--58665	156	2.0	156	84	2	404	37	9	8	43	1.69
58505--59021	180	2.9	173	77	7	480	38	8	9	43	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59050--60319	182	7.1	180	76	9	918	43	10	7	38	1.69
59069--60319	538	2.3	537	82	4	1470	43	11	7	38	1.69
61233--62428	533	2.2	538	81	6	1381	41	9	7	41	1.65
60383--62444	181	11.5	181	75	8	1390	41	8	7	42	1.65
62470--63058	179	3.3	178	77	7	460	42	7	9	40	1.66
62460--63535	180	6.0	175	74	9	593	41	8	9	41	1.68
62460--64167	181	9.3	177	71	12	823	42	8	8	40	1.66
63593--64184	182	3.3	174	77	7	516	44	7	7	39	1.63
64157--64211	25	2.2	25	90	3	85	56	0	12	30	1.37
64439--69725	181	29.3	180	76	8	3720	41	9	8	40	1.67
66320--66352	16	2.0	17	88	5	50	36	18	3	42	1.66
64516--71740	362	20.2	358	72	11	3576	41	9	8	40	1.68
69380--69428	17	2.8	18	72	15	57	34	8	12	44	1.71
69584--69875	149	2.0	149	82	5	367	44	7	6	41	1.58
69735--71653	181	10.8	178	71	12	934	41	9	8	40	1.69
69735--70753	180	5.6	180	76	8	782	40	8	8	41	1.68
72170--72210	18	2.4	17	88	8	57	46	4	4	43	1.46
71863--73912	181	11.4	180	74	8	1337	39	8	9	41	1.69
71870--73374	360	4.2	354	74	11	980	39	9	8	41	1.68
72066--73627	717	2.2	712	79	6	1631	39	8	9	41	1.69
73389--74442	521	2.0	521	92	4	1639	37	7	12	42	1.71
74543--75753	357	3.4	353	75	11	1077	40	8	9	41	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75598--75899	146	2.1	146	83	0	379	38	8	9	43	1.67
75739--83221	181	41.8	178	73	11	4171	40	8	9	41	1.68
76311--76620	165	1.9	166	85	3	437	42	6	8	41	1.61
77926--78244	165	1.9	167	83	5	414	40	8	9	42	1.68
74572--86604	719	16.9	710	71	12	4222	40	8	9	41	1.68
80025--80334	169	1.8	169	82	8	407	41	7	10	40	1.67
80753--80792	18	2.2	17	86	13	53	35	2	2	60	1.24
81588--81620	18	1.9	17	88	11	50	48	6	6	39	1.53
80181--83228	361	8.4	361	74	9	1992	40	8	9	41	1.67
82509--82533	12	2.1	12	100	0	50	44	8	8	40	1.63
82680--82724	18	2.5	18	100	0	90	48	8	0	42	1.34
83346--86604	181	18.1	181	76	7	2373	40	8	9	41	1.68
84999--85031	18	1.9	17	88	11	50	48	9	6	36	1.60
86671--89538	358	8.0	354	75	9	1924	41	10	8	39	1.70
88444--88476	18	1.9	17	88	11	50	42	6	3	48	1.43
86671--89475	181	15.7	178	74	7	1739	41	10	8	39	1.69
86671--89492	539	5.3	529	75	8	1764	41	9	8	39	1.69
89755--90141	180	2.2	181	82	5	480	42	10	9	37	1.71
89537--93413	181	21.7	178	71	11	1564	42	10	8	39	1.69
91075--93429	539	4.4	536	74	9	1381	41	9	8	40	1.68
89537--103210	358	38.3	356	69	13	4128	42	9	8	39	1.68
93440--100740	181	40.5	180	73	9	3751	42	9	8	39	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93440--103210	540	18.2	536	72	11	4356	42	9	8	39	1.68
93427--100679	717	10.1	708	72	11	3063	42	9	8	39	1.68
98844--98953	53	2.1	53	100	0	220	48	9	12	30	1.72
97964--99802	930	2.0	937	79	8	1983	43	9	7	39	1.66
100265--101167	494	1.8	496	83	7	1208	43	9	8	39	1.66
100766--103210	181	13.7	181	75	7	1722	41	9	8	40	1.68
101482--101518	18	2.1	18	90	5	58	48	8	0	43	1.32
100767--102872	534	3.9	533	77	8	1864	42	10	8	39	1.68
103212--106217	180	16.7	180	75	7	2251	40	7	9	41	1.68
105790--105822	17	2.0	17	88	5	50	48	6	9	36	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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