genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48574783

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  19  of  135  ( 16172 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7683617--7683649	17	2.0	17	88	5	50	27	3	0	69	1.03
7684423--7684487	30	2.2	30	97	0	121	26	3	12	58	1.49
7698011--7698093	30	2.8	29	80	14	80	53	2	1	43	1.21
7701296--7701375	22	3.6	22	91	3	133	26	2	23	47	1.64
7701677--7701729	25	2.2	24	89	3	79	16	24	22	35	1.95
7705114--7705520	101	4.0	101	88	1	584	32	15	23	28	1.95
7709856--7709882	7	3.9	7	100	0	54	29	0	0	70	0.88
7712023--7712059	15	2.3	17	81	13	51	59	2	2	35	1.26
7712025--7712058	16	2.2	16	89	5	52	58	2	2	35	1.28
7712527--7712573	21	2.2	22	77	11	53	17	8	8	65	1.44
7732838--7732976	46	3.0	46	84	6	192	30	24	9	35	1.87
7734198--7734245	17	2.9	17	90	3	71	54	18	0	27	1.44
7740047--7740178	67	2.0	67	90	3	212	21	19	31	27	1.98
7742110--7742252	62	2.3	62	93	0	250	26	26	22	24	2.00
7744371--7744431	23	2.5	24	76	15	63	29	21	24	24	1.99
7753535--7753586	16	3.2	16	88	0	68	30	0	32	36	1.58
7753567--7753661	45	2.1	44	88	5	138	33	6	26	33	1.82
7753822--7753856	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
7757179--7757214	15	2.4	15	100	0	72	44	11	8	36	1.70
7761878--7761921	11	3.9	11	88	5	61	27	0	4	68	1.09
7765123--7765167	18	2.5	18	82	7	56	37	13	13	35	1.84
7765330--7765374	18	2.5	18	92	0	72	15	13	44	26	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7774535--7774569	11	3.3	11	92	4	54	0	0	8	91	0.42
7782315--7782718	201	2.0	201	99	0	799	44	8	18	28	1.79
7788440--7788473	17	2.0	17	88	11	52	44	5	2	47	1.42
7791356--7791383	13	2.2	13	100	0	56	25	7	25	42	1.80
7798448--7798700	119	2.1	119	97	0	472	31	8	24	35	1.86
7816760--7816839	24	3.3	23	75	13	72	35	18	26	20	1.95
7816833--7816947	25	4.6	25	72	8	63	36	20	25	18	1.94
7822388--7822445	25	2.3	25	80	16	66	29	25	0	44	1.54
7822578--7822683	37	2.8	37	81	7	131	33	25	16	25	1.96
7822547--7822681	40	3.4	38	78	7	128	34	22	16	26	1.95
7832104--7832177	36	2.1	36	94	0	130	43	24	13	18	1.86
7841503--7841538	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
7841611--7841639	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
7866779--7866809	5	6.2	5	92	0	53	35	0	64	0	0.94
7869594--7869630	18	2.1	18	89	0	56	62	5	2	29	1.31
7870780--7870883	27	3.9	27	89	0	154	25	25	29	19	1.98
7871010--7871058	20	2.2	23	79	13	59	69	0	26	4	1.06
7871172--7871290	60	2.0	60	91	3	195	35	0	10	52	1.42
7871856--7871895	21	1.9	21	85	10	55	50	0	0	50	1.00
7872392--7872432	18	2.2	19	83	12	50	29	4	0	65	1.13
7881437--7881476	18	2.2	19	86	4	55	45	0	12	42	1.42
7887076--7887142	34	1.9	35	90	3	109	34	8	10	46	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7888873--7888907	17	2.0	18	88	5	54	45	0	0	54	0.99
7913788--7913843	22	2.5	23	74	8	62	25	8	8	57	1.58
7924095--7924243	71	2.1	70	83	9	194	55	8	6	29	1.56
7924117--7924260	71	2.0	72	98	1	281	50	11	6	31	1.64
7935276--7935324	20	2.7	19	75	15	50	38	0	2	59	1.09
7941227--7941277	15	3.3	15	79	15	52	62	1	0	35	1.06
7948881--7948949	24	2.9	24	83	10	88	47	4	26	21	1.69
7959951--7959999	26	2.0	24	84	8	62	36	0	2	61	1.08
7961628--7961714	40	2.2	40	83	4	104	28	6	20	43	1.78
7962066--7962163	45	2.2	45	88	3	153	23	16	17	42	1.88
7961887--7962319	141	3.0	141	87	6	582	22	16	17	42	1.89
7964653--7964677	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
7965493--7965559	25	2.7	25	88	0	98	20	26	17	34	1.96
7965493--7965575	25	3.3	25	83	3	78	22	26	19	31	1.98
7968729--7968789	19	3.3	19	76	4	70	42	9	0	47	1.36
7968737--7968789	18	2.9	18	75	11	54	41	9	0	49	1.35
7969362--7969391	11	2.7	11	94	0	51	0	3	10	86	0.67
7969394--7969461	26	2.6	27	78	2	75	50	0	8	41	1.34
7973388--7973420	3	11.0	3	87	12	50	36	0	0	63	0.95
7981405--7982213	96	8.4	96	85	4	879	21	2	51	24	1.62
7981553--7981643	27	3.7	26	72	21	88	17	5	49	27	1.69
7981400--7982215	48	17.0	48	77	8	623	21	2	50	25	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7982182--7982233	24	2.2	24	89	0	77	30	1	42	25	1.66
7996413--7996455	5	8.6	5	94	0	68	74	23	2	0	0.93
7998090--7998149	4	15.0	4	100	0	120	25	0	25	50	1.50
8000620--8000645	13	2.0	13	100	0	52	84	0	0	15	0.62
8011879--8011924	22	2.1	22	83	0	56	23	10	0	65	1.24
8012412--8012555	20	7.2	20	75	3	110	39	14	4	40	1.67
8012412--8012555	60	2.4	61	81	6	179	39	14	4	40	1.67
8012431--8012555	40	3.1	40	78	0	124	39	16	4	40	1.67
8012778--8012825	20	2.4	20	86	6	62	39	18	2	39	1.63
8012818--8012879	20	3.2	19	78	17	65	40	14	3	41	1.62
8012925--8012968	20	2.2	21	80	12	56	40	18	0	40	1.50
8012937--8012977	20	2.0	20	95	0	73	34	21	0	43	1.53
8013093--8013144	20	2.6	20	81	0	59	44	17	0	38	1.49
8013200--8013371	20	8.6	20	69	6	107	43	15	6	34	1.73
8013277--8013388	40	2.8	39	75	4	116	43	15	6	34	1.71
8013487--8013593	20	5.3	20	85	4	135	40	16	4	38	1.70
8013468--8013593	40	3.2	40	81	2	155	39	18	4	37	1.72
8013593--8013689	40	2.4	40	77	0	104	39	15	6	39	1.72
8013615--8013676	20	3.1	20	69	0	52	38	16	4	40	1.69
8013717--8013755	20	2.0	19	90	5	60	38	20	2	38	1.66
8013843--8013912	20	3.5	20	80	5	70	37	14	7	41	1.73
8030670--8031036	176	2.1	177	98	0	709	42	10	4	42	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8040055--8040106	24	2.2	24	82	0	59	50	5	3	40	1.45
8075185--8075214	3	10.0	3	100	0	60	0	33	0	66	0.92
8077453--8077567	52	2.2	52	87	6	178	35	8	20	34	1.84
8080573--8080781	82	2.6	80	89	6	323	49	10	9	31	1.68
8080716--8080875	59	2.7	59	82	4	205	46	14	8	30	1.73
8084804--8084828	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
8089645--8089698	22	2.5	21	77	14	56	64	1	0	33	1.04
8089637--8089709	31	2.2	34	80	9	89	65	1	0	32	1.01
8097867--8097915	24	2.0	24	84	0	62	40	4	2	53	1.32
8108016--8108055	13	3.1	13	88	0	62	27	7	22	42	1.80
8111021--8111063	6	7.3	6	84	5	61	48	2	0	48	1.14
8111022--8111065	23	1.9	23	95	0	79	47	2	0	50	1.13
8115538--8115599	21	3.0	21	73	0	61	40	25	12	20	1.89
8116716--8116761	21	2.2	21	84	7	58	52	2	0	45	1.13
8116732--8116799	28	2.3	28	87	7	91	52	4	1	41	1.30
8118627--8118835	101	2.0	104	97	2	397	39	16	13	30	1.87
8118813--8118850	2	20.0	2	89	10	62	50	0	0	50	1.00
8121788--8121816	9	3.2	9	100	0	58	20	0	34	44	1.52
8122881--8123810	468	2.0	461	95	2	1693	32	18	11	37	1.86
8130146--8130288	29	4.8	29	71	18	114	44	2	3	49	1.34
8130114--8130299	90	2.1	91	98	1	365	42	4	4	48	1.44
8131826--8131890	30	2.3	29	80	15	73	33	10	6	49	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8146494--8146570	35	2.2	36	80	11	90	27	20	14	37	1.91
8147838--8147941	4	26.0	4	98	0	199	25	0	25	49	1.57
8152715--8152758	14	3.1	14	80	3	52	45	2	0	52	1.13
8153233--8153261	13	2.2	13	100	0	58	51	0	13	34	1.42
8156096--8156162	34	2.0	34	85	2	91	58	4	0	37	1.19
8159260--8159306	24	2.0	24	95	0	85	29	27	6	36	1.82
8159422--8159507	29	3.0	28	80	13	86	51	18	12	17	1.76
8170803--8171225	126	3.4	126	94	0	704	28	20	18	33	1.96
8173372--8173676	23	13.5	23	65	16	102	31	20	15	32	1.93
8173347--8173676	91	3.7	91	88	2	463	31	20	15	33	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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