genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48574783

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  60  of  135  ( 16172 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24371914--24371997	34	2.5	33	84	11	107	84	11	2	1	0.78
24372506--24372557	7	7.3	7	76	20	54	69	1	13	15	1.28
24372506--24372557	15	3.6	14	78	16	54	69	1	13	15	1.28
24373866--24374731	50	17.4	50	71	3	560	29	22	26	21	1.99
24373855--24374801	100	9.5	100	92	0	1432	28	23	26	22	1.99
24378892--24378916	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
24384708--24385352	322	2.0	323	99	0	1283	34	12	15	37	1.85
24388551--24388710	58	2.8	58	82	1	178	28	19	18	33	1.95
24388602--24388737	58	2.3	58	84	0	182	25	22	15	36	1.93
24414301--24414345	23	1.9	24	81	4	56	42	0	8	48	1.34
24415007--24415075	31	2.2	32	80	17	81	44	11	7	36	1.68
24416904--24416938	17	2.0	18	94	5	63	34	11	8	45	1.71
24434354--24434396	1	43.0	1	100	0	86	100	0	0	0	0.00
24434394--24434449	14	4.1	14	82	13	57	60	0	39	0	0.97
24434420--24434448	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
24440659--24440764	53	2.0	53	83	3	133	24	21	9	44	1.82
24441985--24442024	18	2.2	18	86	8	55	42	0	0	57	0.98
24441982--24442024	13	3.5	13	81	15	56	41	0	0	58	0.98
24442060--24442110	20	2.8	19	85	14	72	72	7	19	0	1.08
24442060--24442114	18	3.0	19	80	20	64	72	7	20	0	1.07
24442731--24442788	25	2.3	25	84	0	71	17	24	20	37	1.93
24442769--24442834	22	3.0	22	90	0	105	13	19	21	45	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24443904--24443942	17	2.3	17	90	0	60	25	17	25	30	1.97
24444626--24444865	41	5.9	41	89	1	365	18	20	29	31	1.97
24446662--24446726	32	2.0	33	96	3	123	46	3	15	35	1.62
24448982--24449012	7	4.4	7	95	0	53	80	3	0	16	0.83
24449081--24449428	43	8.1	43	87	2	468	23	19	31	25	1.98
24451179--24451204	13	2.0	13	100	0	52	38	0	7	53	1.30
24458731--24458834	45	2.3	45	77	6	113	48	0	10	40	1.44
24459098--24459168	3	23.0	3	77	11	54	57	4	5	32	1.41
24466062--24466109	13	3.8	13	76	15	55	29	6	0	64	1.18
24466317--24466632	160	2.0	160	99	0	623	28	12	14	43	1.83
24467413--24467514	52	2.0	52	90	0	159	32	6	22	38	1.81
24469594--24469659	29	2.3	29	73	2	71	27	18	12	42	1.85
24469824--24469866	22	2.0	22	90	4	70	11	0	39	48	1.40
24469830--24469880	9	6.3	9	80	15	51	11	0	33	54	1.37
24470048--24470334	124	2.3	124	92	0	484	31	18	19	30	1.96
24474035--24474075	18	2.3	18	86	0	55	43	7	29	19	1.78
24475896--24475993	11	9.3	11	67	12	62	44	3	28	23	1.68
24475872--24475971	51	2.0	51	86	4	139	45	3	27	25	1.68
24475933--24476005	22	3.3	22	77	12	69	46	2	27	23	1.66
24475931--24475993	33	1.9	33	87	6	92	44	3	28	23	1.69
24477724--24477766	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
24479527--24479566	19	2.1	19	95	0	71	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24479567--24479666	51	2.0	51	88	7	150	45	3	26	26	1.68
24479626--24479688	11	5.7	12	78	17	66	44	1	30	23	1.63
24479628--24479689	22	2.8	22	80	11	81	45	1	30	22	1.62
24479626--24479688	33	1.9	33	90	6	101	44	1	30	23	1.63
24479628--24479700	22	3.3	22	80	5	67	46	1	28	23	1.60
24482229--24482270	18	2.3	19	84	8	61	38	0	14	47	1.44
24482553--24482633	25	3.2	25	81	6	85	37	14	14	33	1.88
24492693--24492740	23	2.1	23	84	7	62	14	8	6	70	1.31
24492706--24492751	23	2.0	23	82	4	56	17	8	6	67	1.39
24493117--24493158	16	2.6	17	77	11	52	26	35	0	38	1.57
24507460--24507494	14	2.5	14	90	9	54	48	14	5	31	1.67
24514232--24514324	19	4.6	19	72	12	62	63	5	0	31	1.17
24514160--24514335	9	18.6	9	68	19	67	61	6	0	32	1.21
24514241--24514334	48	1.9	50	81	12	115	63	4	0	31	1.13
24514270--24514343	19	3.8	18	69	23	53	66	2	0	31	1.06
24514851--24514880	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
24516074--24516131	19	3.1	18	73	9	53	53	1	3	41	1.28
24516325--24516370	23	1.9	23	82	8	56	30	2	4	63	1.26
24516525--24516679	43	3.6	43	74	11	147	21	16	31	29	1.96
24516668--24516849	43	4.3	42	75	7	170	29	34	18	17	1.94
24516668--24516868	86	2.3	86	87	2	262	27	33	19	18	1.96
24517008--24517050	22	2.0	22	95	0	77	41	27	20	9	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24524128--24524154	5	5.4	5	100	0	54	81	0	18	0	0.69
24528558--24528643	44	2.0	44	81	2	102	31	18	23	26	1.97
24528383--24528684	132	2.3	131	84	6	387	29	18	22	28	1.98
24530145--24530192	25	1.9	25	83	8	62	35	8	4	52	1.51
24530290--24530379	34	2.6	35	85	3	110	32	6	5	55	1.49
24531358--24531394	19	2.1	19	85	10	51	51	0	0	48	1.00
24533335--24533450	40	2.9	39	75	6	110	37	19	19	23	1.95
24533336--24533469	40	3.4	39	76	6	103	38	20	19	21	1.94
24533511--24533746	41	5.7	41	77	8	223	23	22	25	28	1.99
24533511--24533746	123	1.9	123	82	6	300	23	22	25	28	1.99
24534033--24534066	15	2.2	16	94	5	61	20	0	32	47	1.51
24545260--24545447	43	4.3	43	83	6	220	20	17	30	31	1.95
24545280--24545521	75	2.9	85	81	13	258	22	17	30	30	1.96
24552602--24552663	3	21.3	3	77	12	67	61	1	3	33	1.22
24552605--24552663	16	3.6	17	81	9	77	61	1	3	33	1.23
24552601--24552654	19	2.8	20	86	8	76	61	1	1	35	1.18
24553602--24553796	41	4.8	41	92	0	327	27	28	18	25	1.98
24553573--24553796	82	2.7	82	87	0	331	27	27	19	25	1.99
24557468--24557663	100	2.0	100	82	2	241	27	24	20	27	1.99
24557819--24558064	40	5.9	41	71	11	169	26	25	21	26	2.00
24557812--24558106	127	2.3	127	89	0	428	26	24	21	27	1.99
24559288--24559390	1	103.0	1	66	0	53	0	15	0	83	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24559287--24559390	4	22.0	5	79	19	93	0	16	0	82	0.72
24559290--24559390	17	5.9	17	76	22	97	0	15	0	83	0.71
24559291--24559387	30	3.2	31	83	14	121	1	16	0	82	0.73
24559289--24559385	27	3.8	26	84	11	130	1	16	0	82	0.73
24562811--24562868	27	2.1	27	87	0	80	63	8	12	15	1.50
24563923--24563958	15	2.4	15	95	0	63	27	22	33	16	1.95
24573214--24573465	24	10.8	24	70	15	152	55	4	5	34	1.44
24573236--24573463	69	3.3	69	79	7	198	55	4	6	33	1.46
24573303--24573459	70	2.3	68	82	7	183	56	4	5	33	1.43
24573347--24573464	47	2.5	48	80	13	129	56	4	5	33	1.43
24576102--24576172	34	2.1	34	86	0	97	22	9	18	49	1.77
24592778--24592802	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
24593565--24593594	15	2.0	15	100	0	60	26	6	0	66	1.16
24597760--24597860	51	2.0	51	98	0	193	33	15	20	29	1.94
24597834--24597889	28	2.0	28	96	0	103	28	19	21	30	1.98
24597783--24597937	79	2.0	79	96	0	283	32	17	20	29	1.96
24597862--24598009	58	2.7	52	80	13	181	34	14	21	29	1.93
24597885--24597995	58	1.9	58	98	0	213	36	14	21	27	1.93
24605092--24605146	6	9.5	6	86	5	78	16	0	3	80	0.86
24621551--24621616	22	3.0	22	84	0	69	54	21	15	9	1.68
24622154--24622187	16	2.1	17	88	5	52	52	0	0	47	1.00
24623319--24623393	19	3.9	20	68	16	52	62	4	2	30	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24623278--24623348	33	2.2	32	82	12	83	63	1	1	33	1.12
24623340--24623401	27	2.2	29	80	8	74	67	3	3	25	1.20
24623898--24623949	24	2.2	24	82	0	59	53	11	3	30	1.54
24632044--24632073	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
24636218--24636293	16	4.8	15	73	19	57	63	3	0	32	1.13
24636218--24636262	17	2.6	17	86	13	58	62	4	0	33	1.15
24636260--24636302	22	1.9	23	86	13	63	65	2	0	32	1.06
24636762--24636809	24	2.0	25	83	4	62	27	0	2	70	0.98
24643054--24643085	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
24645837--24645926	44	2.0	44	97	0	171	30	15	7	46	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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