genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48574783

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  54  of  135  ( 16172 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21985538--21985585	24	2.0	24	83	0	60	31	20	27	20	1.98
21987220--21987275	21	2.7	20	78	8	58	16	17	16	50	1.79
21987246--21987325	42	1.9	42	81	0	97	20	20	15	45	1.86
21987291--21987348	21	2.8	21	83	0	89	17	27	17	37	1.92
21988798--21988838	14	2.9	14	100	0	82	36	4	21	36	1.75
21990813--21990849	2	18.5	2	94	0	65	48	0	2	48	1.15
21992761--21992967	103	2.0	104	99	0	407	44	6	5	42	1.54
21997756--21997790	16	2.2	16	90	10	54	5	17	0	77	0.96
22002464--22002489	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
22004596--22004655	31	1.9	31	90	6	95	36	15	38	10	1.80
22015946--22016050	52	2.0	52	100	0	210	40	3	7	48	1.50
22017919--22017960	15	2.5	17	77	18	52	30	4	0	64	1.14
22019181--22019214	17	2.0	17	88	0	50	23	0	5	70	1.09
22020979--22021044	28	2.4	28	92	0	105	48	0	10	40	1.38
22024939--22025112	73	2.4	73	82	6	217	34	22	25	17	1.96
22024939--22025104	25	6.8	24	71	15	74	34	22	24	17	1.96
22024932--22025104	48	3.5	48	70	14	113	35	22	24	17	1.95
22025030--22025105	23	3.2	23	80	9	71	32	22	27	17	1.96
22025186--22025249	25	2.6	25	85	5	85	39	21	23	15	1.92
22026813--22026852	17	2.4	17	84	12	55	37	0	20	42	1.52
22035623--22035783	43	3.8	42	77	11	159	29	25	16	27	1.97
22037146--22037344	33	5.5	33	71	20	148	33	27	19	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22037138--22037386	75	3.3	75	91	0	417	32	26	19	21	1.97
22037250--22037388	42	3.5	42	73	16	161	33	28	17	20	1.95
22040843--22040915	26	2.8	26	85	4	76	17	23	23	35	1.95
22043102--22043302	21	9.6	21	80	4	183	46	14	20	17	1.83
22043105--22043289	63	3.0	64	83	6	227	45	15	20	18	1.85
22045226--22045253	5	5.6	5	100	0	56	21	17	21	39	1.93
22055549--22055632	44	1.9	44	85	4	116	42	11	13	32	1.80
22075546--22075627	26	3.2	26	91	1	130	17	19	20	42	1.89
22075634--22075690	23	2.5	23	82	0	60	19	31	17	31	1.95
22078435--22078474	15	2.7	15	92	0	62	30	7	5	57	1.48
22082537--22082561	7	3.6	7	100	0	50	76	0	0	24	0.80
22082535--22082575	22	1.9	21	85	5	55	73	0	0	26	0.84
22105533--22105578	24	1.9	24	86	0	65	47	0	4	47	1.21
22110206--22110233	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
22117049--22117090	22	1.9	22	85	9	59	28	0	4	66	1.12
22117038--22117089	14	3.5	15	77	12	54	32	0	3	63	1.12
22118001--22118080	30	2.7	31	86	9	121	57	0	2	40	1.12
22118021--22118055	18	1.9	17	88	11	52	60	0	2	37	1.12
22118009--22118064	11	5.4	11	74	22	50	53	0	3	42	1.18
22118504--22118531	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
22118848--22118879	16	1.9	17	93	6	57	65	3	0	31	1.08
22122167--22122208	3	14.3	3	80	5	50	61	0	38	0	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22122391--22122426	6	6.0	6	93	0	63	16	63	16	2	1.42
22133362--22133395	17	2.0	17	100	0	68	47	17	23	11	1.81
22147325--22147365	18	2.3	18	86	0	55	34	2	2	60	1.23
22169806--22169862	26	2.2	26	84	9	73	17	26	21	35	1.95
22174569--22174673	42	2.5	42	80	0	120	17	21	16	44	1.86
22174610--22174711	42	2.4	42	81	0	114	14	22	17	45	1.85
22174688--22174740	21	2.6	21	82	5	65	11	22	22	43	1.85
22174589--22174727	63	2.2	63	76	2	145	15	22	17	44	1.86
22178867--22179174	67	4.6	67	79	2	287	35	16	23	25	1.95
22178872--22179174	134	2.3	134	80	3	324	35	16	22	25	1.95
22179182--22179241	27	2.2	27	81	0	75	31	15	31	21	1.94
22186528--22186556	12	2.3	13	94	5	51	20	24	13	41	1.89
22193294--22193357	10	6.3	10	76	8	67	78	3	17	1	0.96
22193298--22193357	21	3.0	20	85	7	68	76	3	18	1	1.00
22193283--22193358	17	4.2	18	75	14	68	76	2	17	3	1.06
22194724--22194837	38	2.9	40	71	9	108	29	14	21	33	1.94
22194722--22194856	40	3.4	39	71	7	121	27	16	24	31	1.96
22196075--22196159	19	4.3	19	78	13	66	64	2	1	31	1.13
22196083--22196160	20	3.8	20	74	17	79	61	2	0	35	1.10
22196065--22196151	39	2.2	41	85	4	115	66	2	1	29	1.11
22196075--22196160	41	2.2	39	91	4	136	63	2	1	32	1.14
22196091--22196174	22	4.1	20	76	14	73	58	3	0	38	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22207060--22207097	7	5.6	7	93	3	60	78	0	0	21	0.74
22223138--22223188	21	2.5	20	82	17	54	54	27	3	13	1.56
22224244--22224338	3	31.7	3	85	0	91	33	7	1	57	1.33
22228754--22228803	5	10.0	5	75	16	50	40	0	2	58	1.10
22228752--22228805	27	2.1	25	89	6	81	44	0	1	53	1.11
22229391--22229434	23	1.9	24	90	9	74	54	2	20	22	1.56
22230167--22230292	17	7.4	17	66	19	57	40	12	11	34	1.80
22230372--22230543	17	9.5	16	71	18	74	39	9	14	36	1.79
22230372--22230447	35	2.2	34	83	2	89	42	10	13	34	1.78
22230427--22230469	20	2.2	20	88	8	63	32	2	16	48	1.58
22230443--22230490	23	2.1	23	84	7	62	31	4	16	47	1.65
22230351--22230562	111	1.9	113	81	6	261	37	9	14	38	1.79
22230468--22230562	35	2.7	35	82	12	97	37	10	13	37	1.80
22230374--22230606	94	2.5	92	79	9	217	39	9	14	36	1.79
22230427--22230542	18	6.2	18	74	17	69	37	8	13	40	1.76
22230519--22230594	40	1.9	40	86	7	111	35	9	13	42	1.76
22230427--22230595	18	9.0	18	68	21	62	37	8	14	39	1.77
22230486--22230594	35	2.9	39	81	9	111	37	10	13	38	1.79
22230823--22230901	25	3.2	25	69	18	74	39	5	11	44	1.62
22231229--22231262	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
22231645--22231707	10	6.3	10	73	14	58	0	25	0	74	0.82
22231636--22231680	23	2.0	22	86	4	63	0	15	2	82	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22231636--22231695	30	2.0	30	87	6	86	0	21	1	76	0.87
22231673--22231709	14	2.8	13	84	8	56	0	29	0	70	0.88
22232850--22232902	17	3.1	17	86	0	70	35	16	11	35	1.85
22235184--22235508	24	13.5	24	94	2	557	38	23	21	16	1.93
22236129--22236166	13	3.0	13	92	3	60	5	23	5	65	1.34
22237002--22237129	30	4.3	29	73	9	96	40	3	21	34	1.69
22237003--22237129	59	2.1	60	84	5	159	40	3	22	34	1.70
22237002--22237131	31	4.3	31	73	4	106	40	3	21	34	1.69
22237412--22237465	27	2.0	26	85	3	72	24	0	33	42	1.55
22248183--22248221	17	2.3	17	90	0	60	25	15	35	23	1.94
22249904--22249941	10	3.5	11	86	13	53	63	2	0	34	1.09
22251405--22251460	25	2.3	25	82	11	64	67	3	5	23	1.27
22251451--22251502	12	4.2	12	78	7	52	69	3	17	9	1.31
22252356--22252427	37	1.9	38	85	2	101	22	15	27	34	1.94
22255610--22255641	14	2.3	14	100	0	64	25	40	6	28	1.79
22261943--22261996	24	2.3	23	80	3	63	22	12	20	44	1.85
22264282--22264332	25	2.0	25	88	7	75	41	1	0	56	1.10
22265522--22265571	25	2.0	25	88	7	75	46	0	4	50	1.20
22265977--22266105	43	3.0	43	82	13	158	20	19	29	30	1.97
22269164--22269320	71	2.2	70	84	4	208	42	15	10	31	1.81
22269791--22270019	41	5.6	41	90	0	323	34	24	17	23	1.96
22269791--22270019	123	1.9	123	89	0	359	34	24	17	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22270268--22270433	88	1.9	88	81	7	203	43	15	4	36	1.66
22270512--22270732	113	2.0	113	99	0	433	44	16	2	36	1.62
22273563--22273644	23	3.5	23	85	5	103	40	17	10	31	1.84
22277117--22277142	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
22285110--22285150	20	2.0	21	85	4	57	12	26	19	41	1.87
22288958--22288983	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
22292877--22292913	19	1.9	19	94	0	65	37	18	5	37	1.74
22294243--22294279	3	12.3	3	100	0	74	67	0	32	0	0.91
22330704--22330734	2	15.5	2	93	0	53	45	0	3	51	1.17
22338137--22338290	59	2.6	59	82	6	159	45	7	14	31	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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