genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48574783

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   

This is table  69  of  135  ( 16172 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27509580--27509652	27	2.7	27	87	8	96	49	13	8	28	1.71
27510184--27510208	11	2.3	11	100	0	50	52	0	8	40	1.31
27518873--27518974	27	3.8	27	73	11	84	19	25	16	38	1.92
27518847--27518971	54	2.3	55	77	10	132	20	24	16	39	1.92
27518927--27518986	27	2.2	27	81	0	75	20	20	18	41	1.90
27519127--27519222	45	2.1	45	84	3	122	26	21	12	39	1.89
27519141--27519256	45	2.6	45	81	9	130	26	22	10	40	1.86
27520921--27521149	86	2.7	85	82	3	273	42	20	14	22	1.88
27520921--27521149	43	5.3	43	80	3	230	42	20	14	22	1.88
27522877--27522975	42	2.4	42	93	1	164	38	14	26	21	1.91
27525088--27525118	13	2.3	14	94	5	55	45	0	0	54	0.99
27525088--27525137	13	3.6	14	79	17	50	40	0	2	58	1.10
27529485--27529518	17	1.9	18	88	5	52	47	5	8	38	1.59
27529637--27529692	24	2.3	24	100	0	112	28	25	3	42	1.71
27536602--27536675	11	6.9	11	83	10	100	43	1	0	55	1.08
27539029--27539095	34	1.9	35	84	6	91	37	1	5	55	1.34
27542229--27542426	96	2.1	97	97	1	373	31	13	21	32	1.92
27553236--27553359	50	2.5	50	83	0	158	28	24	29	18	1.98
27553631--27553669	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
27555274--27555728	235	1.9	235	93	0	775	28	14	24	32	1.94
27557872--27558070	87	2.4	83	85	9	250	33	10	22	33	1.88
27558703--27558727	12	2.1	12	100	0	50	48	16	8	28	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27559952--27560123	85	2.0	87	97	2	330	41	6	2	49	1.42
27562105--27562142	19	2.0	20	90	10	62	26	2	5	65	1.27
27574510--27574627	40	3.0	40	83	0	146	33	21	19	25	1.97
27574486--27574853	195	1.9	194	83	5	474	33	20	20	25	1.97
27574890--27574988	40	2.5	40	83	3	119	23	21	24	31	1.98
27575193--27575238	21	2.2	21	84	7	58	23	0	28	47	1.52
27575166--27575232	7	9.6	7	73	15	50	19	1	31	47	1.58
27576165--27576190	6	4.3	6	100	0	52	61	0	0	38	0.96
27576292--27576599	123	2.5	124	88	1	456	33	16	20	29	1.95
27581246--27581365	43	2.8	43	84	0	168	29	17	25	28	1.97
27581205--27581382	43	4.2	43	78	2	162	29	16	24	29	1.97
27581844--27581872	9	3.0	10	90	10	51	31	0	0	68	0.89
27583122--27583357	117	2.0	118	99	0	465	43	11	12	31	1.79
27586977--27587070	17	5.5	17	71	22	72	41	2	3	53	1.29
27586963--27587075	12	9.8	12	69	20	55	40	1	3	53	1.28
27586963--27587038	11	6.8	11	72	21	52	42	1	1	55	1.16
27586981--27587118	68	2.0	72	87	5	203	39	4	5	51	1.44
27596025--27596069	23	1.9	24	86	13	67	22	6	22	48	1.73
27601321--27601437	62	1.9	60	82	5	146	47	3	4	44	1.39
27601413--27601464	20	2.8	19	78	21	65	48	5	1	44	1.38
27605214--27605241	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
27608925--27608988	21	3.0	21	77	13	76	39	23	20	17	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27609903--27609941	19	2.2	18	86	9	53	10	12	2	74	1.17
27609994--27610036	23	2.0	22	86	9	61	44	6	4	44	1.52
27609981--27610044	23	2.7	23	77	18	60	43	6	6	43	1.54
27612475--27612527	7	7.6	7	82	0	52	50	0	18	30	1.47
27612475--27612536	21	3.0	21	82	0	70	50	0	19	30	1.48
27612476--27612541	14	4.6	14	75	9	53	48	0	19	31	1.49
27612478--27612544	21	3.2	21	76	4	55	47	0	22	29	1.51
27616513--27616542	14	2.1	14	93	0	51	30	0	13	56	1.37
27616978--27617023	24	1.9	24	86	0	65	26	15	6	52	1.67
27620779--27620829	20	2.5	20	79	14	61	56	25	5	11	1.57
27628096--27628120	12	2.1	12	100	0	50	36	16	8	40	1.77
27631382--27631556	87	2.0	88	98	1	343	53	10	3	33	1.52
27634431--27634455	7	3.6	7	100	0	50	60	0	12	28	1.32
27636775--27637047	78	3.5	78	95	0	476	40	4	12	43	1.62
27637219--27637409	78	2.5	77	77	11	194	38	4	17	39	1.69
27637577--27638298	361	2.0	361	100	0	1444	31	11	17	39	1.85
27643061--27643434	78	4.8	78	84	5	440	36	4	15	43	1.67
27643505--27643695	78	2.5	77	80	8	210	38	3	17	40	1.67
27644032--27644177	41	3.5	41	78	3	141	29	18	26	26	1.98
27645326--27645407	28	3.0	26	81	10	85	25	24	14	35	1.94
27645338--27645407	27	2.6	26	86	6	86	28	25	15	30	1.96
27653164--27653198	16	2.3	15	90	5	52	42	0	0	57	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27653905--27653933	13	2.2	13	100	0	58	24	0	13	62	1.32
27663626--27663662	15	2.5	15	90	0	56	45	18	29	5	1.72
27667719--27667756	17	2.2	17	100	0	76	28	13	23	34	1.92
27667749--27668197	224	2.0	225	99	0	891	34	16	18	31	1.93
27673374--27673706	164	2.0	164	95	0	594	26	13	13	46	1.80
27678566--27678595	16	1.9	16	93	6	53	33	13	0	53	1.40
27683239--27683346	35	3.0	36	70	8	103	32	25	18	23	1.97
27687156--27687214	30	1.9	31	86	3	84	28	20	3	47	1.66
27689463--27689506	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
27689605--27689785	51	3.6	49	79	3	200	32	27	16	23	1.96
27690718--27690751	18	1.9	18	94	5	61	20	32	35	11	1.89
27699008--27699201	43	4.6	41	77	11	176	33	26	17	23	1.96
27698964--27699202	85	2.8	85	87	1	327	33	25	17	23	1.96
27698970--27699201	42	5.5	41	76	12	202	34	26	16	23	1.95
27705688--27706102	207	2.0	208	99	0	823	26	20	20	33	1.97
27708163--27708198	3	12.0	3	100	0	72	33	33	0	33	1.58
27714555--27714618	20	3.2	20	82	8	69	23	28	15	32	1.95
27716969--27717049	24	3.4	24	77	0	81	61	8	20	8	1.51
27716986--27717029	18	2.4	18	85	7	63	68	6	18	6	1.35
27719223--27719286	20	3.2	21	86	4	71	25	26	14	34	1.94
27720305--27720662	187	1.9	181	84	6	470	30	26	8	34	1.86
27721945--27722424	207	2.3	206	82	3	556	30	24	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27722104--27722422	137	2.3	137	80	3	356	29	23	18	28	1.98
27721744--27722425	69	9.9	68	72	7	342	29	24	18	27	1.98
27722616--27722657	22	1.9	22	90	0	66	40	11	16	30	1.85
27730020--27730059	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
27730005--27730071	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
27729999--27730075	14	5.0	15	71	20	52	33	9	14	42	1.77
27730912--27730936	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
27732346--27732707	180	2.0	181	99	0	717	43	12	9	34	1.75
27741309--27741356	23	2.3	20	78	21	62	31	16	6	45	1.72
27741315--27741359	23	2.0	23	100	0	90	31	13	6	48	1.68
27741396--27741429	13	2.6	13	86	13	52	44	0	0	55	0.99
27743311--27743418	54	2.0	54	96	0	198	23	16	16	43	1.87
27744126--27744173	24	2.0	24	95	0	87	16	4	27	52	1.62
27749072--27749169	46	2.2	46	86	1	135	18	20	17	43	1.88
27749135--27749237	45	2.3	45	84	0	134	22	20	16	40	1.91
27749304--27749341	14	2.7	14	87	0	58	42	5	13	39	1.66
27749325--27749366	19	2.2	20	91	4	68	28	9	11	50	1.70
27751981--27752030	25	2.0	25	88	0	73	56	0	38	6	1.24
27751975--27752028	17	3.4	16	72	23	51	55	0	38	5	1.23
27755706--27755800	49	1.9	49	97	0	181	24	3	13	58	1.49
27758977--27759161	101	1.8	102	85	3	266	24	20	25	29	1.99
27758977--27759161	51	3.6	51	89	2	266	24	20	25	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27769074--27769367	134	2.2	133	82	1	347	33	16	12	37	1.87
27769074--27769400	134	2.5	133	80	4	302	33	16	12	37	1.87
27783265--27783321	27	2.1	27	93	0	96	43	5	8	42	1.58
27788498--27788570	35	2.1	35	100	0	146	35	5	10	47	1.62
27796068--27796112	23	1.9	24	86	4	65	20	2	51	26	1.59
27796631--27796678	18	2.7	17	78	9	51	43	0	12	43	1.42
27798905--27798958	21	2.6	21	87	0	81	25	20	27	25	1.99
27812772--27812806	18	2.0	17	88	5	52	42	0	20	37	1.52
27814160--27814212	26	2.0	26	96	0	97	37	11	16	33	1.85
27820302--27820330	13	2.2	13	100	0	58	51	6	13	27	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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