Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48574783

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   

This is table  1  of  135  ( 16172 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
1--405
7
56.0
7
80
7
427
41
41
2
15
1.59
1822--1858
15
2.4
16
90
4
58
54
2
0
43
1.14
5682--5711
15
2.0
15
93
0
51
73
3
0
23
0.98
7509--9758
743
3.0
743
92
3
3598
34
12
15
38
1.85
10422--10465
23
1.9
23
85
0
61
25
15
4
54
1.60
18105--18137
17
1.9
17
100
0
66
12
0
0
87
0.53
30462--30514
16
3.2
16
94
5
97
24
0
37
37
1.56
30729--30781
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
30636--38423
155
50.2
155
99
0
15549
44
3
4
47
1.39
30884--30936
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
31039--31091
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
31194--31246
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
31349--31401
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
31504--31556
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
31659--31711
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
31814--31866
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
31969--32021
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
32124--32176
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
32279--32331
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
32434--32486
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
32589--32641
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
32744--32796
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
32899--32951
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
33054--33106
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
33209--33261
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
33364--33416
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
33519--33571
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
33674--33726
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
33829--33881
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
33984--34036
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
34139--34191
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
34294--34346
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
34449--34501
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
34604--34656
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
34759--34811
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
34914--34966
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
35069--35121
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
35224--35276
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
35379--35431
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
35534--35586
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
35689--35741
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
35844--35896
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
35999--36051
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
36154--36206
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
36309--36361
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
36464--36516
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
36619--36671
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
36774--36826
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
36929--36981
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
37084--37136
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
37239--37291
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
37394--37446
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
37549--37601
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
37704--37756
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
37859--37911
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
38014--38066
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
38169--38221
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
38324--38376
16
3.4
15
79
7
52
52
1
0
45
1.11
39658--39746
27
3.3
27
79
0
88
21
22
28
28
1.99
39897--39921
11
2.3
11
100
0
50
40
8
8
44
1.63
40767--40850
12
7.9
11
71
20
54
69
0
29
1
0.97
40767--40827
21
3.0
21
85
4
81
73
0
24
1
0.92
46040--46127
41
2.2
40
89
2
131
27
15
21
35
1.94
49948--49993
20
2.3
21
85
7
60
41
0
6
52
1.27
51657--51886
101
2.3
100
87
3
336
31
15
23
29
1.95
51726--51880
33
4.7
33
71
8
118
29
14
24
30
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
54398--54534
40
3.4
40
74
7
118
40
16
21
20
1.91
55510--55552
17
2.5
17
92
3
68
55
2
4
37
1.33
55685--55893
104
2.0
104
99
0
409
32
19
13
34
1.91
58578--58737
43
3.7
43
84
5
191
20
20
30
29
1.97
58578--58737
85
1.9
85
83
5
207
20
20
30
29
1.97
58705--58869
43
3.8
42
82
10
156
28
27
22
21
1.99
58796--58930
43
3.2
43
82
3
139
26
29
21
22
1.99
61711--61767
26
2.2
26
81
9
62
0
28
5
66
1.13
72418--72483
32
2.1
32
100
0
132
22
15
18
43
1.87
75439--75485
22
2.1
22
88
0
67
51
6
17
25
1.69
76134--76229
47
2.0
48
88
8
142
32
21
15
30
1.95
84736--85082
171
2.0
171
98
0
676
30
19
16
34
1.93
87869--87909
20
2.0
21
85
4
57
53
7
4
34
1.50
89104--89247
76
1.9
76
92
2
245
15
12
22
50
1.77
95369--95395
14
1.9
14
100
0
54
0
14
25
59
1.36
97833--98044
70
3.0
71
83
3
259
40
19
12
27
1.88
97846--98325
23
20.2
23
66
12
184
41
17
12
26
1.84
97937--98169
122
2.0
111
94
1
315
42
15
10
27
1.80
98069--98343
70
3.9
71
85
2
394
42
16
13
26
1.86
98059--98343
141
2.0
142
93
2
484
42
16
13
27
1.85
98117--98345
49
4.8
49
73
13
154
41
16
13
27
1.86
99963--99991
14
2.0
15
93
6
51
51
20
0
27
1.47
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
128283--128355
3
24.7
3
97
2
139
67
0
0
32
0.91
136890--136925
19
1.9
18
88
5
54
69
0
8
22
1.15
143027--143068
2
21.0
2
100
0
84
0
50
0
50
1.00
144701--144783
41
2.0
41
97
0
157
19
7
13
60
1.56
150128--150155
2
14.0
2
100
0
56
50
0
0
50
1.00
157144--157279
59
2.3
57
81
10
143
41
14
16
27
1.87
157144--157278
60
2.3
58
81
12
152
40
14
16
28
1.88
162964--163050
6
14.5
6
87
0
129
3
31
29
35
1.74
162964--163050
36
2.4
36
98
0
165
3
31
29
35
1.74
165508--165537
6
5.0
6
100
0
60
16
16
50
16
1.79
171300--171333
17
2.0
17
88
0
50
50
5
14
29
1.67
173524--173590
34
1.9
35
84
3
91
44
13
8
32
1.75
174923--174973
24
2.1
24
92
0
84
23
25
13
37
1.92
174937--175001
24
2.6
26
83
9
82
20
24
18
36
1.94
177238--177379
70
2.0
71
98
1
277
41
1
12
44
1.51
189823--189854
16
1.9
17
93
6
57
37
21
0
40
1.54
190015--190148
43
3.2
43
83
8
168
31
27
18
22
1.97
191441--191465
7
3.6
7
100
0
50
44
0
28
28
1.55
193760--193838
34
2.3
34
91
0
122
35
12
10
41
1.77
194015--194105
23
4.0
23
78
5
96
34
17
27
20
1.95
199110--199354
126
1.9
126
89
1
375
54
13
4
26
1.59
199322--199384
30
2.1
30
93
0
108
57
14
3
25
1.52
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
221569--221607
19
2.1
19
95
0
69
30
10
38
20
1.86
223082--223107
4
6.5
4
100
0
52
26
0
46
26
1.53
237306--237343
18
2.1
18
90
0
58
42
2
10
44
1.52
238059--238114
28
2.0
28
100
0
112
39
7
0
53
1.28
238062--238120
28
2.1
28
93
3
102
44
5
0
50
1.24
238171--238222
27
1.9
27
96
0
95
25
23
32
19
1.97
238243--238532
145
2.0
145
96
1
537
25
20
13
40
1.89
240032--240157
22
5.3
24
79
10
127
38
20
24
16
1.93
240088--240164
25
3.0
26
77
9
79
36
22
23
18
1.95
240569--240608
5
7.6
5
83
10
53
60
0
0
40
0.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135