genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48574783

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   

This is table  5  of  135  ( 16172 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1741816--1742043	101	2.3	101	96	1	422	32	14	23	29	1.95
1741816--1742043	33	6.8	33	68	7	127	32	14	23	29	1.95
1742332--1742374	21	2.0	21	95	0	77	51	6	16	25	1.69
1744593--1744652	29	2.0	31	87	6	88	56	0	13	30	1.37
1746440--1746591	45	3.4	45	85	5	175	42	19	18	20	1.90
1760336--1760493	78	2.0	81	82	4	198	37	13	22	27	1.91
1778878--1778910	15	2.2	15	89	10	50	51	0	3	45	1.16
1778895--1778950	28	2.0	28	86	3	78	57	7	1	33	1.37
1783761--1784160	198	2.0	199	99	0	793	34	7	12	46	1.69
1786383--1786501	21	5.7	21	70	4	96	14	21	16	47	1.82
1786361--1786517	42	3.7	42	80	3	163	14	21	17	46	1.84
1792408--1792474	22	3.0	22	79	12	75	40	16	25	17	1.90
1802259--1802325	22	3.0	22	79	12	75	40	16	25	17	1.90
1805504--1805535	16	2.0	16	93	0	55	71	0	0	28	0.86
1805506--1805537	13	2.4	14	94	5	57	71	0	0	28	0.86
1822368--1823197	411	2.0	411	93	1	1414	34	15	24	26	1.95
1830095--1830124	12	2.4	13	94	5	53	36	23	16	23	1.94
1831845--1831869	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
1841532--1841696	81	2.0	83	97	2	316	35	3	16	43	1.66
1852278--1852315	14	2.7	15	88	8	53	42	15	2	39	1.61
1853809--1853852	21	2.1	21	95	0	79	59	11	0	29	1.32
1853886--1853923	19	1.9	19	89	5	58	57	7	0	34	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1855058--1855223	10	16.6	10	100	0	332	60	0	0	39	0.97
1859323--1859356	16	2.1	16	100	0	68	29	5	0	64	1.17
1860161--1860559	199	2.0	200	99	0	791	36	9	14	40	1.78
1860557--1860612	24	2.3	25	79	14	64	50	1	3	44	1.29
1860564--1860612	24	2.1	24	85	7	66	51	2	2	44	1.24
1863169--1863244	40	1.9	40	100	0	152	28	10	6	53	1.60
1871586--1871633	18	2.8	18	78	9	55	50	0	2	47	1.12
1881484--1881848	182	2.0	183	99	0	723	36	9	16	36	1.82
1894359--1894386	13	2.2	13	100	0	56	0	14	21	64	1.29
1895611--1895677	30	2.2	30	97	0	125	10	14	17	56	1.66
1919478--1920143	333	2.0	333	99	0	1323	32	15	20	31	1.94
1923975--1924032	30	1.9	30	92	0	98	37	22	13	25	1.91
1924910--1924976	34	1.9	35	84	3	91	47	11	8	31	1.71
1948248--1948281	17	2.0	17	100	0	68	29	0	11	58	1.33
1953161--1953212	18	2.9	18	78	16	63	21	0	5	73	1.04
1953146--1953236	45	2.0	44	81	12	105	23	1	3	72	1.06
1957986--1958048	30	2.1	30	84	0	81	38	12	15	33	1.86
1968199--1968232	15	2.3	15	94	0	59	35	8	0	55	1.31
1978055--1978124	33	2.1	33	89	0	104	22	14	8	54	1.67
1979296--1979320	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2040024--2040056	15	2.1	16	88	5	50	48	3	0	48	1.17
2041665--2041718	18	3.0	18	83	8	65	62	5	1	29	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2055560--2055589	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
2058078--2058113	18	1.9	19	94	5	65	47	13	0	38	1.44
2073642--2073681	20	2.1	19	85	4	53	27	5	7	60	1.45
2081417--2081456	18	2.2	18	100	0	80	32	25	5	37	1.77
2089112--2089204	47	2.0	46	87	2	132	31	7	18	43	1.78
2095938--2096113	75	2.3	75	88	1	255	16	48	5	29	1.67
2098590--2098627	17	2.2	18	85	4	51	57	18	2	21	1.52
2099766--2099810	14	3.2	14	80	0	54	48	31	2	17	1.59
2119775--2119801	6	4.5	6	100	0	54	14	0	0	85	0.61
2122559--2122591	5	6.8	5	93	6	59	18	21	21	39	1.93
2130484--2130528	21	2.1	21	100	0	90	35	15	28	20	1.93
2130492--2130537	21	2.2	21	84	0	56	36	19	30	13	1.90
2134634--2134730	45	2.2	45	92	0	167	58	10	5	25	1.51
2145099--2145335	118	2.0	119	99	0	467	17	19	27	36	1.94
2154618--2154730	39	2.9	38	86	3	163	21	4	24	49	1.67
2162288--2162556	134	2.0	135	99	0	531	47	20	12	20	1.82
2172151--2172203	23	2.3	23	100	0	106	26	5	30	37	1.79
2172794--2172820	13	2.1	13	100	0	54	48	14	0	37	1.45
2175614--2175785	37	4.5	37	76	7	173	31	26	18	23	1.97
2175615--2175830	41	5.5	39	72	10	165	32	25	17	24	1.96
2175614--2175827	78	2.8	78	93	2	351	32	25	17	24	1.97
2175984--2176030	24	2.0	24	84	16	62	51	17	0	31	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2176696--2176726	6	5.2	6	92	0	53	0	19	0	80	0.71
2176792--2176819	5	5.6	5	100	0	56	57	0	0	42	0.99
2193568--2193600	17	2.0	17	88	5	50	48	0	18	33	1.48
2195772--2195816	21	2.1	21	100	0	90	22	13	24	40	1.90
2196682--2196716	13	2.7	13	86	0	52	42	20	14	22	1.88
2196595--2196863	134	2.0	135	97	2	515	36	17	13	33	1.88
2196816--2196850	13	2.7	13	86	0	52	42	20	14	22	1.88
2208035--2208227	96	2.0	96	91	0	314	26	24	16	33	1.96
2209522--2209547	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
2212077--2212104	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2251692--2251725	5	6.8	5	96	0	59	23	20	35	20	1.96
2257734--2258192	229	2.0	230	99	0	902	32	17	12	37	1.87
2272195--2272518	162	2.0	162	97	0	612	32	11	15	40	1.83
2276126--2276158	13	2.5	13	95	0	57	72	0	27	0	0.85
2281628--2281679	24	2.2	24	85	0	68	34	5	9	50	1.59
2283548--2283578	15	2.1	15	100	0	62	83	16	0	0	0.64
2286482--2286511	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2287532--2287571	20	2.1	19	90	4	62	47	20	7	25	1.75
2288110--2288180	25	2.7	25	79	14	81	60	1	0	38	1.06
2288138--2288178	21	2.1	19	86	9	55	58	0	0	41	0.98
2289628--2289679	19	2.8	17	77	13	50	46	1	3	48	1.31
2300720--2300749	10	2.8	11	90	10	53	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2302281--2302314	3	11.3	3	100	0	68	32	32	0	35	1.58
2314385--2314650	76	3.2	76	63	27	176	47	6	4	41	1.49
2314308--2314664	178	2.0	179	99	0	707	46	7	5	40	1.56
2320837--2321022	93	2.0	93	96	0	345	31	9	19	38	1.84
2326311--2326350	21	1.9	21	85	10	55	45	7	32	15	1.74
2326424--2326458	15	2.3	15	95	0	61	34	17	40	8	1.80
2326424--2326470	9	5.2	9	81	0	58	34	17	38	10	1.84
2326478--2326524	9	5.2	9	81	0	58	51	2	44	2	1.25
2326475--2326525	24	2.1	24	88	0	75	49	1	47	1	1.24
2331356--2331415	30	2.0	30	100	0	120	46	16	10	26	1.78
2332065--2332106	21	2.0	21	100	0	84	33	9	23	33	1.87
2335264--2335303	20	2.0	20	85	0	53	40	7	2	50	1.44
2338507--2338539	11	2.8	12	86	9	50	51	0	0	48	1.00
2339695--2339757	2	31.5	2	100	0	126	0	49	0	50	1.00
2362669--2362706	16	2.4	16	90	0	58	36	5	0	57	1.21
2371369--2371524	43	3.7	42	87	3	197	28	15	26	29	1.96
2371369--2371524	85	1.8	84	84	5	215	28	15	26	29	1.96
2391234--2391310	14	5.0	15	71	20	52	42	14	9	33	1.77
2391250--2391289	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
2391238--2391304	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
2403914--2403965	27	1.9	27	96	0	95	30	23	32	13	1.93
2404789--2404840	27	1.9	27	96	0	95	13	32	23	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2404791--2404849	27	2.2	27	87	0	82	13	28	27	30	1.94
2404900--2404960	26	2.2	28	94	5	108	50	0	8	40	1.32
2405029--2405067	4	9.8	4	94	0	69	28	0	25	46	1.53
2409927--2409978	25	2.0	25	88	3	77	61	0	0	38	0.96
2409926--2409981	8	6.4	9	74	14	55	60	0	0	39	0.97
2409966--2409997	13	2.4	14	85	15	50	56	0	0	43	0.99
2410071--2410112	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
2410075--2410111	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
2449397--2449430	15	2.2	16	89	5	52	29	0	0	70	0.87
2463762--2463914	82	1.9	81	83	8	202	26	18	19	34	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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