genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.20.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48574783

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  20  of  135  ( 16172 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8173715--8173784	30	2.3	30	90	0	104	25	28	22	22	1.99
8173715--8173784	15	4.7	15	78	7	79	25	28	22	22	1.99
8187313--8187356	22	2.0	22	82	8	54	54	2	0	43	1.12
8188323--8188373	21	2.6	18	75	24	50	49	0	0	50	1.00
8193638--8193663	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
8207532--8207618	42	2.1	42	85	8	115	28	26	24	20	1.99
8210452--8210499	19	2.5	19	76	6	53	29	16	2	52	1.56
8221069--8221110	20	2.1	20	86	0	57	64	0	2	33	1.07
8221280--8221326	22	2.0	24	84	8	62	31	0	0	68	0.90
8222147--8222236	31	2.9	31	85	9	114	47	4	4	43	1.43
8222759--8222795	18	2.1	18	89	0	56	32	0	5	62	1.18
8232120--8232158	17	2.3	17	90	0	60	10	10	51	28	1.68
8233157--8233183	14	1.9	14	100	0	54	37	3	7	51	1.48
8241475--8241523	3	16.3	3	100	0	98	0	32	0	67	0.91
8248779--8248839	31	2.1	31	81	9	74	26	13	13	47	1.79
8252448--8252481	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
8253994--8254151	77	2.0	78	98	1	309	49	6	8	34	1.61
8255189--8255250	24	2.5	25	73	7	63	17	3	4	74	1.13
8255182--8255248	24	3.0	22	77	12	55	16	5	2	74	1.14
8256234--8256287	20	2.7	20	82	2	72	66	0	3	29	1.09
8263487--8263534	23	2.1	22	85	11	62	54	0	0	45	0.99
8263501--8263535	11	3.1	11	87	4	52	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8263497--8263563	31	2.1	32	86	5	91	53	1	0	44	1.09
8263585--8263632	24	2.0	24	88	8	71	72	6	2	18	1.15
8265653--8265688	18	1.9	19	88	5	56	19	11	19	50	1.77
8268298--8268330	10	3.2	11	87	12	52	78	0	0	21	0.75
8274485--8274511	13	2.1	13	100	0	54	55	0	0	44	0.99
8274514--8274538	6	4.2	6	100	0	50	80	0	0	20	0.72
8281138--8281332	43	4.6	42	80	9	191	33	25	16	23	1.96
8281097--8281332	85	2.8	85	88	1	314	33	25	16	24	1.96
8287234--8287270	18	2.1	18	94	0	65	37	24	0	37	1.56
8288667--8288773	41	2.6	41	86	5	153	30	24	20	24	1.98
8288712--8288862	41	3.6	41	77	8	144	33	25	15	24	1.95
8290233--8290310	24	3.2	23	80	10	84	32	23	28	16	1.96
8290240--8290287	25	2.0	24	91	4	78	35	18	27	18	1.95
8293224--8293342	59	2.0	59	100	0	238	53	18	10	17	1.71
8295413--8295445	14	2.3	15	89	5	50	0	24	0	75	0.80
8298247--8298329	42	2.0	42	97	0	157	33	25	9	31	1.88
8303237--8303612	187	2.0	187	97	0	707	40	18	11	29	1.86
8304015--8304098	24	3.5	24	75	13	82	32	21	28	17	1.96
8304401--8304442	21	2.0	21	85	0	57	35	23	0	40	1.55
8312908--8312973	34	1.9	34	90	0	105	46	13	6	33	1.68
8319965--8320485	261	2.0	261	95	0	934	32	18	15	34	1.92
8322771--8322815	22	2.0	22	100	0	90	46	17	8	26	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8322875--8322951	15	4.9	15	71	18	50	44	14	9	32	1.76
8322891--8322930	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
8322879--8322945	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
8323323--8323347	7	3.6	7	100	0	50	60	0	0	40	0.97
8329619--8329652	17	2.0	18	88	11	54	50	0	8	41	1.34
8330007--8330093	36	2.4	37	90	1	131	25	26	21	26	2.00
8330148--8330196	22	2.2	22	89	7	73	30	24	12	32	1.92
8339550--8339620	29	2.4	29	95	0	124	43	12	25	18	1.85
8339521--8339765	29	8.4	29	72	6	118	37	12	26	22	1.90
8339717--8339778	29	2.1	30	81	3	72	38	16	22	22	1.92
8341511--8341540	12	2.5	12	88	0	51	23	40	30	6	1.80
8342697--8342970	68	4.0	67	76	10	234	27	23	10	37	1.88
8342908--8343036	68	1.9	68	83	0	168	30	24	10	35	1.88
8347530--8347555	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
8351201--8351253	28	1.9	28	84	3	72	35	15	13	35	1.86
8354992--8355031	9	4.4	9	84	12	55	40	17	10	32	1.83
8354992--8355036	18	2.4	18	88	3	72	40	17	11	31	1.85
8355152--8355195	18	2.4	18	88	0	61	13	2	43	40	1.57
8359647--8359752	54	2.0	54	94	0	185	25	31	23	19	1.98
8362893--8362941	23	2.1	23	85	7	64	44	2	8	44	1.45
8364339--8364372	16	2.2	15	89	5	50	50	5	5	38	1.51
8370432--8370486	23	2.4	23	81	0	74	54	9	1	34	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8373602--8373651	25	2.0	25	84	11	66	36	22	0	42	1.54
8374534--8374559	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8374553--8374597	23	2.0	22	91	4	72	66	2	0	31	1.04
8374539--8374592	12	4.4	12	83	9	65	61	1	0	37	1.07
8374555--8374597	10	4.0	10	80	16	50	67	2	0	30	1.03
8384154--8384227	36	2.1	36	89	0	112	52	0	4	43	1.20
8385940--8385972	6	5.5	6	100	0	66	15	0	15	69	1.19
8386015--8386058	18	2.4	18	88	0	61	13	2	43	40	1.57
8388087--8388397	33	8.8	33	69	22	177	21	20	26	31	1.98
8388120--8388256	42	3.5	41	77	17	173	21	18	27	32	1.97
8388082--8388258	75	2.4	75	95	1	311	22	19	26	32	1.97
8388233--8388285	27	1.9	28	96	3	99	16	24	32	26	1.97
8388159--8388360	102	2.0	102	95	1	361	20	20	28	30	1.98
8388054--8388393	177	1.9	178	93	0	592	21	20	27	31	1.98
8391424--8391651	123	1.9	123	83	7	302	42	14	13	28	1.84
8396829--8396886	7	7.7	7	79	12	62	67	1	3	27	1.17
8396815--8396869	23	2.6	21	86	11	69	65	1	1	30	1.13
8400784--8400821	13	2.8	14	84	8	51	31	0	0	68	0.90
8408695--8408724	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
8409802--8409929	25	5.2	25	70	14	95	32	15	23	28	1.95
8409857--8409919	24	2.6	24	82	14	76	34	12	25	26	1.92
8409802--8409949	49	3.0	49	84	4	156	33	15	22	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8409843--8409945	25	4.2	25	78	8	95	34	15	24	25	1.94
8411725--8411756	16	2.0	16	100	0	64	62	6	12	18	1.50
8414550--8414640	46	2.0	46	95	0	164	29	5	12	52	1.61
8419469--8419574	41	2.6	41	83	4	135	28	16	23	31	1.97
8419721--8419848	44	2.9	44	80	1	148	28	22	19	29	1.98
8432755--8432784	15	2.0	15	100	0	60	53	0	13	33	1.40
8433490--8434309	48	17.1	48	100	0	1640	39	4	20	35	1.72
8453294--8453440	63	2.4	62	80	2	161	27	28	18	25	1.98
8454481--8454530	16	3.2	16	85	2	66	48	4	20	28	1.67
8460273--8460304	15	2.2	15	94	5	57	81	0	6	12	0.87
8462902--8462957	28	2.0	28	89	0	85	28	26	17	26	1.98
8462911--8462965	28	2.0	28	88	0	83	32	29	14	23	1.94
8468951--8469021	30	2.4	30	97	0	133	36	25	0	38	1.56
8470564--8470683	41	2.9	41	86	4	170	20	22	29	27	1.99
8471539--8471613	30	2.5	30	95	0	132	24	32	26	17	1.97
8477804--8477839	11	3.2	12	84	15	58	38	8	8	44	1.65
8478645--8478774	30	4.3	30	81	5	156	25	26	23	23	2.00
8478626--8478774	60	2.5	60	91	0	235	26	28	22	22	1.99
8485240--8485274	15	2.3	15	90	0	52	31	11	0	57	1.34
8501837--8501870	10	3.4	10	87	0	50	14	0	2	82	0.79
8511524--8511555	16	1.9	17	93	6	57	37	21	0	40	1.54
8511716--8511886	43	4.0	43	80	10	174	33	27	16	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8511716--8511870	84	1.8	84	84	5	215	31	28	17	22	1.96
8514842--8514866	13	1.9	13	100	0	50	40	8	0	52	1.31
8515214--8515250	19	1.9	19	88	0	56	64	2	2	29	1.21
8516280--8516324	21	2.1	22	87	4	65	62	2	2	33	1.20
8516314--8516466	76	2.0	77	98	1	299	31	15	7	45	1.75
8517244--8517286	21	2.0	21	81	4	50	65	13	9	11	1.48
8519153--8519183	12	2.6	12	100	0	62	45	0	25	29	1.54
8532314--8532352	20	2.0	20	85	9	55	33	0	2	64	1.08
8534557--8534582	4	6.5	4	100	0	52	76	0	23	0	0.78
8536101--8536190	15	6.0	15	86	0	126	26	25	33	14	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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