genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48574783

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  70  of  135  ( 16172 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27820439--27820473	8	4.5	8	96	3	63	80	0	20	0	0.72
27820436--27820474	16	2.4	17	87	12	64	79	0	20	0	0.73
27822802--27823059	44	5.6	44	71	16	184	32	19	20	27	1.97
27823108--27823744	50	12.7	50	70	5	413	32	24	20	23	1.98
27823100--27823693	100	5.9	99	85	3	760	32	23	20	23	1.98
27826884--27826943	27	2.3	26	83	8	70	33	8	0	58	1.28
27826911--27826943	12	2.8	12	90	0	57	33	9	0	57	1.30
27826992--27827030	20	1.9	21	89	5	62	23	7	5	64	1.40
27828033--27828247	87	2.5	87	85	0	286	28	24	22	24	2.00
27828239--27828496	128	2.0	128	86	3	358	31	20	24	23	1.98
27828699--27828803	44	2.4	44	78	9	124	31	13	21	33	1.92
27830346--27830405	27	2.3	26	83	8	70	33	8	0	58	1.28
27830373--27830405	12	2.8	12	90	0	57	33	9	0	57	1.30
27830454--27830493	21	1.9	21	89	0	62	22	7	5	65	1.38
27840311--27840336	7	3.7	7	100	0	52	61	0	11	26	1.30
27843676--27843717	22	1.9	22	100	0	84	14	19	23	42	1.87
27843788--27843881	43	2.2	43	86	5	127	38	27	12	21	1.90
27843788--27843902	43	2.7	43	83	6	126	35	25	13	25	1.93
27847138--27847197	30	2.0	30	100	0	120	53	23	3	20	1.60
27848337--27848390	21	2.6	20	80	8	63	27	9	31	31	1.88
27848504--27848549	19	2.5	18	82	3	56	58	4	0	36	1.18
27851348--27851386	6	6.2	6	88	5	51	41	0	58	0	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27851348--27851386	7	6.0	7	85	14	57	41	0	58	0	0.98
27852991--27853046	14	4.0	13	84	9	58	32	44	0	23	1.53
27852999--27853037	7	5.6	7	84	0	51	33	46	0	20	1.51
27852991--27853044	21	2.6	21	82	5	65	33	42	0	24	1.55
27853143--27853189	14	3.4	14	96	0	85	42	48	0	8	1.33
27853142--27853196	21	2.7	20	80	11	58	43	45	0	10	1.39
27853270--27853300	14	2.2	14	94	0	53	51	29	0	19	1.47
27853424--27853510	40	2.2	40	81	6	97	21	18	21	37	1.94
27853435--27853512	40	2.0	39	84	2	102	23	16	21	38	1.93
27860077--27860215	50	2.8	50	87	5	208	19	30	23	25	1.98
27868943--27868982	18	2.2	18	100	0	80	32	30	27	10	1.89
27876537--27876580	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
27876625--27876718	45	2.1	45	93	0	161	30	24	19	25	1.98
27876724--27876910	51	3.7	50	77	5	207	32	27	16	23	1.96
27876720--27876906	101	1.8	101	90	5	306	33	27	16	22	1.95
27888111--27888150	20	2.0	20	100	0	80	20	15	20	45	1.86
27901733--27901776	22	2.0	22	90	0	70	11	20	25	43	1.85
27901869--27902111	43	5.6	43	82	1	272	33	31	14	20	1.93
27904831--27904856	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
27907661--27907685	7	3.6	7	100	0	50	44	56	0	0	0.99
27907669--27907843	89	2.0	89	89	0	269	45	30	1	23	1.60
27907798--27907888	46	2.0	46	95	0	164	50	20	0	28	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27907798--27907865	23	3.0	23	66	23	61	52	20	0	26	1.46
27907870--27907920	7	7.0	7	86	8	66	43	33	0	23	1.54
27907813--27907888	23	3.3	23	67	7	64	48	23	0	27	1.51
27907871--27907926	22	2.5	22	85	5	69	44	32	0	23	1.53
27907870--27907926	15	3.9	15	82	13	75	43	31	0	24	1.54
27907928--27907961	7	4.9	7	85	0	50	29	50	0	20	1.49
27907988--27908020	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
27908520--27908571	14	3.7	14	78	0	50	38	38	0	23	1.55
27908577--27908609	15	2.3	15	89	5	50	36	30	0	33	1.58
27908740--27908850	40	2.8	41	84	4	138	18	25	25	31	1.97
27917337--27917513	39	4.5	39	79	4	187	44	20	5	28	1.74
27917358--27917512	78	2.0	78	85	2	213	43	20	5	30	1.75
27922493--27922550	24	2.4	26	77	16	70	65	1	1	31	1.13
27929620--27929699	38	2.1	38	90	0	124	16	2	20	61	1.46
27932221--27932297	38	2.0	39	87	2	111	28	2	22	46	1.65
27935122--27935204	36	2.4	36	91	4	134	46	9	2	40	1.49
27937857--27937881	7	3.6	7	100	0	50	40	16	12	32	1.84
27938021--27938127	20	5.3	20	70	5	81	33	20	32	13	1.91
27944824--27944848	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
27954242--27954313	29	2.5	29	83	0	90	43	19	15	22	1.88
27958384--27958478	30	3.3	29	79	15	110	27	25	23	24	2.00
27958833--27959242	27	15.2	26	75	10	231	20	19	16	43	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27958830--27959242	54	7.7	54	77	8	288	21	19	15	42	1.89
27958848--27959242	81	4.9	81	81	4	451	21	20	16	42	1.89
27968072--27968164	28	3.2	28	85	7	123	27	20	25	25	1.99
27968232--27968308	26	3.0	26	84	0	100	36	25	23	14	1.93
27968499--27968945	27	16.6	26	80	6	400	20	20	17	42	1.90
27968500--27968945	134	3.3	133	82	5	508	20	20	17	42	1.89
27976676--27976710	17	2.0	18	88	5	54	71	0	22	5	1.07
27981558--27981656	23	4.3	23	85	0	144	31	26	20	22	1.98
27981565--27981653	46	1.9	46	95	0	160	31	26	20	21	1.98
27983518--27983543	12	2.2	12	100	0	52	26	0	15	57	1.38
27986402--27986428	14	1.9	14	100	0	54	22	7	25	44	1.79
27988275--27988321	23	2.1	22	84	11	60	68	6	17	8	1.37
27989054--27989082	10	2.9	10	100	0	58	58	20	10	10	1.60
27990001--27990095	49	1.9	49	91	4	156	31	16	8	43	1.78
27997158--27997195	18	2.2	17	86	9	51	44	2	15	36	1.61
28013639--28013687	22	2.2	22	82	7	64	51	2	6	40	1.38
28024343--28024375	17	1.9	17	93	0	57	21	9	12	57	1.62
28024388--28024447	23	2.6	23	94	2	102	30	10	31	28	1.89
28026803--28027044	50	4.7	51	79	4	204	23	27	21	26	1.99
28028475--28028617	50	2.8	50	82	3	189	23	18	27	29	1.98
28035709--28035777	25	2.8	25	80	8	79	26	24	18	30	1.98
28038015--28038094	25	3.2	24	84	8	81	35	15	25	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28038030--28038094	25	2.6	25	92	0	103	35	15	26	23	1.94
28038955--28038985	15	2.0	16	93	6	55	25	0	0	74	0.82
28039950--28039983	17	2.0	17	100	0	68	41	11	11	35	1.78
28045777--28045843	24	2.8	24	81	2	80	25	22	19	32	1.97
28045782--28045887	25	4.3	25	80	4	85	30	20	21	27	1.98
28045820--28045895	25	3.0	26	86	5	102	32	15	26	25	1.95
28047820--28047931	55	2.0	55	89	0	170	41	8	30	18	1.81
28049046--28049094	23	2.1	23	92	0	80	18	18	8	55	1.67
28051622--28051655	15	2.2	16	89	5	52	70	8	11	8	1.34
28058518--28058592	37	2.0	37	100	0	150	37	8	21	33	1.83
28065554--28065714	43	3.7	43	81	3	182	28	30	17	23	1.97
28065554--28065714	86	1.9	86	83	5	209	28	30	17	23	1.97
28066701--28066740	21	1.9	22	85	10	57	22	7	2	67	1.28
28071800--28071867	7	9.4	7	78	15	68	42	38	0	19	1.51
28071800--28071867	22	3.1	23	81	6	72	42	38	0	19	1.51
28071831--28071900	7	10.0	7	79	0	68	34	45	1	18	1.58
28072090--28072123	14	2.4	14	90	0	50	47	35	0	17	1.48
28072040--28072169	68	1.9	70	91	3	219	48	21	0	30	1.50
28072526--28072708	41	4.5	41	87	0	267	30	30	19	20	1.97
28072519--28072708	82	2.3	82	91	0	317	28	30	18	22	1.97
28072771--28072811	19	2.1	19	86	4	55	17	24	19	39	1.92
28074542--28074678	50	2.6	50	82	6	157	23	29	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28077753--28077800	19	2.5	19	100	0	96	4	12	35	47	1.60
28080532--28080583	24	2.1	24	82	10	61	25	40	1	32	1.67
28081247--28081288	18	2.3	19	80	12	52	76	4	2	16	1.07
28086546--28086575	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
28087712--28087781	25	2.8	25	88	0	104	31	21	22	24	1.98
28089614--28089656	6	7.2	6	100	0	86	32	0	67	0	0.91
28097288--28097339	8	7.0	8	77	18	51	63	0	3	32	1.12
28097440--28097483	17	2.6	17	88	0	61	27	0	0	72	0.85
28097620--28097671	18	3.1	18	70	13	56	28	0	3	67	1.08
28099762--28099786	11	2.3	11	100	0	50	28	16	16	40	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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