genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48574783

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  62  of  135  ( 16172 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25085040--25085332	129	2.3	129	98	0	577	27	19	23	28	1.99
25085263--25085451	88	2.1	88	100	0	378	24	19	24	30	1.98
25085311--25085451	44	3.2	44	76	11	180	24	19	24	30	1.98
25085263--25085495	88	2.6	88	90	2	290	25	19	25	29	1.98
25085394--25085837	129	3.4	129	88	4	612	32	23	21	23	1.98
25085574--25085772	40	4.8	40	73	12	166	30	25	20	23	1.98
25086596--25086628	11	3.1	11	91	4	50	21	0	0	78	0.75
25086586--25086638	25	2.1	25	82	6	63	18	5	0	75	0.99
25096889--25096956	12	6.0	12	69	19	56	41	2	2	52	1.31
25098213--25098279	18	3.7	18	85	0	89	28	8	22	40	1.84
25098623--25098727	37	2.7	38	80	5	113	26	12	23	37	1.91
25098623--25098762	40	3.5	40	78	6	160	27	14	23	34	1.94
25103047--25103086	15	2.9	15	78	14	50	82	5	7	5	0.94
25105021--25105072	16	3.2	16	91	0	86	26	0	32	40	1.57
25105308--25105342	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
25107472--25107508	19	1.9	19	94	0	65	29	18	18	32	1.96
25108931--25108960	15	2.0	15	100	0	60	46	20	26	6	1.75
25110402--25110447	17	2.7	18	83	6	60	47	0	6	45	1.28
25120442--25120488	24	2.0	24	84	16	62	51	17	0	31	1.46
25121139--25121181	13	3.3	13	84	9	52	2	20	2	74	1.04
25132097--25132147	3	17.7	3	78	8	52	1	27	3	66	1.20
25133423--25133595	9	18.8	9	67	20	56	28	3	4	63	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25138847--25138930	32	2.5	32	86	7	105	54	3	3	38	1.35
25143373--25143409	3	12.3	3	94	0	65	35	2	0	62	1.10
25145474--25145560	3	29.0	3	100	0	174	66	0	0	33	0.92
25150654--25150708	27	2.0	27	100	0	110	34	29	7	29	1.84
25152222--25152735	256	2.0	257	99	0	1021	35	11	12	40	1.79
25152927--25152982	22	2.6	21	82	2	58	51	3	7	37	1.47
25172180--25172243	30	2.2	29	83	5	83	35	4	26	32	1.77
25172425--25172463	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
25174783--25174811	10	2.9	10	100	0	58	17	0	0	82	0.66
25174783--25174832	18	2.7	18	84	6	55	10	0	6	84	0.79
25191074--25191103	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
25193226--25193255	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
25193772--25193814	20	2.1	21	86	4	61	9	34	4	51	1.55
25200483--25200830	122	2.8	124	91	2	594	29	15	22	33	1.94
25203911--25204027	53	2.2	53	96	0	216	47	11	6	33	1.67
25203964--25204190	122	1.9	122	97	0	427	44	8	8	38	1.67
25204116--25204272	55	2.8	55	87	3	208	43	5	10	40	1.62
25204267--25204350	29	2.9	29	89	7	134	26	0	23	50	1.50
25204269--25204686	101	4.1	101	95	0	719	31	0	21	47	1.51
25204298--25204431	72	1.9	72	89	6	209	31	0	20	48	1.50
25204370--25204452	29	2.9	28	91	5	130	27	0	21	50	1.49
25204471--25204552	29	2.9	28	92	5	137	25	0	23	51	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25204572--25204651	29	2.8	29	96	0	142	27	0	27	45	1.54
25204500--25204633	72	1.9	72	90	3	216	29	0	23	47	1.52
25204841--25204889	21	2.4	21	79	3	55	4	24	32	38	1.74
25206028--25206067	20	2.0	20	85	9	55	52	12	2	32	1.52
25206974--25207084	51	2.2	51	91	3	179	39	3	27	28	1.73
25208526--25208569	21	2.1	21	100	0	88	38	9	13	38	1.77
25208525--25208580	21	2.8	19	87	10	85	37	8	16	37	1.80
25208538--25208603	23	3.0	23	82	12	77	37	6	16	39	1.74
25208569--25208613	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
25209034--25209073	3	13.3	3	84	10	55	32	0	0	67	0.91
25209018--25209072	15	3.7	15	74	16	53	30	0	1	67	1.01
25209020--25209071	12	4.1	12	80	14	52	28	0	1	69	0.99
25209341--25209440	52	1.9	51	82	9	123	30	7	8	55	1.56
25212053--25212302	43	5.8	43	82	2	279	29	30	17	22	1.97
25212056--25212302	129	1.9	129	83	3	318	29	30	17	22	1.97
25213192--25213471	23	12.3	23	70	15	154	40	23	6	29	1.80
25213291--25213439	45	3.3	45	72	5	165	43	22	4	28	1.73
25213252--25213471	91	2.4	91	96	1	406	40	23	6	30	1.79
25213197--25213469	114	2.4	114	81	7	313	40	23	6	30	1.80
25213809--25213892	39	2.1	39	86	4	114	51	7	11	29	1.65
25215941--25216650	147	4.9	147	89	4	1114	25	16	12	44	1.83
25215941--25216765	291	2.9	286	89	7	1224	26	16	12	44	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25216528--25216765	123	2.0	121	95	1	431	27	16	10	45	1.80
25216696--25216850	76	2.0	78	86	8	217	28	10	7	54	1.60
25217352--25217398	15	3.3	15	79	8	53	38	31	0	29	1.58
25217965--25218336	114	3.3	113	86	4	511	24	26	23	26	2.00
25250712--25250750	20	2.0	19	85	14	53	53	0	2	43	1.14
25251324--25251475	75	2.0	76	98	1	297	38	5	3	51	1.43
25252121--25252447	2	163.5	2	100	0	654	50	0	0	49	1.00
25259568--25259652	42	2.0	42	97	0	161	28	7	22	42	1.79
25260995--25261050	21	2.7	21	85	0	85	28	8	33	28	1.87
25261219--25261363	25	5.2	30	84	11	152	40	11	0	48	1.44
25261410--25261554	13	11.1	13	68	20	81	15	50	2	32	1.55
25261410--25261554	6	22.2	6	71	21	80	15	50	2	32	1.55
25261447--25261517	23	3.3	22	72	20	69	11	54	2	30	1.50
25261410--25261554	25	5.5	25	75	17	95	15	50	2	32	1.55
25268687--25268873	56	3.1	56	64	20	144	35	6	7	50	1.56
25268641--25268887	123	2.0	124	99	0	487	33	6	8	51	1.59
25268868--25268903	19	1.9	19	88	5	56	52	5	0	41	1.24
25270291--25270448	78	2.0	79	98	1	309	43	8	14	32	1.76
25276381--25276566	9	19.6	9	68	16	51	58	2	2	36	1.27
25276871--25276919	19	2.6	19	78	12	64	34	0	18	46	1.49
25277071--25277142	21	3.7	21	74	23	61	33	1	1	63	1.11
25277088--25277140	28	2.0	27	88	7	81	28	1	0	69	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25277071--25277149	19	4.1	19	73	18	65	30	1	2	65	1.13
25291528--25291587	31	2.0	30	90	3	93	53	0	8	38	1.31
25296737--25296770	16	2.1	16	88	0	50	32	11	0	55	1.36
25300551--25300585	18	1.9	18	88	0	52	42	22	25	8	1.82
25300630--25300758	65	2.0	66	90	1	206	24	29	17	29	1.97
25301137--25301222	43	2.0	43	88	0	127	45	10	8	36	1.68
25301903--25302017	22	5.0	22	76	12	115	37	20	25	16	1.93
25301897--25302029	22	5.6	25	78	10	97	37	20	24	17	1.93
25303020--25303059	5	7.6	5	83	10	53	60	0	0	40	0.97
25303020--25303060	16	2.6	16	92	0	73	60	0	0	39	0.96
25303025--25303054	8	3.8	8	90	0	51	60	0	0	40	0.97
25308489--25308561	36	2.0	36	91	0	119	30	20	13	35	1.91
25310232--25310277	21	2.0	21	84	12	56	8	32	0	58	1.28
25310634--25310666	15	2.1	16	88	11	50	39	3	0	57	1.14
25310993--25311033	21	2.0	20	85	4	55	41	39	0	19	1.52
25310986--25311040	28	2.0	28	88	0	83	40	38	0	21	1.54
25311020--25311054	15	2.4	14	86	9	52	40	37	0	22	1.55
25311402--25311518	42	2.8	41	83	2	153	29	26	18	24	1.98
25319091--25319119	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
25323867--25323892	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
25323891--25325341	96	14.8	96	92	5	2311	37	14	7	40	1.74
25324896--25325341	159	2.8	158	95	2	772	38	15	6	39	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25328870--25328916	23	2.0	23	91	0	76	42	10	4	42	1.59
25329979--25330033	22	2.5	23	79	5	69	34	3	16	45	1.65
25348974--25349007	8	4.2	8	100	0	68	35	0	0	64	0.94
25350017--25350070	18	3.1	17	81	7	72	44	0	20	35	1.52
25351886--25351944	30	2.0	30	93	0	100	54	15	3	27	1.57
25351980--25352022	22	2.0	22	90	0	68	60	6	11	20	1.54
25357959--25357990	10	3.4	10	83	16	50	81	0	0	18	0.70
25357918--25358021	50	2.1	50	94	0	181	67	0	1	29	1.08
25357966--25358033	31	2.2	31	89	2	100	66	0	2	30	1.07
25357977--25358038	31	2.0	32	96	3	117	59	0	3	37	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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