genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48574783

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  51  of  135  ( 16172 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20720012--20720064	27	2.0	25	89	7	79	54	1	0	43	1.11
20721779--20721916	45	3.0	44	85	7	186	37	10	23	28	1.87
20727646--20727696	26	2.0	26	96	0	93	47	0	17	35	1.48
20727655--20727700	20	2.3	20	81	7	58	50	0	15	34	1.44
20729657--20729763	23	4.9	23	81	11	127	36	23	22	17	1.95
20730815--20730852	3	13.0	3	88	5	60	63	0	0	36	0.95
20736506--20736724	72	3.0	72	100	0	438	26	20	22	30	1.98
20746425--20746538	29	3.9	29	74	13	108	29	21	6	42	1.77
20746939--20747002	13	4.9	12	77	19	58	79	7	9	3	1.02
20747283--20747327	16	2.8	16	82	0	54	82	2	13	2	0.86
20747463--20747526	18	3.5	18	76	19	78	26	40	28	4	1.76
20748171--20748283	18	6.3	18	77	14	85	30	14	12	42	1.82
20748164--20748252	16	5.3	17	77	18	89	37	13	11	38	1.81
20748212--20748270	19	3.0	20	78	14	77	37	11	10	40	1.76
20748212--20748309	18	5.3	18	69	22	69	40	10	10	38	1.73
20748323--20748434	18	6.5	18	69	17	85	33	12	9	44	1.75
20756083--20756132	24	2.1	24	100	0	100	42	8	36	14	1.74
20756856--20756910	28	2.0	27	82	10	67	36	9	9	45	1.68
20759964--20760032	36	1.9	35	82	2	84	52	5	0	42	1.25
20760656--20760689	3	11.3	3	93	0	59	0	29	0	70	0.87
20763623--20763648	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
20778606--20778633	6	4.7	6	100	0	56	14	0	67	17	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20779619--20779702	41	2.0	41	97	0	159	41	20	2	35	1.65
20780547--20780585	18	2.2	18	86	4	53	58	0	0	41	0.98
20780688--20780908	107	2.1	108	98	0	426	33	13	8	44	1.74
20787389--20787413	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
20795129--20795160	16	2.0	16	100	0	64	31	18	18	31	1.95
20795614--20795748	25	5.6	25	79	7	131	39	17	23	19	1.92
20796614--20796665	26	2.0	27	85	11	72	0	32	1	65	1.04
20796759--20796805	23	2.0	23	87	0	67	44	10	6	38	1.65
20814075--20814115	21	1.9	22	85	5	57	65	0	9	24	1.22
20817224--20817304	39	2.1	39	97	0	153	22	12	29	35	1.91
20831887--20831946	30	2.0	30	100	0	120	23	13	20	43	1.86
20834150--20834177	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
20837259--20837307	17	2.7	19	81	15	59	40	4	0	55	1.19
20837826--20837858	3	11.3	3	93	6	59	66	0	33	0	0.92
20837994--20838154	60	2.6	59	80	5	171	33	0	11	54	1.40
20838035--20838153	60	2.0	60	91	0	193	35	0	11	52	1.38
20838267--20838305	16	2.4	16	91	0	69	33	2	5	58	1.33
20850445--20850542	45	2.2	44	87	1	133	33	5	29	31	1.79
20850699--20850750	18	2.9	18	88	8	79	57	1	1	38	1.21
20850739--20850983	62	4.0	62	75	14	274	52	4	2	40	1.34
20850833--20850896	28	2.4	28	86	5	87	56	0	0	43	0.99
20850801--20851037	120	2.0	120	96	0	438	51	4	2	42	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20850843--20851037	61	3.2	60	69	11	164	50	4	2	43	1.32
20861530--20861563	17	2.0	17	100	0	68	52	17	23	5	1.66
20873221--20873466	127	1.9	127	98	1	476	42	6	9	41	1.65
20873637--20873680	18	2.4	18	84	3	52	56	2	2	38	1.24
20889373--20889447	29	2.6	29	91	4	107	49	13	14	22	1.78
20894585--20894662	21	3.9	19	72	23	63	48	2	1	47	1.23
20902779--20902804	13	2.0	13	100	0	52	23	23	15	38	1.92
20907410--20907458	22	2.2	22	78	7	55	30	4	2	63	1.24
20910624--20910652	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
20916605--20916638	14	2.4	14	90	0	50	38	8	23	29	1.85
20916626--20916665	20	2.0	20	90	0	62	30	10	12	47	1.74
20916612--20916681	14	4.5	15	72	19	54	31	10	17	41	1.82
20916765--20916807	18	2.4	18	80	7	52	32	2	2	62	1.20
20916894--20916956	34	1.9	32	93	6	108	41	4	9	44	1.58
20919171--20919195	13	1.9	13	100	0	50	40	16	28	16	1.89
20919384--20919409	12	2.2	12	100	0	52	53	7	38	0	1.30
20922668--20922694	14	1.9	14	100	0	54	44	7	7	40	1.60
20942702--20942743	21	2.0	21	85	0	57	38	0	19	42	1.51
20943386--20943457	25	2.9	25	72	0	63	20	25	22	31	1.98
20944587--20944633	23	2.0	25	87	8	71	29	2	14	53	1.53
20945713--20945778	16	4.1	16	90	0	96	34	0	34	30	1.58
20945719--20945780	32	1.9	32	93	0	106	35	0	35	29	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20945757--20945847	45	2.0	44	87	2	128	31	5	28	34	1.80
20946714--20946852	46	3.0	45	89	6	208	35	8	25	30	1.86
20949565--20949612	24	2.0	24	91	0	78	37	8	16	37	1.79
20952897--20952937	22	1.9	21	85	5	55	46	2	0	51	1.14
20968080--20968107	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
20982110--20982148	20	2.0	21	85	10	55	35	0	12	51	1.40
20983874--20983921	25	2.0	24	87	4	69	39	12	2	45	1.54
20990937--20991187	124	2.0	125	99	0	495	49	7	8	34	1.61
21000526--21000647	33	3.7	33	75	6	113	33	16	22	27	1.95
21000520--21000665	66	2.2	66	90	0	220	35	16	21	26	1.94
21000520--21000665	33	4.5	31	71	10	103	35	16	21	26	1.94
21007379--21007412	17	1.9	18	94	5	61	73	2	11	11	1.20
21007380--21007420	17	2.4	17	88	8	57	75	2	14	7	1.12
21013738--21013901	44	3.6	44	85	11	238	30	26	14	28	1.95
21013782--21013894	51	2.2	51	91	0	181	29	28	13	29	1.94
21025652--21025682	14	2.2	14	100	0	62	19	0	0	80	0.71
21025657--21025690	14	2.4	14	90	0	50	29	0	0	70	0.87
21028961--21029095	45	2.9	46	88	4	191	35	5	28	29	1.81
21036301--21036400	46	2.2	46	92	0	173	29	27	9	35	1.87
21041499--21041566	23	2.9	23	95	2	118	39	30	7	22	1.81
21042237--21042285	18	2.5	21	80	9	59	61	10	2	26	1.39
21042543--21042573	15	2.0	16	93	6	55	16	0	45	38	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21043068--21043570	230	2.2	231	90	1	785	28	17	20	33	1.95
21049431--21049501	21	3.4	21	88	0	106	30	18	46	4	1.68
21049868--21050030	43	3.8	42	90	2	254	21	22	22	33	1.97
21049872--21050030	85	1.9	85	91	0	264	22	21	22	34	1.97
21050209--21050284	40	1.9	40	86	0	107	36	23	19	19	1.95
21050378--21050614	41	5.8	40	85	4	305	21	21	29	27	1.99
21050376--21050606	81	2.8	81	86	5	322	20	21	29	28	1.98
21050379--21050609	122	1.9	123	89	4	360	21	21	29	28	1.98
21050813--21050877	26	2.5	26	82	5	69	18	3	46	32	1.65
21050921--21050965	14	3.2	14	87	6	65	22	0	42	35	1.54
21052763--21052799	17	2.2	17	90	0	56	27	2	18	51	1.60
21053548--21053687	46	3.0	45	91	4	226	32	8	28	30	1.87
21062962--21063150	94	2.0	94	98	0	369	23	8	28	40	1.83
21082717--21082759	7	5.9	7	81	8	50	58	0	2	39	1.11
21083247--21083292	17	2.7	17	83	6	58	47	0	6	45	1.28
21084148--21084193	21	2.2	21	92	0	74	43	0	0	56	0.99
21088385--21088453	33	2.1	33	97	0	129	37	15	27	18	1.92
21089949--21089994	20	2.3	20	92	0	74	63	2	0	34	1.07
21122690--21122813	53	2.3	53	92	0	203	40	5	7	46	1.55
21122985--21123103	22	5.5	22	91	3	197	23	0	29	47	1.52
21122985--21123103	43	2.8	44	92	2	197	23	0	29	47	1.52
21123120--21123152	8	4.2	8	88	3	50	48	0	3	48	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21123120--21123152	16	2.1	15	94	5	57	48	0	3	48	1.17
21123344--21123383	21	1.9	21	85	10	55	2	17	45	35	1.62
21124335--21124360	7	3.7	7	100	0	52	57	15	0	26	1.38
21125489--21125586	51	1.9	50	87	8	144	47	2	24	25	1.62
21129543--21129568	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
21134015--21134254	40	6.0	40	95	0	426	31	17	22	28	1.97
21138980--21139165	46	4.0	45	85	4	246	35	7	26	30	1.84
21138980--21139165	92	2.0	92	88	2	275	35	7	26	30	1.84
21140960--21141022	31	2.0	31	100	0	126	31	6	15	46	1.71
21144429--21144588	46	3.6	46	87	5	231	35	14	20	29	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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