genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48574783

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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This is table  68  of  135  ( 16172 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27154335--27154378	22	2.0	23	90	4	72	36	0	4	59	1.18
27154335--27154378	10	4.1	10	83	13	52	36	0	4	59	1.18
27155202--27155247	21	2.3	20	78	14	51	30	6	17	45	1.73
27156995--27157088	32	2.9	32	80	0	116	37	21	21	20	1.95
27157262--27157343	24	3.4	24	84	0	101	47	19	8	24	1.77
27157274--27157370	24	4.0	24	83	0	104	45	20	9	24	1.80
27157409--27157612	27	7.6	27	76	7	128	24	18	19	37	1.94
27157409--27157591	54	3.4	54	82	3	217	24	19	18	37	1.94
27157408--27157611	107	1.9	108	85	3	286	24	18	19	37	1.94
27157389--27157609	80	2.8	81	78	6	209	23	19	19	37	1.94
27157393--27157612	54	4.1	54	78	6	196	23	19	19	37	1.94
27164602--27164626	12	2.1	12	100	0	50	16	8	36	40	1.77
27189066--27189100	13	2.7	13	90	0	52	45	0	11	42	1.40
27192789--27192820	14	2.1	16	88	11	50	68	6	0	25	1.12
27193345--27193388	22	2.0	22	95	0	79	52	18	11	18	1.74
27208409--27208440	5	6.8	5	86	13	50	18	0	0	81	0.70
27208409--27208433	13	1.9	13	100	0	50	20	0	0	80	0.72
27208409--27208442	18	1.9	17	94	5	59	17	0	0	82	0.67
27217606--27217643	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
27223949--27224000	16	3.2	16	94	0	86	28	0	36	34	1.58
27227473--27227533	20	3.2	20	80	11	58	62	0	6	31	1.21
27227574--27227626	21	2.6	19	83	13	63	69	1	5	22	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27227560--27227625	10	6.5	10	73	15	55	69	1	4	24	1.15
27228170--27228281	59	1.9	59	83	8	149	33	3	0	63	1.12
27228881--27228936	10	6.0	9	76	15	51	66	1	5	26	1.23
27228896--27228947	21	2.6	19	82	14	61	71	1	5	21	1.17
27229045--27229096	18	3.1	16	78	13	52	73	3	1	21	1.10
27229936--27230047	59	1.9	59	83	8	149	33	3	0	63	1.12
27243975--27244015	3	13.7	3	100	0	82	34	31	0	34	1.58
27243975--27244033	15	3.9	15	90	0	64	37	28	0	33	1.58
27252144--27252174	15	2.1	15	93	0	53	29	22	22	25	1.99
27255885--27255922	16	2.3	17	86	4	51	71	5	2	21	1.19
27257566--27257634	30	2.3	30	89	0	102	21	23	31	23	1.98
27262974--27263011	19	2.0	19	100	0	76	31	10	26	31	1.90
27273661--27273766	52	2.0	52	98	0	203	34	16	20	28	1.94
27280382--27280551	48	3.5	48	84	0	205	25	21	30	22	1.99
27282928--27283008	10	8.4	9	77	12	65	39	1	2	56	1.20
27282952--27283016	20	3.4	18	76	19	60	41	1	1	55	1.18
27285267--27285298	16	2.0	16	93	0	55	65	0	6	28	1.16
27286101--27286169	28	2.7	23	74	21	66	0	17	5	76	0.97
27291842--27291940	33	3.0	33	90	0	144	40	33	8	18	1.80
27291790--27291940	66	2.3	66	80	4	151	38	34	9	17	1.82
27299796--27299985	96	2.0	96	88	0	281	40	17	14	26	1.89
27301996--27302059	24	2.7	24	87	4	85	60	1	18	18	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27301996--27302055	6	10.0	6	80	12	61	60	1	18	20	1.45
27309037--27309110	36	2.1	36	94	0	130	41	8	16	33	1.77
27314392--27314456	25	2.6	25	80	9	69	29	24	16	29	1.97
27322607--27322633	5	5.4	5	100	0	54	81	0	18	0	0.69
27324506--27325076	306	1.9	309	82	4	731	33	11	11	43	1.77
27330359--27330427	34	2.0	34	97	0	129	23	28	28	18	1.98
27335405--27335450	14	3.4	14	77	17	53	43	0	2	54	1.12
27336748--27336778	16	1.9	16	93	0	53	35	0	0	64	0.94
27337004--27337213	75	2.8	75	86	2	273	29	13	12	44	1.81
27343548--27343660	45	2.5	45	89	2	156	23	21	17	37	1.94
27349725--27349778	20	2.7	20	88	0	72	31	7	12	48	1.69
27358083--27358185	46	2.3	45	85	6	129	16	21	15	46	1.84
27358117--27358319	45	4.5	45	78	4	158	21	21	18	39	1.93
27359126--27359178	27	2.0	27	85	7	72	37	3	0	58	1.16
27380572--27381040	109	4.3	109	86	1	625	22	17	28	31	1.97
27383715--27383795	27	3.0	27	98	0	153	25	9	29	34	1.88
27384004--27384035	10	3.2	10	90	0	55	6	0	31	62	1.20
27386726--27386830	45	2.3	45	88	0	147	34	25	20	20	1.96
27390995--27391048	26	2.1	25	83	10	65	53	0	1	44	1.11
27398163--27398225	23	2.7	24	78	9	69	49	0	1	49	1.10
27398164--27398225	12	5.3	12	73	13	58	50	0	1	48	1.10
27398584--27398646	23	2.7	24	78	9	69	49	0	1	49	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27398585--27398646	12	5.3	12	73	13	58	50	0	1	48	1.10
27398135--27398979	421	2.0	422	99	0	1683	37	16	13	33	1.87
27399167--27399217	20	2.3	24	80	16	65	15	7	9	66	1.43
27399347--27399385	15	2.5	15	83	8	51	51	0	0	48	1.00
27408404--27408433	15	2.0	15	100	0	60	26	20	13	40	1.89
27408369--27408463	50	1.9	50	84	4	129	24	22	16	36	1.94
27415278--27416055	46	17.3	46	81	7	762	30	27	16	25	1.97
27415278--27416055	138	5.8	138	85	6	1092	30	27	16	25	1.97
27415591--27415648	30	1.9	30	100	0	116	39	17	20	22	1.92
27415548--27415693	76	1.9	75	94	1	256	32	23	18	24	1.97
27424011--27424037	14	1.9	14	100	0	54	55	7	0	37	1.28
27426106--27426171	13	5.6	12	72	20	59	36	1	15	46	1.55
27426102--27426174	23	3.1	24	90	3	114	38	1	16	43	1.56
27427063--27427104	14	3.0	14	83	10	50	16	4	2	76	1.07
27428213--27428281	30	2.3	30	94	0	120	43	5	18	31	1.74
27430024--27430076	23	2.3	23	93	0	97	32	26	20	20	1.98
27430302--27430340	18	2.2	17	86	13	53	46	20	0	33	1.51
27433118--27433158	20	2.0	20	85	9	55	60	4	7	26	1.43
27433102--27433158	21	2.8	20	76	10	60	66	3	5	24	1.28
27434044--27434109	13	5.5	13	72	20	72	36	0	15	48	1.45
27434041--27434112	23	3.1	24	92	4	121	38	0	15	45	1.46
27435044--27435068	6	4.2	6	100	0	50	20	0	0	80	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27438249--27438347	45	2.2	46	77	13	109	45	5	19	30	1.71
27440300--27440354	27	2.0	27	86	10	76	63	5	0	30	1.17
27443674--27443772	45	2.2	46	77	13	109	45	5	19	30	1.71
27445725--27445779	27	2.0	27	86	10	76	63	5	0	30	1.17
27449123--27449162	20	2.0	20	95	0	71	42	5	10	42	1.60
27456302--27456384	42	2.0	42	83	4	105	26	21	33	18	1.96
27466208--27466371	81	2.0	82	98	1	321	38	10	4	45	1.61
27469791--27469975	101	1.8	101	94	3	327	25	17	25	30	1.97
27469788--27469973	51	3.7	50	84	3	248	25	17	26	30	1.97
27474810--27474834	11	2.3	11	100	0	50	48	36	0	16	1.46
27478107--27478155	15	3.3	15	72	16	57	24	10	32	32	1.89
27479072--27479108	20	2.0	20	84	10	51	45	2	2	48	1.30
27480314--27480373	27	2.2	27	80	19	63	51	0	25	23	1.48
27490637--27490722	43	2.0	43	88	0	127	30	24	17	27	1.97
27496514--27496669	43	3.4	43	79	14	177	33	0	19	47	1.50
27496545--27496681	52	2.7	52	86	3	190	32	0	18	48	1.48
27497028--27497089	28	2.4	24	73	19	61	53	8	3	35	1.47
27497071--27497157	38	2.3	38	92	2	140	50	16	1	32	1.52
27497109--27497250	65	2.2	66	88	3	207	47	13	4	35	1.62
27499993--27500122	50	2.6	50	88	1	190	39	33	1	26	1.66
27499963--27500181	7	31.0	7	67	3	62	41	31	2	25	1.68
27500093--27500206	14	8.3	14	68	11	65	42	29	1	25	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27500155--27500206	7	7.6	7	78	4	52	44	28	1	25	1.65
27500254--27500313	7	8.6	7	81	7	68	46	33	0	20	1.51
27500375--27500415	8	5.4	8	82	5	50	53	31	0	14	1.41
27500374--27500414	14	2.8	14	85	10	55	51	31	0	17	1.46
27500619--27500701	40	2.0	41	81	6	98	26	21	18	33	1.96
27500765--27500904	40	3.5	39	76	9	131	27	22	16	33	1.95
27500453--27501072	190	3.2	196	79	5	629	28	22	16	32	1.96
27500497--27501054	198	2.9	189	79	6	600	28	22	17	32	1.96
27508931--27508979	24	2.0	24	100	0	98	46	8	4	40	1.52
27509576--27509631	27	2.1	27	100	0	112	42	14	10	32	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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