genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48574783

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   

This is table  61  of  135  ( 16172 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24662351--24662385	17	2.1	17	88	0	52	45	5	0	48	1.26
24666864--24666928	34	1.9	34	90	0	103	46	16	10	26	1.80
24667645--24667844	63	3.2	62	77	8	215	28	24	22	25	2.00
24667609--24667842	126	1.9	126	83	3	310	28	25	21	24	1.99
24672014--24672082	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
24672014--24672082	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
24672063--24672153	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
24676679--24677527	91	9.3	91	100	0	1698	36	14	9	39	1.79
24681088--24681138	24	2.1	24	88	0	75	50	9	3	35	1.54
24685505--24685556	24	2.2	24	92	0	86	48	9	5	36	1.60
24687292--24687321	5	6.0	5	100	0	60	0	0	60	40	0.97
24705948--24706012	26	2.5	27	82	7	89	38	24	6	30	1.80
24710036--24710120	25	3.2	25	70	12	80	48	9	15	27	1.75
24714993--24715061	29	2.5	27	81	11	77	52	11	8	27	1.67
24715006--24715062	29	1.9	30	89	3	89	47	12	10	29	1.74
24729863--24730543	338	2.0	338	99	0	1353	40	6	9	43	1.63
24738673--24739780	87	12.7	87	92	0	1752	24	22	22	30	1.99
24738982--24739118	43	3.2	42	66	21	102	24	18	23	33	1.97
24741435--24741488	27	1.9	27	85	7	72	7	12	9	70	1.33
24741408--24741527	62	2.0	60	83	6	152	9	12	7	70	1.32
24746248--24746319	3	24.0	3	80	16	78	63	1	4	30	1.21
24757155--24757209	29	1.9	28	88	3	83	58	27	7	7	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24766300--24766339	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
24766285--24766351	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
24770459--24770723	141	1.9	141	95	0	476	39	18	14	27	1.90
24771833--24772001	82	2.1	82	95	0	302	42	13	17	26	1.86
24777014--24777069	23	2.4	23	93	0	94	58	0	1	39	1.08
24783646--24783720	34	2.2	32	82	13	89	24	32	1	42	1.63
24783646--24783722	22	3.5	22	78	16	79	24	31	1	42	1.63
24783646--24783722	11	6.9	11	71	21	63	24	31	1	42	1.63
24786966--24787342	125	3.0	125	83	3	470	31	22	16	29	1.96
24788198--24788228	16	1.9	16	93	0	53	45	0	0	54	0.99
24789372--24789421	26	2.0	25	84	4	64	20	20	20	40	1.92
24790131--24790174	20	2.2	20	100	0	88	38	11	20	29	1.87
24801186--24801215	12	2.5	12	94	0	51	23	33	26	16	1.96
24812101--24812152	20	2.5	21	81	6	61	46	1	1	50	1.23
24813632--24813680	25	2.0	24	88	4	71	24	0	8	67	1.18
24818639--24818674	18	2.0	18	100	0	72	33	22	16	27	1.95
24821523--24821563	15	2.7	15	80	0	55	46	19	2	31	1.63
24823769--24823796	7	4.0	7	100	0	56	28	0	0	71	0.86
24831743--24831793	22	2.3	23	83	10	61	3	13	1	80	0.94
24831749--24831780	16	1.9	17	93	6	57	3	15	0	81	0.82
24837058--24837103	12	3.8	12	80	5	56	45	15	23	15	1.84
24843726--24843760	10	3.5	10	88	0	52	37	0	11	51	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24843726--24843768	10	4.3	10	87	0	50	34	0	13	51	1.42
24843736--24843778	14	3.1	14	82	0	50	27	0	18	53	1.45
24847867--24848124	130	2.0	131	99	0	509	32	15	9	42	1.79
24848157--24848222	19	3.6	19	77	4	73	57	0	1	40	1.08
24848142--24848196	28	2.0	27	82	10	67	54	0	1	43	1.10
24848879--24848928	18	2.8	18	93	0	82	26	12	28	34	1.92
24848741--24849040	163	1.8	163	96	0	555	29	15	22	32	1.95
24851448--24851529	41	2.0	42	81	11	98	39	1	2	57	1.20
24853017--24853076	25	2.4	25	88	0	84	30	23	28	18	1.98
24852997--24853085	25	3.6	25	74	7	83	31	22	25	20	1.98
24866906--24866965	27	2.2	27	84	0	75	33	25	28	13	1.93
24866915--24866970	27	2.1	26	90	3	85	32	19	32	16	1.94
24867040--24867109	19	3.7	19	78	3	88	35	10	0	54	1.34
24867045--24867115	37	1.9	37	97	0	133	38	11	0	50	1.38
24867130--24867198	19	3.7	19	78	5	79	55	0	8	36	1.31
24867281--24867341	32	1.9	32	86	0	86	19	32	19	27	1.96
24867273--24867356	27	2.9	27	74	16	78	17	30	21	29	1.96
24867417--24867478	27	2.3	26	81	15	65	51	3	6	38	1.44
24872856--24872880	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
24873026--24873053	8	3.5	8	100	0	56	39	10	0	50	1.37
24874581--24874613	17	2.0	17	88	5	50	72	9	0	18	1.10
24877962--24878192	120	1.9	120	90	1	365	35	11	27	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24879525--24879566	21	2.0	21	90	4	66	61	11	9	16	1.55
24908765--24908818	5	10.2	5	80	11	63	37	0	1	61	1.07
24908764--24908825	22	2.8	24	75	20	64	35	0	3	61	1.12
24908881--24908935	21	2.7	20	88	8	83	32	5	12	49	1.64
24910284--24910394	54	2.0	54	96	3	168	10	8	37	43	1.69
24913446--24913498	22	2.4	22	83	3	61	47	1	11	39	1.50
24913617--24913654	18	2.1	19	90	5	60	50	0	7	42	1.31
24913710--24913783	3	24.0	3	91	5	112	62	2	2	32	1.23
24913806--24913839	16	2.1	16	100	0	68	38	17	20	23	1.93
24918255--24918293	20	2.0	20	84	0	51	38	20	15	25	1.92
24920123--24920168	17	2.6	19	75	25	55	36	6	0	56	1.25
24921171--24921195	13	1.9	13	100	0	50	36	16	0	48	1.46
24948179--24948253	38	2.0	38	84	5	98	33	24	18	24	1.97
24957553--24957865	90	3.5	90	99	0	617	53	13	1	30	1.51
24957667--24957806	43	3.2	42	69	15	138	53	12	2	31	1.51
24957850--24958011	72	2.3	70	84	5	218	58	14	0	27	1.36
24961827--24961988	72	2.3	70	84	5	218	58	14	0	27	1.36
24967557--24967602	24	1.9	24	81	0	56	50	2	4	43	1.34
24969028--24969052	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
24972174--24972220	24	1.9	25	82	4	60	6	25	0	68	1.13
24978403--24978433	7	4.4	7	100	0	62	16	58	0	25	1.38
24982332--24982425	46	2.0	46	91	0	152	36	8	25	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24985885--24986237	126	2.8	126	91	0	564	29	14	21	33	1.93
24992196--24992250	22	2.5	22	94	5	94	40	0	30	29	1.57
24992345--24992400	22	2.5	22	97	2	103	39	0	30	30	1.57
24992152--24992424	149	1.8	146	89	4	404	44	1	23	31	1.60
24997500--24997691	96	2.0	96	100	0	384	29	18	16	35	1.93
25001097--25001137	17	2.5	16	84	7	55	26	21	12	39	1.89
25001099--25001131	17	1.9	17	93	0	57	27	21	12	39	1.88
25002575--25002613	19	2.2	18	86	9	53	10	33	25	30	1.89
25010552--25010635	37	2.2	39	82	12	118	25	11	13	50	1.75
25010564--25010637	37	2.0	37	97	0	139	18	12	16	52	1.74
25010826--25010869	23	1.9	22	82	17	54	36	25	0	38	1.56
25017558--25017748	63	3.0	63	100	0	382	48	6	15	29	1.70
25018426--25018592	39	4.3	38	80	3	181	34	14	19	32	1.91
25018453--25018623	77	2.2	77	79	8	170	31	16	19	32	1.94
25019768--25019831	10	6.2	10	73	20	51	46	25	0	28	1.53
25019762--25019835	22	3.5	22	75	14	82	47	25	0	27	1.52
25023066--25023090	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
25028158--25028194	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
25028494--25028524	4	7.8	4	100	0	62	51	22	0	25	1.48
25031943--25031994	20	2.7	20	82	5	63	59	13	3	23	1.50
25036423--25036748	163	2.0	163	98	0	625	38	16	5	39	1.71
25039637--25039665	14	2.0	15	93	6	51	44	20	6	27	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25040320--25040344	6	4.2	6	100	0	50	16	32	0	52	1.44
25047298--25047525	75	3.0	75	100	0	456	30	22	12	35	1.91
25049211--25049244	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
25054707--25054785	5	15.6	5	77	18	67	39	0	3	56	1.17
25054735--25054787	19	2.8	19	88	11	74	43	0	0	56	0.99
25054735--25054787	2	30.5	2	72	27	50	43	0	0	56	0.99
25064413--25064464	16	3.4	16	73	10	54	19	17	23	40	1.91
25071910--25071942	11	3.1	11	91	4	50	21	0	0	78	0.75
25071900--25071952	25	2.1	25	82	6	63	18	5	0	75	0.99
25085054--25085420	44	8.5	43	68	14	202	27	19	24	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135