genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48574783

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   

This is table  21  of  135  ( 16172 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8539008--8539065	9	6.4	9	93	0	80	41	25	8	24	1.83
8539008--8539065	18	3.2	18	90	0	89	41	25	8	24	1.83
8539172--8539215	18	2.4	18	88	0	61	13	2	43	40	1.57
8540466--8540514	14	3.6	14	76	15	57	28	32	18	20	1.96
8540463--8540574	29	3.9	29	85	2	147	22	27	26	23	1.99
8548326--8548383	30	1.9	30	85	0	80	13	31	32	22	1.93
8550206--8550259	6	8.7	6	76	15	56	77	5	3	12	1.07
8550408--8550479	18	3.7	18	77	16	72	69	1	4	25	1.14
8562080--8562327	48	5.0	48	68	12	158	38	18	18	24	1.93
8563769--8563806	18	2.1	18	95	0	67	23	39	28	7	1.83
8567993--8568029	9	4.1	9	89	0	56	48	13	8	29	1.71
8570469--8570517	23	2.1	23	84	0	62	10	14	14	61	1.57
8575833--8575869	19	1.9	20	88	5	58	40	0	16	43	1.48
8576927--8577036	40	2.8	40	78	1	105	43	24	16	15	1.86
8577018--8577078	21	2.9	21	82	0	77	40	16	22	19	1.90
8579729--8579771	14	2.9	15	89	6	61	51	0	4	44	1.22
8579732--8579771	16	2.5	16	91	0	62	50	0	5	45	1.23
8579906--8579959	3	17.0	3	84	7	63	61	1	7	29	1.34
8579905--8579956	18	2.9	18	85	5	70	61	1	7	28	1.34
8583844--8583946	23	4.8	21	80	12	111	35	22	21	20	1.96
8583844--8583946	44	2.4	42	81	14	120	35	22	21	20	1.96
8584142--8584238	36	2.6	37	80	11	92	31	23	1	43	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8584291--8584322	16	1.9	17	93	6	57	25	21	0	53	1.46
8590387--8590421	16	2.2	16	90	10	54	28	17	2	51	1.59
8594227--8594359	66	2.0	66	89	0	203	25	21	14	39	1.91
8599990--8600266	93	3.0	93	92	0	437	28	23	20	27	1.99
8601593--8601792	81	2.5	81	80	3	215	37	27	17	18	1.93
8601814--8601936	27	4.6	26	70	11	72	27	26	17	27	1.98
8606091--8606135	16	2.8	16	82	0	54	46	2	24	26	1.64
8606091--8606142	16	3.2	16	80	0	50	46	1	21	30	1.62
8606545--8606680	69	2.0	68	95	1	245	41	13	9	35	1.77
8611035--8611089	9	6.1	9	84	0	74	14	40	10	34	1.81
8611947--8612000	18	2.9	19	76	12	60	61	1	1	35	1.18
8614210--8614247	11	3.4	11	85	7	58	57	7	10	23	1.58
8616646--8616691	21	2.2	21	92	0	74	30	39	8	21	1.84
8630689--8630759	31	2.2	34	83	14	89	40	0	28	30	1.57
8637997--8638043	20	2.2	21	77	11	51	70	6	2	21	1.20
8642783--8642893	20	5.6	20	67	8	73	36	18	21	22	1.95
8642781--8642891	40	2.8	40	81	0	141	36	18	21	22	1.95
8645554--8646038	31	15.7	31	86	3	604	29	8	17	43	1.79
8645554--8646038	61	7.9	62	87	3	613	29	8	17	43	1.79
8645543--8646038	92	5.4	92	86	3	665	29	8	17	44	1.79
8650872--8650970	43	2.3	43	87	0	144	20	25	30	24	1.99
8650977--8651355	43	8.8	43	69	14	187	29	27	17	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8650977--8651335	129	2.8	129	84	6	424	28	26	17	27	1.98
8659879--8660036	86	1.9	84	90	2	253	33	30	17	18	1.94
8659944--8660286	125	2.7	125	94	0	578	35	27	18	17	1.94
8660028--8660217	41	4.6	40	67	12	114	36	27	20	15	1.92
8663309--8663481	43	4.1	43	75	8	156	23	16	26	34	1.96
8682327--8682760	215	2.0	214	95	0	789	36	6	17	38	1.77
8685048--8685189	70	2.0	71	98	1	277	30	2	8	57	1.43
8691705--8691965	129	2.0	129	93	0	441	44	16	10	28	1.80
8691982--8692396	138	3.0	138	98	0	794	30	23	20	26	1.99
8696784--8696815	15	2.1	15	94	0	55	37	0	40	21	1.54
8698907--8698951	13	3.5	13	76	11	56	37	2	2	57	1.23
8698906--8698965	26	2.3	26	100	0	120	36	3	3	56	1.32
8698920--8698964	13	3.5	13	76	11	56	33	4	4	57	1.38
8699729--8699762	15	2.3	15	100	0	68	32	0	17	50	1.47
8701366--8701399	17	2.0	18	88	11	54	64	0	2	32	1.08
8712377--8712528	25	6.0	25	68	12	87	26	19	21	32	1.97
8714989--8715045	4	13.8	4	74	7	51	43	0	5	50	1.24
8718128--8718156	6	4.8	6	100	0	58	68	0	13	17	1.20
8720274--8720325	27	1.9	27	85	14	72	63	3	3	28	1.30
8729552--8729597	21	2.2	21	88	0	65	13	19	34	32	1.90
8729548--8729591	21	2.1	21	95	0	79	11	18	38	31	1.86
8731432--8731466	16	2.2	16	89	0	52	28	2	2	65	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8733637--8733682	21	2.2	21	92	0	74	13	17	36	32	1.88
8741202--8741243	20	2.0	21	86	4	59	45	9	16	28	1.79
8744847--8744876	15	1.9	16	93	6	53	40	0	0	60	0.97
8744856--8744991	43	3.2	43	71	12	154	44	2	5	47	1.39
8744832--8745009	84	2.1	85	97	2	342	46	2	7	43	1.45
8745576--8745625	22	2.3	22	86	6	66	36	6	16	42	1.72
8746065--8746145	40	2.0	40	95	0	144	22	17	20	39	1.92
8746079--8746163	40	2.2	38	81	12	93	24	18	17	38	1.92
8747137--8747194	29	2.0	28	84	15	75	34	0	5	60	1.19
8749316--8749404	35	2.5	35	79	0	97	22	16	30	30	1.96
8750697--8750820	43	2.9	43	81	11	146	21	19	29	29	1.98
8754204--8754374	67	2.5	68	83	6	181	24	23	15	36	1.94
8754255--8754497	68	3.6	68	82	3	260	25	22	16	35	1.95
8755926--8756005	30	2.5	33	82	10	85	46	1	1	51	1.17
8758403--8758457	24	2.3	23	84	9	76	34	7	1	56	1.38
8758487--8758520	14	2.3	15	90	5	52	41	8	0	50	1.34
8758590--8758645	29	1.9	29	89	7	87	23	16	19	41	1.90
8761375--8761500	67	1.9	67	91	0	207	34	21	19	25	1.96
8761735--8761784	25	2.0	26	92	4	84	22	8	6	64	1.43
8780538--8780637	27	3.6	28	86	2	132	29	14	25	32	1.94
8780625--8780649	12	2.1	12	100	0	50	8	8	32	52	1.60
8780597--8780676	39	2.1	39	87	0	115	21	13	28	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8780542--8780724	94	2.0	93	83	5	235	27	13	27	31	1.93
8780636--8780735	27	3.7	27	82	5	130	27	14	28	31	1.95
8780579--8780703	66	1.9	66	83	8	164	26	12	28	32	1.93
8780636--8780747	27	4.1	27	80	6	120	26	14	27	31	1.95
8783753--8783791	16	2.5	15	83	4	51	17	2	5	74	1.12
8785693--8785747	22	2.4	23	81	3	67	30	7	18	43	1.77
8792877--8793195	159	2.0	160	99	0	631	45	8	5	41	1.56
8793696--8793737	16	2.4	17	80	15	50	28	40	16	14	1.88
8814123--8814200	36	2.2	36	92	0	129	52	25	8	12	1.68
8821619--8821669	9	5.7	9	97	0	93	56	0	9	33	1.32
8825172--8825209	11	3.4	11	83	16	51	39	2	0	57	1.12
8825190--8825594	217	1.9	217	90	3	645	23	20	24	31	1.98
8828740--8828833	49	1.9	49	82	4	118	47	9	14	27	1.75
8830862--8830957	50	1.9	50	86	0	138	25	26	14	34	1.94
8831671--8831714	24	1.9	24	90	9	74	36	0	2	61	1.09
8831811--8831838	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
8831781--8831922	68	2.1	66	94	2	248	45	9	4	40	1.58
8831911--8831952	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
8831926--8831986	22	2.8	22	84	0	77	47	1	1	49	1.21
8831781--8831944	68	2.5	66	86	10	216	45	9	4	40	1.55
8835462--8835508	23	2.0	23	100	0	94	44	4	4	46	1.42
8840394--8840594	93	2.1	94	97	0	377	41	3	6	47	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8840428--8840613	93	2.0	92	90	4	297	40	4	7	47	1.51
8841220--8841272	25	2.1	25	100	0	106	49	7	3	39	1.49
8841300--8841550	120	2.1	122	96	1	470	41	7	7	43	1.62
8842592--8842655	18	3.8	17	75	18	55	26	0	3	70	1.02
8842591--8842658	17	4.0	17	73	17	61	26	0	4	69	1.07
8854121--8854152	16	2.0	16	100	0	64	37	12	18	31	1.88
8856633--8856820	45	4.2	45	77	6	159	35	26	16	22	1.95
8858233--8858271	6	6.3	6	88	5	60	66	2	17	12	1.35
8859427--8859726	163	1.8	163	86	2	433	26	20	13	40	1.89
8873999--8874367	193	1.9	186	88	4	542	28	19	24	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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