genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48574783

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  65  of  135  ( 16172 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26173650--26173769	42	2.8	42	87	1	159	26	28	15	29	1.96
26173854--26173892	9	4.6	9	87	12	64	10	10	0	79	0.94
26173854--26173890	16	2.3	16	100	0	74	10	10	0	78	0.97
26174741--26174774	6	5.8	6	93	3	52	2	0	8	88	0.62
26178360--26178421	24	2.5	25	79	10	74	17	11	6	64	1.46
26178360--26178407	23	2.0	24	88	4	71	18	10	8	62	1.52
26181404--26181660	112	2.3	107	79	15	247	26	4	20	48	1.68
26181404--26181615	112	1.9	116	80	15	255	25	3	22	48	1.67
26184740--26184799	6	10.0	6	82	7	50	16	35	3	45	1.64
26184756--26184801	24	1.9	24	90	0	74	13	36	6	43	1.69
26187380--26187424	23	2.0	23	86	4	65	37	6	17	37	1.76
26191483--26191526	17	2.6	18	82	10	56	84	4	11	0	0.77
26191483--26191524	22	2.0	22	85	4	59	83	4	11	0	0.79
26191495--26191527	11	3.0	11	91	8	50	81	0	18	0	0.68
26192570--26192758	88	2.1	88	82	1	227	26	17	24	30	1.97
26192940--26193823	50	17.7	50	68	7	427	32	20	21	26	1.97
26192931--26193898	100	9.7	100	86	2	1158	31	19	21	26	1.98
26192931--26193898	300	3.2	299	86	3	1284	31	19	21	26	1.98
26193532--26193898	50	7.3	50	65	4	166	30	18	23	27	1.98
26193905--26194026	44	2.8	43	82	2	145	34	16	18	30	1.93
26194032--26194591	44	12.8	44	70	9	211	26	18	25	29	1.98
26193906--26194688	218	3.6	218	88	0	1152	28	18	23	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26194032--26194320	89	3.3	88	73	8	241	25	18	25	29	1.98
26194560--26194670	44	2.5	43	78	5	107	30	20	19	28	1.97
26195168--26195232	21	3.1	22	81	14	77	38	9	16	35	1.81
26195168--26195223	19	2.8	19	94	5	94	37	10	16	35	1.83
26196664--26196787	61	2.0	61	93	0	212	34	13	10	41	1.79
26197869--26197930	30	2.1	30	84	6	81	41	0	37	20	1.53
26197972--26198008	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
26198063--26198093	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
26201399--26201452	21	2.5	21	85	11	74	38	0	0	61	0.96
26202671--26202725	18	2.9	19	75	5	58	40	12	0	47	1.42
26202670--26202726	19	3.1	19	74	5	62	38	12	0	49	1.41
26202770--26202804	18	1.9	18	88	0	52	40	11	0	48	1.39
26203832--26203882	16	2.9	17	88	8	68	31	0	1	66	1.03
26210107--26210175	34	2.0	34	91	0	111	28	24	5	40	1.78
26210903--26210969	18	3.7	18	76	7	73	13	37	5	43	1.69
26210903--26210980	36	2.2	36	88	0	111	12	38	6	42	1.69
26213726--26213894	31	5.3	31	68	5	122	46	10	16	26	1.80
26213756--26213859	33	3.2	33	69	10	97	45	10	17	26	1.81
26213726--26213895	64	2.7	64	91	1	279	45	10	17	26	1.80
26220863--26220896	15	2.3	15	89	0	50	58	17	0	23	1.38
26220869--26220924	24	2.3	24	90	0	85	62	16	0	21	1.32
26222783--26223048	130	2.0	131	98	0	516	33	9	7	50	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26227629--26227666	16	2.4	16	95	4	69	31	13	36	18	1.89
26238794--26238822	13	2.2	13	100	0	58	31	0	27	41	1.56
26242293--26242351	28	2.1	28	100	0	118	11	40	6	40	1.68
26251809--26251842	15	2.3	15	94	0	59	32	11	0	55	1.36
26253148--26253203	29	1.9	30	85	7	80	41	5	3	50	1.43
26254581--26254630	25	2.0	25	84	0	64	52	0	0	48	1.00
26257897--26257932	18	2.1	18	89	5	56	2	27	5	63	1.30
26259003--26259040	19	2.0	19	85	10	51	15	15	44	23	1.85
26259163--26259295	27	5.0	27	78	8	141	33	18	21	26	1.96
26259165--26259290	53	2.4	53	88	6	175	34	18	21	25	1.96
26259316--26259397	24	3.5	24	81	5	87	21	7	23	47	1.75
26259471--26259525	27	2.0	27	83	13	69	20	25	23	30	1.98
26259479--26259531	27	2.0	27	81	7	63	22	26	20	30	1.98
26259513--26259578	26	2.5	26	90	0	96	18	19	25	36	1.94
26259572--26259809	32	7.4	32	77	9	189	18	21	23	37	1.94
26259601--26259809	64	3.2	64	79	6	226	18	21	22	37	1.94
26259600--26259816	95	2.2	98	83	5	280	18	22	22	36	1.95
26264335--26264467	49	2.7	49	78	3	169	24	15	27	33	1.94
26268683--26268745	27	2.3	27	83	0	72	41	20	19	19	1.91
26272064--26272108	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
26273578--26273696	44	2.7	45	76	13	129	25	21	26	26	2.00
26273671--26273784	44	2.6	44	79	4	124	29	19	22	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26273793--26273914	45	2.7	45	85	2	165	30	22	22	24	1.99
26274466--26274557	19	4.8	19	91	0	148	38	8	16	36	1.79
26274466--26274580	38	2.9	38	89	5	167	37	7	16	38	1.78
26274479--26274580	19	5.0	22	80	11	78	38	6	16	38	1.76
26274765--26274809	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
26285464--26285647	50	3.7	50	82	6	205	23	27	20	28	1.99
26293542--26293679	27	5.1	27	85	0	168	35	15	25	23	1.94
26294716--26294759	18	2.4	18	81	11	54	47	13	13	25	1.79
26298006--26298180	44	4.0	44	93	1	289	37	18	22	21	1.95
26298453--26298549	46	2.1	44	80	14	108	39	19	7	34	1.79
26301852--26301889	16	2.4	16	82	13	51	60	15	0	23	1.35
26303133--26303235	52	2.0	51	92	3	172	20	6	24	48	1.73
26304244--26304292	24	2.0	25	88	11	75	42	0	30	26	1.55
26304252--26304295	12	3.4	14	73	20	51	40	0	31	27	1.56
26304272--26304628	119	3.0	119	96	0	651	31	2	38	28	1.69
26305569--26306143	27	21.6	27	81	2	561	41	22	17	18	1.90
26308034--26308060	13	2.1	13	100	0	54	55	7	22	14	1.64
26308179--26308311	70	1.9	70	96	0	248	36	6	22	34	1.81
26323921--26324035	22	5.3	21	71	14	74	37	7	2	52	1.45
26326224--26326248	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
26327861--26328192	166	2.0	165	95	1	594	26	18	20	33	1.96
26328529--26329301	390	2.0	388	97	0	1474	26	14	10	49	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26329473--26329505	15	2.2	15	94	0	57	27	3	21	48	1.64
26333029--26333068	20	2.0	20	90	0	62	27	22	15	35	1.94
26341130--26341842	44	16.1	44	78	7	663	31	17	22	28	1.97
26341128--26341842	133	5.4	133	91	1	1094	31	17	22	27	1.97
26341136--26341816	89	7.7	89	80	5	714	30	18	22	28	1.97
26346792--26346850	18	3.4	16	75	13	55	25	0	5	69	1.09
26346802--26346850	18	2.7	18	84	6	64	22	0	4	73	1.00
26346802--26346861	18	3.2	18	79	13	61	23	1	6	68	1.22
26349808--26349974	42	4.0	42	92	3	268	34	22	20	22	1.97
26349966--26350045	42	1.9	41	82	10	99	30	18	20	31	1.96
26355734--26355919	9	20.8	9	72	13	143	32	2	20	43	1.66
26355840--26355968	54	2.4	53	82	7	136	30	3	21	44	1.67
26356008--26356104	37	2.6	38	93	1	169	44	0	12	43	1.42
26357434--26357471	18	2.1	18	90	0	58	44	13	13	28	1.81
26357841--26358554	365	2.0	364	84	3	954	34	20	16	28	1.94
26358589--26358669	24	3.2	24	74	19	83	43	11	0	45	1.39
26358589--26358672	28	3.2	26	74	12	73	41	10	0	47	1.38
26359091--26359124	14	2.4	14	90	0	50	32	47	0	20	1.51
26359221--26359264	14	3.3	13	81	15	54	36	45	0	18	1.49
26359228--26359284	14	4.2	14	86	4	64	36	43	0	19	1.51
26359828--26360365	113	4.8	112	83	3	596	26	22	24	26	2.00
26359828--26360365	227	2.4	225	84	3	668	26	22	24	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26363584--26363760	24	7.4	24	76	2	140	16	14	24	45	1.84
26363584--26363766	48	3.8	48	80	2	188	16	14	24	45	1.84
26363584--26363759	72	2.4	73	80	2	203	16	14	24	44	1.84
26367274--26367509	87	2.7	88	86	5	313	37	18	10	33	1.85
26367693--26367724	11	2.8	11	95	4	55	28	9	0	62	1.26
26367864--26367911	22	2.2	22	88	7	71	22	6	2	68	1.23
26368164--26368337	94	1.9	94	84	4	235	36	8	17	37	1.81
26383327--26383364	18	2.1	18	85	9	51	34	10	5	50	1.59
26388130--26388179	26	1.9	26	83	0	64	56	4	0	40	1.18
26389926--26390007	38	2.1	38	97	2	155	40	7	17	35	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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