genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48574783

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  53  of  135  ( 16172 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21642427--21642502	33	2.3	32	80	10	82	34	17	23	25	1.96
21642321--21642502	101	1.8	99	81	2	220	35	14	20	29	1.92
21651022--21651124	9	11.4	9	89	0	161	25	10	22	41	1.86
21651022--21651124	27	3.8	27	98	0	188	25	10	22	41	1.86
21651187--21651246	29	2.1	29	81	3	68	40	8	13	38	1.75
21655275--21655306	16	2.1	15	94	5	55	46	6	0	46	1.27
21656042--21656101	31	1.9	31	93	0	102	15	26	36	21	1.93
21656170--21656200	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
21656231--21656267	9	4.1	9	85	0	56	45	10	10	32	1.74
21657165--21657191	5	5.4	5	100	0	54	22	18	22	37	1.95
21662193--21662306	56	2.0	56	93	0	192	23	23	8	43	1.81
21662470--21663177	355	2.0	355	97	0	1344	41	18	17	22	1.90
21666258--21666544	150	1.9	146	84	5	380	36	8	9	45	1.68
21667241--21667301	31	2.0	31	83	6	79	31	11	0	57	1.34
21672072--21672124	26	2.0	26	100	0	106	35	11	26	26	1.90
21685431--21685468	18	2.0	20	85	10	53	31	5	2	60	1.33
21687296--21687482	24	7.6	25	68	10	82	17	24	20	38	1.93
21687948--21687997	11	4.3	12	82	7	59	36	2	0	62	1.07
21687948--21687998	23	2.2	24	89	3	77	35	1	0	62	1.06
21687954--21688019	23	3.0	23	88	4	91	37	1	0	60	1.06
21687954--21688012	23	2.7	23	92	5	95	38	1	0	59	1.08
21689664--21689935	126	2.2	126	83	2	350	30	14	17	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21689994--21690059	34	1.9	34	87	0	96	45	13	0	40	1.44
21703027--21703204	86	2.1	87	98	1	349	40	6	14	38	1.73
21710215--21710252	18	2.1	18	100	0	76	23	5	10	60	1.50
21715223--21715261	16	2.4	16	86	0	60	17	5	10	66	1.39
21715555--21715585	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
21720860--21720904	19	2.4	19	85	3	56	33	2	2	62	1.20
21728517--21728569	20	2.7	18	78	16	52	64	1	3	30	1.22
21732632--21732808	74	2.4	74	82	1	203	48	6	18	27	1.73
21734931--21735830	114	7.9	114	88	3	1122	24	23	24	27	2.00
21735929--21735955	14	1.9	14	100	0	54	25	0	37	37	1.57
21735981--21736069	36	2.5	36	96	0	160	21	4	42	31	1.73
21736242--21736272	15	2.1	15	93	0	53	19	0	45	35	1.51
21736286--21736326	21	1.9	22	85	5	57	21	0	39	39	1.54
21736624--21736676	26	2.0	26	96	0	97	62	13	7	16	1.53
21736754--21736897	70	2.1	70	97	0	270	50	12	10	27	1.73
21736676--21737003	175	1.9	178	88	4	504	45	14	12	28	1.80
21736824--21737516	105	6.4	106	71	20	472	45	13	13	27	1.80
21737151--21737340	104	1.8	106	91	2	321	44	14	15	25	1.85
21739688--21739775	21	4.1	21	71	8	79	45	14	1	38	1.53
21739672--21739868	43	4.3	43	73	12	135	43	16	3	36	1.66
21739845--21740299	9	51.9	9	63	21	89	45	20	2	32	1.64
21739832--21739892	20	3.1	20	83	6	72	49	14	0	36	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21739761--21739980	113	1.9	113	87	2	325	44	18	4	33	1.69
21739947--21740030	19	4.6	19	74	16	97	45	17	0	36	1.49
21739917--21740055	53	2.6	53	72	16	149	45	18	0	35	1.50
21740036--21740068	16	2.0	17	88	5	50	48	21	0	30	1.50
21740072--21740106	12	2.9	12	86	0	52	45	14	11	28	1.79
21740115--21740266	34	4.7	33	77	10	161	45	21	2	30	1.66
21740156--21740295	16	8.7	16	71	13	90	45	22	1	30	1.61
21740205--21740301	25	3.9	24	73	16	90	45	20	0	34	1.52
21742442--21742500	31	1.9	31	96	0	109	22	15	13	49	1.79
21742675--21742724	21	2.4	21	86	0	64	34	16	44	6	1.72
21743060--21743312	43	5.9	42	79	7	215	30	21	25	22	1.99
21743106--21743312	85	2.4	86	82	5	233	29	21	25	23	1.99
21748912--21749019	31	3.5	30	75	8	90	51	8	9	30	1.63
21754362--21754396	15	2.3	15	85	0	52	62	5	31	0	1.18
21754367--21754416	18	2.8	17	75	19	57	58	6	34	2	1.34
21754739--21754773	17	2.1	17	100	0	70	65	17	5	11	1.43
21755424--21755460	18	2.1	18	94	0	65	43	10	24	21	1.84
21758227--21758260	16	2.0	18	88	11	54	38	0	0	61	0.96
21763931--21764028	46	2.2	46	94	1	171	43	19	3	33	1.66
21772264--21772361	46	2.2	46	94	1	171	43	19	3	33	1.66
21779905--21779949	22	2.0	22	100	0	90	37	13	17	31	1.89
21783497--21783534	19	2.0	19	89	0	58	39	34	5	21	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21796002--21796063	5	12.4	5	96	0	115	38	0	20	40	1.53
21798234--21798276	2	21.5	2	100	0	86	0	48	0	51	1.00
21799706--21799840	40	3.4	39	76	7	121	32	23	17	26	1.96
21800120--21800153	17	2.0	17	100	0	68	58	17	0	23	1.38
21803116--21803157	20	2.2	19	83	8	50	16	16	2	64	1.40
21805590--21805756	91	1.8	92	81	1	210	34	19	10	35	1.87
21806604--21806649	19	2.3	20	82	17	60	30	0	2	67	1.03
21806615--21806704	10	8.2	10	68	22	56	31	1	2	65	1.12
21806715--21806888	90	2.0	88	83	4	224	34	8	18	38	1.81
21806712--21806913	90	2.3	89	81	4	212	32	9	17	40	1.82
21809977--21810070	42	2.2	42	90	0	143	21	28	30	19	1.97
21811151--21811347	42	4.7	42	94	0	322	44	15	21	17	1.86
21811132--21811338	21	10.0	21	81	1	238	42	16	22	17	1.88
21832705--21832743	18	2.2	17	86	4	51	23	7	2	66	1.30
21836084--21836153	30	2.3	31	78	7	81	34	21	1	42	1.62
21836632--21836664	13	2.5	13	95	0	57	69	6	0	24	1.10
21849014--21849083	28	2.6	26	72	18	63	52	10	1	35	1.44
21857497--21857891	199	2.0	198	85	3	535	27	16	12	43	1.84
21857962--21858006	11	3.9	11	77	11	54	64	4	0	31	1.13
21857951--21858034	27	3.0	27	66	22	66	55	4	0	39	1.21
21858476--21858507	16	1.9	17	93	6	57	43	0	6	50	1.27
21857691--21859445	906	1.9	906	99	0	3501	32	16	6	44	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21858868--21858912	11	3.9	11	77	11	54	64	4	0	31	1.13
21858857--21858940	27	3.0	27	66	22	66	55	4	0	39	1.21
21859382--21859413	16	1.9	17	93	6	57	43	0	6	50	1.27
21866786--21867000	51	4.2	51	91	1	333	30	23	12	33	1.92
21866786--21867008	101	2.2	102	89	0	340	30	23	13	32	1.93
21867082--21867114	17	1.9	17	88	11	50	45	21	0	33	1.52
21875452--21875477	1	26.0	1	100	0	52	0	100	0	0	0.00
21883079--21883128	16	3.2	16	81	18	61	52	0	2	46	1.12
21885417--21885446	2	15.0	2	92	0	51	0	3	46	50	1.18
21894476--21894538	31	2.0	31	84	0	81	44	11	12	31	1.78
21900548--21900587	21	1.9	21	89	0	62	65	17	2	15	1.39
21907275--21907320	20	2.4	19	85	10	58	58	6	21	13	1.57
21910428--21910471	21	2.0	22	86	4	63	38	2	2	56	1.24
21910443--21910480	15	2.4	16	86	4	51	34	0	0	65	0.93
21915577--21915611	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
21926226--21926254	6	4.8	6	100	0	58	17	0	17	65	1.27
21926210--21926267	18	3.0	20	82	12	66	22	3	12	62	1.45
21926300--21926344	18	2.5	18	96	0	81	15	0	44	40	1.47
21933313--21933358	16	2.9	16	93	0	74	26	32	0	41	1.56
21933315--21933368	16	3.4	16	89	0	72	31	31	0	37	1.58
21933603--21933627	3	8.3	3	100	0	50	64	0	36	0	0.94
21937866--21937909	22	2.0	22	90	0	70	31	9	11	47	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21946689--21946713	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
21959478--21959540	30	2.1	30	93	0	108	57	14	3	25	1.52
21959547--21959614	33	2.0	34	97	2	129	57	16	2	23	1.53
21965758--21965807	18	2.7	19	84	15	77	38	2	0	60	1.09
21965736--21965807	37	1.9	37	86	5	101	38	1	0	59	1.06
21967343--21967375	16	2.1	16	88	5	50	36	0	0	63	0.95
21978657--21978725	24	2.7	28	72	21	69	46	15	8	28	1.76
21982802--21982848	22	2.1	22	100	0	94	21	8	17	53	1.70
21983606--21983665	3	20.0	3	100	0	120	66	0	0	33	0.92
21985375--21985446	26	2.8	26	80	12	87	33	23	26	16	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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