genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48574783

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  63  of  135  ( 16172 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25359082--25359106	13	1.9	13	100	0	50	8	20	0	72	1.10
25359122--25359159	8	4.9	8	83	6	51	55	0	0	44	0.99
25381374--25381406	8	4.2	8	96	3	59	66	0	0	33	0.92
25386209--25386263	27	2.0	27	100	0	110	32	7	18	41	1.78
25386209--25386272	27	2.4	27	92	5	94	34	6	15	43	1.72
25386718--25386908	101	1.9	102	92	1	321	34	13	21	30	1.92
25388657--25388785	45	2.9	44	87	6	188	40	22	4	32	1.75
25389033--25389205	53	3.3	53	93	3	287	39	12	8	39	1.72
25407988--25408059	31	2.3	30	83	9	83	23	13	8	54	1.67
25413043--25413088	19	2.4	19	89	7	67	52	4	6	36	1.47
25426199--25426234	1	36.0	1	100	0	72	0	0	0	100	0.00
25436161--25436201	22	1.9	21	90	5	64	39	0	7	53	1.29
25441131--25441183	22	2.3	23	84	9	65	54	1	1	41	1.22
25441131--25441191	22	2.7	21	76	16	52	52	1	3	42	1.27
25442026--25442342	158	2.0	159	90	3	496	31	20	18	29	1.97
25448701--25448829	66	2.0	66	92	0	213	25	30	7	36	1.84
25448765--25449001	116	2.0	118	98	1	460	32	16	9	41	1.80
25450239--25450263	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
25453005--25453205	107	1.9	106	85	4	278	23	17	20	37	1.94
25453198--25453227	11	2.7	11	100	0	60	80	0	0	20	0.72
25453333--25453855	107	4.7	110	78	8	519	34	19	17	29	1.94
25456173--25456222	24	2.1	24	88	7	75	10	16	22	52	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25462063--25462190	64	2.0	64	84	3	168	34	18	21	25	1.96
25462952--25462998	21	2.3	20	76	16	53	42	17	6	34	1.74
25465998--25466257	81	3.2	81	86	5	348	39	22	23	15	1.91
25465998--25466256	41	6.4	41	75	7	242	39	22	22	15	1.91
25469671--25469700	16	1.9	15	93	6	51	66	3	3	26	1.23
25470706--25470942	118	2.0	119	99	0	467	33	15	4	47	1.65
25471264--25471318	24	2.3	24	84	6	76	25	9	47	18	1.78
25479669--25479741	30	2.5	29	80	6	85	57	4	0	38	1.18
25479872--25479913	12	3.6	11	84	15	50	30	2	2	64	1.19
25482010--25482049	20	2.0	21	90	5	64	70	17	0	12	1.18
25492419--25492456	17	2.2	17	90	0	58	7	21	0	71	1.11
25493060--25493137	27	2.8	28	86	1	113	17	10	11	60	1.58
25513074--25513111	17	2.2	17	90	0	58	7	21	0	71	1.11
25513715--25513792	27	2.8	28	86	1	113	17	10	11	60	1.58
25515458--25515495	16	2.4	16	90	0	58	36	13	0	50	1.42
25517134--25517180	16	2.9	16	77	20	53	14	8	0	76	1.01
25522419--25522466	22	2.1	22	81	11	53	20	6	8	64	1.43
25522476--25522539	23	2.6	25	74	18	62	18	9	0	71	1.12
25524794--25524837	19	2.2	19	84	8	52	50	13	11	25	1.75
25525357--25525470	23	5.0	23	78	4	95	49	25	12	13	1.76
25532595--25532649	27	2.0	27	96	0	101	45	30	0	23	1.53
25533519--25533672	26	6.2	26	69	20	98	39	18	19	22	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25538755--25538800	21	2.1	22	92	4	76	21	26	4	47	1.69
25543258--25543283	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
25551966--25552038	31	2.4	31	97	0	137	26	19	4	50	1.65
25558831--25558858	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
25558801--25559010	68	3.1	68	95	1	370	45	9	4	40	1.57
25558899--25558926	9	3.1	9	100	0	56	57	10	0	32	1.33
25558999--25559040	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
25559014--25559074	22	2.8	22	84	0	77	47	1	1	49	1.21
25570168--25570351	79	2.3	81	82	4	214	42	6	8	42	1.60
25575279--25575345	2	33.5	2	100	0	134	0	0	49	50	1.00
25577021--25577059	2	19.5	2	100	0	78	51	0	48	0	1.00
25581703--25581743	19	2.2	18	87	12	57	51	0	4	43	1.23
25581732--25581766	17	2.0	18	88	5	54	57	0	0	42	0.99
25582400--25582443	22	2.0	22	82	8	54	25	6	9	59	1.53
25583355--25583390	15	2.5	14	86	8	54	33	0	0	66	0.92
25589599--25589929	158	2.1	158	86	0	464	32	23	14	29	1.94
25590151--25590212	33	1.9	32	83	9	81	38	0	1	59	1.07
25590278--25590614	169	2.0	169	98	0	656	35	12	17	35	1.87
25592477--25592524	6	7.7	6	88	9	60	81	0	6	12	0.87
25599201--25599228	13	2.2	13	100	0	56	32	7	0	60	1.24
25615309--25615377	23	3.1	22	79	6	77	47	1	1	49	1.19
25622389--25622547	76	2.1	77	98	1	311	43	10	6	40	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25631280--25631368	38	2.2	40	84	5	110	37	3	6	52	1.44
25632264--25632305	15	2.8	15	79	20	52	33	4	2	59	1.31
25632944--25632969	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
25638833--25639094	110	2.4	110	89	5	383	35	20	14	28	1.93
25640986--25641015	13	2.2	14	94	5	53	13	0	13	73	1.10
25642064--25642093	13	2.2	14	94	5	53	13	0	13	73	1.10
25645041--25645155	46	2.4	47	86	5	144	29	21	12	36	1.90
25645068--25645157	46	2.0	46	97	0	171	31	20	15	33	1.93
25650615--25650662	21	2.3	21	85	0	60	54	8	0	37	1.31
25651998--25652028	7	4.4	7	100	0	62	12	0	61	25	1.32
25652667--25652691	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
25665293--25665328	19	1.9	19	94	5	65	25	8	0	66	1.19
25670144--25670187	23	1.9	23	86	9	63	13	36	13	36	1.85
25678929--25678958	15	2.1	14	93	6	51	76	0	3	20	0.92
25683652--25683723	36	2.0	36	94	2	128	19	12	11	56	1.65
25689561--25689601	20	2.0	20	95	0	73	48	9	2	39	1.49
25689871--25689896	13	2.0	13	100	0	52	0	7	0	92	0.39
25689997--25690030	14	2.5	14	95	4	61	14	0	35	50	1.44
25690159--25690206	24	2.0	25	83	4	62	66	6	4	22	1.32
25690326--25690383	29	2.0	29	100	0	116	48	20	10	20	1.79
25704383--25704413	16	1.9	16	93	0	53	45	9	0	45	1.36
25719703--25719769	24	2.8	24	82	8	75	13	7	10	68	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25723331--25723370	21	2.0	20	85	5	53	55	0	0	45	0.99
25723354--25723387	6	6.0	6	90	10	54	67	0	0	32	0.91
25740385--25740434	20	2.5	20	83	3	57	36	8	2	54	1.42
25743238--25743586	123	2.8	124	92	2	578	29	16	22	32	1.95
25745831--25746118	29	9.6	29	78	13	305	26	0	27	45	1.57
25745831--25746165	58	5.8	58	76	18	340	26	0	27	45	1.56
25745882--25746075	98	1.9	100	90	7	313	24	0	29	45	1.57
25745998--25746168	47	3.3	49	79	17	188	26	0	28	45	1.54
25746094--25746190	18	5.8	18	76	16	109	27	0	24	47	1.52
25745979--25746165	76	2.4	78	88	6	270	26	0	28	44	1.54
25746066--25746183	47	2.5	47	94	0	209	28	0	25	45	1.54
25746186--25746249	25	2.5	26	82	2	85	37	10	1	50	1.47
25746658--25746692	18	1.9	18	88	0	52	31	8	34	25	1.86
25759274--25759329	29	1.9	29	88	0	85	17	25	21	35	1.95
25760049--25760105	28	2.0	28	89	0	87	15	10	19	54	1.70
25760074--25760113	20	2.0	20	90	0	62	17	10	20	52	1.72
25762487--25762634	57	2.5	57	84	8	181	29	20	25	24	1.99
25763618--25763642	4	6.2	4	100	0	50	28	0	0	72	0.86
25764505--25765145	320	2.0	320	90	0	994	30	23	15	30	1.95
25781715--25781761	25	1.9	24	86	4	67	72	0	8	19	1.10
25782671--25782770	37	2.5	40	76	6	107	25	17	26	32	1.97
25782671--25782802	40	3.3	40	71	9	119	24	17	26	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25784306--25784371	20	3.2	20	78	17	64	31	6	4	57	1.43
25789948--25789979	11	2.9	11	95	0	55	78	0	15	6	0.95
25801095--25801159	28	2.3	29	83	2	78	38	9	3	49	1.51
25806342--25806366	13	1.9	13	100	0	50	12	24	8	56	1.62
25808397--25808452	22	2.5	23	82	2	69	51	1	1	44	1.22
25808428--25808467	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
25809207--25809249	22	2.0	22	95	0	77	18	23	44	13	1.86
25813166--25813299	65	2.1	65	89	0	205	44	10	10	34	1.73
25854720--25855592	104	8.4	104	99	0	1737	37	18	15	29	1.91
25857707--25857739	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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