genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48574783

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  71  of  135  ( 16172 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28102138--28102195	21	2.8	21	86	0	71	8	44	15	31	1.76
28102182--28102346	66	2.5	64	84	7	199	13	28	19	38	1.89
28104681--28104711	16	1.9	16	93	0	53	38	6	19	35	1.77
28106795--28107141	113	3.1	113	90	0	532	27	21	23	27	1.99
28107121--28107268	40	3.7	40	76	8	124	18	20	24	37	1.94
28112301--28112333	8	4.2	8	92	7	50	81	0	6	12	0.85
28112304--28112335	15	2.1	15	94	0	55	84	0	3	12	0.74
28113355--28113754	44	8.6	44	71	16	256	27	21	19	32	1.97
28113405--28113754	142	2.5	142	98	0	673	27	20	19	32	1.97
28115108--28115145	19	2.0	20	89	5	60	21	21	0	57	1.40
28125363--28125403	21	2.0	21	90	0	64	19	39	24	17	1.92
28131628--28131815	50	3.8	48	79	7	157	21	27	21	29	1.99
28133512--28133590	38	2.1	38	95	0	140	29	10	12	48	1.74
28135963--28135994	16	1.9	17	93	6	57	68	0	6	25	1.12
28135982--28136025	19	2.2	20	88	4	63	63	2	2	31	1.19
28135968--28136028	29	2.1	28	84	3	77	60	1	3	34	1.23
28136030--28136089	31	2.0	30	83	6	77	5	20	1	73	1.11
28136651--28136706	23	2.5	23	79	2	60	76	1	17	3	1.01
28136758--28136784	14	1.9	14	100	0	54	44	3	0	51	1.19
28141484--28141566	41	2.0	41	81	4	96	30	19	24	26	1.98
28148915--28149032	43	2.8	42	83	6	150	29	19	23	27	1.98
28148915--28149019	43	2.5	43	87	3	151	28	20	23	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28149287--28149329	22	2.0	22	90	0	68	9	18	27	44	1.80
28149375--28149644	43	6.3	43	80	1	202	32	28	15	22	1.95
28149375--28149576	86	2.3	86	82	1	235	31	29	17	22	1.96
28150048--28151030	491	2.0	491	96	0	1822	34	18	14	32	1.91
28153901--28153947	13	3.5	13	80	16	51	34	4	4	57	1.38
28154550--28154620	33	2.1	34	97	2	135	39	35	5	19	1.76
28154615--28154654	21	1.9	21	84	0	53	35	37	0	27	1.57
28155107--28155342	41	5.8	39	75	11	197	30	22	22	25	1.99
28155140--28155341	82	2.5	81	85	4	253	31	20	21	25	1.98
28155408--28155513	40	2.7	40	82	4	117	16	19	22	40	1.91
28163447--28163485	20	2.0	20	85	10	53	17	20	5	56	1.60
28163744--28163879	50	2.6	50	81	6	146	24	27	22	25	1.99
28165998--28166154	40	3.9	40	83	6	201	33	18	28	20	1.96
28169734--28169804	35	2.0	35	100	0	142	36	19	5	38	1.76
28171922--28172013	46	2.0	46	100	0	184	34	15	21	28	1.94
28173444--28173473	15	2.0	15	100	0	60	33	6	26	33	1.83
28174514--28174738	40	5.7	40	79	6	244	32	17	29	20	1.95
28174606--28174667	20	3.2	19	71	13	54	29	19	29	22	1.98
28174514--28174738	80	2.9	79	84	4	269	32	17	29	20	1.95
28182138--28182244	42	2.5	42	83	0	142	19	33	24	22	1.97
28190248--28190376	64	2.0	64	90	3	206	36	17	13	32	1.89
28190537--28190566	16	1.9	16	93	6	53	33	13	20	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28193135--28193163	12	2.3	13	94	5	51	65	6	6	20	1.40
28206415--28206447	17	1.9	17	93	0	57	21	12	9	57	1.62
28216036--28216097	29	2.1	29	100	0	124	48	12	6	32	1.67
28216036--28216109	29	2.6	29	93	4	114	47	14	5	32	1.67
28219660--28219770	49	2.2	53	80	6	131	30	36	16	16	1.90
28224493--28224518	6	4.3	6	100	0	52	53	0	0	46	1.00
28225117--28225153	17	2.2	17	100	0	74	54	16	10	18	1.71
28225228--28225273	18	2.5	19	76	20	53	43	13	6	36	1.69
28226483--28226601	51	2.4	49	83	7	141	41	6	1	50	1.39
28226586--28226617	16	2.0	16	93	0	55	46	6	0	46	1.27
28229615--28229654	19	2.2	19	86	8	57	32	15	10	42	1.79
28232520--28232557	16	2.4	16	95	4	69	63	0	5	31	1.17
28235539--28235629	44	2.1	44	81	4	103	28	9	13	48	1.74
28237774--28238040	137	1.9	138	85	2	367	19	20	28	31	1.97
28237985--28238085	42	2.4	42	79	0	121	26	22	21	28	1.99
28243443--28243473	14	2.1	15	94	5	55	51	0	0	48	1.00
28244301--28244368	30	2.3	30	82	10	77	45	4	8	41	1.55
28263356--28263412	24	2.4	24	94	5	98	8	17	3	70	1.28
28263356--28263424	24	2.9	24	84	4	68	10	20	2	66	1.34
28276184--28276220	15	2.5	15	95	0	65	75	0	0	24	0.80
28277543--28277578	18	2.0	18	89	10	56	44	2	25	27	1.68
28282039--28282233	51	3.8	50	77	9	198	24	17	26	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28282451--28282482	16	2.0	16	93	0	55	59	0	15	25	1.36
28290119--28290191	24	3.0	24	80	7	85	36	4	45	13	1.63
28291963--28292024	21	3.0	21	74	9	63	37	35	12	14	1.85
28301935--28301977	18	2.4	18	88	7	61	72	6	0	20	1.08
28306195--28306273	38	2.1	38	92	0	131	58	10	6	25	1.54
28306588--28306613	11	2.4	11	100	0	52	0	7	0	92	0.39
28306586--28306625	19	2.1	19	95	0	71	0	15	0	85	0.61
28306588--28306625	10	3.8	10	82	10	51	0	13	0	86	0.56
28307898--28307922	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
28310565--28310705	48	2.9	48	100	0	282	54	17	4	24	1.60
28311990--28312019	13	2.3	13	100	0	60	20	13	26	40	1.89
28313872--28313905	15	2.2	16	89	5	52	23	0	26	50	1.50
28319838--28320531	347	2.0	346	99	0	1379	36	10	9	42	1.72
28321341--28321391	17	2.9	17	75	16	59	52	0	1	45	1.12
28321348--28321384	18	2.0	19	89	5	58	56	0	0	43	0.99
28321748--28321800	27	2.0	27	88	0	79	50	3	3	41	1.38
28321746--28321809	27	2.6	23	75	17	65	51	3	3	42	1.33
28325299--28325334	18	1.9	19	94	5	65	22	11	2	63	1.39
28330706--28330753	20	2.4	19	80	13	60	64	0	4	31	1.12
28338542--28338569	2	14.0	2	100	0	56	0	0	50	50	1.00
28351415--28351476	19	3.2	19	76	13	72	19	14	14	51	1.76
28351875--28351927	17	3.1	17	86	0	79	52	1	5	39	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28352223--28352365	75	1.9	75	95	0	259	31	9	9	49	1.67
28352290--28352583	90	3.2	90	87	7	439	30	9	9	50	1.66
28355127--28355175	19	2.6	19	96	0	89	18	0	22	59	1.38
28357678--28357730	6	8.8	6	100	0	106	49	16	0	33	1.47
28363685--28363740	23	2.5	23	97	2	105	53	21	17	7	1.67
28365505--28365580	29	2.6	29	87	8	100	27	5	9	57	1.51
28366996--28367021	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
28367957--28367982	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
28366954--28368878	961	2.0	962	99	0	3843	35	9	16	38	1.82
28375376--28375402	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
28375917--28375947	3	10.3	3	100	0	62	0	35	0	64	0.94
28376849--28376874	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
28378910--28378993	43	2.0	43	97	0	159	42	17	20	19	1.89
28385361--28385399	16	2.5	15	84	8	51	51	0	0	48	1.00
28390127--28390194	25	2.6	28	78	15	76	38	19	23	19	1.93
28391192--28391255	31	2.1	31	83	13	80	25	15	1	57	1.47
28391571--28391641	6	11.8	6	85	5	81	45	36	5	12	1.66
28393351--28393421	20	3.5	19	80	17	72	70	4	4	21	1.22
28393350--28393429	19	4.1	18	79	16	79	70	3	3	22	1.20
28399873--28399926	23	2.3	25	75	18	62	42	7	11	38	1.68
28419247--28419309	26	2.5	26	82	12	78	61	4	4	28	1.36
28419317--28419354	2	19.0	2	84	10	51	52	2	0	44	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28419317--28419360	15	2.8	15	86	6	61	54	2	0	43	1.12
28419317--28419360	17	2.6	17	82	13	63	54	2	0	43	1.12
28419467--28419526	12	5.1	12	77	2	68	63	1	1	33	1.14
28419467--28419523	24	2.4	24	87	0	78	63	1	1	33	1.15
28420524--28420557	13	2.5	14	90	4	52	44	5	0	50	1.26
28424447--28424573	27	4.7	27	85	4	157	43	22	16	18	1.88
28424447--28424590	54	2.6	54	85	3	173	42	20	17	19	1.89
28424456--28424590	27	5.0	27	83	6	141	41	21	17	19	1.90
28424773--28424847	26	2.9	26	79	0	87	18	17	24	40	1.91
28426229--28426396	42	4.0	42	100	0	336	38	9	21	30	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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