genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48574783

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          129   130   131   132   133   134   135   

This is table  52  of  135  ( 16172 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21144429--21144588	44	3.6	45	87	7	229	35	14	20	29	1.92
21144527--21144652	62	2.0	64	89	6	195	35	11	23	28	1.91
21144589--21144678	45	2.0	46	88	2	137	34	14	20	31	1.92
21150568--21150601	16	2.1	17	88	5	52	14	0	8	76	1.01
21158340--21158419	39	2.1	39	100	0	160	10	2	32	55	1.47
21161276--21161329	22	2.4	23	84	12	76	64	1	31	1	1.14
21165936--21165977	16	2.7	15	85	7	57	57	2	2	38	1.25
21166014--21166095	38	2.2	38	93	0	137	39	2	4	53	1.35
21166458--21166640	27	7.7	24	77	18	170	54	13	1	31	1.49
21166458--21166764	22	13.7	22	73	18	203	55	12	1	30	1.46
21166459--21166631	49	3.5	49	87	0	265	53	12	1	32	1.48
21166524--21166766	19	12.5	19	67	19	119	55	12	1	30	1.45
21166579--21166764	42	4.5	42	70	19	149	56	12	0	30	1.40
21169530--21169577	19	2.6	18	80	12	53	4	20	2	72	1.11
21170706--21170782	29	2.5	31	87	4	104	46	12	14	25	1.80
21170821--21170853	3	11.0	3	93	0	57	30	0	3	66	1.06
21187841--21187879	20	2.0	20	84	0	51	25	0	10	64	1.25
21191362--21191468	49	2.2	49	100	0	214	28	19	15	35	1.93
21198086--21198111	5	5.2	5	100	0	52	42	19	19	19	1.90
21198909--21198945	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
21199899--21199958	20	2.8	21	72	23	54	46	0	11	41	1.40
21202511--21202643	67	2.0	67	96	0	248	27	34	18	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21202715--21202823	57	1.9	57	88	7	168	24	27	18	29	1.98
21204718--21204770	24	2.2	24	79	0	61	26	16	11	45	1.82
21204728--21204773	24	1.9	24	95	0	83	23	13	17	45	1.83
21206091--21206117	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
21206307--21206399	32	3.0	31	69	25	95	43	17	10	29	1.82
21206233--21206452	63	3.2	67	82	9	241	42	16	10	30	1.82
21206580--21206683	41	2.5	42	85	3	131	30	19	19	30	1.96
21207175--21207210	18	2.0	18	94	0	63	50	19	0	30	1.48
21207185--21207215	14	2.2	14	94	0	53	48	19	0	32	1.49
21208062--21208196	44	3.1	44	100	0	270	55	20	8	15	1.66
21209820--21209961	24	5.9	25	73	8	98	16	26	23	33	1.95
21209829--21209926	48	2.0	48	82	5	117	17	26	24	31	1.97
21209917--21209978	24	2.6	24	80	10	72	16	27	20	35	1.94
21209816--21209971	72	2.2	73	76	5	165	16	25	23	35	1.95
21210801--21210841	21	2.0	21	86	9	59	14	0	31	53	1.41
21213522--21213680	76	2.1	78	85	7	218	29	9	7	53	1.61
21241985--21242019	18	1.9	18	94	0	61	45	0	11	42	1.40
21247130--21247241	55	2.0	55	96	0	206	39	19	16	25	1.91
21249258--21249282	5	5.0	5	100	0	50	80	0	20	0	0.72
21254192--21254264	31	2.4	31	88	0	101	32	17	20	28	1.96
21254731--21254791	29	2.0	30	84	6	79	50	13	6	29	1.66
21277309--21277358	18	2.8	18	90	3	84	48	0	4	48	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21278558--21278827	135	2.0	136	97	0	515	54	6	19	20	1.66
21278719--21278750	16	1.9	17	93	6	57	75	3	18	3	1.08
21279476--21279525	16	3.1	16	81	16	66	40	2	0	58	1.10
21279779--21279815	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
21287910--21288032	38	3.2	39	78	13	123	43	17	7	32	1.76
21290273--21290323	22	2.3	22	86	0	66	37	13	25	23	1.92
21291428--21291500	9	8.2	9	90	1	103	42	21	10	24	1.85
21291823--21291862	20	2.0	20	100	0	80	40	20	20	20	1.92
21298102--21298156	21	2.7	20	83	10	67	70	5	1	21	1.16
21303199--21303244	23	2.0	23	86	4	65	47	0	0	52	1.00
21305481--21305506	1	26.0	1	100	0	52	0	100	0	0	0.00
21311192--21311246	20	2.8	19	78	8	56	29	1	3	65	1.20
21319785--21319815	10	3.2	10	90	9	55	0	16	0	83	0.64
21320355--21320403	26	1.9	25	84	12	64	22	16	40	20	1.91
21322736--21322779	20	2.2	21	84	12	65	61	4	0	34	1.16
21322737--21322806	19	3.7	20	84	7	76	55	7	0	37	1.27
21322777--21322830	25	2.1	25	82	3	63	50	7	1	40	1.41
21335144--21335202	19	3.1	18	73	7	55	33	10	13	42	1.78
21357273--21357526	127	2.0	127	97	1	483	42	17	12	27	1.85
21366060--21366098	17	2.3	17	90	0	60	2	17	0	79	0.84
21366173--21366205	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
21381301--21381346	24	1.9	24	86	8	67	47	4	6	41	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21381312--21381365	24	2.2	24	83	0	63	50	5	3	40	1.44
21382245--21382290	24	1.9	24	86	8	67	47	4	6	41	1.49
21382256--21382309	24	2.2	24	83	0	63	50	5	3	40	1.44
21389045--21389096	24	2.2	24	89	0	77	51	3	1	42	1.31
21394076--21394135	29	2.1	29	87	0	84	43	13	16	26	1.85
21398983--21399255	41	6.6	41	88	1	370	23	27	21	26	1.99
21398983--21399268	123	2.3	123	87	3	412	24	27	21	26	1.99
21399419--21399443	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
21399641--21399796	76	2.0	77	80	4	172	40	16	5	38	1.70
21411277--21411324	12	4.0	12	83	0	60	6	6	70	16	1.28
21411277--21411318	18	2.3	18	83	0	57	7	7	69	16	1.34
21411278--21411325	6	8.0	6	80	0	51	4	8	70	16	1.27
21424398--21424428	6	5.2	6	100	0	62	67	0	0	32	0.91
21425580--21425674	47	2.0	48	95	2	174	16	18	27	36	1.93
21427250--21427388	40	4.0	36	63	23	100	30	5	5	58	1.41
21427263--21427417	30	4.7	32	69	24	101	30	4	5	59	1.41
21427214--21427421	102	2.0	103	99	0	409	30	4	5	58	1.42
21429579--21429621	17	2.3	19	84	11	54	27	0	4	67	1.10
21443004--21443039	18	1.9	19	88	5	56	47	0	5	47	1.25
21456733--21456789	24	2.4	24	87	0	78	43	12	5	38	1.65
21456733--21456776	13	3.5	13	81	12	56	45	11	4	38	1.61
21456746--21456799	11	4.7	11	77	8	63	38	12	7	40	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21463627--21463662	17	2.1	17	89	0	54	30	8	0	61	1.26
21467907--21467954	17	2.7	18	83	6	53	31	0	2	66	1.03
21484995--21485099	24	4.5	24	84	2	133	43	3	29	22	1.71
21493482--21493600	60	2.0	60	86	3	168	37	4	16	41	1.68
21515887--21516885	500	2.0	500	100	0	1998	32	20	14	32	1.93
21524257--21524317	17	3.6	16	70	16	52	63	1	3	31	1.20
21524276--21524321	23	2.0	23	86	0	65	63	0	4	32	1.14
21528672--21528865	47	4.0	46	74	13	149	26	14	26	32	1.94
21531124--21531170	19	2.5	19	75	6	51	44	12	0	42	1.42
21533812--21533852	20	2.1	20	86	13	59	56	2	9	31	1.45
21533812--21533852	19	2.1	19	86	13	57	56	2	9	31	1.45
21534053--21534113	22	2.7	23	85	12	83	50	1	1	45	1.21
21534089--21534128	16	2.5	16	87	0	53	50	2	5	42	1.37
21538859--21538900	18	2.3	18	87	0	57	21	26	19	33	1.97
21548554--21548616	26	2.4	26	89	2	81	65	0	20	14	1.27
21559823--21559866	23	1.9	23	86	9	63	70	2	6	20	1.21
21559846--21559879	17	1.9	18	94	5	61	73	2	11	11	1.20
21560810--21560873	21	3.0	22	79	9	87	20	15	23	40	1.90
21576901--21576947	23	2.0	23	91	0	76	51	12	8	27	1.69
21578103--21578132	3	10.0	3	100	0	60	33	0	0	66	0.92
21582641--21582698	30	1.9	30	89	6	91	34	3	5	56	1.38
21586868--21587175	32	9.7	32	77	6	254	42	13	10	32	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21586883--21587131	64	3.9	64	91	0	390	40	13	11	34	1.80
21586879--21587131	96	2.6	96	84	0	317	41	13	11	34	1.80
21588381--21588675	147	2.0	148	97	0	565	38	16	11	33	1.85
21607792--21607828	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
21608462--21608487	5	5.2	5	100	0	52	23	19	19	38	1.93
21619824--21619854	15	2.0	15	93	6	53	70	0	3	25	1.02
21629020--21629051	16	2.0	16	100	0	64	31	37	6	25	1.81
21635534--21635602	2	35.0	2	97	2	131	50	0	49	0	1.00
21639396--21639465	21	3.3	21	73	0	77	15	24	18	41	1.89
21639343--21639465	42	2.9	42	82	0	147	17	21	19	42	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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