genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr9
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  48574783

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
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          129   130   131   132   133   134   135   

This is table  6  of  135  ( 16172 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2469958--2470023	24	2.8	24	97	0	123	45	9	25	19	1.80
2470827--2470860	16	2.1	16	94	0	59	44	11	20	23	1.84
2508029--2508060	16	1.9	17	93	6	57	18	12	0	68	1.20
2508279--2508556	100	2.8	100	98	0	529	36	18	14	30	1.90
2517038--2517076	2	19.5	2	100	0	78	51	0	48	0	1.00
2526394--2526627	116	2.0	116	98	0	450	25	22	21	30	1.99
2528174--2528226	19	3.1	19	66	23	53	32	11	15	41	1.82
2528798--2528839	22	1.9	22	95	0	75	33	9	7	50	1.62
2539840--2539884	22	2.0	22	100	0	90	28	13	17	40	1.88
2548111--2548154	22	2.0	22	81	4	52	47	2	6	43	1.42
2556792--2556822	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
2560948--2561130	50	3.6	50	85	3	235	18	31	25	24	1.97
2569000--2569039	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
2569577--2569637	24	2.5	25	82	10	65	34	1	3	60	1.23
2571104--2571152	23	2.1	23	88	0	71	30	2	0	67	1.02
2573751--2573798	16	2.9	16	79	11	53	54	0	4	41	1.20
2580597--2580622	11	2.4	11	100	0	52	50	7	42	0	1.31
2580796--2580827	12	2.6	13	85	14	50	34	0	25	40	1.56
2581301--2581391	22	4.0	22	78	8	94	14	23	20	41	1.89
2582478--2582542	32	2.0	32	100	0	130	40	15	16	27	1.89
2600069--2600094	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2600080--2600159	37	2.2	37	95	0	142	33	2	5	58	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2600356--2600405	26	1.9	26	100	0	100	42	12	0	46	1.41
2603943--2603981	19	2.1	19	100	0	78	43	5	25	25	1.75
2619621--2619705	26	3.3	27	73	11	79	34	23	24	17	1.96
2619769--2619816	25	2.0	25	83	4	62	37	18	27	16	1.92
2624559--2624589	14	2.3	13	94	5	53	74	16	0	9	1.07
2624700--2624759	30	2.0	30	93	0	102	43	20	8	28	1.80
2624703--2624770	30	2.3	30	86	0	91	42	20	10	26	1.84
2627758--2627810	26	2.0	26	100	0	106	26	16	18	37	1.93
2637470--2637535	32	2.1	31	82	2	78	74	6	15	4	1.18
2638200--2638246	24	2.0	24	84	16	62	31	0	17	51	1.46
2644370--2644394	8	3.1	8	100	0	50	88	0	0	12	0.53
2645245--2645340	27	3.6	27	100	0	192	31	23	4	40	1.74
2645805--2645846	18	2.3	18	80	8	50	23	11	9	54	1.66
2650168--2650201	18	1.9	18	94	5	61	50	5	35	8	1.58
2656798--2656874	24	3.2	24	75	5	84	15	31	18	35	1.92
2656884--2656956	27	2.8	27	83	4	78	21	30	16	31	1.95
2656911--2656974	25	2.6	25	80	2	76	18	34	17	29	1.94
2685878--2685920	21	2.0	21	81	0	50	41	20	9	27	1.83
2696161--2696213	27	2.0	26	88	3	79	56	7	0	35	1.28
2696689--2696748	19	3.2	19	72	13	61	43	10	0	46	1.37
2697255--2697322	27	2.6	27	81	11	95	54	0	5	39	1.25
2697307--2697345	18	2.1	19	85	4	53	28	0	2	69	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2701629--2701663	15	2.3	15	90	0	52	34	8	0	57	1.29
2702182--2702350	84	2.0	85	98	1	331	28	9	18	43	1.82
2711122--2711181	31	1.9	31	86	0	84	40	5	15	40	1.68
2717403--2717431	13	2.1	14	93	6	51	48	6	37	6	1.57
2730504--2730559	28	2.0	28	89	0	85	37	17	26	17	1.93
2732496--2732533	20	1.9	20	100	0	76	63	7	0	28	1.23
2736732--2736761	10	2.8	11	90	10	53	53	26	0	20	1.46
2736990--2737014	11	2.3	11	100	0	50	40	8	0	52	1.31
2736974--2737112	40	3.5	40	87	7	189	31	3	0	64	1.10
2739529--2739560	16	2.0	16	93	0	55	12	12	3	71	1.25
2739589--2739647	12	4.7	12	74	17	57	47	1	0	50	1.11
2739614--2739646	2	17.5	2	87	12	52	51	0	0	48	1.00
2760360--2760397	19	2.0	20	89	5	60	13	7	5	73	1.22
2760442--2760515	30	2.5	29	84	4	85	37	4	5	52	1.43
2769927--2770022	3	32.0	3	76	10	81	30	4	2	63	1.24
2769931--2770022	31	3.0	31	79	9	98	30	4	2	63	1.26
2770627--2770935	108	2.9	108	96	1	550	29	18	19	33	1.96
2771277--2771406	46	2.8	46	92	2	208	29	22	9	39	1.85
2773038--2773105	29	2.3	29	84	5	82	38	8	4	48	1.54
2774344--2774385	20	2.1	20	82	8	50	42	4	2	50	1.36
2801034--2801273	122	2.0	123	90	0	383	27	13	17	41	1.87
2807131--2807170	19	2.0	20	85	4	55	45	2	0	52	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2808368--2808533	77	2.1	78	96	3	307	43	3	8	44	1.52
2811209--2811235	5	5.4	5	100	0	54	22	0	59	18	1.38
2816586--2816630	3	15.0	3	95	0	63	0	40	0	60	0.97
2825780--2825816	19	1.9	19	100	0	74	48	0	2	48	1.15
2826988--2827023	17	2.1	18	89	5	56	61	2	2	33	1.25
2827132--2827178	20	2.4	19	85	3	58	42	2	4	51	1.33
2828847--2828886	20	2.0	20	95	0	71	30	17	10	42	1.82
2830048--2830131	6	14.0	6	70	8	55	2	22	1	73	1.01
2830139--2830229	35	2.6	36	79	10	98	45	3	1	50	1.25
2831319--2831426	53	2.0	53	98	0	207	12	23	15	48	1.80
2831321--2831407	25	3.2	29	63	21	78	14	21	14	48	1.81
2841748--2841841	42	2.2	42	86	0	125	17	19	19	44	1.87
2848125--2848405	60	4.7	60	96	0	485	15	40	16	28	1.88
2859725--2859769	16	2.9	15	84	15	56	42	4	0	53	1.21
2878207--2878542	107	3.2	105	86	5	448	43	13	15	27	1.84
2878207--2878542	103	3.2	105	86	4	446	43	13	15	27	1.84
2878657--2878774	59	2.0	60	91	5	195	42	8	7	41	1.64
2885473--2885540	16	4.2	16	96	0	127	38	38	0	23	1.55
2899352--2899395	13	3.1	15	70	29	51	61	0	0	38	0.96
2899525--2899578	21	2.5	21	76	8	56	57	1	22	18	1.50
2907370--2907407	17	2.2	18	90	4	60	0	15	0	84	0.63
2908775--2909236	111	4.1	111	87	3	620	22	27	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2912596--2912651	28	2.0	28	100	0	112	35	25	7	32	1.83
2928950--2928974	11	2.3	11	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2953614--2953657	23	2.0	22	81	4	52	50	4	2	43	1.35
2954184--2954225	22	2.0	21	90	9	68	28	2	0	69	1.01
2954187--2954243	28	2.0	29	86	3	80	28	1	0	70	0.98
2955234--2955274	20	2.0	20	85	0	55	21	4	7	65	1.37
2961689--2961722	17	2.0	17	88	0	50	26	14	8	50	1.72
2963421--2963458	7	5.3	7	82	17	51	2	13	0	84	0.73
2963422--2963460	19	2.1	19	85	9	53	2	15	0	82	0.79
2967280--2967309	15	1.9	16	93	6	53	83	0	16	0	0.65
2969448--2969493	22	2.1	22	87	0	65	54	4	4	36	1.40
2969587--2969616	14	2.1	14	93	0	51	53	13	13	20	1.72
2970644--2970704	31	2.0	31	87	3	88	44	1	3	50	1.28
2971811--2971842	6	5.3	6	100	0	64	31	0	0	68	0.90
2978628--2978661	17	1.9	18	88	5	52	38	5	0	55	1.24
2997774--2997842	25	2.8	25	93	0	111	20	21	20	37	1.94
2997797--2997851	25	2.2	25	83	0	65	20	21	21	36	1.95
2997837--2997897	22	2.8	22	75	9	61	22	24	16	36	1.94
3006365--3006414	15	3.3	15	75	13	57	42	4	2	52	1.31
3006382--3006420	18	2.2	17	90	4	60	43	2	2	51	1.29
3006364--3006420	13	3.6	17	71	23	61	43	3	1	50	1.29
3032725--3032767	16	2.5	18	74	14	54	39	9	13	37	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3043326--3043359	18	1.9	18	88	5	52	23	0	2	73	0.97
3047391--3047472	31	2.7	29	71	12	76	36	13	9	40	1.78
3048560--3048592	12	2.8	12	86	13	50	36	0	0	63	0.95
3056226--3056271	23	2.0	23	100	0	92	26	13	4	56	1.55
3058541--3058571	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
3066441--3066607	56	3.1	56	61	23	140	44	7	9	38	1.65
3066442--3066652	105	2.0	106	99	0	415	45	6	8	39	1.61
3089011--3089120	37	3.1	37	60	17	86	22	13	15	48	1.80
3089011--3089294	71	4.0	71	99	0	541	25	13	14	47	1.80
3092828--3092868	21	1.9	22	95	5	75	24	7	19	48	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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