genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43060996

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  27  of  128  ( 15303 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8271823--8271907	39	2.2	39	89	0	134	23	4	21	50	1.67
8271916--8271997	21	3.9	21	68	1	56	18	1	42	37	1.58
8271885--8272111	121	1.9	121	80	1	267	23	2	33	40	1.67
8272068--8272139	7	10.3	7	72	0	54	20	1	41	36	1.61
8272102--8272139	14	2.7	14	92	8	60	23	0	44	31	1.54
8272585--8272766	95	1.9	95	85	6	253	21	25	26	25	2.00
8272671--8273128	114	4.0	113	80	8	421	23	23	25	28	2.00
8273414--8273467	7	7.4	7	79	8	63	14	1	37	46	1.56
8273414--8273467	15	3.7	14	82	7	63	14	1	37	46	1.56
8273414--8273467	22	2.5	22	87	0	72	14	1	37	46	1.56
8289044--8289214	66	2.6	65	84	4	200	39	19	28	12	1.88
8289186--8289229	21	2.1	21	91	0	70	36	18	43	2	1.63
8289193--8289236	21	2.1	21	86	0	61	34	20	43	2	1.64
8289205--8289297	42	2.2	42	84	3	116	34	15	44	6	1.72
8289205--8289297	21	4.4	20	71	12	62	34	15	44	6	1.72
8290017--8290046	9	3.2	9	90	9	51	30	0	3	66	1.07
8290323--8290365	22	2.0	22	90	0	68	44	27	18	9	1.80
8293353--8293509	66	2.4	66	92	0	260	41	18	26	13	1.87
8293480--8293529	21	2.4	21	96	0	91	38	18	44	0	1.50
8293838--8294101	43	6.1	42	75	8	226	29	18	25	26	1.98
8293853--8294075	85	2.6	85	82	5	263	27	18	26	27	1.98
8306164--8306193	11	2.7	11	89	0	51	76	0	0	23	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8317623--8317828	40	4.9	40	68	15	121	28	22	21	27	1.99
8317622--8317874	127	2.0	127	91	1	409	27	22	20	29	1.99
8317922--8318497	132	4.4	132	88	2	809	29	23	18	28	1.97
8318026--8318373	44	7.9	44	67	7	168	30	24	16	28	1.97
8319756--8319799	23	2.0	22	90	4	70	13	18	0	68	1.22
8319762--8319794	8	4.2	8	88	3	50	12	15	0	72	1.12
8319762--8319794	16	2.1	15	94	5	57	12	15	0	72	1.12
8320280--8320389	1	110.0	1	70	0	76	2	7	4	85	0.81
8320294--8320377	43	2.0	42	86	6	116	3	5	4	85	0.81
8320294--8320389	11	8.9	10	79	14	84	3	7	4	85	0.82
8325841--8325874	16	2.1	16	88	0	50	73	11	8	5	1.24
8328135--8328231	26	3.6	27	75	5	99	29	24	19	25	1.98
8329289--8329334	24	2.0	23	82	4	56	41	4	0	54	1.20
8330115--8330141	6	4.5	6	100	0	54	0	81	0	18	0.69
8330572--8330624	24	2.2	24	80	9	63	73	1	16	7	1.15
8332810--8332845	17	2.1	17	89	0	54	75	5	0	19	1.00
8333038--8333083	24	1.9	24	82	8	58	58	8	10	21	1.58
8341499--8341591	40	2.4	39	81	13	95	48	1	3	47	1.25
8341597--8341654	16	3.3	18	71	22	52	75	8	15	0	1.02
8342071--8342111	19	2.1	20	86	4	57	56	2	9	31	1.45
8342931--8343069	21	6.7	21	93	1	228	38	10	13	36	1.80
8350945--8351129	44	4.2	44	67	8	133	30	21	23	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8350838--8351143	132	2.3	132	93	1	515	31	21	23	23	1.98
8360373--8361989	542	3.0	542	93	0	2725	29	15	21	33	1.94
8386887--8387023	69	2.0	69	92	0	229	40	13	16	29	1.87
8387783--8387822	19	2.1	19	86	9	55	50	0	2	47	1.14
8389348--8389384	3	12.3	3	100	0	74	35	0	0	64	0.94
8389605--8389639	2	17.5	2	87	0	52	48	5	0	45	1.26
8389659--8389687	15	2.0	15	93	6	51	31	6	0	62	1.22
8391148--8391255	39	2.7	39	84	11	132	27	15	22	34	1.94
8391189--8391264	40	1.9	40	83	5	100	27	17	21	34	1.95
8393416--8393460	21	2.0	23	83	8	58	37	4	11	46	1.60
8393649--8393693	23	2.0	23	81	0	54	22	0	15	62	1.33
8394008--8394050	23	1.9	22	90	4	68	34	6	2	55	1.39
8393979--8394046	27	2.6	27	77	11	70	33	8	1	55	1.40
8394219--8394251	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
8399260--8399293	17	1.9	18	94	5	61	79	2	0	17	0.86
8400556--8400909	45	8.0	45	74	6	294	33	14	19	32	1.92
8400556--8400909	90	4.0	90	82	3	366	33	14	19	32	1.92
8400563--8400845	135	2.1	135	83	1	343	31	15	19	33	1.93
8401014--8401121	44	2.5	44	84	0	126	32	21	21	25	1.98
8428773--8428844	28	2.6	28	84	0	90	33	27	11	27	1.91
8434116--8434187	4	16.8	4	77	18	58	19	4	1	75	1.05
8434115--8434197	13	6.4	12	74	20	62	20	3	1	74	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8434135--8434191	5	11.4	5	80	14	55	21	5	0	73	1.02
8434136--8434171	9	3.9	9	92	3	54	22	5	0	72	1.05
8434116--8434191	40	1.9	39	89	2	116	19	3	1	75	1.04
8435566--8435607	19	2.2	18	80	19	50	78	2	0	19	0.86
8435579--8435612	16	2.1	16	88	0	50	79	2	2	14	0.97
8435573--8435619	23	2.0	23	83	0	58	78	2	4	14	0.99
8436184--8436218	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
8439936--8439991	21	2.7	20	72	10	58	75	7	10	7	1.20
8442815--8442881	33	2.0	33	94	0	116	44	7	7	40	1.61
8445344--8445432	25	3.1	30	82	15	125	25	25	6	41	1.80
8445354--8445400	15	3.1	15	70	11	51	27	23	8	40	1.83
8449983--8450071	25	3.1	30	79	15	116	24	25	7	41	1.82
8450933--8450967	7	5.1	7	96	3	63	25	0	0	74	0.82
8458002--8458057	20	2.8	19	77	15	60	41	1	1	55	1.21
8468707--8468792	13	6.4	14	65	24	51	51	1	1	46	1.16
8468656--8468792	66	2.1	67	98	1	267	51	1	1	45	1.19
8468745--8468804	28	2.2	27	84	3	75	48	1	1	48	1.21
8468679--8468782	21	4.9	21	70	25	85	50	0	0	47	1.14
8469575--8469608	15	2.3	15	90	10	52	58	2	0	38	1.13
8470336--8470367	7	4.7	7	96	3	57	0	9	0	90	0.45
8470330--8470367	14	2.8	13	88	7	58	0	7	2	89	0.57
8470790--8470827	19	2.0	19	94	0	67	42	18	15	23	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8472926--8472991	13	5.1	13	78	7	80	37	27	6	28	1.80
8473328--8473465	67	2.0	68	97	1	260	37	10	1	50	1.45
8473711--8473744	17	1.9	18	88	5	52	73	2	2	20	1.09
8474147--8474185	20	2.0	20	90	5	62	61	5	5	28	1.39
8475740--8475764	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
8502121--8502322	75	2.7	76	98	1	397	30	27	13	28	1.94
8505327--8506238	76	12.0	76	99	0	1808	30	27	14	27	1.95
8506987--8507043	22	2.6	22	74	0	60	57	14	14	14	1.65
8509101--8509130	3	10.0	3	92	0	51	30	0	3	66	1.07
8513888--8513931	6	8.0	6	85	12	51	72	9	0	18	1.10
8513928--8513993	28	2.3	28	81	2	78	75	7	10	6	1.17
8514368--8514408	13	3.2	12	83	10	55	78	0	12	9	0.98
8514482--8515032	87	6.4	87	86	2	750	29	20	23	26	1.99
8515037--8515241	43	4.9	43	79	8	224	32	19	24	23	1.97
8521206--8521255	3	16.7	3	100	0	100	32	0	0	68	0.90
8523398--8523440	21	2.1	21	87	12	63	23	2	0	74	0.93
8528498--8528569	28	2.6	28	90	0	108	30	26	12	30	1.93
8533856--8533923	5	13.4	5	77	14	68	22	2	0	75	0.94
8533856--8533937	31	2.6	30	81	14	103	23	3	0	73	0.99
8535118--8535380	102	2.6	102	96	0	472	25	13	27	33	1.93
8536017--8536051	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
8546155--8546197	21	2.0	21	86	0	59	44	2	6	46	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8547982--8548015	17	1.9	18	88	5	52	73	2	2	20	1.09
8549172--8549205	15	2.3	15	90	5	52	44	47	8	0	1.34
8565893--8567162	96	13.0	97	86	4	1445	33	24	20	21	1.97
8565911--8566764	49	17.6	49	65	12	256	33	24	19	21	1.97
8566325--8566669	50	6.9	50	70	9	213	33	24	20	21	1.97
8565893--8567169	394	3.3	390	84	4	1557	33	24	20	22	1.97
8566051--8567104	49	21.5	50	66	10	210	33	24	20	21	1.97
8567564--8567599	14	2.5	15	90	4	56	44	44	11	0	1.39
8568721--8568778	3	19.0	3	82	3	62	34	5	1	58	1.30
8578163--8578192	11	2.6	11	94	5	51	60	0	3	36	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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