genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr5
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  43060996

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  68  of  128  ( 15303 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22042379--22042612	29	8.0	29	81	3	254	19	28	13	38	1.90
22042368--22042607	117	2.1	117	88	1	356	20	27	14	37	1.91
22046269--22046312	20	2.2	20	83	0	52	45	13	0	40	1.44
22048019--22048338	110	2.9	110	79	7	278	28	25	16	29	1.97
22050356--22050395	14	2.5	17	84	15	59	35	2	5	57	1.34
22052454--22052486	17	1.9	17	100	0	66	48	0	9	42	1.35
22059349--22059616	134	2.0	134	98	1	520	52	14	22	10	1.71
22060685--22060721	6	6.2	6	100	0	74	35	0	32	32	1.58
22063265--22063335	36	2.0	36	91	0	115	50	22	14	12	1.76
22068330--22068375	19	2.3	20	85	3	58	63	4	8	23	1.42
22069350--22069406	27	2.2	26	81	6	62	61	0	26	12	1.31
22080082--22080154	12	6.1	12	70	17	53	13	23	1	61	1.40
22082356--22082400	20	2.2	20	85	14	58	53	13	4	28	1.59
22084111--22084171	33	1.9	32	87	12	90	11	21	1	65	1.33
22085393--22085433	19	2.2	19	100	0	82	36	4	14	43	1.67
22085471--22085552	41	2.0	41	90	4	130	32	8	9	48	1.66
22089250--22089288	19	2.1	19	100	0	78	38	5	15	41	1.69
22089326--22089405	41	2.0	41	94	0	142	30	5	13	51	1.63
22093858--22093909	20	2.6	20	100	0	104	30	15	11	42	1.82
22103002--22103215	109	1.9	113	83	8	276	26	14	14	44	1.84
22104658--22104810	41	3.8	41	92	0	245	29	23	22	24	1.99
22104658--22104810	82	1.9	81	94	1	270	29	23	22	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22106506--22106627	55	2.2	55	92	0	208	20	25	32	21	1.97
22114656--22114731	37	2.1	37	100	0	152	35	18	13	32	1.89
22117241--22117286	15	3.1	15	83	0	56	60	0	0	39	0.97
22117473--22117522	26	2.0	25	84	11	66	46	0	4	50	1.20
22117633--22117676	18	2.5	18	85	3	63	27	0	6	65	1.17
22122771--22122806	18	1.9	19	88	5	56	22	16	22	38	1.93
22124110--22124301	98	2.0	98	88	3	289	21	17	13	48	1.80
22124477--22124533	27	2.1	27	100	0	114	24	7	7	61	1.47
22125042--22125316	147	1.9	147	84	1	372	30	20	19	29	1.97
22127820--22127875	23	2.5	23	77	8	62	33	5	17	42	1.72
22132964--22133019	23	2.5	22	82	8	69	32	3	17	46	1.66
22134978--22135019	18	2.3	18	80	8	50	40	7	0	52	1.29
22135255--22135299	24	1.9	23	86	4	63	17	13	6	62	1.52
22136048--22136097	24	2.0	25	88	11	77	36	0	2	62	1.07
22136921--22136970	24	2.1	23	82	10	57	18	10	12	60	1.59
22137375--22137409	16	2.2	16	89	0	52	22	17	17	42	1.88
22155731--22155770	19	2.1	19	86	9	55	27	20	5	47	1.70
22157263--22157299	9	4.1	9	85	0	56	32	10	10	45	1.74
22163398--22163446	24	2.0	24	96	0	89	18	32	10	38	1.84
22164191--22164277	45	1.9	45	83	0	111	26	16	10	47	1.78
22164859--22165027	87	1.9	87	89	0	257	25	20	24	29	1.99
22165177--22165282	44	2.4	44	85	3	142	33	21	19	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22167012--22167061	18	2.8	18	81	6	57	40	6	2	52	1.38
22169494--22169519	13	2.0	13	100	0	52	46	7	15	30	1.74
22170874--22170908	17	2.1	17	88	0	52	2	40	37	20	1.67
22173230--22173300	3	23.7	3	100	0	142	33	0	0	66	0.92
22178381--22178540	34	4.9	34	68	14	111	45	6	3	45	1.44
22178353--22178547	97	2.0	98	98	1	383	46	6	4	43	1.47
22183683--22183764	41	2.0	41	92	0	137	19	15	26	37	1.92
22184180--22184720	131	4.1	131	84	2	631	38	13	14	33	1.86
22184158--22184720	262	2.1	262	85	3	742	39	13	14	32	1.85
22194907--22194965	30	2.0	30	93	0	100	25	37	18	18	1.94
22196927--22196985	17	3.5	17	79	4	66	62	1	3	32	1.21
22204199--22204238	17	2.3	18	86	4	55	60	2	2	35	1.24
22209507--22209550	15	2.9	14	81	15	52	40	4	0	54	1.21
22209507--22209552	16	2.9	16	87	9	60	39	6	0	54	1.26
22211961--22212001	8	5.1	8	90	0	55	39	60	0	0	0.96
22211961--22211993	12	2.8	12	90	0	57	42	57	0	0	0.98
22214500--22214552	27	2.0	26	81	3	61	15	1	30	52	1.53
22214539--22214577	20	1.9	21	84	5	53	25	0	10	64	1.25
22215700--22215827	40	3.2	40	70	14	138	39	3	15	41	1.63
22215671--22215831	79	2.0	80	98	1	315	41	3	13	40	1.62
22215683--22215805	39	3.1	39	69	15	126	43	2	13	41	1.56
22216576--22216642	34	1.9	35	90	3	109	34	8	10	46	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22225416--22225503	9	9.9	9	70	11	56	17	6	5	70	1.29
22225404--22225503	12	8.4	12	73	14	64	18	7	5	70	1.29
22225428--22225486	13	4.7	12	81	8	64	13	6	6	72	1.25
22225428--22225483	25	2.2	25	87	9	78	14	7	7	71	1.29
22225392--22225503	38	3.0	36	77	10	100	18	6	5	69	1.29
22225583--22225654	31	2.3	33	77	18	82	18	12	8	61	1.55
22229896--22229926	14	2.2	14	94	0	53	38	0	12	48	1.42
22230622--22230944	161	2.0	162	99	0	639	40	6	7	45	1.57
22240279--22240320	13	3.0	14	79	6	50	40	0	14	45	1.45
22242870--22242904	16	2.1	17	89	5	54	42	8	0	48	1.33
22252318--22252384	34	2.0	34	82	5	82	31	16	7	44	1.75
22255526--22255573	24	2.0	25	83	4	62	68	6	6	18	1.32
22266229--22266259	8	3.9	8	95	0	53	74	0	0	25	0.82
22269667--22269721	26	2.1	26	100	0	110	23	21	12	41	1.88
22271232--22271265	18	1.9	17	88	5	50	32	2	0	64	1.08
22282413--22282491	33	2.4	33	86	0	113	17	20	15	46	1.83
22288107--22288193	14	6.2	14	72	5	59	37	32	5	24	1.79
22288109--22288191	42	2.0	42	82	0	103	38	30	6	25	1.80
22288160--22288228	20	3.4	20	80	6	59	39	37	4	18	1.71
22288530--22288563	15	2.3	15	95	5	61	64	2	0	32	1.08
22288914--22288950	17	2.3	17	81	9	51	67	0	2	29	1.04
22288913--22288965	24	2.3	22	78	12	52	62	1	3	32	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22290303--22290361	28	2.1	28	83	0	73	25	22	3	49	1.65
22292961--22293003	22	2.0	22	95	0	77	41	20	4	32	1.73
22300466--22300763	148	2.0	149	99	0	589	42	7	9	40	1.65
22306758--22306782	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
22306815--22306865	11	4.5	11	76	13	59	31	1	1	64	1.15
22306826--22306926	40	2.8	38	84	11	115	33	1	0	63	1.12
22306786--22306895	51	2.1	53	91	5	179	33	2	0	62	1.15
22306797--22306869	9	7.4	9	75	17	58	27	1	1	69	1.04
22306815--22306865	23	2.3	22	86	10	68	31	1	1	64	1.15
22306790--22306912	51	2.4	50	85	9	160	31	2	0	65	1.12
22306875--22306936	32	1.9	32	90	0	97	32	1	1	64	1.13
22310934--22310973	20	2.0	21	85	5	55	30	2	10	57	1.45
22311075--22311124	22	2.4	22	83	6	59	40	6	12	42	1.67
22312030--22312067	20	1.9	20	88	0	58	36	28	0	34	1.58
22319816--22319947	46	2.9	46	85	2	167	29	23	18	28	1.98
22324475--22324551	37	2.1	35	85	4	100	27	15	18	38	1.91
22325524--22325549	11	2.4	11	100	0	52	76	7	7	7	1.15
22326900--22326970	29	2.5	28	79	4	79	38	2	1	57	1.22
22326916--22326991	28	2.6	29	81	8	82	39	1	1	57	1.15
22326936--22326987	19	2.7	19	77	11	61	34	0	1	63	1.06
22327687--22327801	60	1.9	61	83	5	153	23	19	5	52	1.66
22328807--22328888	30	2.8	28	78	9	92	62	2	9	25	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22350237--22350305	23	3.0	23	91	0	102	40	18	18	21	1.91
22354391--22354429	20	2.0	20	85	10	53	17	15	0	66	1.25
22354413--22354446	18	1.9	18	88	5	52	11	14	0	73	1.10
22357771--22357834	31	2.1	31	91	5	103	45	3	9	42	1.52
22365757--22365865	19	5.6	19	73	12	78	46	14	7	31	1.72
22365753--22365876	19	6.4	19	71	15	76	47	15	7	29	1.72
22366230--22366291	32	2.0	31	87	9	90	62	1	3	32	1.20
22367442--22367619	88	2.0	89	98	1	349	29	13	1	55	1.45
22370637--22370715	6	13.7	6	82	12	85	11	18	0	69	1.18
22370713--22370746	17	2.0	17	94	0	59	20	0	2	76	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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